1991—1998年，外商投资企业进出口由外经贸行政部门归口管理。1999—2005年，外商投资企业进出口与内资企业进出口一并纳入海关统计管理，外经贸行政部门不再行使管理职能。
一、外商投资企业出口管理
1991年，山东省对外商投资企业和补偿贸易项目出口实行计划管理，由省对外经济贸易委员会向对外经济贸易部上报年度出口计划，经批准后向各市（地）和省直有关部门下达。当年下达的外商投资企业和补偿贸易项目出口总值计划为3.1亿美元，出口目标为3.6亿美元。其中外商投资企业出口计划为2.5亿美元，出口目标为3亿美元，补偿贸易项目出口计划为6000万美元。对纳入出口计划的项目生产所需原材物料、水、电、煤、油等确保供应，产品出口享受相关优惠政策。
对列入出口计划的商品实行许可证管理，外商投资企业不得擅自收购产品出口。出口企业凭出口计划和出口合同到市（地）对外经济贸易委员会和省直有关部门申领出口许可证。部分企业须先凭出口合同到省对外经济贸易委员会申领出口许可证发放通知单，而后申领出口许可证。如企业为实现外汇收支平衡而需要收购产品出口，须按对外经济贸易部《关于外商投资企业购买国内产品出口解决外汇收支平衡的办法》等规定报批。
凡申请设立外商投资企业及补偿贸易项目，其产品出口涉及出口许可证的，均须由各市（地）对外经济贸易委员会或省直有关部门于项目立项前向省对外经济贸易委员会提出产品出口许可立项报告，由省对外经济贸易委员会审查并转报对外经济贸易部审批。
省外经贸主管部门开展对外商投资出口创汇企业和先进技术企业（简称“两类企业”）的培育工作，帮助未达标的外商投资出口企业达标，实现出口创汇目标，对外商投资企业出口实行分类指导。凡出口计划在200万美元以上的外商投资企业，由省对外经济贸易委员会负责调度，检查其出口创汇进度；出口计划在200万美元以下的企业，由市（地）外经贸主管部门负责调度，并协调解决生产和出口中遇到的问题。
当年，全省（不含青岛市）批准补偿贸易项目122个，合同工缴费5834万美元，实收工缴费2031万美元，参与企业80家，从业人员5560人，外商投入设备价款188万美元。对外加工主要产品有服装、水产品、机械设备、电子元器件、钢铁等。产品主要返销中国香港、日本、韩国、美国、中国台湾、澳大利亚等国家和地区。
1994年10月，根据财政部、国家税务总局《关于外商投资企业出口货物税收问题的通知》，省对外经济贸易委员会作出规定：外商投资企业生产的货物直接出口的，免征增值税、消费税；外商投资企业生产的货物销售给国内出口企业或委托国内出口企业代理出口的，一律视同内销，照章征收增值税、消费税；外商投资企业生产直接出口的货物，购买国内原材料所负担的进项税额不予退税，也不得从内销货物的销项税额中抵扣，应计入产品成本处理；外商投资企业生产的货物既有出口又有内销的，单独核算出口货物的进项税额；外商投资企业不能自营出口创汇或自营出口额达不到规定要求的，一律不得评为双优企业和出口创汇先进企业。
1995年，省对外经济贸易委员会改变外商投资企业出口许可证管理商品计划下达方式，分上、下半年两期下达，要求各市（地）、省直有关部门于每季度结束后15日内上报该季度计划执行情况。
1997年12月，省对外经济贸易委员会下发通知，对山东省外商投资企业实施《中华人民共和国进出口企业代码管理办法外商投资企业实施细则》提出具体实施意见：1.根据对外贸易经济合作部授权，省对外经济贸易委员会负责全省外商投资企业进出口企业代码的发放、管理工作。2.为方便外商投资企业申领进出口企业代码，省对外经济贸易委员会委托各市（地）对外经济贸易委员会发放、管理本地区投资总额在1000万美元以下的外商投资企业进出口企业代码。3.山东省外商投资企业进出口企业代码的结构为：3700+外商投资企业的全国组织机构代码（青岛市除外）。4.1997年12月31日前依法批准设立的外商投资企业，在1998年1月1日至1998年4月30日期间，经省、市联合年检各部门年检合格后，凭技术监督部门核发的全国组织机构代码，到批准证书发放机关申请换发新版批准证书，同时取得进出口企业代码。5.1998年1月1日起，凡依法新批准设立的外商投资企业，凭企业设立批准证书向技术监督部门申领全国组织机构代码，并据此到批准证书发放机关取得进出口企业代码。6.建立进出口企业代码年审制度。外商投资企业进出口企业代码年审与国务院7部委对外商投资企业的联合年检工作同时进行。
