1994年初，团省委直属高校团组织37个，即山东大学团委、山东师范大学团委、山东工业大学团委、山东医科大学团委、山东经济学院团委、山东轻工学院团委、山东建工学院团委、山东中医药大学团委、山东建材学院团委、山东艺术学院团委、山东体育学院团委、山东财政学院团委、山东工艺美院团委、济南交通专科学校团委、山东公安专科学校团委、青岛海洋大学团委、青岛化工学院团委、青岛大学团委、青岛大学医学院团委、青岛建工学院团委、山东农业大学团委、山东矿业学院团委、泰山医学院团委、山东水利专科学校团委、山东电力专科学校团委、烟台大学团委、烟台师范学院团委、莱阳农学院团委、中国煤炭经济学院团委、曲阜师范大学团委、聊城师范学院团委、华东石油大学团委、潍坊医学院团委、潍坊高等专科学校团委、滨州医学院团委、济宁医学院团委、山东工程学院团委。
1998年11月，教育部、团中央联合下发《关于普通高等学校共青团建设有关问题的通知》，明确提出普通高等学校共青团组织是学校教育工作中的一支重要力量，在培养社会主义现代化建设合格人才、维护高校稳定等方面发挥着重要作用。高校团委受高校党委的直接领导，高校党委要有一名副书记分管共青团工作，高校团委书记是党员的，可以列席高校党委或党委常委会的有关会议。要把共青团工作纳入学校整体工作之中，充分发挥共青团组织在人才培养中的积极作用，为共青团开展工作创造必要条件，提供必要的活动场所、设备和经费，保证必要的活动时间。不得把学校共青团组织的机构撤销、合并或归属于其他工作部门。校级团委书记、副书记为专职，按学校部、处级干部配备、管理，并享受相应待遇。专职的团委各部部长和系团总支书记应按科级干部配备、管理，并享受相应的待遇。
1994—2005年，团省委为加强高校团组织的管理工作，根据形势和任务的需要，经与相关部门单位协调，将直属高校组织调整为30个，即山东大学团委、山东师范大学团委、山东中医药大学团委、山东经济学院团委、山东轻工学院团委、山东建工学院团委、济南大学团委、山东艺术学院团委、山东体育学院团委、山东财政学院团委、山东工艺美院团委、山东交通学院团委、中国海洋大学团委、青岛大学团委、青岛科技大学团委、青岛理工大学团委、山东农业大学团委、山东科技大学团委、泰山医学院团委、烟台大学团委、烟台师范学院团委、莱阳农学院团委、山东工商学院团委、曲阜师范大学团委、聊城大学团委、中国石油大学团委、潍坊医学院团委、滨州医学院团委、济宁医学院团委、山东理工大学团委。其中，每年定期列席团省委全会的分别是山东大学团委、山东师范大学团委、中国海洋大学团委、青岛大学团委、中国石油大学（华东）团委、烟台大学团委、曲阜师范大学团委、山东农业大学团委。
第二节 直属高校团组织
1994年初，团省委直属高校团组织37个，即山东大学团委、山东师范大学团委、山东工业大学团委、山东医科大学团委、山东经济学院团委、山东轻工学院团委、山东建工学院团委、山东中医药大学团委、山东建材学院团委、山东艺术学院团委、山东体育学院团委、山东财政学院团委、山东工艺美院团委、济南交通专科学校团委、山东公安专科学校团委、青岛海洋大学团委、青岛化工学院团委、青岛大学团委、青岛大学医学院团委、青岛建工学院团委、山东农业大学团委、山东矿业学院团委、泰山医学院团委、山东水利专科学校团委、山东电力专科学校团委、烟台大学团委、烟台师范学院团委、莱阳农学院团委、中国煤炭经济学院团委、曲阜师范大学团委、聊城师范学院团委、华东石油大学团委、潍坊医学院团委、潍坊高等专科学校团委、滨州医学院团委、济宁医学院团委、山东工程学院团委。
1998年11月，教育部、团中央联合下发《关于普通高等学校共青团建设有关问题的通知》，明确提出普通高等学校共青团组织是学校教育工作中的一支重要力量，在培养社会主义现代化建设合格人才、维护高校稳定等方面发挥着重要作用。高校团委受高校党委的直接领导，高校党委要有一名副书记分管共青团工作，高校团委书记是党员的，可以列席高校党委或党委常委会的有关会议。要把共青团工作纳入学校整体工作之中，充分发挥共青团组织在人才培养中的积极作用，为共青团开展工作创造必要条件，提供必要的活动场所、设备和经费，保证必要的活动时间。不得把学校共青团组织的机构撤销、合并或归属于其他工作部门。校级团委书记、副书记为专职，按学校部、处级干部配备、管理，并享受相应待遇。专职的团委各部部长和系团总支书记应按科级干部配备、管理，并享受相应的待遇。
1994—2005年，团省委为加强高校团组织的管理工作，根据形势和任务的需要，经与相关部门单位协调，将直属高校组织调整为30个，即山东大学团委、山东师范大学团委、山东中医药大学团委、山东经济学院团委、山东轻工学院团委、山东建工学院团委、济南大学团委、山东艺术学院团委、山东体育学院团委、山东财政学院团委、山东工艺美院团委、山东交通学院团委、中国海洋大学团委、青岛大学团委、青岛科技大学团委、青岛理工大学团委、山东农业大学团委、山东科技大学团委、泰山医学院团委、烟台大学团委、烟台师范学院团委、莱阳农学院团委、山东工商学院团委、曲阜师范大学团委、聊城大学团委、中国石油大学团委、潍坊医学院团委、滨州医学院团委、济宁医学院团委、山东理工大学团委。其中，每年定期列席团省委全会的分别是山东大学团委、山东师范大学团委、中国海洋大学团委、青岛大学团委、中国石油大学（华东）团委、烟台大学团委、曲阜师范大学团委、山东农业大学团委。