1991—2005年，全省银行会计制度几经修改完善，逐步形成全面化、科学化和条理化的会计制度体系。
1992年，工商银行山东省分行执行中国工商银行新的《财务管理制度》。实行“统一计划、统负盈亏、分级核算、分配挂钩”的管理体制。农村信用社执行国家税务局、中国农业银行联合印发的《农村信用合作社财务管理试行办法》，加强财务管理和经济核算。同年12月，中国农业银行印发《农村信用合作社贷款呆账处理实施办法》，对贷款呆账处理的范围、呆账准备金的提取和管理、贷款呆账处理审批程序及会计核算手续作出明确规定。
1993年，财政部颁布实施《企业会计准则》和《企业财务通则》，进一步规范国有商业银行、农村信用社的财务行为，统一会计核算标准。财务核算的基本原则由原来的单一收付实现制改为权责发生制，会计的记账方法由收付记账法改为借贷记账法。
1994年，财政部、中国人民银行《金融企业会计制度》正式施行，各国有商业银行制定各自新的会计制度，对会计核算的一些基本原则进行重大改革。同年，颁发《中国人民银行财务制度》，规定人民银行实行独立的财务预算管理制度。中国人民银行和各级分（支）行每年编制财务收支计划，由中国人民银行汇总报财政部批准后下发执行，各级收支相抵后实现利润经财政部批准提取总准备金后，全部上缴中央财政；年度发生亏损首先由历年提取的总准备金弥补，不足弥补的部分由中央财政拨补。人民银行年度预算报财政部审核后，纳入国家预算，财务决算报表按规定报财政部审批，并接受财政部和国家审计署的财务监督。人民银行的财务管理工作，实行“统一领导，分级核算，预算管理，统负盈亏”的体制。人民银行财务会计核算实行收付实现制原则。
1994年1月1日起，全省农村信用社会计核算恢复使用借贷记账法，表内科目的核算由收付记账制改为权责发生制，以会计科目为记账主体，核算在一个会计期间资产、负债及其债权债务的变化情况。重新制定会计科目，全部表内科目分资产类、负债类、所有者权益类、损益类4大类，另设表外科目，并统一使用新的会计凭证。
1995年，工商银行山东省分行，将县支行资本金一律上划市（地）分行核算反映，突出市（地）分行一级核算单位的作用。建设银行山东省分行印发《财务指标考核办法》《现金出纳管理工作考核办法（试行）》。农业银行山东省分行下发《关于农村信用社代签农业银行省内银行汇票的通知》，对代签银行汇票的会计核算手续作出具体规定。
1996年，国家计委、中国人民银行联合下发《关于进一步规范银行结算业务收费的通知》，国有商业银行对结算业务收费标准进行调整。10月，山东省农村金融体制改革领导小组转发国务院农村金融体制改革部际协调小组《关于印发农村信用社与中国农业银行脱钩资金划转及清算办法和会计核算手续的通知》，结合山东省实际情况，制定资金划转及清算办法和会计核算手续的补充规定。农村信用社与农业银行脱钩后，全省农村信用社会计核算工作，由省农村金融体制改革领导小组办公室领导。农业银行山东省分行、省农村金融体制改革领导小组办公室分别下发调整农业银行、农村信用社的会计科目。
1997年，中国工商银行制定《关于加强会计管理的实施方案》和配套办法，工商银行山东省分行制定实施细则，对会计核算制度、办法、规定进行清理，明确中心的机构设置、人员安排，进行综合性经营机构和综合柜员制试点，对软件开发、人员培训进行安排。农业银行山东省分行贯彻执行中国农业银行《会计基本制度》，会计核算工作实行“统一制度，统负盈亏，分级经营，分级核算”的原则，县（市、区）支行为会计核算的基本单位，会计核算实行权责发生制，记账方法按复式记账原理，采用借贷记账法，表外科目采用单式收复记账法。建设银行山东省分行推行会计账务集中和财务分级分类管理，各行财务收支全部纳入本级财会部门归口管理，一级、二级分行新设立的会计核算中心和会计稽核中心开始发挥监督作用，全行实行预拨费用制度，对部分县支行实行报账制度。城市合作银行会计核算工作以不断规范和统一支行核算标准为重点。
