1991年—2005年，山东省根据国家税务局、对外经济贸易部、海关总署《出口产品退税审批管理办法》要求，规定：负责出口退税审核批准的部门是市县级以上税务机关。已经办理出口企业退税登记的企业，可在完成出口后填具《出口产品退税鉴定表》《出口产品退税申请表》，并凭盖有海关验讫章的《出口货物报关单》原件和出口销售发票等文件，向税务机关申请退税。税务机关对企业按期办理退税后，于每季度末对所退全部款项进行复查，并在年度终了后3个月内对出口企业上年出口产品的数量、种类、金额、税率、费用扣除和退税额进行一次全面清算，多退的收回，少退的补足。清算后，税务机关不再受理企业提出的上年度出口退税申请。
一、出口退税政策
20世纪90年代初期，国家为鼓励出口，制定的出口退税率较高，最高为17%，最低为13%。随着出口规模的不断扩大，国家退税资金负担越来越重。为减轻这一负担，1991年1月，国家税务局、对外经济贸易部、海关总署、财政部、中国人民银行、国家外汇管理局联合下发《关于加强出口产品退税管理的联合通知》，规定出口退税实行与出口企业出口创汇任务、上缴中央外汇任务挂钩的办法。2月，国务院办公厅下发《关于实行出口产品退税由中央财政和地方财政共同负担的通知》，规定除中央各部门所属各类外贸企业出口产品的退税资金继续全部由中央财政负担外，地方各类外贸企业出口产品的退税资金一律由中央财政负担80%、地方财政负担20%。考虑到当时地方财政的实际情况，1991年地方各类外贸企业出口产品的退税资金暂由中央财政负担90%、地方财政负担10%。1992年起，中央财政负担80%，地方财政负担20%。1991—1993年，山东省出口企业获得的出口退税额分别为11.9亿元、15.3亿元和16.8亿元，对资金周转起了很大的缓解作用，推动了出口规模的不断扩大。
1994年1月，国家进行税制改革，出口退税税种取消产品税、营业税，简化为增值税和消费税两种。1995年4月，国务院办公会议决定自7月1日起调整出口退税政策，降低出口货物的退税税率，具体是：农产品、煤炭由13%调整为3%；以农产品为原料加工生产的工业品和适用13%增值税税率的其他货物，退税率调整为10%；适用17%增值税税率的其他货物，退税率调整为14%。将出口退税与结汇挂钩，即出口企业申请退税必须附送办完核销手续的《出口收汇核销单》。出口退税政策调整后，山东省外贸出口退税金额大幅度下降，全年减退10多亿元；出口企业换汇成本上升、经营效益下降，农产品、煤炭出口企业受到较大影响；出口企业资金紧张的局面进一步加剧；退税缺口加大。
1996年1月，国家再次下调出口退税率。调整后的退税率为：煤炭、农产品3%，以农产品为原料加工的工业制成品和按10%的税率征收增值税的其他货物为6%，按14%的税率征收增值税的其他货物为9%。两次退税率调整使山东省出口商品退税率降低48.7%，每美元平均退税额由1.14元降至0.55元。按1996年全省含税商品出口50亿美元计算，两次调减出口退税率共减少退税额29.5亿元。
1997年，亚洲金融危机爆发。为减轻企业负担、支持外贸出口，国家税务总局1997年、1998年连续下发关于做好出口退税工作的通知，对加快退税进度和年度清算、建立退税通报制度提出要求。1997年2月，国务院下发《关于对生产企业自营出口或委托代理出口货物实行“免、抵、退”税办法的通知》，对有进出口经营权的各类生产企业自营出口或委托外贸企业代理出口的货物一律实行“免、抵、退”税的办法。免税是指对生产企业自营出口或委托外贸企业代理出口的货物免收本企业生产销售环节增值税；抵税是指生产企业自营出口或委托外贸企业代理出口的货物应予免征或退还的所耗用原材料、零部件等已纳税款抵顶内销货物的应纳税款；退税是指生产企业自营出口或委托外贸企业代理出口的货物占本企业当期全部货物销售额50%以上的，在一个季度内，因应抵顶的税额大于应纳税额而未抵顶完时，经主管出口退税的税务机关批准，对未抵顶完的税额部分予以退税。该通知同时规定，对1993年12月31日以前批准设立的外商投资企业出口货物实行免税的办法继续执行到1998年12月31日，期满后也实行“免、抵、退”税的办法。
