一、管理机构
1986年，省水产局渔政处设立安电科，负责渔业安全、渔业电信、水生野生动物保护及渔业环境保护。市（地）水产局（主管局）相继设立渔政科（站），主要负责渔政管理和水生野生动物保护工作。
2000年，省海洋与渔业厅渔政处设环保科，主要负责水生野生动物保护管理工作，渔业环境保护大部分工作划给海洋环境保护处。绝大部分市海洋与渔业（主管）局继续保留渔政科（站），主要负责渔政管理、水生野生动物保护和渔业环境保护工作。2003年5月，青岛市海洋与渔业局设立山东省第一个水生野生动植物保护办公室，与局渔政处一个机构、两块牌子。
二、水生野生动物保护对象、范围
《中华人民共和国野生动物保护法》规定，水生野生动物保护的对象和范围分为以下几个方面：
《国家重点保护野生动物名录》中的水生野生动物。1988年，国务院批准发布《国家重点保护野生动物名录》，列出国家重点保护水生野生动物80个种类，其中属国家一级保护动物的有鳍豚、中华鲟、白鲟、鼋、儒艮、中华白海豚等共13个种类，属国家二级保护动物的有文昌鱼、江豚、胭脂鱼、鲸鱼等67个种类。
《山东省重点保护野生动物名录》中的水生野生动物。1991年12月11日，省政府转发《山东省林业局、山东省水产局关于公布〈山东省重点保护野生动物名录〉的通知》，名录中受保护的水生野生动物有乌龟、海龟、多鳞铲颌鱼等16种。2003年6月2日，济宁市泗水县清界水库（中小型水库）突现中华桃花水母。该物种是动物界最低等的无脊椎动物，距今已有15亿年的历史，具有一定的科技、学术价值，被国家列入《中国红色物种名录》。
《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录禁止或限制贸易的水生野生动物。《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ中禁止贸易和限制贸易的重要水生野生动物物种300多个种类。中国是公约缔约国之一，山东省将公约中禁止或限制贸易的物种纳入保护对象和范围。
除上述水生野生动物外，全省其他水生野生动物属水产经济动物，按照《渔业法》的有关规定进行保护和管理。
三、水生野生动物利用特许管理制度
农业部主管全国水生野生动物利用特许管理工作，负责国家一级保护水生野生动物或其产品的特许审批。省级渔业行政主管部门所属渔政处负责本行政区域内水生野生动物或其产品特许申请的审核。
申请水生野生动物或其产品利用特许的单位和个人，必须填报《水生野生动物利用特许证件申请表》，经审批机关批准后领取水生野生动物利用特许证件，证件包括《水生野生动物利用特许捕捉证》《水生野生动物驯养繁殖许可证》《水生野生动物利用特许运输证》《水生野生动物经营利用许可证》。
四、保护管理工作
（一）资源调查
1989年，《中华人民共和国野生动物保护法》实施以后，通过在全省开展水生野生动植物资源的调查摸底，基本掌握水生野生动植物资源情况，全省有国家、省重点保护水生野生动物37种，其中国家一级保护水生野生动物3纲3目4科共4种：儒艮、鼋、多鳃孔舌形虫、黄岛长吻虫；国家二级保护水生野生动物5纲8目8科共25种：绿海龟、玳瑁、棱皮龟、山瑞鳖、大鲵、克氏海马鱼、花鳗鲡、胭脂鱼、文昌鱼、鳍足目的海狗、海马、海狮、海豹等及其他鲸类的长须鲸、蓝鲸、抹香鲸等；省重点保护的水生野生动物有5纲7科共8种：乌龟、海龟、多鳞铲颌鱼（泰山赤鳞鱼）、柱头虫、酸酱贝等。山东省根据农业部渔业局的要求和管理工作的需要，先后进行海马及其他海马科物种调查和鲟鳇鱼养殖情况的调查，泰山赤鳞鱼等珍稀、濒危物种调查，鲨鱼及其制品进出口情况的调查。2002年根据农业部办公厅要求，编制完成《山东省水生野生动植物保护名录》，充实了山东省水生野生动植物保护种类，对物种进行翔实概述，为物种鉴定和水生野生动物保护管理提供依据和参考。