二、外商投资企业进口管理
1991年，山东省对外商投资企业进口实行许可证管理。根据省对外经济贸易委员会的规定，凡审批设立外商投资企业及补偿贸易项目、外国投资者作为投资而进口原材料和零部件，属于实行进口许可证管理的商品，企业凭进口物料清单申领进口许可证；外商投资企业为生产出口产品进口实行进口许可证管理的原材料、零部件，免领进口许可证，由海关进行监管，凭批准成立企业的文件、合同或进出口合同验放。所进口的料件仅限本企业生产自用，不得在国内转让出售。因特殊情况需要转为内销的，须经省对外经济贸易委员会批准，并按国家规定补办进口手续；外商投资企业在所批准的经营范围内，为生产内销产品和开展国内经营业务所需进口的原材料、零部件，属于实行进口许可证管理的商品，凭省对外经济贸易委员会批准确认的企业进口计划，每半年申领一次进口许可证。各市（地）对外经济贸易委员会根据《中外合资、合作企业进口审查须知》、外商投资企业所报进口计划及企业实际生产经营需要，向省对外经济贸易委员会上报所辖企业年度进口计划，由省对外经济贸易委员会审批下达。
同年12月，省对外经济贸易委员会对外商投资企业进口自用轿车作出规定，要求各市（地）根据企业出资情况、筹建进度、生产经营需要、经济效益、出口创汇情况合理编制进口计划，按规定程序办理。为规范进口秩序，自1992年1月1日起，外商投资企业用现汇进口汽车和许可证管理机电产品，一律委托山东省华隆进出口公司办理。
1992年1月，省对外经济贸易委员会对外商投资企业进口废旧金属加工复出口进行规范，规定：对外商投资兴办进口废旧有色金属及含有色金属废料的加工企业加强管理，从严审批；对允许兴办的对废旧金属拆解分拣后深加工的外商投资企业，由市（地）对外经济贸易委员会、省直有关部门向省对外经济贸易委员会提出立项许可报告，经审查后转报对外经济贸易部审批。上报立项许可文件时，须提交项目建议书及同级行业主管部门和环保部门的意见；对已建成的废料加工企业，市（地）对外经济贸易委员会要及时跟踪掌握企业进口废料拆解分拣后的产品出口情况，警示其不得内销或变相内销。
同年7月，省对外经济贸易委员会对外商投资企业进口自用轿车再次作出规定。在供求矛盾突出的情况下，优先照顾大型骨干项目及高创汇、高效益项目的用车指标，一般项目以国产免税车或进口车与国产免税车搭配解决。一般情况下不采取境外投资方以交通工具等国家严格控制进口的许可证管理的机电产品作价出资的方式投资。外商投资企业一律不得自行进口属许可证管理的机电产品。1993年7月，省对外经济贸易委员会要求注册资金低于50万美元的外商投资项目在注册资金全部到位前不得安排进口汽车，注册资金50万美元以上的项目按出资进度安排进口汽车数量。外方以人民币出资的，须提供有关部门出具的人民币利润再投资的证明文件，对于不符合规定的一律不安排进口。
1994年11月，省对外经济贸易委员会根据国家税务总局《关于外商投资企业从事来料加工、进料加工及生产、销售国际中标产品税收问题的通知》，作出以下规定：外商投资企业以来料加工、进料加工贸易方式进口的货物，免征进口环节增值税、消费税，货物加工出口后免征加工或委托加工货物及工缴费的增值税、消费税；外商投资企业用进口料件加工成品后不直接出口，而是转让给另一承接进料加工的外商投资企业进行再加工、装配后出口的，免征生产环节增值税、消费税。
1995年6月，对外贸易经济合作部印发《外商投资企业进口管理实施细则》，省对外经济贸易委员会据此制定外商投资企业申请进口配额商品和自动登记商品的具体程序：外商投资企业须向所在地外经贸主管部门或省直有关部门提出书面申请，经其初步审核后报省对外经济贸易委员会审批，凭省对外经济贸易委员会签发的进口配额证明到发证机关办理许可证申领手续。海关凭省对外经济贸易委员会签发的外商投资企业进口自动登记商品登记证明验放进口货物。
