小清河水污染防治工作自20世纪80年代初期开始，经历了水质污染调查与规划管理（1980—1987年）、总量控制与综合整治（1988—1998年）、治理还清（1999—2005年）三个阶段。
1996年4月，省政府作出《关于加强水污染防治工作的决定》，提出“九五”时期至2010年小清河治理目标，要求省环保局组织完成流域排污申报登记、流域断面监测等基础工作。
1996年11月23日，济南市小清河干流治理工程全线开工。省政府决定投资19.1亿元（其中全省集资0.35亿元），利用两年时间，对小清河干流进行扩挖、疏浚等，按5年一遇、20年一遇（济南市区50年一遇）防洪标准治理；航道近期按六级航道标准整治，远期按三级航道标准治理，同时进行河道清污、控污工程。河槽清污和支流控污是小清河流域污染综合治理的两个重要组成部分。
2002年起，小清河流域水质逐步进入稳定改善期。2002—2005年，在GDP年均增长19.8%的情况下，小清河流域污染物排放总量逐年减少，至2005年，流域内化学需氧量和氨氮年均浓度分别降至145.1毫克/升和20.3毫克/升，与2002年相比分别下降43.6%和24.7%，水环境质量持续改善。
一、河槽清污
小清河干流多年没有清淤，由于沿河各节制闸在枯水、平水期为抬高航运水位均关闭闸门，致使大量污染物沉积于小清河河床。特别是各节制闸前，淤泥厚达2.0米以上。汛期开闸行洪时，将河槽淤泥一起冲下，使小清河干流产生非常严重的次生污染，多次造成突发性污染事故。清污工程结合小清河干流防洪除涝和航道整治进行。
图3-3 小清河王道闸
根据《小清河流域污染综合治理总体规划方案》确定的“谁污染谁治理”的原则，省水利主管部门在各主要排污河道的行政区划分界处和入干流河口处，修建必要的控污闸。各控污闸暂按5年一遇除涝流量设计，20年一遇防洪流量校核。除支流现有部分节制闸可利用外，又修建12座控污闸。
二、支流控污
在对小清河干流进行综合整治、建设水利工程的同时，省有关部门对流域内重点污染大户开展限期治理工作，取缔、关闭和停产污染严重的“十五土（小）”企业。省政府规定：1996年6月30日前，对年产5000吨以下的草浆造纸企业，一律停止制浆，拆除制浆设备；1997年，万吨以下（不含万吨）未达标排放的草浆造纸厂停止制浆；原则上不再上耗水量大、污染严重的造纸、酿酒等新建项目，坚决禁止新上国家已明令禁止的制革、印染、电镀、化工、造纸等污染严重的小型项目。省环保局对小清河流域正常情况下日排废水量100吨以上和日排化学需氧量30千克以上的企业下达1997年底工业废水达标排放计划。为进一步加大对小清河流域123个企业的治理力度，省政府共投资约4.93亿元，对全省每年12579.07万吨工业废水进行达标处理，新增削减化学需氧量能力8.45万吨/年。至1998年，小清河流域123家企业中，91家完成治理任务，24家关停并转或破产。同时，省政府积极推进小清河流域城市污水集中处理。济南水质净化一厂、淄博市张店污水处理厂、青州市污水处理厂、寿光污水氧化塘工程先后建成并投入运行，新增日处理废水规模分别为22万吨、14万吨、2万吨和8万吨，全流域新增日处理46万吨废水的能力。
1997年，省环保局制定流域断面和污染点源的排污总量控制指标，同时做好企业排污口的整修工作，设置标志，进一步完善监测手段。年底，小清河流域重点企业废水达标排放。至2000年底，流域内所有企业完成国家下达的“一控双达标”任务。至2003年底，流域内共取缔年产5000吨以下草浆造纸厂37家，关闭7家造纸企业年产2万吨及以下草浆生产线；所有工业污染源建成污染治理设施，初步具备达标排放能力；建成9座城市污水处理厂，新增废水处理能力达到92万吨／日；化学需氧量排放量比1997年下降3.9万吨。小清河水环境污染严重的势头得到有效控制，但距离小清河功能区划标准的要求仍有差距。
图3-4 2001年11月13日，省环保局负责人在景芝集团检查污水处理情况
为进一步控制流域污染，改善小清河水质，2003年6月，省政府办公厅印发《关于进一步加强小清河流域水污染防治工作的意见》，要求从每一条河流入手，按照目标、总量、项目、投资“四位一体”的小流域控制思路，实施污染治理、污水资源化、流域生态恢复与保护并重策略；综合运用经济、法律、科技和必要的行政手段，调动社会各方面力量，注重发挥市场机制、群众监督机制和宏观管理机制的作用，全面推进流域内经济结构调整、环境基础设施建设、清洁生产、污染治理、污水资源化、生态保护和建设等各项工作；确定分三个阶段解决小清河流域的水污染问题，努力用10年左右的时间基本解决小清河流域的水环境问题，实现小清河水体变清目标。
