1994年1月，团省委机关内设办公室、研究室、组织部、宣传部、学校部、少年部、工农青年部、统战联络部、权益部等9个部室。
1996年1月，省委办公厅印发《共青团山东省委机关机构改革方案》（简称《方案》），对共青团山东省委机关机构改革的指导思想和重点、主要工作任务、内设机构、人员编制和领导职数等进行确定。《方案》规定团省委主要职责是：（1）行使共青团山东省委赋予的领导全省共青团工作和领导全省青联、学联、少先队工作的职权，对全省性青少年社团组织进行指导和管理。（2）贯彻执行党和政府有关共青团、青少年工作的方针、政策；参与制定全省青少年事业发展规划和青少年工作政策；对全省青少年活动阵地、报刊、服务机构的建设和青少年读物的出版等事务进行规划和管理。（3）参与全省有关青少年事务的法律、法规的制定和实施；协助有关部门处理、协调与青少年利益有关的事务。（4）调查全省青少年思想动态和青年工作状况，研究全省青少年运动、青少年工作理论和思想教育问题，为党和政府决策提供依据。（5）协助政府教育部门教育、管理全省大、中、小学学生，维护学校稳定和社会安定团结。（6）组织和带领全省团员、青年在经济建设中发挥生力军和突击队作用，完成省委、省政府和团中央部署的以青年为主体的各项任务，参与民主管理和民主监督。（7）归口管理全省青年统战、青少年外事和省内外青少年交流工作。（8）负责全省团组织建设，加强对全省团员队伍、团干部队伍建设和基层团组织建设的领导；协助党组织推荐输送优秀青年干部；管理省青年管理干部学院（省团校），指导全省青少年教育培训基地的工作。（9）承担省委、省政府和团中央交办的有关事项。根据《方案》，团省委机关内设办公室、组织部、宣传部、青工部、青农部、学校部、少年部、统战联络部、权益部等9个部室。行政编制65名，其中书记1名，副书记4名；处级领导职数20名（含秘书长1名、机关党委专职副书记1名）。
1999年9月，为进一步加强组织建设、思想教育、党风廉政工作，理顺组织管理体制，有利于开展党建工作，根据《党章》等有关规定，中共山东省委组织部（简称省委组织部）批复同意建立中共共青团山东省委党组。
2000年12月，为进一步加强团省委机关的纪律检查工作，加大对各市团的领导班子监督和管理力度，促进全省共青团系统党员领导干部的廉政建设，保证党的路线、方针、政策在团的系统坚决贯彻执行，建设一支高素质的团干部队伍，经中共山东省纪律检查委员会批准同意，建立共青团山东省委纪检组。
2002年10月，省委办公厅印发《共青团山东省委机关主要职责、内设机构和人员编制方案》（简称《方案》）。根据《方案》，团省委机关主要职责在1996年《方案》的基础上，增加“会同有关部门做好未成年人保护和预防未成年人犯罪工作”的职责，其他保持不变。《方案》提出，共青团山东省委机关在改革中要适应新形势新任务的需要，按照自身的性质，积极探索并建立区别于党政机关、符合共青团组织特点、充满生机和活力的运行机制，创造性地开展工作。（1）适应经济社会多样化发展的新情况，积极探索青少年思想政治教育工作的新思路和新方法，增强思想政治教育的时代感、针对性和实效性。（2）围绕经济中心，大力开发青年人力资源，团结带领青年发挥生力军、突击队作用。（3）拓展服务领域，推动青少年服务体系的建立和完善，协助政府做好青年事务的管理作用。（4）积极向党和政府反映青少年的意愿和呼声，提出意见和建议，充分发挥民主参与和民主监督作用。（5）将共青团工作重心放在基层，努力形成全团抓基层、全团抓落实的局面。（6）积极创新基层组织制度，加强新经济组织团的建设，增强团组织的凝聚力、战斗力和创造力。（7）进一步完善青少年维权体系，动员社会力量，共同做好依法维护青少年合法权益的工作。根据《方案》，团省委机关内设9个部室，其中权益部更名为“社区和维护青少年权益部”，其他维持现状，即办公室、组织部、宣传部、青工部、青农部、学校部、少年部、统战联络部、社区和维护青少年权益部。团省委机关行政编制50名，离退休干部工作人员编制2名，机关编制总额52名。其中，书记1名，副书记4名；处级领导职数20名（含秘书长1名、机关党委专职副书记1名）。
