一、有机食品基地建设
建设有机食品生产基地，有利于减少农业面源污染，保护和改善农村与农业生态环境。1996年，国家环保总局有机食品发展中心在山东省环境监测中心站设立山东省分中心，主要受理山东省及相邻省份有机食品认证申请工作；指导企业由常规农业、加工业向有机农业、有机加工业转化；监督检查有机食品的种植、生产和加工质量；有机食品认证检查及检查报告的编写；监督和管理有机食品标志的使用；开展有机农业生产和有机食品加工规划指导及其认证标准宣传与培训；开展有机产品的国内外信息交流和有关业务活动等工作。
1999年，山东省有机食品协会成立，这是全国第一家省级有机食品社团组织。其职能和业务范围是：为申请者提供国内外有机食品认证程序的咨询、技术指导和技术培训；开展国际有机食品管理、检查机构间及技术经济的交流与合作；为各级政府和部门编制《有机食品发展规划》并指导规划的实施和认证中的技术咨询，承担有机食品种植、有机速冻蔬菜加工及有机肥料等相关技术的指导和咨询；承担有机食品科研、开发等项目课题，引导和促进有机食品事业和相关先进技术的发展；从事有机食品国内外贸易和有机产品推广等工作。为推动有机食品区域化发展，肥城、章丘等县（市）编制实施区域有机食品发展规划。至2005年，国家环保总局共命名44个国家有机食品生产基地，其中山东省5个，即金乡县宏昌果蔬有限公司有机基地、博兴县龙升食品有限公司第一农场、肥城市边院镇济河堂村有机食品基地、肥城市汶阳镇砖西村有机食品基地、肥城市安驾庄镇门家埠村有机食品生产基地。
二、秸秆禁烧和综合利用
山东省是农业大省，农作物秸秆产生量较大。随着农村经济发展和生活水平提高，传统的秸秆利用方式逐渐被淘汰，秸秆大量剩余。焚烧秸秆污染环境、浪费资源、影响交通、损害形象，秸秆焚烧问题一直备受关注。
每年秋收季节，省政府都对农机作业、安全生产、秸秆禁烧与综合利用等工作作出专门安排。2003年，省政府办公厅下发《关于加强农作物秸秆综合利用与禁烧工作的通知》，明确农业、农机、财政、环保、公安、交通、铁路、民航等部门职责。2005年，省环保局、省农业厅、省财政厅、济南铁路局、省交通厅、省民航局联合转发国家环保总局、农业部等六部（局）办公厅下发的《关于进一步做好秸秆禁烧和综合利用工作的通知》，就抓好秸秆禁烧和综合利用提出具体要求。全省各级各有关部门按照国家和省里的部署要求，“堵”“疏”结合，加强组织领导，落实目标责任，加大执法力度，强化宣传教育，落实扶持政策，秸秆禁烧工作力度逐年加大，焚烧火点呈连年下降趋势，保障了环境空气质量。
在禁烧秸秆的同时，注重抓好综合利用工作。1994年，农业部提出依托山东省科学院能源研究所，在山东省首先进行秸秆气化试验示范。经过多方努力，全国第一次以村为单位的秸秆气化试验在桓台县一次点火成功。1997年8月，农业部组织专家验收，验收组肯定了试验成绩，并提出改进意见。
1997年开始，省农业厅、省财政厅共同组织济青高速路沿线秸秆气化示范工程建设，当年投资230万元，建成26处秸秆气化示范点，1998年再投资200万元。
省科委在章丘市普集镇等地建立多处秸秆气化站，同时，部分村庄或企业自建了秸秆气化站。1997年8月，农业部在桓台县召开秸秆禁烧和综合利用现场会。1998年，国家计委在莱州市投资500万元，支持建立秸秆气化站。同年6月，国家科委、农业部、共青团中央在济南召开全国秸秆气化技术应用现场会。
为提高以村为单位的秸秆气化站利用率，降低投资成本，1999年开始，省农业厅探索秸秆气化连片集中供气示范区建设，当年投资150万元，建成15处，其中3处成片集中供气。2000年投资98万元，建成4处，其中3处成片集中供气，每片供气规模要求在8001000户，省财政补助30万元。2001年，确定在济南市历城区、淄博市临淄区和潍坊市奎文区建3片秸秆气化集中供气示范区，每年省财政补助15万元。2002年底，济南市历城区沙三村、平阴县孝直村、汶上县牛村等建立企业化管理机制，为秸秆气化长期发展探索路子。至2005年，全省有秸秆气化站134处，通气户数2.8万户，供气量7623万立方米，每年可利用秸秆2.7万吨。
三、大型畜禽养殖场污染治理