同年，省农村金融体制改革领导小组办公室制定农村信用社《会计达标升级实施办法》，并在全省2440个信用社及营业部开展会计达标升级活动；下发《省辖电子汇兑系统管理办法和有关规定的通知》《特约汇兑往来业务试行办法、核算手续及有关管理规定的通知》等文件，并随通知印发《电子汇兑系统汇差资金管理办法》《电子汇兑业务会计核算手续》《省内银行汇票结算办法》《省内银行汇票会计核算手续》。
1998年，人民银行山东省分行根据国务院《整顿银行账外账及违规经营工作实施方案》要求，组织对山东省银行金融机构账外账及违规经营的整顿工作。同年，财政部下发《关于修改金融机构应收利息核算年限及呆账准备金提取办法的通知》，规定应收未收利息核算年限由2年缩短为1年；呆账准备金由按年初贷款余额1%的差额提取改为按年底余额1%的差额提取，并从成本中列支，当年核销的准备金在下年予以补提；对金融企业实际呆账超过1%部分，当年应按全额补提呆账准备金，但缴纳所得税时应作纳税调整。同年，财政部、国家税务总局联合下发《关于农村信用社征收营业税等有关问题的通知》，继续给予农村信用社减免税照顾，对1998年、1999年的营业税分别按6%、7%的税率征收，2000年恢复按8%税率征收。11月，转发省国家税务局《关于印发〈山东省企业所得税税前扣除项目申报审批管理办法〉的通知》，规定将城乡信用社呆账贷款的核销列为所得税税前扣除项目，并对呆账贷款的认定、审批条件、申报审批程序作出明确规定。
1999年，中国人民银行会计和财务工作管理体制发生重大变化。人民银行济南分行负责山东、河南两省除人民银行郑州中心支行外的各中心支行、郑州金融监管办公室，河南金融干部管理学院、山东银行学校的财务管理工作。人民银行郑州中心支行负责所辖县级支行的财务管理工作，按照中国人民银行授权，负责管理河南省内由中国人民银行拨付专项资金安排的专项建设项目。会计管理体制基本与财务管理体制保持一致，原则由分行统一集中管理。人民银行济南分行全面负责山东、河南两省人民银行的会计核算工作，负责审核各中心支行包括郑州中心支行的会计报表。同年，人民银行济南分行规范会计财务制度，先后印发《会计内部控制实施办法》《〈中央银行会计核算系统管理规定〉实施细则》《会计基础工作检查提纲》《主管行长会计工作监督检查指导意见》等文件。至2001年，河南省中心支行财务管理工作移交郑州中心支行。
国家开发银行实行“统一管理，独立核算，保本经营”的财务管理体制及“一级法人，两级核算，统负盈亏，集中损益”的财会管理体制。根据国家开发银行《财务管理暂行办法》，开发银行济南分行制定会计核算、会计凭证、会计报表、费用管理等一系列会计财务制度，建立财务分析和考核制度，加强财务监督和管理。
工商银行山东省分行进一步严格财务管理权限，制定《应付利息集中核算办法》。农业银行山东省分行制定会计业务集中监督管理办法和操作规程，开展会计基础工作规范化和创建会计工作“铁账本、铁规章、铁算盘”活动。中国银行山东省分行会计部门完成由核算会计向管理会计转变，推广“新一代”和2000年改造版本会计系统，完成全辖业务集中处理，实现按月计提应付利息，按月核算损益。建设银行山东省分行整理编纂《会计业务操作手册》，制定IC卡会计核算及资金清算手续、代收代缴罚款会计核算手续、代收费会计核算手续等一系列规章制度。
