1991—2005年，全省煤炭外运方式除兖矿集团济宁三号煤矿建设了年吞吐量500万吨的济宁泗河口煤港，通过京杭大运河输送到南方外，其余生产矿井煤炭外运主要以铁路运输为主，公路运输为辅。
大型矿井建设均建设铁路专用线，与国铁接轨运往全国各地。铁路运营方式，除兖矿集团、淄矿集团矿区内铁路实行自营，其他企业铁路运输均为非自营。兖矿集团杨村煤矿等部分设计年产60万吨以下的煤矿，有的采用公路汽车运输。
自营铁路运输 1977年12月，煤炭部批准兖州矿区泗水河以东矿区铁路由矿方自营。兖矿集团自营铁路专用线16条，正线长度110千米，专用站15个，桥梁46座，形成以大东章集配站为中心，横跨邹城、济宁、曲阜等地（市）的兖矿集团自营铁路网。铁路外运设立两个出口：由大东章集配站至邹城站与京沪线接轨；由大东章集配站经立交桥横跨京沪铁路至曲阜境内凫村站，与兖（州）石（臼港）铁路接轨。
图4-14 兖州矿区济东铁路
淄矿集团济北矿区铁路专用线为独立的自营铁路，其中许厂矿井、岱庄矿井经国家计委批准，确定在兖菏线孙氏店接轨。
济宁三号井煤矿济宁泗河口煤港水运 济宁泗河口煤港是国家计委批准立项的“九五”京杭运河（济宁—徐州）疏浚重点工程项目，是山东省内河运输设计泊位最大的现代化港口，按照“谁投资、谁建设、谁管理、谁受益”的原则建设。兖矿集团投资10627万元建设该港口，第一期建设规模为年吞吐量300万吨，工程2001年完成，2002年运行。2002—2005年，泗河口煤港运煤量分别为31万吨、155万吨、152万吨、192万吨。
