一、“九五”时期
1996年，全省重点对低空污染和水泥行业污染进行治理，建成一批集中供热、联片采暖工程。
图3-1 临沂河东区永胜水泥厂4.4万吨机立窑生产线爆破现场
1997年，全省大气污染防治工作得到进一步加强。围绕城市煤烟型低空污染治理、水泥行业粉尘治理，全省组织开展水泥行业粉尘污染调查，研究制定部分城市大气污染防治规划，省环保局与省计委、省机械厅联合制定公布全省第一批20项污染重、耗能高、低效落后的淘汰工艺和设备名录，关停并转503个企业（车间），限期治理548个污染源。1997年与1993年相比，工业废气处理率、工业粉尘回收率分别提高2.9%和4.2%。
1998年，全省主要城市空气质量处于较高污染水平，以煤烟型污染为主，但恶化趋势有所缓解，17市（地）政府（行署）所在城市市区有13个空气质量得到改善。与1997年相比，酸雨城市有所减少，但青岛市酸雨污染呈加重趋势。为加强城市大气污染防治。省政府、省政府办公厅分别下发《关于大力加强城市空气污染防治工作的通知》和《关于限期停止生产、销售车用含铅汽油的通知》，济南、青岛、淄博3市对大气污染防治作出规定。济南、淄博两市制定城市空气污染防治规划，并经省政府批复实施。17市（地）政府（行署）驻地制订城市环境综合整治计划，把一些重点、难点大气污染治理项目列入其中。被划入二氧化硫污染控制区的30个城市分别制订二氧化硫污染防治规划并采取积极防治措施。当年，全省共投入1.9亿元，完成大气污染限期治理项目221个，新增工业废气处理能力531万标立方米/时。省经贸委、省环保局、省机械厅联合公布第一批20项淘汰工艺和设备名录，组织各市（地）政府（行署）制订年度淘汰工作计划。加强对机动车排气污染控制，把汽车排气质量指标作为车辆年审和道路抽检指标之一，凡不达标排放的不予发放行车证。
1999年，省环保局组织制订全省工业污染源废气达标排放计划，经省政府批准后下发《关于下达山东省2000年底前重点工业污染源废气限期治理计划的通知》。省环保局会同省经贸委、省乡镇企业管理局、省建材局联合下发《关于取缔和淘汰污染严重小水泥企业生产线的通知》，决定于1999年9月30日前，取缔和淘汰全省污染严重小水泥企业生产线。省环保局会同有关部门先后下发《关于开展新生产机动车排放污染物申请工作的通知》《关于进行燃煤锅炉二氧化硫污染治理情况调查的通知》《关于印发〈山东省城市烟尘控制区验收办法〉（修订）的通知》《关于印发山东省废气限期治理项目达标排放验收办法（试行）的通知》等一系列文件，加强污染防治调度。同时，省环保局开展《控制二氧化硫污染综合防治规划研究》课题研究工作，制定《山东省2000年双达标工作完成情况考核方案》。
同年，根据国务院要求和山东省政府部署，省环保局配合有关部门做好产业结构调整以及小煤矿、小火电、小炼油、小玻璃等“十五土（小）”企业关停工作。对工业污染源二氧化硫污染治理技术进行调研，并加快示范工程建设。按照国家环保总局部署，组织开展山东省进京车辆排放尾气检测工作。
2000年，全省加强城市烟尘控制区建设及检查验收工作。省环保局汇总上报《全省新生产机动车排污申报登记报告》，省政府批转《全省淘汰车用含铅汽油工作报告》。省环保局会同省一轻总会下发通知，要求加强电动车铅酸免维护废旧电池管理工作。加强国家酸雨控制区和二氧化硫污染控制区（简称“两控区”）污染防治特别是火电厂烟气脱硫工作调度，在青岛热电厂开展中小型锅炉烟气脱硫试点。济南黄台电厂脱硫工程通过国家验收并列为国家示范工程。
“九五”时期，全省环保系统加大工业污染源治理力度，全省工业污染物排放量的上升趋势得到遏制，工业污染源污染物排放总量明显减少，环境质量总体状况有所改善。1997年后，全省大气工业污染物排放量逐年下降。2001年与1997年相比，工业粉尘下降73.2%，二氧化硫下降27.8%，烟尘下降45%，工业粉尘排放量下降46.8%。
二、“十五”时期