1999年1月1日起，全省农村信用社实施中国人民银行新制定的农村信用社会计基本制度和出纳制度。财政部、国家税务总局通知，农村信用社自1999年1月1日至2000年12月31日仍按照6%的税率缴纳营业税。11月，人民银行济南分行下发《山东特约联行汇兑清算系统管理暂行办法及其会计核算手续的通知》《关于印发修订的〈山东省特约银行汇票办法〉及其会计核算手续的通知》。12月，人民银行济南分行就亏损农村信用社的股金分红问题下发《关于明确农村信用社股金分红会计处理手续的通知》。
2000年，各家银行新《会计法》正式实施。人民银行济南分行制定《会计监督检查制度》，对分行营业管理部和辖区中心支行（除郑州中心支行外）进行全面会计检查。开发银行济南分行加强会计基础工作，制定《营业部会计核算操作规程》《费用管理实施细则》《重要空白凭证管理实施细则》等10项财会管理制度办法。农业发展银行山东省分行加强会计基础建设和管理，狠抓会计等级行考评，制定实施《经费开支实拨资金管理和核算暂行办法》。各商业银行全面加强会计核算系统建设，强化内部成本、利润核算。
2001年，人民银行济南分行在山东省推广中央银行会计核算事后监督系统，推广新版中央银行会计核算系统、会计报表，开发会计核算登记簿系统。
2001年1月起，全省农村信用社执行财政部、国家税务总局《关于农村信用社所得税政策问题的通知》，10月1日起，开始执行财政部、国家税务总局《关于降低农村信用社营业税税率的通知》。同年，农村信用社会计核算增加农户小额信用贷款、农户联保贷款和助学贷款等科目。
2002年，中国人民银行会计司在济南举办中央银行会计核算事后监督系统培训班，集中推广人民银行济南分行做法。同年，人民银行济南分行在东营、枣庄、聊城、菏泽、日照等市中心支行推行会计核算“四集中”（会计核算集中、会计事后监督集中、联行查询集中、会计档案集中）系统。完成中央银行资金管理网络系统、银行账户管理信息系统的开发，制定《银行账户管理信息系统管理办法》，在烟台等9个市中心支行推广运行银行账户管理信息系统。
农业发展银行山东省分行、青岛分行先后印发《电子联行管理与核算试行办法》《银行承兑汇票会计核算办法》《关于加强电子联行资金调拨管理的通知》《关于电子联行非人民银行通汇行资金调拨管理有关问题的通知》等，对县级支行进行电子联行资金管理培训。
工商银行山东省分行应用财务管理系统，制定《财务中心核算管理办法》，推行信贷质量五级分类足额提取呆账准备金制度。农业银行山东省分行修订与新一代综合应用系统相配套的会计制度，开发会计业务集中核算系统，建立以市分行为基本核算单位的“一账、一库、一号、一中心”的财会管理核算体系；在泰安、东营、莱芜市分行推行城区扁平化管理和集中核算改革试点。中国银行山东省分行利用报表系统建立的预测数据模型，对全辖主要的财务指标和利率状况进行实时监控。建设银行山东省分行新一代综合业务系统（CBS）全面上线运行，实现统一会计核算、储蓄业务、个人银行业务和外汇业务会计核算并入大的会计结算体系，成立会计基础管理工作领导小组，组织会计基础工作管理检查。股份制商业银行一批会计核算系统上线。并制定一批会计核算的规章制度和办法。
2003年1月1日起，银行业金融机构执行中国人民银行《银行会计基本规范指导意见》和《银行会计档案管理办法》。同年，中国人民银行颁布《中央银行会计集中核算系统管理办法》等制度。人民银行济南分行推广应用中央银行会计集中核算系统，全面加强会计“四集中”核算管理和会计核算内控管理，对会计核算“四集中”进行联行安全检查，制定会计“四集中”业务管理补充规定和监督检查制度。