三、综合治理
2004年，根据省政府提出的“按照国家达标排放标准，污染问题明显好转、基本解决、彻底解决的阶段性目标，分期分批实施”的要求，省环保局会同省发展改革委、省经贸委、省财政厅、省建设厅、省农业厅、省水利厅等部门联合制定《山东省实现水污染问题明显好转、基本解决、彻底解决阶段性目标方案》。《方案》提出：至2010年全省水污染问题明显好转，至2020年基本解决水污染问题，至21世纪中叶彻底解决水污染问题。
2004年9月，省政府批准《小清河流域污染综合治理规划》。《规划》明确了三个阶段的治理目标：至2005年底，小清河流域水环境质量改善初见成效。小清河干流所有水体控制断面、点位化学需氧量浓度不超过150毫克/升、氨氮不超过10毫克/升；至2008年底，实现流域内水环境质量明显好转。小清河济南段（柴庄闸以上）划为饮用水源保护区，水质率先达到《地表水环境质量标准》（GB3838-2002）Ⅲ类标准；小清河干流其余各断面化学需氧量浓度小于100毫克/升，氨氮浓度小于5毫克/升；至2012年底，基本解决流域水环境问题。小清河干流所有水体控制断面、点位达到Ⅴ类水质标准的水体，即化学需氧量不超过40毫克/升、氨氮不超过2毫克/升，干流实现水体变清目标。《规划》安排的项目共242项，总投资77.69亿元，分三期实施。其中，2005年前完成152项，投资34.4亿元；至2008年完成53项，投资27.81亿元；到2012年完成37项，投资15.48亿元。
2005年，为进一步加强小清河等重点流域治污工作，省政府印发《关于实施“两湖一河”碧水行动计划的意见》，要求采取更加严格的水污染治理措施：1.进一步推进城镇污水处理设施建设管理运营市场化。2005年底前污水处理厂全部改制完毕，并着力抓好污水处理设施的正常运营，按时完成脱氮、脱磷和水质在线监测设施建设任务。2.加大重点流域污染治理力度。小清河流域新开工污水处理厂2座，计划投资2亿元，日处理能力11万吨。加快中水截蓄导工程项目建设进度，对处理后达标排放的工业和生活废水进行拦截和必要的调蓄，因地制宜地实现资源化利用。已超过环境容量的河流，审批增加排污总量的建设项目。3.进一步加大结构调整力度。对不能稳定达标排放的重污染企业严格关停淘汰制度，按照国家要求，制定流域2005—2007年产业结构调整规划，对一批重点污染企业予以关停淘汰。4.进一步加大面源污染治理力度。在流域内进行土壤肥力普查和监测，制订实施“两减三保”（减少农药、减少化肥施用量，保产量、保质量、保环境）计划，利用三年时间，将农药施用量在现有水平基础上减少40%，化肥施用量在高产良田、瓜菜田等重点区域减少30%。制定规模化畜禽养殖场污染治理实施方案，推广沼气能源利用、复合有机肥综合利用等四大类、八种主要模式，2005年底前选择一批具备条件的县（市、区）实施规模化畜禽养殖场污染治理示范工程，2007年底前完成全部规模化养殖场污染治理任务。5.推广人工湿地水质净化工程建设，在开展人工湿地试验的基础上，2005年启动南四湖流域人工湿地水质净化工程，有效去除南水北调干线支流的化学需氧量、氨氮和总磷，以确保调水水质稳定达标。6.推动污染防治由事后管理向事前控制预防转变。自2005年起，在小清河流域尽快建立起以环境容量为基础、以排污许可证为主要管理手段的符合市场规律的排污总量控制体系。制定实施更加严格的地方排污标准。在小清河河流入口和跨界断面安装在线监测设备，实时监控河流断面水质，加强管理和监督。小清河流域原则上不准再审批增污建设项目。
图3-5 2005年1月10日，山东省实施“两湖一河”碧水行动计划动员大会在济南召开
2005年，省政府先后5次召开小清河等重点流域污染治理工作会议，提出小清河治污“重点在支流、关键在城市，突出抓好重点排污企业和城市生活污水治理，率先突破‘三河一线’（织女河、猪龙河、张僧河、齐鲁石化排海管线）”的治污思路。督促流域内18家重点排污企业率先制定并坚决实施污水减排、限排和禁排规划，明确治污目标和具体措施，近期实现污染物减排，逐步实现污水资源化利用。为解决结构性污染，省政府关闭41家不能稳定达标的造纸、酒精和淀粉生产企业。
