在出台综合环境保护计划指导全省环境保护工作的同时，山东省针对环境保护关键性、瓶颈性问题，分别制定专项规划，确保重点任务、重点项目落地实施。经过努力，各专项规划实施达到预期规划目标，为如期实现环保计划目标、促进经济社会环境可持续发展奠定了坚实基础。
一、《小清河流域污染综合治理总体规划方案》
1994年，按照省政府的要求，全省计委、水利、水产、旅游、环保等13个部门共同编制《小清河流域污染综合治理总体规划方案》，省环保局编制《小清河流域污染综合治理水污染防治专题规划》，于1995年经省八届人大常委会第三次会议审议通过。小清河流域综合治理目标：以治污为基础，坚持治污与防洪灌溉航运养殖旅游相结合，统一规划分步实施，到2000年流域内所有企业排放的废水必须达到国家规定的排放标准，并实行总量控制，流域内城市和条件较好的县要修建污水处理厂，通过治理，使小清河流域水质得到明显改善，并具备排洪、灌溉、航运、养殖、旅游等多种功能。综合治理的任务是:坚决杜绝新污染源的产生，完成100个重点污染治理项目，消减化学需氧量排放量，建设城市污水处理厂，加快农林生态环境建设，通过底泥清淤、河道开挖和饮水补源等综合治理措施使小清河达到上游五类下游三类水体标准。
二、《山东省自然保护区发展规划》
1999年4月，省环保局、省计委联合制定《山东省自然保护区发展规划》。规划指导思想：采取有效措施和制定完善的政策、法规，以减缓和控制山东省生态环境恶化，保护自然资源和生物多样性，最终实现自然资源的持续利用和自然生态系统良性循环为目的；根据省情，近期从抢救保护出发，合理确定规划目标和划定保护区域；到规划期末，在全省范围内，建成布局合理、类型齐全、管理科学、执法严格的自然保护区网络，以期达到社会、经济和环境的协调、健康、持续发展。规划总目标：在全省建立一个类型齐全、分布合理、面积适宜、建设和管理科学、效益良好的自然保护区网络。规划分为两个阶段：一期为1998—2000年，全省新建自然保护区15个，届时自然保护区总数达到36个；二期为2001—2010年，全省新建自然保护区35个，届时自然保护区总数达到71个。规划的总投资预算金额总计28760万元。
三、“创模”规划
1999年9月，山东省组织有关城市制定《山东省1999—2003年创建国家环保模范城市规划》。规划深入贯彻落实《国务院关于环境保护若干问题的决定》和《国家环境保护“九五”计划和2010年远景目标》，通过创建国家环保模范城市，加快城市环境综合整治和基础设施建设，提高城市综合服务功能和现代化水平，实现两个根本性转变，促进城市环境与社会、经济协调发展，推动城市与国际接轨，实现可持续发展。规划目标：到2003年，全省有11个城市达到国家环境保护模范城市标准。其中，威海市于1997年，烟台、莱州、荣成于1998年获国家环保模范城市称号。具体安排：2000年，潍坊、招远、文登3市达到国家环保模范城市标准要求；2001年，青岛市达到国家环保模范城市标准要求；2002年，蓬莱、龙口2市达到国家环保模范城市标准要求；2003年，东营市达到国家环保模范城市标准要求。
四、《山东省环境保护“十五”重点工程项目规划》
2002年8月，省环保局在总结编制和实施《山东省环境保护“九五”重点工程项目规划》经验的基础上，编制《山东省环境保护“十五”重点工程项目规划》（《山东省绿色工程规划》第二期），在“十五”时期组织实施。规划项目227个，总投资为349亿元。规划实施后，预期新增城市污水集中处理能力500万吨/日，新增回用污水能力45万吨/日，新增化学需氧量削减能力30万吨/年，新增二氧化硫削减能力40万吨/年，新增集中供热面积1000万平方米，新增供气能力150万立方米/日，新增城市垃圾处理能力1万吨/日，新增危险废物处理能力119万吨/年。全省生态保护和环境监督管理能力将有较大提高。
五、火力发电厂（热电厂）二氧化硫污染防治实施方案
2004年11月，省环保局会同省发展改革委编制《山东省火力发电厂二氧化硫污染防治实施方案（2004—2010）》，制订2004—2010年全省火力发电厂脱硫计划。计划范围为全省所有的火力发电厂和热电厂，基准年为2003年。二氧化硫污染防治目标是：2000年后批准建设的新建、改建和扩建燃煤火力发电厂（热电厂），按照国家“以新带老”和“三同时”的要求，必须配套建设脱硫设施，并与发电设备同时投运。2000年前批准建设的燃煤机组，二氧化硫排放超过国家或地方排放标准的，要分期分批建设脱硫设施。大中城市市区和近郊不得新建、扩建燃煤纯凝火力电厂。严格控制新建、扩建以热定电的热电厂，热电厂必须配套建设脱硫设施。国务院规定的关停淘汰5万千瓦以下的燃煤机组，按期关停淘汰；到2007年1月1日，所有燃煤电厂（热电厂）均应安装二氧化硫在线监测装置，并与环保部门联网。
六、其他专项计划
2003年，省环保局编制《山东省二氧化硫控制区污染防治“十五”实施计划》《山东省2003—2010年电力行业二氧化硫污染防治实施计划》。
2004年，省环保局编制《山东省两控区二氧化硫污染防治“十五”实施计划》（两控区是指酸雨控制区、二氧化硫污染控制区）。截至2004年6月底，该计划中103个重点治理项目建成36个、在建28个，分别占项目总数的35.0%和27.2%。
