1991—1999年，山东省加工贸易审批管理一直执行国家相关政策。1999年，国务院办公厅转发国家经济贸易委员会等部门《关于进一步完善加工贸易银行保证金台账制度意见的通知》，对外贸易经济合作部印发《加工贸易审批管理暂行办法》。2000年1月，省对外经济贸易委员会据此制定《山东省加工贸易审批管理实施办法》，就全省加工贸易审批管理作出具体规定：
对加工贸易实行按商品分类管理。加工贸易商品分为禁止类、限制类和允许类。禁止类是指国家规定禁止进口的商品以及海关无法实行保税监管的商品；限制类是指进口料件属国内外差价大且海关不易监管的敏感商品；允许类是指除禁止类和限制类以外的其他商品。加工贸易分类管理商品目录实行动态管理，适时调整。
对加工贸易企业实行分类管理。为便利企业货物的合法进出口、促进企业自律守法、有效实施海关监管，根据企业经营规模、经营管理状况、报关情况、遵守海关法律法规情况等情形，将加工贸易企业分为A、B、C、D四类。企业分类名单实行动态管理，适时调整。对四类企业开展加工贸易实行不同的管理方法：AA类企业开展加工贸易不实行银行保证金台账制度，A类企业实行保证金台账“空转”；B类企业除开展限制类商品的加工贸易外，继续实行银行保证金台账“空转”制度；C类企业实行银行保证金台账“实转”；D类企业不具有加工贸易经营权。
审批机关及分级审批。1.审批机关。省对外经济贸易委员会授权各市对外经济贸易委员会和部分国家级经济技术开发区、高新技术开发区（简称加工贸易审批机关）审批管理本地区、本区域的加工贸易业务，并根据实际需要，经市对外经济贸易委员会同意，报省对外经济贸易委员会批准，授予符合条件的县（市）及省级经济开发区加工贸易审批权。2.分级审批。经营单位开展加工贸易必须事先报外经贸主管部门审批。除国家禁止开展加工贸易的商品外，按商品类别实行分级管理、分级审批。凡是开展进口原料属于国家对加工贸易进口实行总量平衡管理的棉花、原油、成品油以及限制类商品管理的羊毛、食糖、植物油、天然橡胶、钢材、聚酯切片的加工贸易业务的，各级外经贸公司、自营进出口生产企业和外商投资企业均须报省对外经济贸易委员会审批；开展其他商品的加工贸易业务的，省直企业报省对外经济贸易委员会审批，市、县企业报所在市外经贸主管部门或经授权的国家级经济技术开发区、高新技术开发区及省级开发区审批。
加工贸易审批事项。1.申报文件。经营单位申请开展加工贸易业务时必须提交以下文件材料：经营单位进出口经营权批准文件，经营单位备案信息表，营业执照复印件，加工企业注册市县级以上外经贸主管部门出具的加工贸易加工企业生产能力证明、加工企业备案信息表，加工贸易业务批准证申请表，经营单位对外签订的进出口合同或来料加工合同，经营单位与加工企业签订的加工协议，国家环境保护局出具的料件进口批准文件（仅限进口料件属于废旧金属或物品的加工贸易业务），易制毒化学品、军民通用化学品料件进口或制成品出口批准文件（仅限易制毒化学品、军民通用化学品加工贸易）。2.重点审核事项。加工贸易审批机关对企业申报材料审核无误后签发《加工贸易业务批准证》，并在《加工贸易业务批准证》《进口料件申请备案清单》《出口制成品及对应进口料件消耗备案清单》上加盖加工贸易业务审批专用章，交申请单位凭以向海关办理合同登记备案手续。加工贸易审批机关应重点审核以下事项：（1）加工企业生产能力。加工贸易审批机关必须认真审核《加工贸易加工企业生产能力证明》，严禁“三无企业”开展加工贸易业务，防止不法企业以加工贸易名义从事走私违法活动。《加工贸易加工企业生产能力证明》的有效期为1年。（2）单耗。加工贸易审批机关必须严格按照海关总署、国家经济贸易委员会会同国家有关工业局制定并分批公布的全国统一的单耗标准进行审批。