为进一步加快高科技、高技术含量、高附加值的机电产品出口，改善出口商品结构，1998年2月，省对外经济贸易委员会向省政府建议，对大型骨干机电产品和成套设备出口进行重点支持，按17%出口退税率差额补贴办法对电信设备及器材、机械、家用电器、船舶、汽车、工农具、小五金7类出口过亿美元的重点机电产品予以扶持。6月，省对外经济贸易委员会向对外贸易经济合作部和国家税务总局建议，鉴于山东肉鸡出口严重受阻，不应把肉鸡作为初级农产品对待，而应将其视为深加工产品，将退税率从3%提高到6%或9%，同时建议将花生制品的退税率从6%提高到9%。
2003年10月13日，国务院印发《关于改革现行出口退税机制的决定》，明确了改革的具体内容：1.适当降低出口退税率。对国家鼓励出口产品不降或少降，对一般性出口产品适当降低，对国家限制出口产品和一些资源性产品多降或取消退税。2.加大中央财政对出口退税的支持力度。从2003年起，中央进口环节增值税、消费税收入增量首先用于出口退税。3.建立中央和地方共同负担出口退税的新机制。从2004年起，以2003年出口退税实退指标为基数，对超基数部分的应退税额，由中央和地方按75：25的比例共同负担。4.推进外贸体制改革，调整出口产品结构。5.累计欠退税由中央财政负担。对截至2003年底累计拖欠企业的出口退税款和按增值税分享体制影响地方的财政收入，全部由中央财政负担。其中，对欠企业的出口退税款，中央财政从2004年起采取全额贴息等办法予以解决。
2005年8月，国务院下发《关于完善中央与地方出口退税负担机制的通知》，规定自2005年1月1日起调整中央与地方出口退税分担比例，国务院批准核定的各地出口退税基数不变，超基数部分中央与地方按照92.5：7.5的比例共同负担；规范地方出口退税分担办法，各省（自治区、直辖市）根据实际情况，自行制定省以下出口退税分担办法，但不得将出口退税负担分解到乡镇和企业，不得采取限制外购产品出口等干预外贸正常发展的措施，所属市、县出口退税负担不均衡等问题，由省级财政统筹解决；改进出口退税退库方式，出口退税改由中央统一退库，相应取消中央对地方的出口退税基数返还，地方负担部分年终专项上解。
二、税贸协作
山东省出口退税工作由县级以上税务（国税）机关负责审核批准。为督促指导出口企业加快退税进度、提高退税效率，省税务局（省国家税务局）、省对外经贸主管部门、省财政厅和相关金融机构建立税贸协作机制，协调解决出口退税过程中的相关问题，联合开展工作调研，研究相关对策。
2001年9月，省政府办公厅下发《关于做好出口退税账户托管贷款工作的通知》，要求各商业银行进一步加大力度，积极开展出口退税账户托管贷款业务。各级税务部门要积极为企业提供内容真实、准确的证明材料。各级外经贸部门要进一步加强对出口退税账户托管贷款工作的协调。要进一步加强税贸、银贸协作，通过建立联席会议制度等多种方式，及时沟通有关情况，协调有关部门为企业提供方便快捷的服务。
2003年防治非典期间，省对外贸易经济合作厅、省国家税务局下发《关于加强税贸合作克服“非典”疫情对外贸影响的通知》，要求各市对外贸易经济合作局、市国家税务局进一步加强情况沟通、密切部门合作，努力克服非典造成的滞后影响，创造良好的经贸环境。各市对外贸易经济合作局及时向市国家税务局通报反映本地出口及出口退税需求情况，切实督促出口企业加快退税单证的收集，督促出口企业及时申报退税材料，减少资金占压。各市国家税务局积极开展出口退税工作，在退税单证真实齐全、相关电子信息核对无误的情况下加快出口退税进度，将退税指标及时退付给出口企业。
中央与地方出口退税分担机制建立以后，随着出口规模的扩大，山东省各级财政所负担的退税额越来越多，造成了沉重的负担。2003年全省实现出口265.7亿美元，应退税额122亿元。当年退税机制改革后，山东省总和出口退税率由以往的13.8%下调至11.72%，降低了2.08个百分点。经财政部核定，山东省（不含青岛市）出口退税基数为70.37亿元，超基数部分为51.63亿元。
