1995年，全省银行内控制度建设的重点是建立和完善行长经营目标责任制，实行主要领导干部离任审计制度，设置体现资金效益和安全的经营指标考核体系，探索贷款限额控制下的资产负债比例管理，为直接控制转向自我约束下的间接控制积累经验。
1996年始，随着国有商业银行商业化改革不断深入，各家银行逐步建立内部控制制度。不断强化一级法人管理体制，试点推行资产负债管理，试行对内授权、对外授信制度；推行岗位责任制、建立完善计算机网络，逐步推行计算机系统控制工程等。国有商业银行建立监事会，股份制商业银行建立健全董事会，完善股东大会、董事会和经营管理层三位一体的治理结构。
1997年5月，中国人民银行印发《关于加强金融机构内部控制的指导意见》，对金融机构内部控制机制的要素和内容进行全面描述，提出基本要求。12月印发《关于进一步完善和加强金融机构内部控制建设的若干意见》，提出整章建制、强化统一法人制度、完善治理结构、建立内部风险评估和监测制度、严格照章操作、强化内部稽核、加强职业道德教育等具体措施。
烟台住房储蓄银行全方位实施内部控制和风险管理，推出《关于违反“风险防范试行办法”的处罚规定》。省农村金融体制改革领导小组办公室印发《山东省农村信用社电子汇兑系统经办社业务处理操作规程》。
1998年，人民银行山东省分行要求，各级金融机构要把落实《金融机构内部控制指导原则》和《关于进一步完善和加强金融机构内部控制建设若干意见》作为内控制度建设的重点，各金融机构要按照上述规定和要求，认真清理本单位内部管理制度和业务规章等。同时要求各金融机构加强各分支机构的监督、检查和稽核，建立健全有效的监督约束机制，对直接管辖的下属机构的业务经营每年至少稽核一次，并将稽核结果抄报同级人民银行。新设金融机构或开办新业务，必须先向人民银行报送有关内控制度和业务规章，经审核批准后才可开业或开办业务。各行均据此要求建立完善内控制度。
1999年，人民银行济南分行把商业银行内控制度建设作为日常监管的重要内容，把内控建设重视不够、措施不力、落实不好的金融机构作为重点检查对象，对内控不力造成重大损失的，进行严肃查处。在人民银行系统设立内审机构，制定《离任审计操作方案》《内审工作考核评比办法》《内审工作档案管理办法》《会计、国库业务内审检查方案》《外汇管理业务内审检查方案》等。对人民银行系统所经办的经济实体、房地产项目进行清理核查，对未脱钩的经济实体督促脱钩并检查。
工商银行山东省分行完成对二级分行行长的转授权和对省分行副行长以及各有关业务处处长的转授权工作，并对市分行及支行授权授信制度执行情况进行现场检查稽核。对分行和县支行43位行长、副行长进行离任稽核。农业银行山东省分行进一步加强内控制度建设，组织制定12个专业违规违法处罚暂行规定以及《行长任期责任稽核与离任稽核实施细则（试行）》《贷款风险预警稽核暂行办法》等。中国银行山东省分行制定转授权体系、职责职权、业务流程、风险点及控制措施等方面内容组成的内控制度，省分行本部形成岗位之间相互制约、管理部门监督检查、稽核监察部门实施再监督三道内控防线，组织制定《内部控制稽核工作手册》，出台对市（地）分行、直属支行综合效益考核及奖惩办法。建设银行山东省分行进一步明确内审部门职责，初步形成分级监管、相对垂直、具有权威和相对独立的内部审计体制，成立17个稽核审计小组，对部分市（地）分行和县支行进行内控制度后续稽核。
2000年，人民银行济南分行制定实施《加强人民银行内控建设，提高内部管理水平的指导意见》，建立健全“权责明确、平衡制约、规章健全、动作有序”的内控制度，形成“部门内部自我约束、部门之间相互制约、上级部门对下级部门有效控制”的机制。农业发展银行山东省分行先后制定《支行行长和重要岗位负责人任期经济责任制稽核暂行办法》《财务管理实施细则》等制度。工商银行山东省分行印发内部控制规范，对省分行营业管理部和淄博、潍坊、德州、济宁市分行进行内部控制评价试点。交通银行青岛分行制定风险防范责任制和各专业的规范化管理实施细则。烟台住房储蓄银行出台《防止账外账及违规经营责任制》等内控制度。省农村金融体制改革领导小组办公室编写《农村信用社内部控制实务》一书，对农村信用社每个专业和岗位制定基本要求、操作程序及责任追究办法。