1996年5月，根据对外贸易经济合作部《关于外商投资企业进口设备有关问题的通知》精神，省对外经济贸易委员会就加强外商投资企业进口设备、物料管理提出具体要求：1.申请办理进口设备、物料审核手续的外商投资企业必须是1995年9月30日以前依法批准设立的外商投资企业或1995年10月1日以后新批准设立或新增投资的、经对外贸易经济合作部备案审核通过的外商投资企业。2.合规企业在海关办理进口设备、物料审核手续时须持有经省对外经济贸易委员会审核、加盖由对外贸易经济合作部统一刻制的外商投资企业进口审核专用章的外商投资企业进口设备清单审查表和进口设备清单。3.在对外贸易经济合作部备案审核前进口设备已到口岸的企业，仍按原规定程序办理进口审核手续，海关先予办理进口免税手续并放行。审核不合格企业，进口货物已免税的须补交税款。4.1996年4月1日后批准设立的外商投资企业投资项下进口设备、物料不再享受免税优惠。
至1996年6月，全省外商投资农业项目815个，合同外资额近6亿美元。鉴于1995年全省外商投资企业出口农副产品货值7.2亿美元，但外商投资企业的农药、化肥进口未纳入计划管理范围，不能享受进口减免税政策的情况，1996年7月，省对外经济贸易委员会与省计划委员会会商，将外商投资企业进口农药、化肥纳入计划管理范围。
8月，省对外经济贸易委员会就外商投资企业加工贸易业务银行保证金台账审核相关问题作出规定：相关企业合同、章程必须经过履约检查并已换发新的批准证书，加工规模与自身生产能力相符，进口料件数量、金额与返销成品数量、金额相适应；开展属于国家实行出口许可证管理商品的进料加工业务，由省对外经济贸易委员会根据对外贸易经济合作部下达的出口配额数量进行审批；开展“两布”“两纱”等16种商品及糖的来料加工业务，由省对外经济贸易委员会根据对外贸易经济合作部的批件进行审批；开展进口料件为羊毛、天然橡胶、氧化铝的加工业务，一律报省对外经济贸易委员会审批。
第二节 外商投资企业进出口管理
1991—1998年，外商投资企业进出口由外经贸行政部门归口管理。1999—2005年，外商投资企业进出口与内资企业进出口一并纳入海关统计管理，外经贸行政部门不再行使管理职能。
一、外商投资企业出口管理
1991年，山东省对外商投资企业和补偿贸易项目出口实行计划管理，由省对外经济贸易委员会向对外经济贸易部上报年度出口计划，经批准后向各市（地）和省直有关部门下达。当年下达的外商投资企业和补偿贸易项目出口总值计划为3.1亿美元，出口目标为3.6亿美元。其中外商投资企业出口计划为2.5亿美元，出口目标为3亿美元，补偿贸易项目出口计划为6000万美元。对纳入出口计划的项目生产所需原材物料、水、电、煤、油等确保供应，产品出口享受相关优惠政策。
对列入出口计划的商品实行许可证管理，外商投资企业不得擅自收购产品出口。出口企业凭出口计划和出口合同到市（地）对外经济贸易委员会和省直有关部门申领出口许可证。部分企业须先凭出口合同到省对外经济贸易委员会申领出口许可证发放通知单，而后申领出口许可证。如企业为实现外汇收支平衡而需要收购产品出口，须按对外经济贸易部《关于外商投资企业购买国内产品出口解决外汇收支平衡的办法》等规定报批。
凡申请设立外商投资企业及补偿贸易项目，其产品出口涉及出口许可证的，均须由各市（地）对外经济贸易委员会或省直有关部门于项目立项前向省对外经济贸易委员会提出产品出口许可立项报告，由省对外经济贸易委员会审查并转报对外经济贸易部审批。
省外经贸主管部门开展对外商投资出口创汇企业和先进技术企业（简称“两类企业”）的培育工作，帮助未达标的外商投资出口企业达标，实现出口创汇目标，对外商投资企业出口实行分类指导。凡出口计划在200万美元以上的外商投资企业，由省对外经济贸易委员会负责调度，检查其出口创汇进度；出口计划在200万美元以下的企业，由市（地）外经贸主管部门负责调度，并协调解决生产和出口中遇到的问题。