2005年12月，团省委机关内设办公室、组织部、宣传部、青工部、青农部、学校部、少年部、统战联络部、社区和维护青少年权益部9个部室。
办公室主要职责是：协调团省委机关及直属单位的日常事务；负责团省委重大活动和重要会议的安排组织；负责机关文秘、信访、保密、机要通信、档案管理等工作；负责机关行政事务，协调后勤服务，指导直属单位政务工作；组织开展全省青少年工作、青少年问题、青少年事业发展的调查研究工作，综合全省共青团工作情况、信息，拟订工作计划；起草重要文件及领导有关讲话；负责编发简报、内刊和青运史的收集编纂；督查检查团省委全委会、常委会、书记办公会工作部署和工作计划的贯彻落实。
组织部主要职责是：指导全省共青团的基层组织、团干部队伍、团员队伍建设和推荐优秀青年入党工作；协助管理在山东的团中央委员、候补委员和全国青联、学联、少工委的成员；协助党组织管理直属团省委领导的团的领导班子；负责团省委机关及直属单位的人事工作和离退休人员的管理、服务工作；负责对省青年管理干部学院（省团校）和全省青少年教育培训基地的管理和指导；承担机关党委的日常工作和纪律检查、群团等工作；负责机关干部职工的工资管理、各项统计和老干部工作。
宣传部主要职责是：组织指导全省团员、青年的思想政治工作、理论教育工作和全省团组织的科技文化活动；培养、树立、宣传全省各条战线上的各类优秀青年典型；负责组织指导全省共青团和青少年工作的宣传报道；领导《山东青年报》《山东青年》《齐鲁少年》工作，协助并组织有关方面编写青少年教育的政治理论教材和文艺作品；指导全省青少年活动阵地建设。
青工部主要职责是：指导全省企事业单位和城区街道团组织围绕提高青年职工的思想道德素质和文化技术素质、提高企业经济效益开展工作，组织青年职工参加各种形式的生产经营管理、岗位成才、科技开发、思想教育和文化活动；负责省青年企业家协会的日常工作。
青农部主要职责是：指导全省团员、青年学习科学文化知识，开展脱贫致富奔小康活动；参与组织农村青年社会化服务体系建设；组织和指导农村团组织和团员、青年实施国家星火计划，推进农村经济发展；组织青年开展植树造林，积极参与黄河防护林带、沿海防护林带工程建设。
学校部主要职责是：组织指导全省高等院校的学生思想建设、文化建设、社会实践和科技活动等工作；指导全省中等职业学校、中学的共青团工作；组织开展促进学生全面成才的活动；负责省学联的日常事务。
少年部主要职责是：指导全省少先队工作，组织开展有利于青少年儿童健康成长的活动；协助有关方面办理与全省青少年儿童工作的相关事宜；领导《齐鲁少年》工作，加强少先队辅导员队伍建设；负责省少工委的日常事务。
统战联络部主要职责是：指导基层团组织开展青年统战工作，做好全省各族各界青年爱国统一的团结教育工作；调查研究青年统战工作问题，指导省青年社团开展活动；负责开展全省青少年外事工作，接待国外、境外青少年访问者，组织开展同国外、境外青少年组织的交流活动；负责省青联日常事务。
社区和维护青少年权益部主要职责是：会同有关部门做好未成年人保护和预防未成年人犯罪工作；组织实施《未成年人保护法》，协调社会各界维护青少年合法权益；承担省未成年人保护委员会赋予的有关职责；组织开展青少年法律、法规宣传教育活动。