工商银行山东省分行制定《会计核算管理一体化改革方案》，全省16个市分行全部完成核算管理一体化职能转换和人员交接，建立核算中心、事后监督中心和现金中心；修订《综合业务核算事后监督实施细则》等制度规定，应用业务核算预警监控与分析系统，实现下管一级，监控两级的内控管理要求，并在烟台市分行开展总会计委派制试点。农业银行山东省分行在全省建立以二级分行为单位的集中财会核算体系和“大会计”核算体系，强化财会核算统一管理和内控制度。推广应用成本控制效益分析系统，制定一柜通业务管理办法和操作规程。
省农村金融体制改革领导小组办公室印发《山东省农村信用社会计出纳检查辅导实施办法（试行）》，进一步加强对农村信用社基层营业网点会计核算工作的管理。
2004年，中国人民银行对人民币银行账户管理系统的总体结构进行重大调整，由市（地）分布结构改为省级集中式结构，由在337个市（地）以上城市建立分（支）行级次数据处理中心改为只在省会城市和深圳建立省级数据处理中心；完善《人民币银行结算账户管理办法》，制定其实施细则和军队单位、武警部队单位银行账户管理规定。
同年，工商银行山东省分行、青岛分行先后投产运行包含保证金管理、凭证式国债集中管理、银行卡集中、外汇买卖集中平盘及远期结售汇等30个系统项目的会计核算及业务管理系统。该系统按照谁受益、谁承担的原则，将财务成本分摊到部门和产品，根据成本中心性质，划分为经营性、管理性等不同类别，根据成本分类采取直接、共享、分摊、领用等还原方式，对部门职责、业务流程等进行具体规定。农业银行山东省分行完成会计集中核算二期工程，全面启动会计基础管理工程，加强制度和系统平台建设，完善对各行会计基础工作的量化考核，实现全省977个联行机构的新系统推广应用，停用全国电子汇兑、实时汇兑和老银行汇票系统；推行基层营业所会计主管委派制度。中国银行山东省分行完成全辖MERVA系统和收付清算上收总行信息中心工作。建设银行山东省分行执行新的金融企业会计制度，下发新制度执行后会计核算调整的有关规定，并进行制度培训和系统优化改造。股份制商业银行进一步完善各项会计核算管理制度。华夏银行济南分行推行集中会计监督系。
当年起，农村信用社管理部门的管理费由省农村信用社联社统筹统支，各市派出机构所需经费由省农村信用社联社统一拨付，各市农村金融体制改革领导小组办公室（市农村信用社联社）不得再向县（市、区）联社提取管理费，更不得变相借用费用，已预提的从省联社应拨付的金额中扣除。同年，省联社下发《关于印发山东省农村信用社〈股金管理办法〉、〈股金管理系统会计核算手续〉、〈股金管理系统操作规程〉的通知》。
2005年，人民银行济南分行组织完成大额支付系统技术工程建设工作，包括中央银行会计集中核算系统2.6的推广、全国统一人民币结算账户系统的推广，开发新老账户数据转换程序。制定《会计基本制度实施方案》。
农业银行山东省分行推广应用大额支付系统和账户管理系统，完成2166个ABIS机构的数据上收和新会计科目界定工作，开展1531个经营机构的拉网式操作风险专项检查，试点财会监管系统。中国银行山东省分行在制度建设、信息披露、财务管理、落实外部审计等方面加强会计管理和核算，在全省开展股改资产尽职调查和战略投资者财务尽职调查。建设银行山东省分行出台《集中对账实施方案》，制定《总会计管理暂行办法》，实现事前、事中、事后全程督控；制定《数据集中系统管理实施细则》。截至年底，该行共有会计机构743个，全部通过城市综合网系统进行会计核算。
股份制商业银行城市商业银行会计核算管理进一步加强。2005年，省农村信用社联社转发中国人民银行《人民币结算账户管理办法实施细则》，在全省农村信用社推广使用人民银行结算账户管理系统，并先后印发《以县（市、区）为单位统一法人会计核算指导意见》《抵债资产会计核算手续》等。10—11月，全省农村信用社分4批进行会计科目改造，这是全省农村信用社综合业务网络系统的一次重大优化升级。
