1999年，希望工程开始实施战略重点转移。资助对象由原来的大规模普遍资助失学儿童转为重点跟踪培养优秀学生，并扩大资助范围，逐步开展资助初中、高中及大学学生；在继续加大希望小学援建力度的同时，加强对希望小学的后续扶持力度。
资助对象发生转移。2000年9月，“华夏银行爱心优秀特困生助学基金”启动并资助莱阳农学院同时考上研究生的七姐妹。2001年，“鲁能老党员后代助学金”设立，开展资助大学新生活动。2002年，山东青基会联合大众日报社等单位，连续开展“探访寒门学子”助学活动，帮助特困高考新生顺利入学。2002年，山东青基会依托山东美澳国际学校创办全省首个“希望之星班”，进一步扩大希望工程的人才效益和社会效益。2004年9月，山东电力集团公司捐款100万元设立“希望工程——鲁能农民工子女助学基金”，开始启动山东省希望工程助学进城计划。
图5-6 2002年，山东省青少年事业发展基金会在临沂美澳国际学校举行山东省“希望之星班”开班仪式
希望小学扶持手段不断丰富。2000年8月，山东青基会开始启用山东省（威海）希望小学教师培训基地并举行首期希望小学教师培训班。2001年7月，山东青基会又推出希望小学示范教学活动，进一步创新希望小学教师培训模式。截至2005年底，山东青基会共培训希望小学及部分乡村小学教师2000余名。另外，山东青基会还于2001年4月启动“希望小学上网工程”，开始援建希望网校（希望电脑室）活动。同年12月，山东省模范希望小学表彰暨希望小学发展顾问委员会成立大会在济南举行。会议表彰15所模范希望小学，成立由过去从事过教育工作的领导、教育界专业人士、部分知名小学校长及小学特级教师组成的山东省希望小学发展顾问委员会，加强对希望小学的扶持。
2000年12月，团省委、山东青基会、齐鲁电视台共同举办山东省希望工程十周年专题文艺晚会，2003年制作并播出希望工程公益广告。2003年6月，山东青基会启动山东省新一轮希望工程助学行动，并自2004年起，不断创新活动方式：举行“希望之星手拉手”夏令营，开展希望工程泉城认亲会，聘请希望工程形象大使，开通青基会机构网站，出版发行希望工程文集、画册等，推动希望工程的深入发展，进一步提高希望工程的社会影响力。与此同时，山东青基会还认真做好明德奖学金、金龙鱼农民工子女助学基金、中国肯德基曙光基金等在山东的资助工作。
实施战略重点转移后，山东青基会与有实力的大型企业保持并发展长期的合作伙伴关系，建立稳定的筹资渠道，年度筹资额持续增长。2000年2月18日，山东电力集团公司向山东省希望工程捐赠人民币500万元并设立“鲁能希望之星奖励基金”。2001年，山东电力集团公司又与山东青基会签订捐款协议，承诺2001—2010年每年向希望工程捐款100万元。1994—2005年，山东电力集团公司累计向山东希望工程捐款近3000万元，成为对山东希望工程捐款最多的企业；海尔集团公司为希望工程捐款1600万元，在省内外援建希望小学57所。
2005年7月，山东青基会联合山东教育电视台制作并播出《阳光铺就希望路——山东省希望工程十五年》专题片。
