1991年，全省农村信用合作社继续与农业银行营业所（办事处）合署办公。绝大多数农村信用社的设置实行“一乡（镇）一社”，分支机构为分社、储蓄所，代办机构为信用站。农村信用社是独立企业法人，分支机构和代办机构不具备法人资格。农村信用社县联社仍与农业银行信用合作科合署办公，其管理职能由农业银行县支行信用合作科承担，行长兼任联社主任。各市（地）农业银行、省农业银行相应设有信用合作科（处），具体负责农村信用社的日常管理事务。
1994年3月，全省各级农业银行、农村信用社开始营业所（办事处）分门办公工作。行、社财产所有权，以1993年决算为准，1994年新构建部分，按“谁投资、归谁所有”界定确认；行、社人员以1993年底在册人数为准，分别使用和管理；行、社的债权债务维持现状，不得乱冲乱转。在全省完成农村信用社分门办公工作后，各县随即转入组建县联社的工作。县联社是基层农村信用社的联合经济管理组织，职能是管理、监督、协调、服务农村信用社。县联社设主任1人，副主任1～2人，由农业银行县支行党组提出人选，农业银行山东省分行批准，市（地）分行公布任命。全省县联社主任均由原县支行副行长或其他行级干部担任。县联社的工作人员从农业银行和农村信用社现职人员中选调，一般不超过20人。联社内设人事秘书科、业务科、财务会计科、监督检查科。至5月31日，全省合署办公的2291个所、社，有2261个实行分门办公，应组建的126个县联社已组建124个。农业银行县支行不再对农村信用社直接行使管理职能，改由县联社行使管理职能，县联社接受农业银行市（地）分行的领导。
1996年8月，国务院作出《关于农村金融体制改革的决定》，确定农村信用社管理体制改革核心是把农村信用社逐步改为由农民入股、由社员民主管理、主要为入股社员服务的合作性金融组织。省政府成立山东省农村金融体制改革领导小组，副省长王玉玺任组长，人民银行山东省分行、农业银行山东省分行、省有关部门负责人任副组长；下设领导小组办公室，具体组织落实农村金融体制改革事宜。9—10月，全省17市（地）均成立农村金融体制改革领导小组及办公室。期间，山东省农业银行系统共向省、市（地）农村金融体制改革领导小组办公室划转信用合作管理人员120人，其中处级干部2人、科级干部57人。
根据国务院农村金融体制改革部际协调小组《农村信用社与中国农业银行脱离行政隶属关系实施方案》，省农村金融体制改革领导小组宣布，自1996年10月31日起，全省农村信用社与农业银行脱离行政隶属关系。对农村信用社的领导和管理，县以下由县联社负责，县联社接受市（地）以上农村金融体制改革领导小组办公室领导；对农村信用社的监管由人民银行县支行承担。
1997年，中国人民银行成立农村合作金融管理局。8月，省、市（地）两级人民银行设立农村合作金融管理处（科），与农村金融体制改革领导小组办公室合署办公，实行一个机构、两块牌子。4月，省农村金融体制改革领导小组下发《关于做好规范农村信用合作社试点工作的通知》，确定在龙口市、沂水县农村信用社实施清理社员股金和扩股，召开社员大会，建立理事会、监事会，完善民主管理制度，建章立制等改革试点。12月，人民银行山东省分行转发中国人民银行印发的《农村信用合作社章程（范本）》《农村信用合作社县级联合社章程（范本）》，指导各地农村信用社和县级联社制定章程。
1998年8月，省农村金融体制改革领导小组办公室在全省开展整顿规范农村信用社工作。对农村信用社历年旧股金进行全面的清理、核实、清退，按政策兑现历年待分配股息及红利，按合作制原则制定新的扩股办法；农村信用社和联社召开社员代表大会，建立健全社员代表大会、理事会、监事会及相应的工作制度，选举产生理事会、监事会，聘任农村信用社及联社主任，少数联社理事长、主任分设；规范服务方向；建立新的财务分配制度。截至年底，共规范农村信用社1752个，联社115个，社员总数225万户，股金6.36亿元。
1999年，山东省信用合作协会筹备办公室成立。改革过渡时期，该办公室仍以省农村金融体制改革领导小组办公室的名义开展工作。人民银行济南分行部署青岛、潍坊、济南3市开展筹建市农村信用社联社试点工作。市（地）联社由县（市、区）联社自愿出资入股组成，是具有法人资格的合作金融组织，主要履行对辖区内县（市、区）联社和农村信用社的行业管理和服务职能。继续对农村信用社机构网点进行调整，采取降格、合并等方式，将规模过小、亏损严重的农村信用社予以撤销或降格为分社、储蓄所，列入非法人机构；撤并了开业3年以上，存款余额达不到200万元的分社、储蓄所；对代办站进行了清理。
