1988年9月，煤炭工业部派出管理机构——山东煤炭工业管理局撤销，组建中国统配煤矿总公司山东公司，主要职责是领导和管理山东省内统配煤矿和总公司交管的其他煤炭企事业单位；同时挂山东省煤炭工业管理局牌子，对煤炭工业实行行业管理，也就是说“一个机构，两块牌子”，拥有两种职能；其代管的统辖山东省地方煤矿的山东省煤炭工业局仍然保留。
1990年12月，省政府办公厅《关于调整我省煤炭工业管理体制的通知》确定：将山东省煤炭工业局（山东省地方煤矿经营开发公司）改为山东省地方煤炭工业公司，对全省地方煤炭生产实行行业管理。山东省地方煤炭工业公司为全民所有制企业，由省煤炭工业管理局领导和管理。
1993年9月，第八届全国人大一次会议通过国务院机构改革方案，撤销能源部和中国统配煤矿总公司，成立煤炭工业部（简称煤炭部）。中国统配煤矿总公司山东公司改称山东煤炭工业管理局，其辖管的山东省地方煤炭工业公司名称和职能未变。
1995年6月，山东煤炭工业管理局根据煤炭部《关于强化煤炭局职能充分发挥煤炭局作用的意见》精神，主要职能为：根据煤炭部工作部署和制定的方针、政策和行业规范，研究贯彻落实措施，提出工作部署，制定实施细则和规定、办法，并负责贯彻落实和监督、检查；按照煤炭工业发展战略和长远发展规划，编制省（区）煤炭工业发展规划，提出调整煤炭工业布局，优化产业结构和产品结构等意见或建议；统筹规划、合理开发和利用本省（区）的煤炭资源，并根据国民经济发展需要，协调地方政府有关部门对省（区）煤炭生产总量进行控制；对省（区）内部属国有重点煤矿和企事业单位进行管理，对其他国有煤矿、乡镇煤矿和个体煤矿进行行业管理；根据煤炭工业体制改革总体规划和配套措施，研究制定工作规划和实施意见并负责贯彻落实；负责贯彻年度煤炭生产、建设、分配和进出口计划并组织落实、协调生产单位与运输、电力、冶金等有关单位的关系；负责省（区）煤炭科研、教育及计量、标准的管理和监督；按分工管理省（区）内的部属企事业单位领导干部和有关人事工作；负责省（区）内煤炭工业的对外经济、技术合作和交流，组织重大技术、装备和人才的引进；负责监督、检查煤矿安全生产和国家有关安全法律法规的贯彻、执行；负责收集、发布省（区）煤炭工业的技术、科技、市场信息，调度情况和汇总上报各类数据和统计资料。
1996年3月，山东煤炭工业管理局印发《山东煤炭工业管理局机关机构改革实施意见》，机构改革按照政企分开原则转变管理职能，省内国有重点、地方国有、乡镇集体煤矿和其他煤炭企事业单位的行业主管部门，受煤炭部和山东省人民政府双重领导，以煤炭部为主。
2000年6月，山东煤矿安全监察局和山东省煤炭工业局成立，实行“一个机构，两块牌子”，但国务院明确规定两个机构要逐步分离，在内部机构设置、职能划分等方面形成行业管理和安全监察两个体系，为逐步分离进行组织上的准备。7月，财政部和国家煤炭工业局联合下发《关于明确省级煤矿安全监察局资产财务划转原则的通知》，原煤炭部直属的山东煤炭工业管理局资产上划国家煤矿安全监察局管理。
2002年1月，山东煤矿安全监察局和山东省煤炭工业局分离，山东省煤炭工业局拥有煤炭行业管理职能。
第一节 政府部门管理
1988年9月，煤炭工业部派出管理机构——山东煤炭工业管理局撤销，组建中国统配煤矿总公司山东公司，主要职责是领导和管理山东省内统配煤矿和总公司交管的其他煤炭企事业单位；同时挂山东省煤炭工业管理局牌子，对煤炭工业实行行业管理，也就是说“一个机构，两块牌子”，拥有两种职能；其代管的统辖山东省地方煤矿的山东省煤炭工业局仍然保留。
1990年12月，省政府办公厅《关于调整我省煤炭工业管理体制的通知》确定：将山东省煤炭工业局（山东省地方煤矿经营开发公司）改为山东省地方煤炭工业公司，对全省地方煤炭生产实行行业管理。山东省地方煤炭工业公司为全民所有制企业，由省煤炭工业管理局领导和管理。
1993年9月，第八届全国人大一次会议通过国务院机构改革方案，撤销能源部和中国统配煤矿总公司，成立煤炭工业部（简称煤炭部）。中国统配煤矿总公司山东公司改称山东煤炭工业管理局，其辖管的山东省地方煤炭工业公司名称和职能未变。
1995年6月，山东煤炭工业管理局根据煤炭部《关于强化煤炭局职能充分发挥煤炭局作用的意见》精神，主要职能为：根据煤炭部工作部署和制定的方针、政策和行业规范，研究贯彻落实措施，提出工作部署，制定实施细则和规定、办法，并负责贯彻落实和监督、检查；按照煤炭工业发展战略和长远发展规划，编制省（区）煤炭工业发展规划，提出调整煤炭工业布局，优化产业结构和产品结构等意见或建议；统筹规划、合理开发和利用本省（区）的煤炭资源，并根据国民经济发展需要，协调地方政府有关部门对省（区）煤炭生产总量进行控制；对省（区）内部属国有重点煤矿和企事业单位进行管理，对其他国有煤矿、乡镇煤矿和个体煤矿进行行业管理；根据煤炭工业体制改革总体规划和配套措施，研究制定工作规划和实施意见并负责贯彻落实；负责贯彻年度煤炭生产、建设、分配和进出口计划并组织落实、协调生产单位与运输、电力、冶金等有关单位的关系；负责省（区）煤炭科研、教育及计量、标准的管理和监督；按分工管理省（区）内的部属企事业单位领导干部和有关人事工作；负责省（区）内煤炭工业的对外经济、技术合作和交流，组织重大技术、装备和人才的引进；负责监督、检查煤矿安全生产和国家有关安全法律法规的贯彻、执行；负责收集、发布省（区）煤炭工业的技术、科技、市场信息，调度情况和汇总上报各类数据和统计资料。
1996年3月，山东煤炭工业管理局印发《山东煤炭工业管理局机关机构改革实施意见》，机构改革按照政企分开原则转变管理职能，省内国有重点、地方国有、乡镇集体煤矿和其他煤炭企事业单位的行业主管部门，受煤炭部和山东省人民政府双重领导，以煤炭部为主。
2000年6月，山东煤矿安全监察局和山东省煤炭工业局成立，实行“一个机构，两块牌子”，但国务院明确规定两个机构要逐步分离，在内部机构设置、职能划分等方面形成行业管理和安全监察两个体系，为逐步分离进行组织上的准备。7月，财政部和国家煤炭工业局联合下发《关于明确省级煤矿安全监察局资产财务划转原则的通知》，原煤炭部直属的山东煤炭工业管理局资产上划国家煤矿安全监察局管理。
2002年1月，山东煤矿安全监察局和山东省煤炭工业局分离，山东省煤炭工业局拥有煤炭行业管理职能。