（二）水生野生动物许可管理
1999年9月1日，《中华人民共和国水生野生动物利用特许办法》实施后，山东省水生野生动物及其产品经营利用活动发展迅速，驯养繁殖业不断扩大。为加强有效监管，规范管理，根据国家及省野生动物保护法律、法规规定，依法实行捕捉、运输、经营利用、驯养繁殖的许可证管理，初步建立许可管理制度。各级渔业行政主管部门及其渔政监督管理机构对申请许可证的单位和个人，严格按照法定条件和程序审核、报批。1999—2005年，全省共发放水生野生动物驯养繁殖、经营利用、运输许可证300多件，办理水生野生动物及其产品进出口审核转报100多件，支持企业出口创汇9亿多元。
（三）执法检查
随着经济建设的发展，捕杀和破坏水生野生动植物及繁育环境的违法行为日益频繁，致使水生野生动物的生存繁衍、栖息场所受到严重威胁，生态环境遭到破坏，珍稀物种资源减少，有的濒临灭绝。1989—2005年，全省各级渔业行政主管部门及其渔政管理机构，贯彻执行《中华人民共和国野生动物保护法》《山东省实施〈中华人民共和国野生动物保护法〉办法》《中华人民共和国水生野生动物保护实施条例》等法律法规，加强对水生野生动物保护管理，联合公安、工商、林业等部门，开展经常性的执法检查，依法严肃查处非法收购、贩卖、运输水生野生动物的违法案件。全省共查处非法运输、经营国家重点保护水生野生动物案件30余起。2003年，贯彻落实《农业部、国家工商行政管理总局、海关总署、公安部〈关于严厉打击非法捕捉和经营利用野生动物行为的紧急通知〉》和农业部办公厅《关于贯彻执行〈关于严厉打击非法捕捉和经营利用野生动物行为的紧急通知〉的通知》精神，省海洋与渔业厅渔政处联合济南市渔政处开展为期一个多月的全市执法大检查，对60余处大中型酒店、水族馆、水产品市场、保健品批发市场等经营利用水生野生动物的单位和场所进行检查，查没一批中华鲟等国家重点保护水生野生动物；与济宁市渔业局渔政科、泗水县渔政站联合检查济宁市的餐饮业和鲟鱼养殖场，严厉查处非法经营水生野生动物行为。
（四）救护放生
在各级渔政行政主管部门及其渔政监督管理机构重视搞好水生野生动物救护放生工作，对渔民误捕、搁浅的重点保护水生野生动物，及时采取措施予以救治，在其恢复健康后，尽快安全放生。在社会各界的支持下，全省水生野生动物救护工作取得很大成绩。截至2005年，山东省共救助水生野生动物13种、近百只，其中有中华鲟、斑海豹、江豚、棱皮龟、绿海龟、玳瑁、黑露脊鲸、大鲵、龟、海豚、丽龟、海豹等。
第四节 水生野生动物保护
一、管理机构
1986年，省水产局渔政处设立安电科，负责渔业安全、渔业电信、水生野生动物保护及渔业环境保护。市（地）水产局（主管局）相继设立渔政科（站），主要负责渔政管理和水生野生动物保护工作。
2000年，省海洋与渔业厅渔政处设环保科，主要负责水生野生动物保护管理工作，渔业环境保护大部分工作划给海洋环境保护处。绝大部分市海洋与渔业（主管）局继续保留渔政科（站），主要负责渔政管理、水生野生动物保护和渔业环境保护工作。2003年5月，青岛市海洋与渔业局设立山东省第一个水生野生动植物保护办公室，与局渔政处一个机构、两块牌子。
二、水生野生动物保护对象、范围
《中华人民共和国野生动物保护法》规定，水生野生动物保护的对象和范围分为以下几个方面：