第一节 会计核算管理
1991—2005年，全省银行会计制度几经修改完善，逐步形成全面化、科学化和条理化的会计制度体系。
1992年，工商银行山东省分行执行中国工商银行新的《财务管理制度》。实行“统一计划、统负盈亏、分级核算、分配挂钩”的管理体制。农村信用社执行国家税务局、中国农业银行联合印发的《农村信用合作社财务管理试行办法》，加强财务管理和经济核算。同年12月，中国农业银行印发《农村信用合作社贷款呆账处理实施办法》，对贷款呆账处理的范围、呆账准备金的提取和管理、贷款呆账处理审批程序及会计核算手续作出明确规定。
1993年，财政部颁布实施《企业会计准则》和《企业财务通则》，进一步规范国有商业银行、农村信用社的财务行为，统一会计核算标准。财务核算的基本原则由原来的单一收付实现制改为权责发生制，会计的记账方法由收付记账法改为借贷记账法。
1994年，财政部、中国人民银行《金融企业会计制度》正式施行，各国有商业银行制定各自新的会计制度，对会计核算的一些基本原则进行重大改革。同年，颁发《中国人民银行财务制度》，规定人民银行实行独立的财务预算管理制度。中国人民银行和各级分（支）行每年编制财务收支计划，由中国人民银行汇总报财政部批准后下发执行，各级收支相抵后实现利润经财政部批准提取总准备金后，全部上缴中央财政；年度发生亏损首先由历年提取的总准备金弥补，不足弥补的部分由中央财政拨补。人民银行年度预算报财政部审核后，纳入国家预算，财务决算报表按规定报财政部审批，并接受财政部和国家审计署的财务监督。人民银行的财务管理工作，实行“统一领导，分级核算，预算管理，统负盈亏”的体制。人民银行财务会计核算实行收付实现制原则。
1994年1月1日起，全省农村信用社会计核算恢复使用借贷记账法，表内科目的核算由收付记账制改为权责发生制，以会计科目为记账主体，核算在一个会计期间资产、负债及其债权债务的变化情况。重新制定会计科目，全部表内科目分资产类、负债类、所有者权益类、损益类4大类，另设表外科目，并统一使用新的会计凭证。
1995年，工商银行山东省分行，将县支行资本金一律上划市（地）分行核算反映，突出市（地）分行一级核算单位的作用。建设银行山东省分行印发《财务指标考核办法》《现金出纳管理工作考核办法（试行）》。农业银行山东省分行下发《关于农村信用社代签农业银行省内银行汇票的通知》，对代签银行汇票的会计核算手续作出具体规定。
1996年，国家计委、中国人民银行联合下发《关于进一步规范银行结算业务收费的通知》，国有商业银行对结算业务收费标准进行调整。10月，山东省农村金融体制改革领导小组转发国务院农村金融体制改革部际协调小组《关于印发农村信用社与中国农业银行脱钩资金划转及清算办法和会计核算手续的通知》，结合山东省实际情况，制定资金划转及清算办法和会计核算手续的补充规定。农村信用社与农业银行脱钩后，全省农村信用社会计核算工作，由省农村金融体制改革领导小组办公室领导。农业银行山东省分行、省农村金融体制改革领导小组办公室分别下发调整农业银行、农村信用社的会计科目。
1997年，中国工商银行制定《关于加强会计管理的实施方案》和配套办法，工商银行山东省分行制定实施细则，对会计核算制度、办法、规定进行清理，明确中心的机构设置、人员安排，进行综合性经营机构和综合柜员制试点，对软件开发、人员培训进行安排。农业银行山东省分行贯彻执行中国农业银行《会计基本制度》，会计核算工作实行“统一制度，统负盈亏，分级经营，分级核算”的原则，县（市、区）支行为会计核算的基本单位，会计核算实行权责发生制，记账方法按复式记账原理，采用借贷记账法，表外科目采用单式收复记账法。建设银行山东省分行推行会计账务集中和财务分级分类管理，各行财务收支全部纳入本级财会部门归口管理，一级、二级分行新设立的会计核算中心和会计稽核中心开始发挥监督作用，全行实行预拨费用制度，对部分县支行实行报账制度。城市合作银行会计核算工作以不断规范和统一支行核算标准为重点。
