1997年10月，煤炭部批准兖矿集团兼并兖州煤矿机械厂，山东煤炭工业管理局确定从11月1日起兖州煤矿机械厂的财务决算及各类报表由兖矿集团审核、汇总，统一上报。2000年8月，兖州煤矿机械厂划转并入兖矿集团。当年，兖州煤矿机械厂产品销售总额1.47亿元，比1997年增加83.1%；1997年该厂亏损1666万元，2000年实现利润545万元。
图1-3 2000年8月，兖州煤矿机械厂划转并入兖矿集团仪式
1997年11月，山东煤炭工业管理局同意兖矿集团对鲁南水泥厂实施独家兼并并转呈煤炭部批复。鲁南水泥厂拥有固定资产原值6.78亿元，在册职工2500余人，占地面积2188亩（另有石灰石矿山1366亩，黏土矿592亩），为国有大型一类企业，隶属省经贸委，设计年产能力130万吨525号普通硅酸盐水泥，有两条直径4×60米回转窑带窑外分解炉和四级悬浮预热器，产品质量居行业先进水平。但由于建设资金全部为借款，财务费用大，致使连年亏损，1994年投产后3年共归还贷款本息1.13亿元，仍欠息3.29亿元，资产负债率117.24%，难以维持正常经营。1998年，兖矿集团和鲁南化肥厂签订兼并联合意向书。1999年9月，全国企业兼并破产和职工再就业工作领导小组批准兖矿集团兼并鲁南化肥厂，并将其列入1999年国家企业兼并破产和职工再就业项目，兼并正式进入实施阶段，12月，兖矿集团鲁南化肥厂挂牌。2000年，鲁南化肥厂实现利润19.01万元，扭转1996—1999年连续4年亏损局面；产品结构增加甲醇、气体、塑钢等新产品非化肥产品，销售收入1.45亿元，占销售总额35.11%；国家“九五”重点科技攻关项目“新型气化炉研究开发”当年11月通过国家技术鉴定。
1997年12月，山东煤炭工业管理局同意兖矿集团对山东比特电子集团公司实施兼并并转呈煤炭部批复。山东比特电子集团公司位于日照市，为国家二级企业，拥有总资产8440万元、13个下属子公司，其核心层企业是日照日澳电子有限公司（主产各类电子电话机，设计年产能力100万部）、比特标准件有限公司（主产直径8mm以下各种标准螺钉，设计年产能力1000吨）、日照电子厂（主产豆浆机，设计年产能力10万台）等。该集团公司自1995—1997年连年亏损。拟由南屯煤矿东方电器公司对其实施兼并，适当注入资金进行资产重组，扩大生产规模，以发挥双方优势。1998年3月，经省国家兼并破产协调领导小组同意，上报国家经贸委列入1998年国家兼并工作计划。2000年，兖矿比特公司销售收入4060万元，比1997年增加749.4%，由1997年亏损1780万元到2000年盈利215万元，企业开始走出困境。
1998年7月，国务院办公厅转发教育部、国家经贸委、国家计委、财政部联合制定的《关于调整撤并部门所属学校管理体制的实施意见》。1999年9月，省政府将山东矿业学院与山东煤炭教育学院合并组建为山东科技大学（简称山科大），同时撤销山东矿业学院与山东煤炭教育学院。山东科技大学为综合性的本科院校，由省政府领导、省教委主管。
1998年12月，山东煤炭工业管理局批准同意新矿集团以承担全部债权债务的方式兼并泰安制药厂。实施兼并后泰安制药厂法人地位不变，为新矿集团所属企业。拟兼并后进行公司制改造：第一步注入资金4000万元，按GMP标准对生产和包装进行技术改造，扩大企业经营规模；第二步再注入资金进行扩建；第三步加大科研投入开发引进新产品，扩大高附加值产品，达到年销售收入34400万元、利润6800万元规模。2000年12月，省煤炭工业局向省国有资产管理办公室转报了将泰安制药厂资产、负债及所有者权益无偿划转给新矿集团的请示。
1999年10月，兖矿科蓝煤焦化公司由兖矿集团控股成立，兖矿集团、济宁煤化公司、科蓝公司职工持股会共同出资建设，设计年产2万吨针状焦，总投资1.29亿元。公司资本总额6448.84万元，出资比例为兖矿集团51%、济宁煤化公司29%、职工持股会20%，主要产品针状焦是生产超高功率电极原料，为国内空白高科技产品，达产后可实现年收入1亿元，年利润1500万元。
2000年，兖矿集团参加蒽醌项目建设。蒽醌项目为中法合资年产3.4万吨蒽油深加工项目，原为济宁煤化公司与法国BEFS公司合资建设，总投资2.594亿元，注册资本1.114亿元，煤化公司占71%、BEFS公司占29%，1996年6月开工。项目由于受国家投融资体制影响，建设资金筹集没有落实到位而搁置。经谈判，济宁煤化公司持有总股份的40%转让给兖矿集团，重组后合资公司各方所占股份比例为兖矿集团40%、济宁煤化公司31%、BEFS公司29%。2000年12月，三方签订《蒽醌包销合同》，主要产品蒽醌、咔唑的70%由法国BEFS公司包销。
2004年2月，省煤炭工业局将其直属煤矿（包括邱集煤矿、马坊煤矿、田庄煤矿、山东省煤炭工业发展总公司）划归临沂矿务局管理；6月，山东省煤炭经济技术开发总公司、山东省煤炭工业供销总公司、山东省煤炭物资总公司、山东全成经贸公司、山东省煤炭联合运销总公司、山东省煤炭销售中心等省煤炭工业局办实体划归临沂矿务局管理。是年，山东煤矿泰安机械厂、山东煤矿济南机械厂整体划转给临沂矿务局。
11月，省煤炭工业办公室向省政府提出《关于委托山东省立医院管理山东省煤矿总医院的请示》。山东省煤矿总医院于1992年开业，病人来源不足，经济效益低下。经省煤炭工业办公室、山东省立医院、山东省煤矿总医院协商一致，委托山东省立医院管理山东省煤矿总医院。托管后将其发展为500张床位以上规模，省立医院的眼、耳鼻喉等专业整体迁入，改名为山东省立医院（西院）。12月，省政府批复同意托管后的山东省煤矿总医院作为山东省立医院西区，挂山东省立医院（西院）、山东省立医院集团眼耳鼻喉医院的牌子。
2005年6月，省煤炭工业办公室函告省国有资产管理委员会（简称省国资委）同意，将山东煤矿莱芜机械厂划归临沂矿务局管理。