2000年1月，中国人民银行批复同意青岛、潍坊筹建市联社。4月，人民银行济南分行决定将淄博、东营、烟台、泰安、威海、日照、德州、聊城、临沂、菏泽10个市（地）列为第二批组建联社，其余市（地）列为第三批。4月，潍坊市联社开业；6月，青岛市联社开业。两家市联社按照合作制的要求和民主管理程序，建立健全“社员代表大会、董事会、监事会”制度，选举产生理事长、监事长，聘任主任、副主任，理事长为法人代表。6月，根据中国人民银行合作司通知精神，暂停组建市（地）联社工作。9月，山东省信用合作协会筹备办公室停止运行。12月，全省开始减少县联社领导职数，县联社不设专职副理事长、总稽核、总会计师、纪检组长、工会主席和调研员等副主任级以上职位，相关工作由副主任分管，有关部门承担。对县联社内设机构进行调整，数量限制在4～7个，中层干部不超过联社人员的25%。当年，全省共降格各类农村信用社228处，撤销分社、储蓄所691处。
图1-8 2000年6月，青岛市农村信用合作社联合社挂牌开业
2001年3月，人民银行济南分行下发通知，对全省农村信用社系统严重资不抵债的高风险社，对业务量小、效益差的机构网点，采取撤、并、降的方式进行调整重组；按照属地管理原则，对设在乡镇的原城市信用合作社法人机构，与同乡镇的农村信用社合并为一个法人单位，其分支机构撤销。3月底，人民银行济南分行及各市中心支行设立信用合作管理办公室，与农村金融体制改革领导小组办公室合署办公。
2002年，人民银行济南分行决定在全省农村信用社开展机构调整重组工作。在县（市、区）范围内，根据风险状况、管理水平、经营规模、发展潜力等进行优化重组，保留部分法人机构，其余法人机构全部降格，并打破乡镇界限，根据经济区域组建新的法人机构。机构调整重组后，全省保留法人机构的农村信用社1153个，降格为分社的588个。
2003年6月，国务院印发《深化农村信用合作社改革试点方案》，明确提出，按照“明晰产权关系、强化约束机制、增强服务功能、国家适当支持、地方政府负责”的总体要求，加快农村信用合作社管理体制和产权制度改革，把农村信用合作社逐步办成由农民、农村工商户和各类经济组织入股，为农民、农业和农村经济发展服务的社区性地方金融机构。9月，中国人民银行根据《方案》要求，制定《农村信用合作社改革试点专项中央银行票据操作办法》和《农村信用合作社改革试点专项借款管理办法》以及与其相配套的一系列操作性文件，规定中国人民银行将采取专项中央银行票据和专项借款两种资金支持方式，帮助改革试点地区农村信用合作社消化历史包袱，并以此推动农村信用合作社完善法人治理结构和转换经营机制，促进改革试点取得预期成效。山东省农村信用社全部选择发行中央银行票据方式。其中，实际资产损失按照“呆账贷款+呆滞贷款的40%+逾期贷款的10%+投资资产的10%+抵债资产的50%”计算。专项中央银行票据期限两年，按不低于准备金存款利率按年付息。该票据不能流通、转让和抵押，可有条件提前兑付。中央银行票据兑付与信用社改革效果挂钩，以县（市）为单位验收支付，标准为产权明晰、资本金到位、治理结构完善。根据2002年底数据测算，山东省135家农村信用社资不抵债金额合计263.72亿元，共需发行专项票据131.86亿元。自2004年第一季度开始至2005年第一季度末为止，山东省共分五批完成专项票据发行工作，置换不良贷款121.44亿元，弥补历年挂账亏损10亿元。
2003年10月山东银监局成立后，会同有关部门加快组建山东省农村信用社联合社和农村合作银行以及规范农村信用社管理的步伐，有8家县（市）农村信用社联社改建为农村合作银行；部分县（市）实现农村信用社和信用联社合并实行单一法人管理体制，撤销严重资不抵债或城郊城乡接合部农村信用社。
2004年2月，省政府成立山东省农村信用社联合社筹备办公室。6月，山东省农村信用社联合社成立，理事长宋文瑄，主任张建民，对全省农村信用社实行统一管理和领导。省联社成立后，继续保留青岛、潍坊两家市联社，其他市设立办事处。办事处作为省联社的派出机构，在授权范围内履行对辖区内农村信用社的领导、管理职责。
2004年，全省农村信用社以2003年12月31日为清查时点，对所有机构的资产、负债、所有者权益和表外科目进行清查。在全面清产核资的基础上，全省农村信用社按照股权结构多样化、投资主体多元化的要求，开展增资扩股工作。截至2004年12月底，全省农村信用社股金余额183亿元，比年初增加44亿元，资本充足率6.33%，比年初提高9.2个百分点。