2001年，全省开展饮食行业油烟污染防治调查、大气污染防治工作调研和电力、水泥行业污染防治情况调查工作。省环保局编制上报山东省“两控区”污染防治“十五”计划。4月，省九届人大常委会第二十次会议审议通过《山东省实施〈中华人民共和国大气污染防治法〉办法》（简称《山东省实施办法》）。
2002年5月，为贯彻执行《中华人民共和国大气污染防治法》和《山东省实施办法》，省政府办公厅下发《关于加强大气污染防治工作的通知》，明确提出大气污染防治的基本目标：至2005年，全省主要大气污染物排放总量在2000年基础上削减15%，其中“两控区”二氧化硫排放总量削减20%；所有设区城市的环境空气质量实现按功能区达到国家环境空气质量标准；国家大气污染防治重点城市、环境保护模范城市在按功能区达标基础上进一步改善。至2010年，全省主要大气污染物排放总量在2005年基础上削减10%，“两控区”二氧化硫排放总量削减15%；所有设区城市的环境空气质量按功能区实现稳定达标，并较2005年有进一步改善；国家大气污染防治重点城市、环境保护模范城市的环境空气质量优于国家环境空气质量二级标准，青岛、烟台、威海、日照等城市达到国家一级标准。同年，省环保局制定印发《山东省“两控区”二氧化硫排放总量控制及排污交易示范工作实施方案》，在电力行业开展二氧化硫排放绩效标准试点。加强城市烟尘控制区建设工作，对济南、淄博等城市烟尘控制区进行验收。
2003年，省环保局落实《山东省二氧化硫控制区污染防治“十五”实施计划》和《山东省2003—2010年电力行业二氧化硫污染防治实施计划》，召开全省二氧化硫污染防治工作座谈会，对全省85家重点发电企业负责人进行脱硫投资预算与脱硫技术培训。省环保局、省经贸委印发《山东省电力行业二氧化硫排污权交易管理暂行办法》，探索以经济手段控制二氧化硫污染的新机制。按照国家环保总局部署，山东省在全省开展利用排放绩效法控制电力行业二氧化硫污染试点和二氧化硫排放总量控制及排污交易政策实施示范试点工作。同时，省环保局制定《山东省机动车排气污染监督管理办法》。同年，省政府办公厅下发《关于加强农作物秸秆综合利用与禁烧工作的通知》，明确农业、农机、财政、环保、公安、交通、铁路、民航等部门的职责，加大秸秆禁烧工作力度，保障环境空气质量和人民群众身心健康。
2004年，全省认真贯彻落实《山东省“两控区”二氧化硫污染防治“十五”实施计划》，建立健全重点脱硫项目季报制度。省环保局召开全省重点流域区域污染防治工作会议，研究制定电厂脱硫政策，督促有关企业按计划加快建设烟气脱硫设施和二氧化硫在线自动监测设备。会同省发展改革委编制《山东省火力发电厂二氧化硫污染防治实施方案（2004—2010）》。根据国务院办公厅关于制止钢铁、电解铝和水泥行业盲目投资的要求，省环保局分别对章丘市、临沂市的地条钢企业和济南、淄博、枣庄市的水泥企业进行调研。组织17市对钢铁、电解铝和水泥生产企业污染物排放情况逐一检查，公开曝光一批超标排污企业。同时，组织各市对钢铁、电解铝和水泥行业排污情况进行监测，根据省环保局下发的“十五”排污总量分配指标，开展排污许可证发放工作。
2005年，全省完成非重点城市及“两控区”县级市大气环境容量的审核工作。省环保局召开重点脱硫项目调度会，对未开工项目在全省主要媒体上曝光。向省政府提交《关于提高脱硫机组上网电价，加快全省火力发电厂脱硫工程建设的建议》。5月，全省开始落实脱硫机组的上网电价。同时，为严格控制水泥工业的大气污染物排放，制定实施《山东省水泥工业大气污染物排放标准》《山东省火力发电厂（热电厂）二氧化硫污染防治实施方案》。
“十五”时期，全省城市环境空气质量总体上继续好转，省内所有设区市空气中二氧化硫、二氧化氮年日均值均符合国家二级标准；全省工业废气排放总量14453亿标立方米，二氧化硫、烟尘、粉尘去除率分别为20.5%、94.9%、89.6%，分别比1993年提高9.9%、3.6%和5.3%；工业锅炉、炉窑烟尘排放达标率分别为97.97%、69.94%，二氧化硫排放达标率分别为85.57%、52.79%。