随着大型集约化畜禽养殖场的增多，养殖粪便处理问题逐渐突出。据测算，2000年全省畜禽粪便排放量7.07亿吨，处理率仅为15%，对大气、土壤和水资源环境造成严重污染。2001年，农业部在临沂市罗庄区华盛江泉集团建成山东省第一座以治理大型畜禽养殖场粪便为目标的大型畜禽养殖场沼气工程，日处理污染水3000立方米，生产沼气2500立方米，可供1万人生活和两台锅炉用气，日产有机肥10吨，年创经济效益100万元。2002—2005年，农业部先后在莱州、潍城、青州、薛城、长清、肥城、蓬莱等县（市、区）各安排一处大型畜禽养殖场沼气工程。为保证“南水北调”东线工程调水质量，2005年，省财政安排300万元，在临沂、东营、济宁、枣庄、潍坊等市建设5处大型畜禽养殖场沼气工程。至年底，全省建有大中型沼气工程103处，总池容17.15万立方米，年可消化畜禽粪便976万吨，年产沼气7288万立方米，年节约能源折合煤5.23万吨。
四、畜禽规模养殖场污染治理
2005年7月，省环保局、省发展改革委、省经贸委、省财政厅、省建设厅、省水利厅、省农业厅联合印发《山东省“两湖一河”碧水行动计划》，启动“两湖一河”流域“两减三保”行动计划，制定“两湖一河”流域畜禽规模养殖场污染治理方案。
“两减三保”行动计划，以“减少化学农药、减少化肥用量，保产量、保质量、保环境”为目标，以强化技术培训，提高技术到位率为手段，按照“统筹规划，突出重点、优化结构、总量减少”的原则，分步实施，逐步推进，计划用3年时间，使全省“两湖一河”流域化学农药、化肥的使用基本做到品种结构合理，利用率明显提高，面源污染基本得到控制。具体目标是：2005—2007年，将“两湖一河”流域内12城市的化学农药用量减少40%，同时改进施药技术，调整用药结构，提高农药利用率，使总利用率达到40%以上。全省将在总量小幅求降的基础上，减氮、稳磷、增钾，优化结构，优化资源在区域和作物间的配置，提高化肥利用率。目标要求高产粮田、瓜菜田等重点区域氮化肥用量减少30%，小麦亩均施氮量调减至12千克左右，玉米亩均施氮量调减至10千克左右；保护地蔬菜亩均施氮量调减至40千克左右，施磷量调减至20千克左右。
“两湖一河”流域畜禽规模养殖场污染治理具体目标为：至2007年，区域内所有规模化养殖场粪便达到无害化处理，污水达标排放，畜禽场环境的生化指标、卫生学指标和感观指标均达到或高于《畜禽养殖业污染物排放标准》。
第一节 农业污染防治
一、有机食品基地建设
建设有机食品生产基地，有利于减少农业面源污染，保护和改善农村与农业生态环境。1996年，国家环保总局有机食品发展中心在山东省环境监测中心站设立山东省分中心，主要受理山东省及相邻省份有机食品认证申请工作；指导企业由常规农业、加工业向有机农业、有机加工业转化；监督检查有机食品的种植、生产和加工质量；有机食品认证检查及检查报告的编写；监督和管理有机食品标志的使用；开展有机农业生产和有机食品加工规划指导及其认证标准宣传与培训；开展有机产品的国内外信息交流和有关业务活动等工作。
1999年，山东省有机食品协会成立，这是全国第一家省级有机食品社团组织。其职能和业务范围是：为申请者提供国内外有机食品认证程序的咨询、技术指导和技术培训；开展国际有机食品管理、检查机构间及技术经济的交流与合作；为各级政府和部门编制《有机食品发展规划》并指导规划的实施和认证中的技术咨询，承担有机食品种植、有机速冻蔬菜加工及有机肥料等相关技术的指导和咨询；承担有机食品科研、开发等项目课题，引导和促进有机食品事业和相关先进技术的发展；从事有机食品国内外贸易和有机产品推广等工作。为推动有机食品区域化发展，肥城、章丘等县（市）编制实施区域有机食品发展规划。至2005年，国家环保总局共命名44个国家有机食品生产基地，其中山东省5个，即金乡县宏昌果蔬有限公司有机基地、博兴县龙升食品有限公司第一农场、肥城市边院镇济河堂村有机食品基地、肥城市汶阳镇砖西村有机食品基地、肥城市安驾庄镇门家埠村有机食品生产基地。
二、秸秆禁烧和综合利用
山东省是农业大省，农作物秸秆产生量较大。随着农村经济发展和生活水平提高，传统的秸秆利用方式逐渐被淘汰，秸秆大量剩余。焚烧秸秆污染环境、浪费资源、影响交通、损害形象，秸秆焚烧问题一直备受关注。
每年秋收季节，省政府都对农机作业、安全生产、秸秆禁烧与综合利用等工作作出专门安排。2003年，省政府办公厅下发《关于加强农作物秸秆综合利用与禁烧工作的通知》，明确农业、农机、财政、环保、公安、交通、铁路、民航等部门职责。2005年，省环保局、省农业厅、省财政厅、济南铁路局、省交通厅、省民航局联合转发国家环保总局、农业部等六部（局）办公厅下发的《关于进一步做好秸秆禁烧和综合利用工作的通知》，就抓好秸秆禁烧和综合利用提出具体要求。全省各级各有关部门按照国家和省里的部署要求，“堵”“疏”结合，加强组织领导，落实目标责任，加大执法力度，强化宣传教育，落实扶持政策，秸秆禁烧工作力度逐年加大，焚烧火点呈连年下降趋势，保障了环境空气质量。