在改革产权制度的同时，根据各地不同情况，选择组建农村合作银行。全省县级联社拟组建合作银行和县统一法人社132家。至2005年，132家中共有128家获准筹建，其中有94家县统一法人社和12家合作银行开业。县联社原则上设置8个职能部门，包括人事综合部、财务会计部、业务管理部、市场拓展部（客户服务中心）、资产管理部、稽核部、监察保卫部、计算机网络中心。不良资产低于10%的县联社可以不设资产管理部。县联社（农村合作银行）机关人员编制原则上不超过员工总数的10%，领导班子成员原则上不超过5人。
1991—2005年山东省农村信用社基本情况一览表
表1-55
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┃年份 │ 机构(个) │ 职工人数(人) │股金(万元)┃
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┃ │ 独立核算机构 │ 非独立核算机构 │固定职工│合同制职工│ ┃
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┃ │合计│省联社│市(地)联社│县(市、区)联社│县(市、区)农村合作银行│乡镇信用社│ 合计 │市(地)级办事处│县(市、区)农村合作银行支行│信用分社│储蓄所│信用站│ │ │ ┃
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┃1991 │2294│ │ │ │ │ 2294 │50984 │ │ │1767 │1436 │47781 │14689 │16511 │9119 ┃
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┃1992 │2288│ │ │ │ │ 2288 │50893 │ │ │1730 │1407 │47756 │14503 │16645 │13629 ┃
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┃1993 │2305│ │ │ │ │ 2305 │52397 │ │ │1809 │1466 │49122 │18793 │26970 │3177 ┃
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┃1994 │2435│ │ │124 │ │ 2311 │63228 │ │ │2031 │1676 │59521 │18888 │27441 │28803 ┃
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┃1995 │2308│ │ │124 │ │ 2184 │74215 │ │ │2222 │1788 │70205 │19353 │28044 │36946 ┃
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┃1996 │2430│ │ │131 │ │ 2299 │4470 │ │ │2439 │2031 │ │ │44360 │36329 ┃
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┃1997 │2454│ │ │133 │ │ 2321 │74830 │ │ │2454 │2073 │70303 │ │47563 │38176 ┃
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┃1998 │2165│ │ │133 │ │ 2032 │4798 │ │ │2819 │1979 │ │ │47224 │105051 ┃
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┃1999 │2154│ │ │133 │ │ 2021 │4816 │ │ │3003 │1813 │ │ │46988 │148163 ┃
┠───┼──┼───┼─────┼───────┼───────────┼─────┼───┼───────┼─────────────┼────┼───┼───┼────┼─────┼─────┨
┃2000 │2066│ │ 2 │133 │ │ 1931 │4444 │ │ │3393 │1051 │ │ │46497 │279977 ┃
┠───┼──┼───┼─────┼───────┼───────────┼─────┼───┼───────┼─────────────┼────┼───┼───┼────┼─────┼─────┨
┃2001 │1876│ │ 2 │133 │ │ 1741 │4402 │ │ │3510 │892 │ │ │53393 │516622 ┃