2001年，开发银行济南分行修订《贷款债权变更管理办法实施细则》《依法收贷工作实施细则》《营业部人员岗位分工及工作标准》等规章制度。农业发展银行山东省分行先后修订完善14项基本管理制度，对33个县（市、区）粮食库存差额进行稽核。工商银行山东省分行完善《内控评价实施办法》，在辖区开展对各级正副行长（经理、主任）、重要业务部门负责人及其他高级管理人员的离任稽核、经济稽核和基层负责人离岗稽核。农业银行山东省分行全面实施审贷部门分离，建立贷审例会制度。建设银行山东省分行制定《内部控制操作规程》，将25项重要工作列为督办评价事项。中国银行山东省分行制定《财务管理暂行办法》《实施大宗物品集中招标采购的办法》。兴业银行济南分行建立健全信贷、会计、计算机、安全保卫四大类29项管理办法，完善事后监督、部门监督、审计监督三道内部监督防线。
2002年，各商业银行内控制度建设和执行情况有较大进步。内控优先意识明显增强，内控环境得到改善。各行按照内控原则和防范风险要求，调整内部组织结构，明确职责，制定和修改大量的业务规章制度和操作流程，普遍实现审贷分离制度，风险控制措施逐步完善，内部审计独立性不断增强，对规章制度合理性和经营活动合规性的反馈、纠正机制逐渐形成。
2003年，人民银行济南分行以风险控制为重点，强化内控制度建设，规范内审操作。各商业银行不断调整和完善组织结构，建立完善资产负债比例控制、贷款质量五级分类等风险管理制度，普遍建立相对独立的统一管理、下查一级的内部稽核体系。工商银行山东省分行制定《转授权管理实施办法》，建立稽核监督中心，对管辖行独立行使监督职能，并制定《内部控制规范（新版）》。恒丰银行对内控制度和管理程序进行全面修订和完善，加强对重点部位、机构、区域和业务的检查和监督稽核。山东省被国务院确定为全国深化农村信用社改革试点。省农村金融体制改革领导小组办公室在全省农村信用社开展“内控制度建设年活动”，各级农村信用社坚持对内部控制责任落实情况自我检查、自我纠正。
2004年，开发银行山东省分行制定《客户重大事项报告工作管理办法（暂行）》《客户风险监控管理办法（试行）》，同时加强对各类信用风险点的动态监控。国有商业银行股份制改革进入实施阶段。中国银行山东省分行建立起前中后台分离的组织架构。建设银行山东省分行积极推进内控体系和ISO9000双贯标，顺利通过BSI公司认证。工商银行山东省分行出版《内部控制规范》；农业银行山东省分行建立贷后风险预警系统，在1570个营业机构推行会计主管委派制，开展对支行级单位和市分行内部控制综合评价和自律监管检查。交通银行济南分行成立内控管理委员会，制定《内控建设三位一体管理处罚暂行办法》，明确执行、管理、监督三层工作职责，在全辖开展各业务条线内部控制大检查，并严格执行高级管理人员离任审计。恒丰银行成立风险管理委员会和风险控制部，出台对异地分行的授权管理办法和集团客户授信管理办法。中信银行济南分行建立健全相互协调、相互制约的管理组织，完善内控委员会、资产负债管理委员会、风险管理委员会等组织，使授信管理体系更加规范，风险控制更加有效。城市商业银行、城市信用社进一步完善公司治理结构，4家城市商业银行和3家城市信用社完成董事会、监事会换届工作。济南、威海市商业银行建立独立董事和外部监事制度。
2005年，农业发展银行山东省分行建立部门分离、岗位制约的信贷管理体制，设立内部监督、财务审查、贷款审查和资产保全4个委员会作为常设机构，省分行对辖区二级分行的审计力量实行统一调配、集中管理使用。国有商业银行股份制改革稳步推进。中国银行山东省分行按照资产、负债、中间、理财四大类对各项规章制度进行全面梳理，建立金融业务动态风险监控周报制度，加强对各分支行业务的非现场检查监控。建设银行山东省分行梳理各项业务流程和风险点，优化操作流程，实现“以客户为中心”服务理念和风险控制理念的有机结合。淄博、临沂、日照等城市商业银行完成股东大会、董事会、监事会和经营管理层的换届工作。青岛、淄博等市商业银行完善以审贷分离为基础的信贷审批制度。烟台市商业银行在董事会内增设审计与关联交易控制、风险管理、提名、薪酬与考核4个委员会，在监事会内增设审计、提名2个委员会，制定和完善相关规章制度及各专门委员会的工作规则。山东银监局出台农村合作银行、统一法人社法人治理指引和内部职能部门及分支机构设置指引。省农村信用社联社印发《山东省农村信用社县（市、区）联社、农村合作银行应制定完善的管理制度、操作规程目录及内容要点》，统一制定助学、农户、个体工商户、企业流动资金贷款等操作规程，出台财务会计、资金清算、大额支付、稽核监督等多个管理办法。