同年，省农村金融体制改革领导小组办公室制定农村信用社《会计达标升级实施办法》，并在全省2440个信用社及营业部开展会计达标升级活动；下发《省辖电子汇兑系统管理办法和有关规定的通知》《特约汇兑往来业务试行办法、核算手续及有关管理规定的通知》等文件，并随通知印发《电子汇兑系统汇差资金管理办法》《电子汇兑业务会计核算手续》《省内银行汇票结算办法》《省内银行汇票会计核算手续》。
1998年，人民银行山东省分行根据国务院《整顿银行账外账及违规经营工作实施方案》要求，组织对山东省银行金融机构账外账及违规经营的整顿工作。同年，财政部下发《关于修改金融机构应收利息核算年限及呆账准备金提取办法的通知》，规定应收未收利息核算年限由2年缩短为1年；呆账准备金由按年初贷款余额1%的差额提取改为按年底余额1%的差额提取，并从成本中列支，当年核销的准备金在下年予以补提；对金融企业实际呆账超过1%部分，当年应按全额补提呆账准备金，但缴纳所得税时应作纳税调整。同年，财政部、国家税务总局联合下发《关于农村信用社征收营业税等有关问题的通知》，继续给予农村信用社减免税照顾，对1998年、1999年的营业税分别按6%、7%的税率征收，2000年恢复按8%税率征收。11月，转发省国家税务局《关于印发〈山东省企业所得税税前扣除项目申报审批管理办法〉的通知》，规定将城乡信用社呆账贷款的核销列为所得税税前扣除项目，并对呆账贷款的认定、审批条件、申报审批程序作出明确规定。
1999年，中国人民银行会计和财务工作管理体制发生重大变化。人民银行济南分行负责山东、河南两省除人民银行郑州中心支行外的各中心支行、郑州金融监管办公室，河南金融干部管理学院、山东银行学校的财务管理工作。人民银行郑州中心支行负责所辖县级支行的财务管理工作，按照中国人民银行授权，负责管理河南省内由中国人民银行拨付专项资金安排的专项建设项目。会计管理体制基本与财务管理体制保持一致，原则由分行统一集中管理。人民银行济南分行全面负责山东、河南两省人民银行的会计核算工作，负责审核各中心支行包括郑州中心支行的会计报表。同年，人民银行济南分行规范会计财务制度，先后印发《会计内部控制实施办法》《〈中央银行会计核算系统管理规定〉实施细则》《会计基础工作检查提纲》《主管行长会计工作监督检查指导意见》等文件。至2001年，河南省中心支行财务管理工作移交郑州中心支行。
国家开发银行实行“统一管理，独立核算，保本经营”的财务管理体制及“一级法人，两级核算，统负盈亏，集中损益”的财会管理体制。根据国家开发银行《财务管理暂行办法》，开发银行济南分行制定会计核算、会计凭证、会计报表、费用管理等一系列会计财务制度，建立财务分析和考核制度，加强财务监督和管理。
工商银行山东省分行进一步严格财务管理权限，制定《应付利息集中核算办法》。农业银行山东省分行制定会计业务集中监督管理办法和操作规程，开展会计基础工作规范化和创建会计工作“铁账本、铁规章、铁算盘”活动。中国银行山东省分行会计部门完成由核算会计向管理会计转变，推广“新一代”和2000年改造版本会计系统，完成全辖业务集中处理，实现按月计提应付利息，按月核算损益。建设银行山东省分行整理编纂《会计业务操作手册》，制定IC卡会计核算及资金清算手续、代收代缴罚款会计核算手续、代收费会计核算手续等一系列规章制度。
