1993年9月，中国统配煤矿总公司山东公司根据煤炭部《关于省级煤炭管理机构更名的通知》，改称山东煤炭工业管理局，辖管的山东省地方煤炭工业公司名称和职能未变。
1994年10月，山东煤炭工业管理局根据煤炭部《关于省级煤炭管理机构设置安全监察局的通知》精神，内设安全监察局。
1995年9月，煤炭部办公厅同意成立山东煤炭工业社会保险中心，为山东煤炭工业管理局直属事业单位（县处级），编制10名。
同年，煤炭部批复《山东煤炭工业管理局职能配置、内设机构和人员编制方案》，山东煤炭工业管理局设置14个处室，行政编制140名，配备局长1名，副局长4名，总工程师1名。另外，设离退休干部管理处，编制11名；设机关后勤服务中心，处级单位，编制21名，由办公室进行管理。山东省人民政府压煤村庄搬迁办公室作为上级派驻机构，编制5名。
1996年5月，煤炭部办公厅同意山东省煤炭招生委员会办公室人员编制定为5名，机关编制由原140名调整为145名。10月，根据煤炭部人事司《关于山东煤炭工业管理局国家公务员非领导职务设置方案的批复》，管理局设非领导职务巡视员或助理巡视员2名，调研员7名、助理调研员15名，主任科员以下非领导职务按有关规定执行。调研员、助理调研员按应配数的80%配备。
1998年2月，根据煤炭部人事司《关于山东煤炭工业管理局推行国家公务员制度的批复》，山东煤炭工业管理局基本符合《国家公务员制度实施方案》有关要求，原则同意国家公务员过渡意见。
3月，省财政厅批复同意山东美晶会计事务所与山东省煤炭工业审计事务所合并，定名为山东联谊会计师事务所，同时注销原机构名称，合并时间从1998年1月1日算起；山东煤炭工业管理局撤销山东煤炭综合利用总公司，其全部资产（含聊城矿柱林场）划归山东煤炭工业管理局机关后勤服务中心。
7月，国务院下发《关于改革国有重点煤矿管理体制有关问题的通知》，从1998年7月起，将原煤炭部直属和直接管理的94户国有重点煤矿，以及原随煤矿一起上收、为煤矿服务的地质勘探、煤矿设计、基建施工、机械制造、科研教育、医疗卫生等企事业单位，下放地方管理。这次国有重点煤矿及企事业单位只下放到省、自治区、直辖市，不层层下放。原煤炭部在16个重点产煤省、自治区、直辖市设立的煤炭工业管理局暂予保留，原有职能和经费渠道不变，待地方政府机构改革时再统筹考虑。
8月，根据《国家经贸委、国家煤炭工业局与山东省人民政府关于山东国有重点煤矿管理体制改革问题商谈纪要》，下放到山东省的煤炭企事业单位共21户，即枣矿集团、新矿集团、肥矿集团、兖矿集团（含兖州煤矿机械厂、山东煤炭科学研究所、常州科研测试中心）、龙口矿务局、淄博矿务局、临沂矿务局、坊子煤矿、莱芜煤矿机械厂、泰安煤矿机械厂、济南煤矿机械厂、山东煤田地质局、煤炭部济南设计研究院、山东煤矿总医院、中国煤矿工人泰山疗养院、中国煤矿工人临沂疗养院、山东嘉祥矿柱林场、山东梁山矿柱林场、山东煤炭工业管理局聊城矿柱林场、山东煤矿济南仓库、山东煤炭工业管理局附属单位。
1999年8月，山东煤炭工业管理局机关设办公室、监察室（纪检组）、人事处、政工处（机关党委）、规划建设处、生产协调处、机械动力处、安全监察局、煤炭加工调运处、多种经营综合利用处、科技处、教育卫生处（招生办公室）、劳动工资处、财务处（国有资产管理处）、审计处15个职能处室，编制145名，实有130人；另设离退休干部处、省政府压煤村庄搬迁办公室、山东煤矿工会3个参照公务员管理部门，编制31名，实有26人。局机关编制总数176名，实有156人。局机关有离、退休人员313人，其中，离休干部61人、退休干部176人、退休工人76人。
