农村结算方式主要有付款委托书结算和农村限额结算等。1989年，新《银行结算办法》推广使用收购农副产品定额支票。1990年，中国人民银行印发《农村信用社管理暂行规定》，规定农村信用社执行统一的结算规章制度，大中城市郊区及城镇的农村信用社，经当地批准可以参加同城票据交换；县（市）联社可以自办辖内的信用社往来结算业务；县联社与县联社之间，可以开展特约汇兑；县联社可与国家专业银行之间商定，参加其联行，办理跨地区结算业务。
1991年，中国农业银行制定《农村信用社管理暂行规定实施细则》，规定县联社在自办县辖往来结算的基础上，跨县的结算可以与人民银行、农业银行商定参加其联行；相邻或相近的县联社，根据需要，也可试办区域性的往来结算。
1993年5月，中国人民银行、中国工商银行、中国农业银行、中国银行联合印发《主要农副产品收购资金专户管理实施办法》，规定收购农副产品的企业只能在一家专业银行开户并设立收购专户，专业银行必须在人民银行设立专户，付款企业开户银行要保证所有货款通过联行专项汇款，农副产品销货款回笼后，资金必须保留在专业银行的存款账户上。
1994年，人民银行山东省分行与农业银行山东省分行商定，允许县农村信用社办理结算业务，可在人民银行开立清算账户，专门用于同城票据清算；在有条件的县，可由人民银行支行帮助联社试办县辖往来，解决县辖范围内结算资金的清算，并选择部分县联社试办代签人民银行汇票业务，解决异地结算问题。
1995年3月31日，根据中国农业发展银行、中国农业银行签订的委托代理业务协议书，农业银行基层行普遍设立代理业务专柜，实行专人、专户、专款、专账管理。根据国务院规定，承担收购、调拨、储备等政策性业务的粮棉油企业，只能在中国农业发展银行一家银行开户，清理收购企业多头开户。粮棉油收购企业的还款结算按照中国人民银行要求，任何单位（包括收购部门的经营性业务）用粮用棉，必须做到钱货两清，现款结算。
1996年10月，国务院批转中国人民银行《关于粮棉油政策性收购资金供应和管理规定》，对粮棉油政策性收购资金实行专户管理、调销货款的回笼和结算等作出明确规定，结算业务代理更加完善。至年底，全省有131家城乡信用社加入特约联行系统，初步改变了农村信用社与农业银行脱钩后资金清算渠道不畅的问题。
1997年，全省电子汇兑系统开通，农村信用社可以自主办理信汇和电汇业务，但每县只有县联社营业部一个通汇点，基层农村信用社办理业务仍不方便。经向中国人民银行申请，省外结算业务频繁的济南、青岛、烟台、潍坊、临沂等市的部分市县联社，可参加全国农村信用社特约汇兑结算。中国农业发展银行山东省分行开通全国联行业务，疏通结算渠道，安装计算机联行对账系统，开办结算业务。
1998年，中国农业发展银行先后下发《关于加强粮棉油收购资金管理坚决制止收购资金被挤占挪用的通知》和《粮棉油贷款与库存值挂钩、封闭运行管理办法》，规定凡在中国农业发展银行系统内开户的收购企业之间的粮棉油调销，一律实行银行汇票和银行承兑汇票结算方式；在与中国农业发展银行系统外开户的企业发生调销业务时，除用银行承兑汇票结算方式外，必须严格坚持“钱货两清”结算原则；对采取银行承兑汇票结算的，在企业核对承兑汇票真实无误并将汇票交给开户银行保管后，才可允许商品出库。农业发展银行还规定凡粮棉油收储企业必须在中国农业发展银行开设基本账户，粮棉油回笼销售货款（包括现金收入），必须全额存入企业在中国农业发展银行开设的基本存款账户。中国人民银行决定原则上以县（市）农村信用社联社作为电子联行的入网通汇点，通过电子联行办理异地贷记支付业务的资金汇划，其辖区内农村信用社跨县（市）贷记支付业务，由该联社通过电子联行办理。全省132家农村信用社入网。农村信用社贯彻中国人民银行《农村信用社改进和加强支农服务十条意见》，不断完善结算服务功能，积极开展代收税款、水电费、行政罚没款项、代理保险和代理中国农业发展银行业务等中间业务。经人民银行山东省分行批准，全省农村信用社开办省辖汇票业务，增加结算类型，同时加快电子化建设步伐，提高计算机网点覆盖率，有的市、县开通同城通存通兑业务。