第一节 内控机制的建立与完善
1995年，全省银行内控制度建设的重点是建立和完善行长经营目标责任制，实行主要领导干部离任审计制度，设置体现资金效益和安全的经营指标考核体系，探索贷款限额控制下的资产负债比例管理，为直接控制转向自我约束下的间接控制积累经验。
1996年始，随着国有商业银行商业化改革不断深入，各家银行逐步建立内部控制制度。不断强化一级法人管理体制，试点推行资产负债管理，试行对内授权、对外授信制度；推行岗位责任制、建立完善计算机网络，逐步推行计算机系统控制工程等。国有商业银行建立监事会，股份制商业银行建立健全董事会，完善股东大会、董事会和经营管理层三位一体的治理结构。
1997年5月，中国人民银行印发《关于加强金融机构内部控制的指导意见》，对金融机构内部控制机制的要素和内容进行全面描述，提出基本要求。12月印发《关于进一步完善和加强金融机构内部控制建设的若干意见》，提出整章建制、强化统一法人制度、完善治理结构、建立内部风险评估和监测制度、严格照章操作、强化内部稽核、加强职业道德教育等具体措施。
烟台住房储蓄银行全方位实施内部控制和风险管理，推出《关于违反“风险防范试行办法”的处罚规定》。省农村金融体制改革领导小组办公室印发《山东省农村信用社电子汇兑系统经办社业务处理操作规程》。
1998年，人民银行山东省分行要求，各级金融机构要把落实《金融机构内部控制指导原则》和《关于进一步完善和加强金融机构内部控制建设若干意见》作为内控制度建设的重点，各金融机构要按照上述规定和要求，认真清理本单位内部管理制度和业务规章等。同时要求各金融机构加强各分支机构的监督、检查和稽核，建立健全有效的监督约束机制，对直接管辖的下属机构的业务经营每年至少稽核一次，并将稽核结果抄报同级人民银行。新设金融机构或开办新业务，必须先向人民银行报送有关内控制度和业务规章，经审核批准后才可开业或开办业务。各行均据此要求建立完善内控制度。
1999年，人民银行济南分行把商业银行内控制度建设作为日常监管的重要内容，把内控建设重视不够、措施不力、落实不好的金融机构作为重点检查对象，对内控不力造成重大损失的，进行严肃查处。在人民银行系统设立内审机构，制定《离任审计操作方案》《内审工作考核评比办法》《内审工作档案管理办法》《会计、国库业务内审检查方案》《外汇管理业务内审检查方案》等。对人民银行系统所经办的经济实体、房地产项目进行清理核查，对未脱钩的经济实体督促脱钩并检查。
工商银行山东省分行完成对二级分行行长的转授权和对省分行副行长以及各有关业务处处长的转授权工作，并对市分行及支行授权授信制度执行情况进行现场检查稽核。对分行和县支行43位行长、副行长进行离任稽核。农业银行山东省分行进一步加强内控制度建设，组织制定12个专业违规违法处罚暂行规定以及《行长任期责任稽核与离任稽核实施细则（试行）》《贷款风险预警稽核暂行办法》等。中国银行山东省分行制定转授权体系、职责职权、业务流程、风险点及控制措施等方面内容组成的内控制度，省分行本部形成岗位之间相互制约、管理部门监督检查、稽核监察部门实施再监督三道内控防线，组织制定《内部控制稽核工作手册》，出台对市（地）分行、直属支行综合效益考核及奖惩办法。建设银行山东省分行进一步明确内审部门职责，初步形成分级监管、相对垂直、具有权威和相对独立的内部审计体制，成立17个稽核审计小组，对部分市（地）分行和县支行进行内控制度后续稽核。
2000年，人民银行济南分行制定实施《加强人民银行内控建设，提高内部管理水平的指导意见》，建立健全“权责明确、平衡制约、规章健全、动作有序”的内控制度，形成“部门内部自我约束、部门之间相互制约、上级部门对下级部门有效控制”的机制。农业发展银行山东省分行先后制定《支行行长和重要岗位负责人任期经济责任制稽核暂行办法》《财务管理实施细则》等制度。工商银行山东省分行印发内部控制规范，对省分行营业管理部和淄博、潍坊、德州、济宁市分行进行内部控制评价试点。交通银行青岛分行制定风险防范责任制和各专业的规范化管理实施细则。烟台住房储蓄银行出台《防止账外账及违规经营责任制》等内控制度。省农村金融体制改革领导小组办公室编写《农村信用社内部控制实务》一书，对农村信用社每个专业和岗位制定基本要求、操作程序及责任追究办法。