三、二氧化硫污染防治
二氧化硫是山东省大气主要污染物，山东省特别重视该污染物的防治。1996年，全省取缔土炼硫企业153家、土炼油企业144家、土炼焦企业81家。
1998年6月，全省第一套脱硫设施在黄岛电厂运行。当年主要工业城市加大二氧化硫、烟尘和工业粉尘的控制，城市环境保护整体水平有明显提高。被划入二氧化硫污染控制区的30个城市分别制定二氧化硫污染防治规划并采取积极的防治措施。
1999年，为降低城市二氧化硫排放量，济南、青岛、烟台、莱芜、威海等城市规定燃煤含硫量控制值，限制使用高含硫煤；济南、青岛、烟台、威海4个推行清洁燃料汽车试点的城市改装双燃料汽车2200多辆，建设液化气加气站4座。
2000年，全省关停取缔889家“新六小”（小煤矿、小钢铁、小水泥、小玻璃、小炼油、小火电）企业，工业二氧化硫排放量仅比1999年增加0.65%。为加大二氧化硫治理资金投入，激励企业治理积极性，省环保局、省财政厅联合印发《山东省重点发电厂二氧化硫排污费使用管理暂行办法》。2001—2005年，省环保局、省财政厅共下达二氧化硫排污费补助资金约3亿元，支持重点发电厂的烟气脱硫工程。
2002年，省政府下发《关于加强大气污染防治工作的通知》，明确全省至2005年和2010年分阶段的大气污染防治目标，对电力行业的脱硫工作实行分类管理。1.加大结构调整力度，淘汰小型发电机组。至2003年底，淘汰单机容量5万千瓦及以下的常规燃煤、燃油纯凝式汽轮发电机组；至2010年底，淘汰单机容量10万千瓦及以下的除集中供热、资源综合利用电厂以外的发电机组。2.加大现役燃煤机组的污染治理力度。不能达标排放或超总量排放的燃煤发电机组，剩余寿命在10年及以上的必须补建脱硫设施；剩余寿命少于10年的，必须采取燃用低硫煤或其他减排措施满足排放标准和总量控制的要求。3.严把新建项目关。新、扩建燃煤机组必须配套建设脱硫装置和烟气在线监测装置，并采用低氮燃烧方式。新建项目必须符合达标排放和总量控制的要求；扩建和技改项目要“以新带老”，限期对现有机组进行脱硫改造，确保全厂“增产减污”；“十五”重点脱硫项目未按时开工建设的，项目所属电厂或电力集团在山东的新建项目一律不予审批。
2003年和2004年，省政府连续召开全省重点流域区域污染防治工作会议，将“十五”计划中的二氧化硫削减指标分解落实到市、县和企业，明确责任和任务。2004年11月，经省政府同意，省发展改革委、省环保局联合印发《山东省火力发电厂（热电厂）二氧化硫污染防治实施方案》，确定2004—2010年全省火力发电厂（热电厂）的脱硫任务，成为衔接“十五”和“十一五”二氧化硫污染防治工作的指导性文件。省政府把二氧化硫削减任务纳入省市长环境保护和生态省建设目标责任书。2005年12月，省政府对目标责任书完成情况进行考核，对重点脱硫项目进行现场检查。
2003年，省环保局、省经贸委联合印发《山东省电力行业二氧化硫排污权交易管理暂行办法》，探索以经济手段控制二氧化硫污染。
2004年3月，省环保局下发《关于加强全省“两控区”二氧化硫重点治理项目进展情况定期调度工作的通知》，在全国率先建立二氧化硫重点治理项目季报制度，定期调度检查各市、电力公司和电厂的脱硫工作进展情况，并向各市政府、电力公司通报重点治理项目的进度。
2004年7月，省环保局印发《关于山东省“两控区”二氧化硫“十五”重点治理项目进展情况的报告》，对“十五”计划执行情况进行中期评估。
2005年2月，省环保局召开“两控区”“十五”计划未开工项目调度会；向省政府提交《关于提高脱硫机组上网电价，加快全省火力发电厂脱硫工程建设的建议》的呈阅件，得到省政府领导高度重视。3月，在重点流域区域“十五”污染防治工作现场检查中，重点检查“两控区”现有火电脱硫项目完成情况。对建成脱硫设施而不正常运转或未开工建设的项目，及时通过全省主要媒体进行曝光。5月，山东省实施煤电联动，安装脱硫设施机组，其上网电价比未建成脱硫设施的机组上调0.015元/千瓦时。