二、山东煤炭工业管理局
1993年9月，中国统配煤矿总公司山东公司根据煤炭部《关于省级煤炭管理机构更名的通知》，改称山东煤炭工业管理局，辖管的山东省地方煤炭工业公司名称和职能未变。
1994年10月，山东煤炭工业管理局根据煤炭部《关于省级煤炭管理机构设置安全监察局的通知》精神，内设安全监察局。
1995年9月，煤炭部办公厅同意成立山东煤炭工业社会保险中心，为山东煤炭工业管理局直属事业单位（县处级），编制10名。
同年，煤炭部批复《山东煤炭工业管理局职能配置、内设机构和人员编制方案》，山东煤炭工业管理局设置14个处室，行政编制140名，配备局长1名，副局长4名，总工程师1名。另外，设离退休干部管理处，编制11名；设机关后勤服务中心，处级单位，编制21名，由办公室进行管理。山东省人民政府压煤村庄搬迁办公室作为上级派驻机构，编制5名。
1996年5月，煤炭部办公厅同意山东省煤炭招生委员会办公室人员编制定为5名，机关编制由原140名调整为145名。10月，根据煤炭部人事司《关于山东煤炭工业管理局国家公务员非领导职务设置方案的批复》，管理局设非领导职务巡视员或助理巡视员2名，调研员7名、助理调研员15名，主任科员以下非领导职务按有关规定执行。调研员、助理调研员按应配数的80%配备。
1998年2月，根据煤炭部人事司《关于山东煤炭工业管理局推行国家公务员制度的批复》，山东煤炭工业管理局基本符合《国家公务员制度实施方案》有关要求，原则同意国家公务员过渡意见。
3月，省财政厅批复同意山东美晶会计事务所与山东省煤炭工业审计事务所合并，定名为山东联谊会计师事务所，同时注销原机构名称，合并时间从1998年1月1日算起；山东煤炭工业管理局撤销山东煤炭综合利用总公司，其全部资产（含聊城矿柱林场）划归山东煤炭工业管理局机关后勤服务中心。
7月，国务院下发《关于改革国有重点煤矿管理体制有关问题的通知》，从1998年7月起，将原煤炭部直属和直接管理的94户国有重点煤矿，以及原随煤矿一起上收、为煤矿服务的地质勘探、煤矿设计、基建施工、机械制造、科研教育、医疗卫生等企事业单位，下放地方管理。这次国有重点煤矿及企事业单位只下放到省、自治区、直辖市，不层层下放。原煤炭部在16个重点产煤省、自治区、直辖市设立的煤炭工业管理局暂予保留，原有职能和经费渠道不变，待地方政府机构改革时再统筹考虑。
8月，根据《国家经贸委、国家煤炭工业局与山东省人民政府关于山东国有重点煤矿管理体制改革问题商谈纪要》，下放到山东省的煤炭企事业单位共21户，即枣矿集团、新矿集团、肥矿集团、兖矿集团（含兖州煤矿机械厂、山东煤炭科学研究所、常州科研测试中心）、龙口矿务局、淄博矿务局、临沂矿务局、坊子煤矿、莱芜煤矿机械厂、泰安煤矿机械厂、济南煤矿机械厂、山东煤田地质局、煤炭部济南设计研究院、山东煤矿总医院、中国煤矿工人泰山疗养院、中国煤矿工人临沂疗养院、山东嘉祥矿柱林场、山东梁山矿柱林场、山东煤炭工业管理局聊城矿柱林场、山东煤矿济南仓库、山东煤炭工业管理局附属单位。
1999年8月，山东煤炭工业管理局机关设办公室、监察室（纪检组）、人事处、政工处（机关党委）、规划建设处、生产协调处、机械动力处、安全监察局、煤炭加工调运处、多种经营综合利用处、科技处、教育卫生处（招生办公室）、劳动工资处、财务处（国有资产管理处）、审计处15个职能处室，编制145名，实有130人；另设离退休干部处、省政府压煤村庄搬迁办公室、山东煤矿工会3个参照公务员管理部门，编制31名，实有26人。局机关编制总数176名，实有156人。局机关有离、退休人员313人，其中，离休干部61人、退休干部176人、退休工人76人。