2001年，开发银行济南分行修订《贷款债权变更管理办法实施细则》《依法收贷工作实施细则》《营业部人员岗位分工及工作标准》等规章制度。农业发展银行山东省分行先后修订完善14项基本管理制度，对33个县（市、区）粮食库存差额进行稽核。工商银行山东省分行完善《内控评价实施办法》，在辖区开展对各级正副行长（经理、主任）、重要业务部门负责人及其他高级管理人员的离任稽核、经济稽核和基层负责人离岗稽核。农业银行山东省分行全面实施审贷部门分离，建立贷审例会制度。建设银行山东省分行制定《内部控制操作规程》，将25项重要工作列为督办评价事项。中国银行山东省分行制定《财务管理暂行办法》《实施大宗物品集中招标采购的办法》。兴业银行济南分行建立健全信贷、会计、计算机、安全保卫四大类29项管理办法，完善事后监督、部门监督、审计监督三道内部监督防线。
2002年，各商业银行内控制度建设和执行情况有较大进步。内控优先意识明显增强，内控环境得到改善。各行按照内控原则和防范风险要求，调整内部组织结构，明确职责，制定和修改大量的业务规章制度和操作流程，普遍实现审贷分离制度，风险控制措施逐步完善，内部审计独立性不断增强，对规章制度合理性和经营活动合规性的反馈、纠正机制逐渐形成。
2003年，人民银行济南分行以风险控制为重点，强化内控制度建设，规范内审操作。各商业银行不断调整和完善组织结构，建立完善资产负债比例控制、贷款质量五级分类等风险管理制度，普遍建立相对独立的统一管理、下查一级的内部稽核体系。工商银行山东省分行制定《转授权管理实施办法》，建立稽核监督中心，对管辖行独立行使监督职能，并制定《内部控制规范（新版）》。恒丰银行对内控制度和管理程序进行全面修订和完善，加强对重点部位、机构、区域和业务的检查和监督稽核。山东省被国务院确定为全国深化农村信用社改革试点。省农村金融体制改革领导小组办公室在全省农村信用社开展“内控制度建设年活动”，各级农村信用社坚持对内部控制责任落实情况自我检查、自我纠正。
2004年，开发银行山东省分行制定《客户重大事项报告工作管理办法（暂行）》《客户风险监控管理办法（试行）》，同时加强对各类信用风险点的动态监控。国有商业银行股份制改革进入实施阶段。中国银行山东省分行建立起前中后台分离的组织架构。建设银行山东省分行积极推进内控体系和ISO9000双贯标，顺利通过BSI公司认证。工商银行山东省分行出版《内部控制规范》；农业银行山东省分行建立贷后风险预警系统，在1570个营业机构推行会计主管委派制，开展对支行级单位和市分行内部控制综合评价和自律监管检查。交通银行济南分行成立内控管理委员会，制定《内控建设三位一体管理处罚暂行办法》，明确执行、管理、监督三层工作职责，在全辖开展各业务条线内部控制大检查，并严格执行高级管理人员离任审计。恒丰银行成立风险管理委员会和风险控制部，出台对异地分行的授权管理办法和集团客户授信管理办法。中信银行济南分行建立健全相互协调、相互制约的管理组织，完善内控委员会、资产负债管理委员会、风险管理委员会等组织，使授信管理体系更加规范，风险控制更加有效。城市商业银行、城市信用社进一步完善公司治理结构，4家城市商业银行和3家城市信用社完成董事会、监事会换届工作。济南、威海市商业银行建立独立董事和外部监事制度。
2005年，农业发展银行山东省分行建立部门分离、岗位制约的信贷管理体制，设立内部监督、财务审查、贷款审查和资产保全4个委员会作为常设机构，省分行对辖区二级分行的审计力量实行统一调配、集中管理使用。国有商业银行股份制改革稳步推进。中国银行山东省分行按照资产、负债、中间、理财四大类对各项规章制度进行全面梳理，建立金融业务动态风险监控周报制度，加强对各分支行业务的非现场检查监控。建设银行山东省分行梳理各项业务流程和风险点，优化操作流程，实现“以客户为中心”服务理念和风险控制理念的有机结合。淄博、临沂、日照等城市商业银行完成股东大会、董事会、监事会和经营管理层的换届工作。青岛、淄博等市商业银行完善以审贷分离为基础的信贷审批制度。烟台市商业银行在董事会内增设审计与关联交易控制、风险管理、提名、薪酬与考核4个委员会，在监事会内增设审计、提名2个委员会，制定和完善相关规章制度及各专门委员会的工作规则。山东银监局出台农村合作银行、统一法人社法人治理指引和内部职能部门及分支机构设置指引。省农村信用社联社印发《山东省农村信用社县（市、区）联社、农村合作银行应制定完善的管理制度、操作规程目录及内容要点》，统一制定助学、农户、个体工商户、企业流动资金贷款等操作规程，出台财务会计、资金清算、大额支付、稽核监督等多个管理办法。