1999年，中国农业发展银行山东省分行继续推行粮油收购“五联结算单”，根据企业收购进度，及时核打码单，据实发放贷款，监督企业支付，确保“收多少粮，给多少钱”的政策落到实处，同时严格监督“户交户结”政策的落实。同年，山东省农村信用社加强对省辖电子汇兑系统的管理，保证正常运行，完成农村信用社全国特约汇兑系统应用软件升级。23个县联社建成计算机网络系统，实现辖区内通存通兑。北京市农村信用社营业部特约汇兑中心开通全国农村信用社特约电子汇兑往来业务，山东省内有38家农村信用社联社首批开通该系统。
2000年，中国农业发展银行山东省分行收购资金结算管理推行“少实汇、多转账”原则，除收购资金调拨通过人民银行实汇资金外，其他资金均通过系统内联行办理。联行汇差的清算及系统内借款利息的上缴，采取与系统内借款对转方式办理；同时加强粮油企业开户监管，严禁多头开户，建立台账，方便对国有粮食购销企业库存和销售情况进行及时准确的反映。全省132家信用社使用特约联行汇兑清算系统办理省内异地资金汇划业务和特约银行汇票业务，通汇点覆盖到基层信用社，解决了信用社签发省辖银行汇票的问题，并与商业银行和住房银行实现通汇。山东省农村信用社还与有关单位共同研发出新一代农村信用社计算机综合业务网络系统应用软件，并在东营市农村信用社网络系统成功运行，该系统不仅能处理传统业务，还能处理各种中间业务和自动收付款、自助银行等现代银行业务。并在东营市农村信用社进行信通卡、ATM机、POS机、电话银行及无人自助银行的测试工作，向社会发放4万多张信通卡，并在部分储蓄网点安装ATM机，在部分商店、酒店安装POS机。
2001年，山东省农村信用社在10个市建成计算机网络系统，64%的营业网点入网运行。现代化支付系统把农村信用社电子汇兑纳入建设规划，比照商业银行与支付系统连接方式处理。4月，全省第二批508家农村信用社加入山东特约联行汇兑清算系统，并正式开通入网，山东省农村信用社电子汇兑系统停止运行。
2002年，东营、潍坊、青岛等市农村信用社发行或代理发行信通卡，并加入全国银联系统。各地农村信用社依托综合业务网络系统大力开拓中间业务，品种达13种69项，银行卡发卡量70万张。
2003年4月1日，中国农业发展银行山东省分行正式开通运行大额支付系统。山东省农村信用社联社建成计算机网络中心，在全国农村信用社系统率先实现全省范围内计算机综合业务系统的联网通用。至年底，全省农村信用社电子化营业网点网络覆盖率达到100%。各农村信用社开办中间业务13种82项，主要是代收付业务。
2004年，山东省农村信用社实现与现代化支付系统的连接，实现全省储蓄通存通兑，不仅满足城乡居民异地存取款的需求，而且为农民跨地区经营提供结算方便。
2005年1月，山东省农村信用社网内联行开通，并在首批151个网点正式推广应用，实现全省系统内结算渠道畅通，同时取消山东特约联行汇兑清算系统。3月，全省农村信用社首批178个入网机构顺利接入大额支付系统，打通省辖及跨行汇兑、委托收款（划回）、托收承付（划回）、同业拆借及货币市场债券买卖、质押融资等业务的渠道，较好地解决了农村结算渠道不畅、农村信用社结算服务功能不全的问题。