对尚无全国统一单耗标准的，审批机关要严格审核企业所申报的单耗，征求行业主管部门和海关的意见后予以审批。（3）返销期限。《加工贸易业务批准证》上规定的出口制成品返销期限原则上按企业出口合同有效期审批，一般不得超过1年，其中棉花、羊毛、食糖、植物油以及天然橡胶加工贸易的制成品返销期限原则上不得超过6个月。（4）加工贸易项下外商提供不作价进口设备。指与加工贸易经营单位开展加工贸易的外商以免费即不需经营单位付汇进口也无须用加工费或差价偿还方式向经营单位提供的加工生产设备。经营单位进口不作价设备，须在加工贸易合同中标明。审批机关在审批加工贸易合同时应一并办理进口不作价设备审批，免税不作价设备监管期限为5年，经营单位因故终止或解除合同，须经原审批机关和海关批准后方可将设备退运出境，或按设备使用年限折旧后缴纳关税和进口环节增值税并按有关规定补证。（5）实转。对B类企业开展限制类商品的加工贸易和C类企业开展加工贸易实行银行保证金台账“实转”管理。审批机关在审批时应认真审核加工贸易进口商品和企业类别，对B类企业开展限制类商品的加工贸易或C类企业开展的加工贸易，应在《加工贸易业务批准证》备注栏内加注“实转”字样。（6）配额许可证管理。加工贸易进口料件原则上不实行配额许可证管理，但国家另有规定的除外。根据国家有关规定，自1999年10月1日起，对开展以羊毛、食糖、植物油以及天然橡胶为原料的加工贸易业务暂停进口配额和进口许可证管理，列入加工贸易进口限制类商品目录，实行银行保证金台账“实转”。3.加工贸易合同的变更、延期及撤销。经营单位必须按《加工贸易业务批准证》规定的内容进料、按规定的期限加工返销制成品并办理出口核销手续，如因客观原因确需变更部分内容、延长制成品返销期限或者撤销合同的，须在《加工贸易业务批准证》规定的期限内报原审批机关批准，并凭审批机关出具的变更证明到海关办理变更、延期及撤销相关手续，合同延期一般不得超过两次，每次延长期限一般不得超过6个月。经营单位办理合同变更、延期或撤销手续时，须提供原《加工贸易业务批准证》及《加工贸易业务批准证变更申请表》。涉及进口料件申请备案清单、出口制成品及对应进口料件消耗备案清单、加工企业变更的，还须相应提供变更合同或变更协议、备案清单以及生产加工协议等，原审批机关对变更材料审核无误后，出具《加工贸易业务批准证变更证明》。4.内销。加工贸易保税进口料件应全部加工复出口，确有特殊原因需内销的，须经省对外经济贸易委员会批准。对材料齐全且符合对外贸易经济合作部《加工贸易保税进口料件内销审批管理暂行办法》规定的，省对外经济贸易委员会颁发《加工贸易保税进口料件内销批准证》，并标注批准内销的进口料件的商品名称、代码、规格、数量和金额。海关据此对进口料件征收税款并补征税款利息。进口料件属国家实行进口配额许可证管理或登记管理商品的，经营单位须向海关提交一般贸易进口许可证或登记证明。5.统计及跟踪管理。各市（地）外经贸主管部门须逐日将本市（地）加工贸易业务审批情况和到期核销情况通过中国国际电子商务网报省对外经济贸易委员会，以便汇总上报对外贸易经济合作部；加工贸易审批机关要加强对加工贸易核销情况的监督检查和跟踪管理。经营单位应在出口核销后30日内将海关核销通知单报原审批机关核销备案，对逾期不办理核销备案手续的，暂停批准其开展新的加工贸易业务。加工贸易审批机关要加强与海关、税务、银行和外汇管理等部门的沟通联系，加强信息交流与协作，以此加大对加工贸易业务的监管力度。
2000—2005年，全省加工贸易审批一直按照《山东省加工贸易审批管理实施办法》的规定执行。