1999年1月1日起，全省农村信用社实施中国人民银行新制定的农村信用社会计基本制度和出纳制度。财政部、国家税务总局通知，农村信用社自1999年1月1日至2000年12月31日仍按照6%的税率缴纳营业税。11月，人民银行济南分行下发《山东特约联行汇兑清算系统管理暂行办法及其会计核算手续的通知》《关于印发修订的〈山东省特约银行汇票办法〉及其会计核算手续的通知》。12月，人民银行济南分行就亏损农村信用社的股金分红问题下发《关于明确农村信用社股金分红会计处理手续的通知》。
2000年，各家银行新《会计法》正式实施。人民银行济南分行制定《会计监督检查制度》，对分行营业管理部和辖区中心支行（除郑州中心支行外）进行全面会计检查。开发银行济南分行加强会计基础工作，制定《营业部会计核算操作规程》《费用管理实施细则》《重要空白凭证管理实施细则》等10项财会管理制度办法。农业发展银行山东省分行加强会计基础建设和管理，狠抓会计等级行考评，制定实施《经费开支实拨资金管理和核算暂行办法》。各商业银行全面加强会计核算系统建设，强化内部成本、利润核算。
2001年，人民银行济南分行在山东省推广中央银行会计核算事后监督系统，推广新版中央银行会计核算系统、会计报表，开发会计核算登记簿系统。
2001年1月起，全省农村信用社执行财政部、国家税务总局《关于农村信用社所得税政策问题的通知》，10月1日起，开始执行财政部、国家税务总局《关于降低农村信用社营业税税率的通知》。同年，农村信用社会计核算增加农户小额信用贷款、农户联保贷款和助学贷款等科目。
2002年，中国人民银行会计司在济南举办中央银行会计核算事后监督系统培训班，集中推广人民银行济南分行做法。同年，人民银行济南分行在东营、枣庄、聊城、菏泽、日照等市中心支行推行会计核算“四集中”（会计核算集中、会计事后监督集中、联行查询集中、会计档案集中）系统。完成中央银行资金管理网络系统、银行账户管理信息系统的开发，制定《银行账户管理信息系统管理办法》，在烟台等9个市中心支行推广运行银行账户管理信息系统。
农业发展银行山东省分行、青岛分行先后印发《电子联行管理与核算试行办法》《银行承兑汇票会计核算办法》《关于加强电子联行资金调拨管理的通知》《关于电子联行非人民银行通汇行资金调拨管理有关问题的通知》等，对县级支行进行电子联行资金管理培训。
工商银行山东省分行应用财务管理系统，制定《财务中心核算管理办法》，推行信贷质量五级分类足额提取呆账准备金制度。农业银行山东省分行修订与新一代综合应用系统相配套的会计制度，开发会计业务集中核算系统，建立以市分行为基本核算单位的“一账、一库、一号、一中心”的财会管理核算体系；在泰安、东营、莱芜市分行推行城区扁平化管理和集中核算改革试点。中国银行山东省分行利用报表系统建立的预测数据模型，对全辖主要的财务指标和利率状况进行实时监控。建设银行山东省分行新一代综合业务系统（CBS）全面上线运行，实现统一会计核算、储蓄业务、个人银行业务和外汇业务会计核算并入大的会计结算体系，成立会计基础管理工作领导小组，组织会计基础工作管理检查。股份制商业银行一批会计核算系统上线。并制定一批会计核算的规章制度和办法。
2003年1月1日起，银行业金融机构执行中国人民银行《银行会计基本规范指导意见》和《银行会计档案管理办法》。同年，中国人民银行颁布《中央银行会计集中核算系统管理办法》等制度。人民银行济南分行推广应用中央银行会计集中核算系统，全面加强会计“四集中”核算管理和会计核算内控管理，对会计核算“四集中”进行联行安全检查，制定会计“四集中”业务管理补充规定和监督检查制度。