第二节 共青团山东省委机关
1994年1月，团省委机关内设办公室、研究室、组织部、宣传部、学校部、少年部、工农青年部、统战联络部、权益部等9个部室。
1996年1月，省委办公厅印发《共青团山东省委机关机构改革方案》（简称《方案》），对共青团山东省委机关机构改革的指导思想和重点、主要工作任务、内设机构、人员编制和领导职数等进行确定。《方案》规定团省委主要职责是：（1）行使共青团山东省委赋予的领导全省共青团工作和领导全省青联、学联、少先队工作的职权，对全省性青少年社团组织进行指导和管理。（2）贯彻执行党和政府有关共青团、青少年工作的方针、政策；参与制定全省青少年事业发展规划和青少年工作政策；对全省青少年活动阵地、报刊、服务机构的建设和青少年读物的出版等事务进行规划和管理。（3）参与全省有关青少年事务的法律、法规的制定和实施；协助有关部门处理、协调与青少年利益有关的事务。（4）调查全省青少年思想动态和青年工作状况，研究全省青少年运动、青少年工作理论和思想教育问题，为党和政府决策提供依据。（5）协助政府教育部门教育、管理全省大、中、小学学生，维护学校稳定和社会安定团结。（6）组织和带领全省团员、青年在经济建设中发挥生力军和突击队作用，完成省委、省政府和团中央部署的以青年为主体的各项任务，参与民主管理和民主监督。（7）归口管理全省青年统战、青少年外事和省内外青少年交流工作。（8）负责全省团组织建设，加强对全省团员队伍、团干部队伍建设和基层团组织建设的领导；协助党组织推荐输送优秀青年干部；管理省青年管理干部学院（省团校），指导全省青少年教育培训基地的工作。（9）承担省委、省政府和团中央交办的有关事项。根据《方案》，团省委机关内设办公室、组织部、宣传部、青工部、青农部、学校部、少年部、统战联络部、权益部等9个部室。行政编制65名，其中书记1名，副书记4名；处级领导职数20名（含秘书长1名、机关党委专职副书记1名）。
1999年9月，为进一步加强组织建设、思想教育、党风廉政工作，理顺组织管理体制，有利于开展党建工作，根据《党章》等有关规定，中共山东省委组织部（简称省委组织部）批复同意建立中共共青团山东省委党组。
2000年12月，为进一步加强团省委机关的纪律检查工作，加大对各市团的领导班子监督和管理力度，促进全省共青团系统党员领导干部的廉政建设，保证党的路线、方针、政策在团的系统坚决贯彻执行，建设一支高素质的团干部队伍，经中共山东省纪律检查委员会批准同意，建立共青团山东省委纪检组。
2002年10月，省委办公厅印发《共青团山东省委机关主要职责、内设机构和人员编制方案》（简称《方案》）。根据《方案》，团省委机关主要职责在1996年《方案》的基础上，增加“会同有关部门做好未成年人保护和预防未成年人犯罪工作”的职责，其他保持不变。《方案》提出，共青团山东省委机关在改革中要适应新形势新任务的需要，按照自身的性质，积极探索并建立区别于党政机关、符合共青团组织特点、充满生机和活力的运行机制，创造性地开展工作。（1）适应经济社会多样化发展的新情况，积极探索青少年思想政治教育工作的新思路和新方法，增强思想政治教育的时代感、针对性和实效性。（2）围绕经济中心，大力开发青年人力资源，团结带领青年发挥生力军、突击队作用。（3）拓展服务领域，推动青少年服务体系的建立和完善，协助政府做好青年事务的管理作用。（4）积极向党和政府反映青少年的意愿和呼声，提出意见和建议，充分发挥民主参与和民主监督作用。（5）将共青团工作重心放在基层，努力形成全团抓基层、全团抓落实的局面。（6）积极创新基层组织制度，加强新经济组织团的建设，增强团组织的凝聚力、战斗力和创造力。（7）进一步完善青少年维权体系，动员社会力量，共同做好依法维护青少年合法权益的工作。根据《方案》，团省委机关内设9个部室，其中权益部更名为“社区和维护青少年权益部”，其他维持现状，即办公室、组织部、宣传部、青工部、青农部、学校部、少年部、统战联络部、社区和维护青少年权益部。团省委机关行政编制50名，离退休干部工作人员编制2名，机关编制总额52名。其中，书记1名，副书记4名；处级领导职数20名（含秘书长1名、机关党委专职副书记1名）。