第二节 专项规划
在出台综合环境保护计划指导全省环境保护工作的同时，山东省针对环境保护关键性、瓶颈性问题，分别制定专项规划，确保重点任务、重点项目落地实施。经过努力，各专项规划实施达到预期规划目标，为如期实现环保计划目标、促进经济社会环境可持续发展奠定了坚实基础。
一、《小清河流域污染综合治理总体规划方案》
1994年，按照省政府的要求，全省计委、水利、水产、旅游、环保等13个部门共同编制《小清河流域污染综合治理总体规划方案》，省环保局编制《小清河流域污染综合治理水污染防治专题规划》，于1995年经省八届人大常委会第三次会议审议通过。小清河流域综合治理目标：以治污为基础，坚持治污与防洪灌溉航运养殖旅游相结合，统一规划分步实施，到2000年流域内所有企业排放的废水必须达到国家规定的排放标准，并实行总量控制，流域内城市和条件较好的县要修建污水处理厂，通过治理，使小清河流域水质得到明显改善，并具备排洪、灌溉、航运、养殖、旅游等多种功能。综合治理的任务是:坚决杜绝新污染源的产生，完成100个重点污染治理项目，消减化学需氧量排放量，建设城市污水处理厂，加快农林生态环境建设，通过底泥清淤、河道开挖和饮水补源等综合治理措施使小清河达到上游五类下游三类水体标准。
二、《山东省自然保护区发展规划》
1999年4月，省环保局、省计委联合制定《山东省自然保护区发展规划》。规划指导思想：采取有效措施和制定完善的政策、法规，以减缓和控制山东省生态环境恶化，保护自然资源和生物多样性，最终实现自然资源的持续利用和自然生态系统良性循环为目的；根据省情，近期从抢救保护出发，合理确定规划目标和划定保护区域；到规划期末，在全省范围内，建成布局合理、类型齐全、管理科学、执法严格的自然保护区网络，以期达到社会、经济和环境的协调、健康、持续发展。规划总目标：在全省建立一个类型齐全、分布合理、面积适宜、建设和管理科学、效益良好的自然保护区网络。规划分为两个阶段：一期为1998—2000年，全省新建自然保护区15个，届时自然保护区总数达到36个；二期为2001—2010年，全省新建自然保护区35个，届时自然保护区总数达到71个。规划的总投资预算金额总计28760万元。
三、“创模”规划
1999年9月，山东省组织有关城市制定《山东省1999—2003年创建国家环保模范城市规划》。规划深入贯彻落实《国务院关于环境保护若干问题的决定》和《国家环境保护“九五”计划和2010年远景目标》，通过创建国家环保模范城市，加快城市环境综合整治和基础设施建设，提高城市综合服务功能和现代化水平，实现两个根本性转变，促进城市环境与社会、经济协调发展，推动城市与国际接轨，实现可持续发展。规划目标：到2003年，全省有11个城市达到国家环境保护模范城市标准。其中，威海市于1997年，烟台、莱州、荣成于1998年获国家环保模范城市称号。具体安排：2000年，潍坊、招远、文登3市达到国家环保模范城市标准要求；2001年，青岛市达到国家环保模范城市标准要求；2002年，蓬莱、龙口2市达到国家环保模范城市标准要求；2003年，东营市达到国家环保模范城市标准要求。
四、《山东省环境保护“十五”重点工程项目规划》
2002年8月，省环保局在总结编制和实施《山东省环境保护“九五”重点工程项目规划》经验的基础上，编制《山东省环境保护“十五”重点工程项目规划》（《山东省绿色工程规划》第二期），在“十五”时期组织实施。规划项目227个，总投资为349亿元。规划实施后，预期新增城市污水集中处理能力500万吨/日，新增回用污水能力45万吨/日，新增化学需氧量削减能力30万吨/年，新增二氧化硫削减能力40万吨/年，新增集中供热面积1000万平方米，新增供气能力150万立方米/日，新增城市垃圾处理能力1万吨/日，新增危险废物处理能力119万吨/年。全省生态保护和环境监督管理能力将有较大提高。
五、火力发电厂（热电厂）二氧化硫污染防治实施方案
2004年11月，省环保局会同省发展改革委编制《山东省火力发电厂二氧化硫污染防治实施方案（2004—2010）》，制订2004—2010年全省火力发电厂脱硫计划。计划范围为全省所有的火力发电厂和热电厂，基准年为2003年。二氧化硫污染防治目标是：2000年后批准建设的新建、改建和扩建燃煤火力发电厂（热电厂），按照国家“以新带老”和“三同时”的要求，必须配套建设脱硫设施，并与发电设备同时投运。2000年前批准建设的燃煤机组，二氧化硫排放超过国家或地方排放标准的，要分期分批建设脱硫设施。大中城市市区和近郊不得新建、扩建燃煤纯凝火力电厂。严格控制新建、扩建以热定电的热电厂，热电厂必须配套建设脱硫设施。国务院规定的关停淘汰5万千瓦以下的燃煤机组，按期关停淘汰；到2007年1月1日，所有燃煤电厂（热电厂）均应安装二氧化硫在线监测装置，并与环保部门联网。
六、其他专项计划
2003年，省环保局编制《山东省二氧化硫控制区污染防治“十五”实施计划》《山东省2003—2010年电力行业二氧化硫污染防治实施计划》。
2004年，省环保局编制《山东省两控区二氧化硫污染防治“十五”实施计划》（两控区是指酸雨控制区、二氧化硫污染控制区）。截至2004年6月底，该计划中103个重点治理项目建成36个、在建28个，分别占项目总数的35.0%和27.2%。