工商银行山东省分行制定《会计核算管理一体化改革方案》，全省16个市分行全部完成核算管理一体化职能转换和人员交接，建立核算中心、事后监督中心和现金中心；修订《综合业务核算事后监督实施细则》等制度规定，应用业务核算预警监控与分析系统，实现下管一级，监控两级的内控管理要求，并在烟台市分行开展总会计委派制试点。农业银行山东省分行在全省建立以二级分行为单位的集中财会核算体系和“大会计”核算体系，强化财会核算统一管理和内控制度。推广应用成本控制效益分析系统，制定一柜通业务管理办法和操作规程。
省农村金融体制改革领导小组办公室印发《山东省农村信用社会计出纳检查辅导实施办法（试行）》，进一步加强对农村信用社基层营业网点会计核算工作的管理。
2004年，中国人民银行对人民币银行账户管理系统的总体结构进行重大调整，由市（地）分布结构改为省级集中式结构，由在337个市（地）以上城市建立分（支）行级次数据处理中心改为只在省会城市和深圳建立省级数据处理中心；完善《人民币银行结算账户管理办法》，制定其实施细则和军队单位、武警部队单位银行账户管理规定。
同年，工商银行山东省分行、青岛分行先后投产运行包含保证金管理、凭证式国债集中管理、银行卡集中、外汇买卖集中平盘及远期结售汇等30个系统项目的会计核算及业务管理系统。该系统按照谁受益、谁承担的原则，将财务成本分摊到部门和产品，根据成本中心性质，划分为经营性、管理性等不同类别，根据成本分类采取直接、共享、分摊、领用等还原方式，对部门职责、业务流程等进行具体规定。农业银行山东省分行完成会计集中核算二期工程，全面启动会计基础管理工程，加强制度和系统平台建设，完善对各行会计基础工作的量化考核，实现全省977个联行机构的新系统推广应用，停用全国电子汇兑、实时汇兑和老银行汇票系统；推行基层营业所会计主管委派制度。中国银行山东省分行完成全辖MERVA系统和收付清算上收总行信息中心工作。建设银行山东省分行执行新的金融企业会计制度，下发新制度执行后会计核算调整的有关规定，并进行制度培训和系统优化改造。股份制商业银行进一步完善各项会计核算管理制度。华夏银行济南分行推行集中会计监督系。
当年起，农村信用社管理部门的管理费由省农村信用社联社统筹统支，各市派出机构所需经费由省农村信用社联社统一拨付，各市农村金融体制改革领导小组办公室（市农村信用社联社）不得再向县（市、区）联社提取管理费，更不得变相借用费用，已预提的从省联社应拨付的金额中扣除。同年，省联社下发《关于印发山东省农村信用社〈股金管理办法〉、〈股金管理系统会计核算手续〉、〈股金管理系统操作规程〉的通知》。
2005年，人民银行济南分行组织完成大额支付系统技术工程建设工作，包括中央银行会计集中核算系统2.6的推广、全国统一人民币结算账户系统的推广，开发新老账户数据转换程序。制定《会计基本制度实施方案》。
农业银行山东省分行推广应用大额支付系统和账户管理系统，完成2166个ABIS机构的数据上收和新会计科目界定工作，开展1531个经营机构的拉网式操作风险专项检查，试点财会监管系统。中国银行山东省分行在制度建设、信息披露、财务管理、落实外部审计等方面加强会计管理和核算，在全省开展股改资产尽职调查和战略投资者财务尽职调查。建设银行山东省分行出台《集中对账实施方案》，制定《总会计管理暂行办法》，实现事前、事中、事后全程督控；制定《数据集中系统管理实施细则》。截至年底，该行共有会计机构743个，全部通过城市综合网系统进行会计核算。
股份制商业银行城市商业银行会计核算管理进一步加强。2005年，省农村信用社联社转发中国人民银行《人民币结算账户管理办法实施细则》，在全省农村信用社推广使用人民银行结算账户管理系统，并先后印发《以县（市、区）为单位统一法人会计核算指导意见》《抵债资产会计核算手续》等。10—11月，全省农村信用社分4批进行会计科目改造，这是全省农村信用社综合业务网络系统的一次重大优化升级。