第三节 加工贸易审批管理
1991—1999年，山东省加工贸易审批管理一直执行国家相关政策。1999年，国务院办公厅转发国家经济贸易委员会等部门《关于进一步完善加工贸易银行保证金台账制度意见的通知》，对外贸易经济合作部印发《加工贸易审批管理暂行办法》。2000年1月，省对外经济贸易委员会据此制定《山东省加工贸易审批管理实施办法》，就全省加工贸易审批管理作出具体规定：
对加工贸易实行按商品分类管理。加工贸易商品分为禁止类、限制类和允许类。禁止类是指国家规定禁止进口的商品以及海关无法实行保税监管的商品；限制类是指进口料件属国内外差价大且海关不易监管的敏感商品；允许类是指除禁止类和限制类以外的其他商品。加工贸易分类管理商品目录实行动态管理，适时调整。
对加工贸易企业实行分类管理。为便利企业货物的合法进出口、促进企业自律守法、有效实施海关监管，根据企业经营规模、经营管理状况、报关情况、遵守海关法律法规情况等情形，将加工贸易企业分为A、B、C、D四类。企业分类名单实行动态管理，适时调整。对四类企业开展加工贸易实行不同的管理方法：AA类企业开展加工贸易不实行银行保证金台账制度，A类企业实行保证金台账“空转”；B类企业除开展限制类商品的加工贸易外，继续实行银行保证金台账“空转”制度；C类企业实行银行保证金台账“实转”；D类企业不具有加工贸易经营权。
审批机关及分级审批。1.审批机关。省对外经济贸易委员会授权各市对外经济贸易委员会和部分国家级经济技术开发区、高新技术开发区（简称加工贸易审批机关）审批管理本地区、本区域的加工贸易业务，并根据实际需要，经市对外经济贸易委员会同意，报省对外经济贸易委员会批准，授予符合条件的县（市）及省级经济开发区加工贸易审批权。2.分级审批。经营单位开展加工贸易必须事先报外经贸主管部门审批。除国家禁止开展加工贸易的商品外，按商品类别实行分级管理、分级审批。凡是开展进口原料属于国家对加工贸易进口实行总量平衡管理的棉花、原油、成品油以及限制类商品管理的羊毛、食糖、植物油、天然橡胶、钢材、聚酯切片的加工贸易业务的，各级外经贸公司、自营进出口生产企业和外商投资企业均须报省对外经济贸易委员会审批；开展其他商品的加工贸易业务的，省直企业报省对外经济贸易委员会审批，市、县企业报所在市外经贸主管部门或经授权的国家级经济技术开发区、高新技术开发区及省级开发区审批。
加工贸易审批事项。1.申报文件。经营单位申请开展加工贸易业务时必须提交以下文件材料：经营单位进出口经营权批准文件，经营单位备案信息表，营业执照复印件，加工企业注册市县级以上外经贸主管部门出具的加工贸易加工企业生产能力证明、加工企业备案信息表，加工贸易业务批准证申请表，经营单位对外签订的进出口合同或来料加工合同，经营单位与加工企业签订的加工协议，国家环境保护局出具的料件进口批准文件（仅限进口料件属于废旧金属或物品的加工贸易业务），易制毒化学品、军民通用化学品料件进口或制成品出口批准文件（仅限易制毒化学品、军民通用化学品加工贸易）。2.重点审核事项。加工贸易审批机关对企业申报材料审核无误后签发《加工贸易业务批准证》，并在《加工贸易业务批准证》《进口料件申请备案清单》《出口制成品及对应进口料件消耗备案清单》上加盖加工贸易业务审批专用章，交申请单位凭以向海关办理合同登记备案手续。加工贸易审批机关应重点审核以下事项：（1）加工企业生产能力。加工贸易审批机关必须认真审核《加工贸易加工企业生产能力证明》，严禁“三无企业”开展加工贸易业务，防止不法企业以加工贸易名义从事走私违法活动。《加工贸易加工企业生产能力证明》的有效期为1年。（2）单耗。