第三节 农村结算方式
农村结算方式主要有付款委托书结算和农村限额结算等。1989年，新《银行结算办法》推广使用收购农副产品定额支票。1990年，中国人民银行印发《农村信用社管理暂行规定》，规定农村信用社执行统一的结算规章制度，大中城市郊区及城镇的农村信用社，经当地批准可以参加同城票据交换；县（市）联社可以自办辖内的信用社往来结算业务；县联社与县联社之间，可以开展特约汇兑；县联社可与国家专业银行之间商定，参加其联行，办理跨地区结算业务。
1991年，中国农业银行制定《农村信用社管理暂行规定实施细则》，规定县联社在自办县辖往来结算的基础上，跨县的结算可以与人民银行、农业银行商定参加其联行；相邻或相近的县联社，根据需要，也可试办区域性的往来结算。
1993年5月，中国人民银行、中国工商银行、中国农业银行、中国银行联合印发《主要农副产品收购资金专户管理实施办法》，规定收购农副产品的企业只能在一家专业银行开户并设立收购专户，专业银行必须在人民银行设立专户，付款企业开户银行要保证所有货款通过联行专项汇款，农副产品销货款回笼后，资金必须保留在专业银行的存款账户上。
1994年，人民银行山东省分行与农业银行山东省分行商定，允许县农村信用社办理结算业务，可在人民银行开立清算账户，专门用于同城票据清算；在有条件的县，可由人民银行支行帮助联社试办县辖往来，解决县辖范围内结算资金的清算，并选择部分县联社试办代签人民银行汇票业务，解决异地结算问题。
1995年3月31日，根据中国农业发展银行、中国农业银行签订的委托代理业务协议书，农业银行基层行普遍设立代理业务专柜，实行专人、专户、专款、专账管理。根据国务院规定，承担收购、调拨、储备等政策性业务的粮棉油企业，只能在中国农业发展银行一家银行开户，清理收购企业多头开户。粮棉油收购企业的还款结算按照中国人民银行要求，任何单位（包括收购部门的经营性业务）用粮用棉，必须做到钱货两清，现款结算。
1996年10月，国务院批转中国人民银行《关于粮棉油政策性收购资金供应和管理规定》，对粮棉油政策性收购资金实行专户管理、调销货款的回笼和结算等作出明确规定，结算业务代理更加完善。至年底，全省有131家城乡信用社加入特约联行系统，初步改变了农村信用社与农业银行脱钩后资金清算渠道不畅的问题。
1997年，全省电子汇兑系统开通，农村信用社可以自主办理信汇和电汇业务，但每县只有县联社营业部一个通汇点，基层农村信用社办理业务仍不方便。经向中国人民银行申请，省外结算业务频繁的济南、青岛、烟台、潍坊、临沂等市的部分市县联社，可参加全国农村信用社特约汇兑结算。中国农业发展银行山东省分行开通全国联行业务，疏通结算渠道，安装计算机联行对账系统，开办结算业务。
1998年，中国农业发展银行先后下发《关于加强粮棉油收购资金管理坚决制止收购资金被挤占挪用的通知》和《粮棉油贷款与库存值挂钩、封闭运行管理办法》，规定凡在中国农业发展银行系统内开户的收购企业之间的粮棉油调销，一律实行银行汇票和银行承兑汇票结算方式；在与中国农业发展银行系统外开户的企业发生调销业务时，除用银行承兑汇票结算方式外，必须严格坚持“钱货两清”结算原则；对采取银行承兑汇票结算的，在企业核对承兑汇票真实无误并将汇票交给开户银行保管后，才可允许商品出库。农业发展银行还规定凡粮棉油收储企业必须在中国农业发展银行开设基本账户，粮棉油回笼销售货款（包括现金收入），必须全额存入企业在中国农业发展银行开设的基本存款账户。中国人民银行决定原则上以县（市）农村信用社联社作为电子联行的入网通汇点，通过电子联行办理异地贷记支付业务的资金汇划，其辖区内农村信用社跨县（市）贷记支付业务，由该联社通过电子联行办理。全省132家农村信用社入网。农村信用社贯彻中国人民银行《农村信用社改进和加强支农服务十条意见》，不断完善结算服务功能，积极开展代收税款、水电费、行政罚没款项、代理保险和代理中国农业发展银行业务等中间业务。经人民银行山东省分行批准，全省农村信用社开办省辖汇票业务，增加结算类型，同时加快电子化建设步伐，提高计算机网点覆盖率，有的市、县开通同城通存通兑业务。