┠───┼──┼───┼─────┼───────┼───────────┼─────┼───┼───────┼─────────────┼────┼───┼───┼────┼─────┼─────┨
┃2002 │1288│ │ 2 │133 │ │ 1153 │5252 │ │ │4551 │701 │ │ │53331 │795081 ┃
┠───┼──┼───┼─────┼───────┼───────────┼─────┼───┼───────┼─────────────┼────┼───┼───┼────┼─────┼─────┨
┃2003 │1235│ │ 2 │133 │ │ 1100 │4966 │ │ │4427 │539 │ │ │53983 │1387544 ┃
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┃2004 │1233│ 1 │ 2 │131 │ 2 │ 1097 │48285 │ 14 │ 11 │4353 │442 │43465 │ │54484 │1832915 ┃
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┃2005 │302 │ 1 │ 3 │117 │ 14 │ 167 │42602 │ 14 │ 242 │5063 │265 │37018 │ │54265 │1865028 ┃
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1996—2005年山东省农村信用社历任负责人一览表
表1-56
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┃机构名称 │ 职务 │姓名 │任职时间 │备注 ┃
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┃ │ 主任 │王进诚(兼) │1996.10—2004.02│先后任人民银行山东省分┃
┃ │ │ │ │行、济南分行副行长，山┃
┃ │ │ │ │东银监局局长 ┃
┃ ├───────┼──────┼────────┼───────────┨
┃山东省农村金融体制改革领导小组办公室 │ 副主任 │赵万生(兼) │1996.10—2004.02│人民银行山东省分行金融┃
┃ │ │ │ │研究所所长 ┃
┃ ├───────┼──────┼────────┼───────────┨
┃ │ 专职副主任 │丁浩升(兼) │1996.10—2004.02│先后任人民银行山东省分┃
┃ │ │ │ │行、济南分行农村合作金┃
┃ │ │ │ │融管理处、机构监管处处┃
┃ │ │ │ │长 ┃
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┃ │ 组长 │宋文瑄(兼) │2004.02—2004.05│省政府副秘书长 ┃
┃ │ │ │ │ ┃
┃ ├───────┼──────┼────────┼───────────┨
┃山东省农村信用社联合社筹备工作领导小组│ 副组长 │黄存明(兼) │2004.02—2004.05│山东银监局副局长 ┃
┃ │ │ │ │ ┃
┃ │ ├──────┼────────┼───────────┨
┃ │ │孟凡利(兼) │2004.02—2004.05│省财政厅副厅长 ┃
┃ │ │ │ │ ┃
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┃ │ 理事长 │宋文瑄 │2004.05— │ ┃
┃ ├───────┼──────┼────────┼───────────┨
┃ │ 主任 │张建民 │2004.05— │ ┃
┃ ├───────┼──────┼────────┼───────────┨
┃山东省农村信用社联合社 │ 党委副书记 │韩奎祥 │2004.05— │ ┃
┃ ├───────┼──────┼────────┼───────────┨
┃ │ 副主任 │丁浩升 │2004.05— │ ┃
┃ ├───────┼──────┼────────┼───────────┨
┃ │ 纪委书记 │展西亮 │2004.05— │ ┃
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