当年，全省（不含青岛市）批准补偿贸易项目122个，合同工缴费5834万美元，实收工缴费2031万美元，参与企业80家，从业人员5560人，外商投入设备价款188万美元。对外加工主要产品有服装、水产品、机械设备、电子元器件、钢铁等。产品主要返销中国香港、日本、韩国、美国、中国台湾、澳大利亚等国家和地区。
1994年10月，根据财政部、国家税务总局《关于外商投资企业出口货物税收问题的通知》，省对外经济贸易委员会作出规定：外商投资企业生产的货物直接出口的，免征增值税、消费税；外商投资企业生产的货物销售给国内出口企业或委托国内出口企业代理出口的，一律视同内销，照章征收增值税、消费税；外商投资企业生产直接出口的货物，购买国内原材料所负担的进项税额不予退税，也不得从内销货物的销项税额中抵扣，应计入产品成本处理；外商投资企业生产的货物既有出口又有内销的，单独核算出口货物的进项税额；外商投资企业不能自营出口创汇或自营出口额达不到规定要求的，一律不得评为双优企业和出口创汇先进企业。
1995年，省对外经济贸易委员会改变外商投资企业出口许可证管理商品计划下达方式，分上、下半年两期下达，要求各市（地）、省直有关部门于每季度结束后15日内上报该季度计划执行情况。
1997年12月，省对外经济贸易委员会下发通知，对山东省外商投资企业实施《中华人民共和国进出口企业代码管理办法外商投资企业实施细则》提出具体实施意见：1.根据对外贸易经济合作部授权，省对外经济贸易委员会负责全省外商投资企业进出口企业代码的发放、管理工作。2.为方便外商投资企业申领进出口企业代码，省对外经济贸易委员会委托各市（地）对外经济贸易委员会发放、管理本地区投资总额在1000万美元以下的外商投资企业进出口企业代码。3.山东省外商投资企业进出口企业代码的结构为：3700+外商投资企业的全国组织机构代码（青岛市除外）。4.1997年12月31日前依法批准设立的外商投资企业，在1998年1月1日至1998年4月30日期间，经省、市联合年检各部门年检合格后，凭技术监督部门核发的全国组织机构代码，到批准证书发放机关申请换发新版批准证书，同时取得进出口企业代码。5.1998年1月1日起，凡依法新批准设立的外商投资企业，凭企业设立批准证书向技术监督部门申领全国组织机构代码，并据此到批准证书发放机关取得进出口企业代码。6.建立进出口企业代码年审制度。外商投资企业进出口企业代码年审与国务院7部委对外商投资企业的联合年检工作同时进行。
二、外商投资企业进口管理
1991年，山东省对外商投资企业进口实行许可证管理。根据省对外经济贸易委员会的规定，凡审批设立外商投资企业及补偿贸易项目、外国投资者作为投资而进口原材料和零部件，属于实行进口许可证管理的商品，企业凭进口物料清单申领进口许可证；外商投资企业为生产出口产品进口实行进口许可证管理的原材料、零部件，免领进口许可证，由海关进行监管，凭批准成立企业的文件、合同或进出口合同验放。所进口的料件仅限本企业生产自用，不得在国内转让出售。因特殊情况需要转为内销的，须经省对外经济贸易委员会批准，并按国家规定补办进口手续；外商投资企业在所批准的经营范围内，为生产内销产品和开展国内经营业务所需进口的原材料、零部件，属于实行进口许可证管理的商品，凭省对外经济贸易委员会批准确认的企业进口计划，每半年申领一次进口许可证。各市（地）对外经济贸易委员会根据《中外合资、合作企业进口审查须知》、外商投资企业所报进口计划及企业实际生产经营需要，向省对外经济贸易委员会上报所辖企业年度进口计划，由省对外经济贸易委员会审批下达。
同年12月，省对外经济贸易委员会对外商投资企业进口自用轿车作出规定，要求各市（地）根据企业出资情况、筹建进度、生产经营需要、经济效益、出口创汇情况合理编制进口计划，按规定程序办理。为规范进口秩序，自1992年1月1日起，外商投资企业用现汇进口汽车和许可证管理机电产品，一律委托山东省华隆进出口公司办理。