1999年，中国农业发展银行山东省分行继续推行粮油收购“五联结算单”，根据企业收购进度，及时核打码单，据实发放贷款，监督企业支付，确保“收多少粮，给多少钱”的政策落到实处，同时严格监督“户交户结”政策的落实。同年，山东省农村信用社加强对省辖电子汇兑系统的管理，保证正常运行，完成农村信用社全国特约汇兑系统应用软件升级。23个县联社建成计算机网络系统，实现辖区内通存通兑。北京市农村信用社营业部特约汇兑中心开通全国农村信用社特约电子汇兑往来业务，山东省内有38家农村信用社联社首批开通该系统。
2000年，中国农业发展银行山东省分行收购资金结算管理推行“少实汇、多转账”原则，除收购资金调拨通过人民银行实汇资金外，其他资金均通过系统内联行办理。联行汇差的清算及系统内借款利息的上缴，采取与系统内借款对转方式办理；同时加强粮油企业开户监管，严禁多头开户，建立台账，方便对国有粮食购销企业库存和销售情况进行及时准确的反映。全省132家信用社使用特约联行汇兑清算系统办理省内异地资金汇划业务和特约银行汇票业务，通汇点覆盖到基层信用社，解决了信用社签发省辖银行汇票的问题，并与商业银行和住房银行实现通汇。山东省农村信用社还与有关单位共同研发出新一代农村信用社计算机综合业务网络系统应用软件，并在东营市农村信用社网络系统成功运行，该系统不仅能处理传统业务，还能处理各种中间业务和自动收付款、自助银行等现代银行业务。并在东营市农村信用社进行信通卡、ATM机、POS机、电话银行及无人自助银行的测试工作，向社会发放4万多张信通卡，并在部分储蓄网点安装ATM机，在部分商店、酒店安装POS机。
2001年，山东省农村信用社在10个市建成计算机网络系统，64%的营业网点入网运行。现代化支付系统把农村信用社电子汇兑纳入建设规划，比照商业银行与支付系统连接方式处理。4月，全省第二批508家农村信用社加入山东特约联行汇兑清算系统，并正式开通入网，山东省农村信用社电子汇兑系统停止运行。
2002年，东营、潍坊、青岛等市农村信用社发行或代理发行信通卡，并加入全国银联系统。各地农村信用社依托综合业务网络系统大力开拓中间业务，品种达13种69项，银行卡发卡量70万张。
2003年4月1日，中国农业发展银行山东省分行正式开通运行大额支付系统。山东省农村信用社联社建成计算机网络中心，在全国农村信用社系统率先实现全省范围内计算机综合业务系统的联网通用。至年底，全省农村信用社电子化营业网点网络覆盖率达到100%。各农村信用社开办中间业务13种82项，主要是代收付业务。
2004年，山东省农村信用社实现与现代化支付系统的连接，实现全省储蓄通存通兑，不仅满足城乡居民异地存取款的需求，而且为农民跨地区经营提供结算方便。
2005年1月，山东省农村信用社网内联行开通，并在首批151个网点正式推广应用，实现全省系统内结算渠道畅通，同时取消山东特约联行汇兑清算系统。3月，全省农村信用社首批178个入网机构顺利接入大额支付系统，打通省辖及跨行汇兑、委托收款（划回）、托收承付（划回）、同业拆借及货币市场债券买卖、质押融资等业务的渠道，较好地解决了农村结算渠道不畅、农村信用社结算服务功能不全的问题。