2004年，山东省出口计划目标为300亿美元，预计增长12%，实际完成358.7亿美元，增长35%。当年全省预计应退税额125亿元，超基数退税54亿元，省及省以下财政负担13.5亿元。由于出口增幅超出预期，2004年全省出口退税额达到228.8亿元，省及省以下退税负担达到几十亿元。
外贸出口的快速增长，造成很大的退税缺口。省内各市财政状况不一，出口退税兑现率也不尽相同。2004年，淄博、东营、泰安、威海、莱芜、临沂、聊城、济宁、烟台市所承担的25%的退税额全数兑现，日照、德州、菏泽市兑现率则低于30%。
2004年7月，省对外贸易经济合作厅、省财政厅、省国家税务局联合下发通知，推出以下措施：1.确保出口退税资金需要。中央财政安排的出口退税基数返还资金，各级财政要全额用于出口退税；中央财政返还的以前年度免抵未调库资金，应确保专项用于出口退税；各市要本着积极稳妥的原则，足额安排地方需要的新增出口退税资金；省、市财政要密切关注市、县出口退税进展情况，及时调度资金，确保出口退税工作的顺利进行。2.健全出口退税工作协调机制。财政、国税与外经贸主管部门加强衔接、配合。外经贸部门密切关注和随时通报外贸出口情况，督促企业及时办理出口退税；国税部门进一步加快退税进度，根据有关信息测算出口货物应退税额，并将测算结果及时通知各级负担出口退税的财政部门；财政部门要根据税务部门提供的测算情况，提前足额安排退税资金。3.大力发展加工贸易。加工贸易涉及的退税额相对较少，扩大加工贸易出口可减轻因出口退税率下调而增加的成本负担和地方财政压力。4.尽快明确省级驻青岛外经贸企业的退税问题。省级外经贸企业2003年出口32.4亿美元，占全省出口总额的12.3%。由于担心外购货源出口退税超基数部分难以兑现，加之退税率下调后致使利润水平降低，很多企业停止承接盈利空间较小的出口订单，导致出口明显下滑。必须尽快明确这些企业的超基数出口退税问题，鼓励企业扩大出口。
1991—2005年山东省出口退税情况一览表
表1-2
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┃ 年份 │ 退税额(万元) │ 年份 │ 退税额(万元) ┃
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┃ 1991 │ 119098 │ 1999 │ 436811 ┃
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┃ 1992 │ 153124 │ 2000 │ 565901 ┃
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┃ 1993 │ 168267 │ 2001 │ 675638 ┃
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┃ 1994 │ 254511 │ 2002 │ 531036 ┃
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┃ 1995 │ 279008 │ 2003 │ 1060915 ┃
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┃ 1996 │ 477764 │ 2004 │ 2288498 ┃
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┃ 1997 │ 225457 │ 2005 │ 1457362 ┃
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┃ 1998 │ 266153 │ │ ┃
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