1992年1月，省对外经济贸易委员会对外商投资企业进口废旧金属加工复出口进行规范，规定：对外商投资兴办进口废旧有色金属及含有色金属废料的加工企业加强管理，从严审批；对允许兴办的对废旧金属拆解分拣后深加工的外商投资企业，由市（地）对外经济贸易委员会、省直有关部门向省对外经济贸易委员会提出立项许可报告，经审查后转报对外经济贸易部审批。上报立项许可文件时，须提交项目建议书及同级行业主管部门和环保部门的意见；对已建成的废料加工企业，市（地）对外经济贸易委员会要及时跟踪掌握企业进口废料拆解分拣后的产品出口情况，警示其不得内销或变相内销。
同年7月，省对外经济贸易委员会对外商投资企业进口自用轿车再次作出规定。在供求矛盾突出的情况下，优先照顾大型骨干项目及高创汇、高效益项目的用车指标，一般项目以国产免税车或进口车与国产免税车搭配解决。一般情况下不采取境外投资方以交通工具等国家严格控制进口的许可证管理的机电产品作价出资的方式投资。外商投资企业一律不得自行进口属许可证管理的机电产品。1993年7月，省对外经济贸易委员会要求注册资金低于50万美元的外商投资项目在注册资金全部到位前不得安排进口汽车，注册资金50万美元以上的项目按出资进度安排进口汽车数量。外方以人民币出资的，须提供有关部门出具的人民币利润再投资的证明文件，对于不符合规定的一律不安排进口。
1994年11月，省对外经济贸易委员会根据国家税务总局《关于外商投资企业从事来料加工、进料加工及生产、销售国际中标产品税收问题的通知》，作出以下规定：外商投资企业以来料加工、进料加工贸易方式进口的货物，免征进口环节增值税、消费税，货物加工出口后免征加工或委托加工货物及工缴费的增值税、消费税；外商投资企业用进口料件加工成品后不直接出口，而是转让给另一承接进料加工的外商投资企业进行再加工、装配后出口的，免征生产环节增值税、消费税。
1995年6月，对外贸易经济合作部印发《外商投资企业进口管理实施细则》，省对外经济贸易委员会据此制定外商投资企业申请进口配额商品和自动登记商品的具体程序：外商投资企业须向所在地外经贸主管部门或省直有关部门提出书面申请，经其初步审核后报省对外经济贸易委员会审批，凭省对外经济贸易委员会签发的进口配额证明到发证机关办理许可证申领手续。海关凭省对外经济贸易委员会签发的外商投资企业进口自动登记商品登记证明验放进口货物。
1996年5月，根据对外贸易经济合作部《关于外商投资企业进口设备有关问题的通知》精神，省对外经济贸易委员会就加强外商投资企业进口设备、物料管理提出具体要求：1.申请办理进口设备、物料审核手续的外商投资企业必须是1995年9月30日以前依法批准设立的外商投资企业或1995年10月1日以后新批准设立或新增投资的、经对外贸易经济合作部备案审核通过的外商投资企业。2.合规企业在海关办理进口设备、物料审核手续时须持有经省对外经济贸易委员会审核、加盖由对外贸易经济合作部统一刻制的外商投资企业进口审核专用章的外商投资企业进口设备清单审查表和进口设备清单。3.在对外贸易经济合作部备案审核前进口设备已到口岸的企业，仍按原规定程序办理进口审核手续，海关先予办理进口免税手续并放行。审核不合格企业，进口货物已免税的须补交税款。4.1996年4月1日后批准设立的外商投资企业投资项下进口设备、物料不再享受免税优惠。
至1996年6月，全省外商投资农业项目815个，合同外资额近6亿美元。鉴于1995年全省外商投资企业出口农副产品货值7.2亿美元，但外商投资企业的农药、化肥进口未纳入计划管理范围，不能享受进口减免税政策的情况，1996年7月，省对外经济贸易委员会与省计划委员会会商，将外商投资企业进口农药、化肥纳入计划管理范围。
8月，省对外经济贸易委员会就外商投资企业加工贸易业务银行保证金台账审核相关问题作出规定：相关企业合同、章程必须经过履约检查并已换发新的批准证书，加工规模与自身生产能力相符，进口料件数量、金额与返销成品数量、金额相适应；开展属于国家实行出口许可证管理商品的进料加工业务，由省对外经济贸易委员会根据对外贸易经济合作部下达的出口配额数量进行审批；开展“两布”“两纱”等16种商品及糖的来料加工业务，由省对外经济贸易委员会根据对外贸易经济合作部的批件进行审批；开展进口料件为羊毛、天然橡胶、氧化铝的加工业务，一律报省对外经济贸易委员会审批。