在禁烧秸秆的同时，注重抓好综合利用工作。1994年，农业部提出依托山东省科学院能源研究所，在山东省首先进行秸秆气化试验示范。经过多方努力，全国第一次以村为单位的秸秆气化试验在桓台县一次点火成功。1997年8月，农业部组织专家验收，验收组肯定了试验成绩，并提出改进意见。
1997年开始，省农业厅、省财政厅共同组织济青高速路沿线秸秆气化示范工程建设，当年投资230万元，建成26处秸秆气化示范点，1998年再投资200万元。
省科委在章丘市普集镇等地建立多处秸秆气化站，同时，部分村庄或企业自建了秸秆气化站。1997年8月，农业部在桓台县召开秸秆禁烧和综合利用现场会。1998年，国家计委在莱州市投资500万元，支持建立秸秆气化站。同年6月，国家科委、农业部、共青团中央在济南召开全国秸秆气化技术应用现场会。
为提高以村为单位的秸秆气化站利用率，降低投资成本，1999年开始，省农业厅探索秸秆气化连片集中供气示范区建设，当年投资150万元，建成15处，其中3处成片集中供气。2000年投资98万元，建成4处，其中3处成片集中供气，每片供气规模要求在8001000户，省财政补助30万元。2001年，确定在济南市历城区、淄博市临淄区和潍坊市奎文区建3片秸秆气化集中供气示范区，每年省财政补助15万元。2002年底，济南市历城区沙三村、平阴县孝直村、汶上县牛村等建立企业化管理机制，为秸秆气化长期发展探索路子。至2005年，全省有秸秆气化站134处，通气户数2.8万户，供气量7623万立方米，每年可利用秸秆2.7万吨。
三、大型畜禽养殖场污染治理
随着大型集约化畜禽养殖场的增多，养殖粪便处理问题逐渐突出。据测算，2000年全省畜禽粪便排放量7.07亿吨，处理率仅为15%，对大气、土壤和水资源环境造成严重污染。2001年，农业部在临沂市罗庄区华盛江泉集团建成山东省第一座以治理大型畜禽养殖场粪便为目标的大型畜禽养殖场沼气工程，日处理污染水3000立方米，生产沼气2500立方米，可供1万人生活和两台锅炉用气，日产有机肥10吨，年创经济效益100万元。2002—2005年，农业部先后在莱州、潍城、青州、薛城、长清、肥城、蓬莱等县（市、区）各安排一处大型畜禽养殖场沼气工程。为保证“南水北调”东线工程调水质量，2005年，省财政安排300万元，在临沂、东营、济宁、枣庄、潍坊等市建设5处大型畜禽养殖场沼气工程。至年底，全省建有大中型沼气工程103处，总池容17.15万立方米，年可消化畜禽粪便976万吨，年产沼气7288万立方米，年节约能源折合煤5.23万吨。
四、畜禽规模养殖场污染治理
2005年7月，省环保局、省发展改革委、省经贸委、省财政厅、省建设厅、省水利厅、省农业厅联合印发《山东省“两湖一河”碧水行动计划》，启动“两湖一河”流域“两减三保”行动计划，制定“两湖一河”流域畜禽规模养殖场污染治理方案。
“两减三保”行动计划，以“减少化学农药、减少化肥用量，保产量、保质量、保环境”为目标，以强化技术培训，提高技术到位率为手段，按照“统筹规划，突出重点、优化结构、总量减少”的原则，分步实施，逐步推进，计划用3年时间，使全省“两湖一河”流域化学农药、化肥的使用基本做到品种结构合理，利用率明显提高，面源污染基本得到控制。具体目标是：2005—2007年，将“两湖一河”流域内12城市的化学农药用量减少40%，同时改进施药技术，调整用药结构，提高农药利用率，使总利用率达到40%以上。全省将在总量小幅求降的基础上，减氮、稳磷、增钾，优化结构，优化资源在区域和作物间的配置，提高化肥利用率。目标要求高产粮田、瓜菜田等重点区域氮化肥用量减少30%，小麦亩均施氮量调减至12千克左右，玉米亩均施氮量调减至10千克左右；保护地蔬菜亩均施氮量调减至40千克左右，施磷量调减至20千克左右。
“两湖一河”流域畜禽规模养殖场污染治理具体目标为：至2007年，区域内所有规模化养殖场粪便达到无害化处理，污水达标排放，畜禽场环境的生化指标、卫生学指标和感观指标均达到或高于《畜禽养殖业污染物排放标准》。