加工贸易审批机关必须严格按照海关总署、国家经济贸易委员会会同国家有关工业局制定并分批公布的全国统一的单耗标准进行审批。对尚无全国统一单耗标准的，审批机关要严格审核企业所申报的单耗，征求行业主管部门和海关的意见后予以审批。（3）返销期限。《加工贸易业务批准证》上规定的出口制成品返销期限原则上按企业出口合同有效期审批，一般不得超过1年，其中棉花、羊毛、食糖、植物油以及天然橡胶加工贸易的制成品返销期限原则上不得超过6个月。（4）加工贸易项下外商提供不作价进口设备。指与加工贸易经营单位开展加工贸易的外商以免费即不需经营单位付汇进口也无须用加工费或差价偿还方式向经营单位提供的加工生产设备。经营单位进口不作价设备，须在加工贸易合同中标明。审批机关在审批加工贸易合同时应一并办理进口不作价设备审批，免税不作价设备监管期限为5年，经营单位因故终止或解除合同，须经原审批机关和海关批准后方可将设备退运出境，或按设备使用年限折旧后缴纳关税和进口环节增值税并按有关规定补证。（5）实转。对B类企业开展限制类商品的加工贸易和C类企业开展加工贸易实行银行保证金台账“实转”管理。审批机关在审批时应认真审核加工贸易进口商品和企业类别，对B类企业开展限制类商品的加工贸易或C类企业开展的加工贸易，应在《加工贸易业务批准证》备注栏内加注“实转”字样。（6）配额许可证管理。加工贸易进口料件原则上不实行配额许可证管理，但国家另有规定的除外。根据国家有关规定，自1999年10月1日起，对开展以羊毛、食糖、植物油以及天然橡胶为原料的加工贸易业务暂停进口配额和进口许可证管理，列入加工贸易进口限制类商品目录，实行银行保证金台账“实转”。3.加工贸易合同的变更、延期及撤销。经营单位必须按《加工贸易业务批准证》规定的内容进料、按规定的期限加工返销制成品并办理出口核销手续，如因客观原因确需变更部分内容、延长制成品返销期限或者撤销合同的，须在《加工贸易业务批准证》规定的期限内报原审批机关批准，并凭审批机关出具的变更证明到海关办理变更、延期及撤销相关手续，合同延期一般不得超过两次，每次延长期限一般不得超过6个月。经营单位办理合同变更、延期或撤销手续时，须提供原《加工贸易业务批准证》及《加工贸易业务批准证变更申请表》。涉及进口料件申请备案清单、出口制成品及对应进口料件消耗备案清单、加工企业变更的，还须相应提供变更合同或变更协议、备案清单以及生产加工协议等，原审批机关对变更材料审核无误后，出具《加工贸易业务批准证变更证明》。4.内销。加工贸易保税进口料件应全部加工复出口，确有特殊原因需内销的，须经省对外经济贸易委员会批准。对材料齐全且符合对外贸易经济合作部《加工贸易保税进口料件内销审批管理暂行办法》规定的，省对外经济贸易委员会颁发《加工贸易保税进口料件内销批准证》，并标注批准内销的进口料件的商品名称、代码、规格、数量和金额。海关据此对进口料件征收税款并补征税款利息。进口料件属国家实行进口配额许可证管理或登记管理商品的，经营单位须向海关提交一般贸易进口许可证或登记证明。5.统计及跟踪管理。各市（地）外经贸主管部门须逐日将本市（地）加工贸易业务审批情况和到期核销情况通过中国国际电子商务网报省对外经济贸易委员会，以便汇总上报对外贸易经济合作部；加工贸易审批机关要加强对加工贸易核销情况的监督检查和跟踪管理。经营单位应在出口核销后30日内将海关核销通知单报原审批机关核销备案，对逾期不办理核销备案手续的，暂停批准其开展新的加工贸易业务。加工贸易审批机关要加强与海关、税务、银行和外汇管理等部门的沟通联系，加强信息交流与协作，以此加大对加工贸易业务的监管力度。
2000—2005年，全省加工贸易审批一直按照《山东省加工贸易审批管理实施办法》的规定执行。