2005年12月，团省委机关内设办公室、组织部、宣传部、青工部、青农部、学校部、少年部、统战联络部、社区和维护青少年权益部9个部室。
办公室主要职责是：协调团省委机关及直属单位的日常事务；负责团省委重大活动和重要会议的安排组织；负责机关文秘、信访、保密、机要通信、档案管理等工作；负责机关行政事务，协调后勤服务，指导直属单位政务工作；组织开展全省青少年工作、青少年问题、青少年事业发展的调查研究工作，综合全省共青团工作情况、信息，拟订工作计划；起草重要文件及领导有关讲话；负责编发简报、内刊和青运史的收集编纂；督查检查团省委全委会、常委会、书记办公会工作部署和工作计划的贯彻落实。
组织部主要职责是：指导全省共青团的基层组织、团干部队伍、团员队伍建设和推荐优秀青年入党工作；协助管理在山东的团中央委员、候补委员和全国青联、学联、少工委的成员；协助党组织管理直属团省委领导的团的领导班子；负责团省委机关及直属单位的人事工作和离退休人员的管理、服务工作；负责对省青年管理干部学院（省团校）和全省青少年教育培训基地的管理和指导；承担机关党委的日常工作和纪律检查、群团等工作；负责机关干部职工的工资管理、各项统计和老干部工作。
宣传部主要职责是：组织指导全省团员、青年的思想政治工作、理论教育工作和全省团组织的科技文化活动；培养、树立、宣传全省各条战线上的各类优秀青年典型；负责组织指导全省共青团和青少年工作的宣传报道；领导《山东青年报》《山东青年》《齐鲁少年》工作，协助并组织有关方面编写青少年教育的政治理论教材和文艺作品；指导全省青少年活动阵地建设。
青工部主要职责是：指导全省企事业单位和城区街道团组织围绕提高青年职工的思想道德素质和文化技术素质、提高企业经济效益开展工作，组织青年职工参加各种形式的生产经营管理、岗位成才、科技开发、思想教育和文化活动；负责省青年企业家协会的日常工作。
青农部主要职责是：指导全省团员、青年学习科学文化知识，开展脱贫致富奔小康活动；参与组织农村青年社会化服务体系建设；组织和指导农村团组织和团员、青年实施国家星火计划，推进农村经济发展；组织青年开展植树造林，积极参与黄河防护林带、沿海防护林带工程建设。
学校部主要职责是：组织指导全省高等院校的学生思想建设、文化建设、社会实践和科技活动等工作；指导全省中等职业学校、中学的共青团工作；组织开展促进学生全面成才的活动；负责省学联的日常事务。
少年部主要职责是：指导全省少先队工作，组织开展有利于青少年儿童健康成长的活动；协助有关方面办理与全省青少年儿童工作的相关事宜；领导《齐鲁少年》工作，加强少先队辅导员队伍建设；负责省少工委的日常事务。
统战联络部主要职责是：指导基层团组织开展青年统战工作，做好全省各族各界青年爱国统一的团结教育工作；调查研究青年统战工作问题，指导省青年社团开展活动；负责开展全省青少年外事工作，接待国外、境外青少年访问者，组织开展同国外、境外青少年组织的交流活动；负责省青联日常事务。
社区和维护青少年权益部主要职责是：会同有关部门做好未成年人保护和预防未成年人犯罪工作；组织实施《未成年人保护法》，协调社会各界维护青少年合法权益；承担省未成年人保护委员会赋予的有关职责；组织开展青少年法律、法规宣传教育活动。