至2005年，全省省级生态功能保护区4处，面积17.17万公顷，占全省面积的1.13%。
一、马踏湖省级生态功能保护区
图4-8 马踏湖风景
2002年6月，省政府批准建立。位于桓台县北部、博兴县西南，湖东西最长处1.2万米，南北最宽处8000米，总面积96平方千米，湖面面积20.8平方千米。湖泊呈东西方向，宛如长带，湖盆浅平，海拔5.7米-6.8米，常年平均水深1.2米，主要由朱龙河、孝妇河、乌河等河流汇集而成，属于半岛地区水系。该区主导功能是洪水调蓄，辅助功能是生物多样性保护和水源涵养。
二、临邑黄河故道省级生态功能保护区
2002年8月，省政府批准建立。位于鲁北平原，德州市中部，临邑县城北9000米处。地理坐标为东经116°41′46″-117°03′16″，北纬36°59′45″-37°31′34″，以临邑县林子镇为中心向东延伸，经宿安乡、理合乡至临邑、商河县界，向西至临盘镇与陵县接壤，大致以东北—西南方向成带状分布，总长8200米，总面积1.2万公顷。保护区南部为古沙河故道，属沙质土壤，多为沼泽地和一部分芦苇湿地，地下水位较高，碱蓬和芦苇丛生，水面宽广，有各种鱼类15种，大量水鸟成群结队在此栖息。北部为大片防护林，总面积1500公顷，树木茂盛，花草繁多。树种20多种，以刺槐为主，其他树种有杨、柳、榆、桑、椿、桐、白蜡条等，林中飞禽40多种。保护区的主要生态功能为防风固沙，辅助生态功能以水源涵养、调蓄洪水为主，兼顾绿化、美化的功能。
三、东昌湖省级生态功能保护区
2004年7月，省政府批准建立。位于聊城市区南部，北以东昌路为界，东部和东南部沿徒骇河和聊位路为边线向南延伸到李海务镇大柳张村北部，西部沿京九铁路向南延伸到西辛庄西部，西南部沿湖西办事处边界线和新运河到李海务镇大柳张村北部。该区主要包括东昌湖及其湿地、湖西办事处大部分、朱老庄乡东北部一角、李海务镇西北部一角和聊城大学及其周边区域，总面积约为60平方千米，其中，水域面积约7.6平方千米（东昌湖面积约4.3平方千米），森林绿地面积约5.5平方千米，生态园林1.2平方千米，其他区域为居民点和农业用地。区内人口约18万人。该区主导功能为水源涵养，辅助生态功能是洪水调蓄和水土保持。
四、南四湖省级生态功能保护区
2002年6月，省政府批准建立。保护区包括南阳湖、独山湖、昭阳湖、微山湖流域，位于济宁市微山县、任城区、鱼台县、市中区境内。地理坐标为东经116°34′-117°21′，北纬34°27′-35°20′。属于暖温带、半湿润季风区大陆性气候，年平均气温13.7℃，年平均日照2530小时左右，无霜期209-224天，年平均降水量湖西约700毫米，湖东750毫米850毫米，降雨年际变化大，丰水年与枯水年相差悬殊。面积14.95万公顷。保护区以保护湖泊湿地生态系统为主，包括以雁鸭越冬种群为主体的迁徙鸟类和国家重点保护动植物。系中国淮河以北地区面积最大的内陆淡水湖泊，地处中国南北过渡地带，动植物种类丰富，其中国家一级、二级保护植物6种，国家一级、二级保护动物26种。