《国家重点保护野生动物名录》中的水生野生动物。1988年，国务院批准发布《国家重点保护野生动物名录》，列出国家重点保护水生野生动物80个种类，其中属国家一级保护动物的有鳍豚、中华鲟、白鲟、鼋、儒艮、中华白海豚等共13个种类，属国家二级保护动物的有文昌鱼、江豚、胭脂鱼、鲸鱼等67个种类。
《山东省重点保护野生动物名录》中的水生野生动物。1991年12月11日，省政府转发《山东省林业局、山东省水产局关于公布〈山东省重点保护野生动物名录〉的通知》，名录中受保护的水生野生动物有乌龟、海龟、多鳞铲颌鱼等16种。2003年6月2日，济宁市泗水县清界水库（中小型水库）突现中华桃花水母。该物种是动物界最低等的无脊椎动物，距今已有15亿年的历史，具有一定的科技、学术价值，被国家列入《中国红色物种名录》。
《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录禁止或限制贸易的水生野生动物。《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ中禁止贸易和限制贸易的重要水生野生动物物种300多个种类。中国是公约缔约国之一，山东省将公约中禁止或限制贸易的物种纳入保护对象和范围。
除上述水生野生动物外，全省其他水生野生动物属水产经济动物，按照《渔业法》的有关规定进行保护和管理。
三、水生野生动物利用特许管理制度
农业部主管全国水生野生动物利用特许管理工作，负责国家一级保护水生野生动物或其产品的特许审批。省级渔业行政主管部门所属渔政处负责本行政区域内水生野生动物或其产品特许申请的审核。
申请水生野生动物或其产品利用特许的单位和个人，必须填报《水生野生动物利用特许证件申请表》，经审批机关批准后领取水生野生动物利用特许证件，证件包括《水生野生动物利用特许捕捉证》《水生野生动物驯养繁殖许可证》《水生野生动物利用特许运输证》《水生野生动物经营利用许可证》。
四、保护管理工作
（一）资源调查
1989年，《中华人民共和国野生动物保护法》实施以后，通过在全省开展水生野生动植物资源的调查摸底，基本掌握水生野生动植物资源情况，全省有国家、省重点保护水生野生动物37种，其中国家一级保护水生野生动物3纲3目4科共4种：儒艮、鼋、多鳃孔舌形虫、黄岛长吻虫；国家二级保护水生野生动物5纲8目8科共25种：绿海龟、玳瑁、棱皮龟、山瑞鳖、大鲵、克氏海马鱼、花鳗鲡、胭脂鱼、文昌鱼、鳍足目的海狗、海马、海狮、海豹等及其他鲸类的长须鲸、蓝鲸、抹香鲸等；省重点保护的水生野生动物有5纲7科共8种：乌龟、海龟、多鳞铲颌鱼（泰山赤鳞鱼）、柱头虫、酸酱贝等。山东省根据农业部渔业局的要求和管理工作的需要，先后进行海马及其他海马科物种调查和鲟鳇鱼养殖情况的调查，泰山赤鳞鱼等珍稀、濒危物种调查，鲨鱼及其制品进出口情况的调查。2002年根据农业部办公厅要求，编制完成《山东省水生野生动植物保护名录》，充实了山东省水生野生动植物保护种类，对物种进行翔实概述，为物种鉴定和水生野生动物保护管理提供依据和参考。
（二）水生野生动物许可管理
1999年9月1日，《中华人民共和国水生野生动物利用特许办法》实施后，山东省水生野生动物及其产品经营利用活动发展迅速，驯养繁殖业不断扩大。为加强有效监管，规范管理，根据国家及省野生动物保护法律、法规规定，依法实行捕捉、运输、经营利用、驯养繁殖的许可证管理，初步建立许可管理制度。各级渔业行政主管部门及其渔政监督管理机构对申请许可证的单位和个人，严格按照法定条件和程序审核、报批。1999—2005年，全省共发放水生野生动物驯养繁殖、经营利用、运输许可证300多件，办理水生野生动物及其产品进出口审核转报100多件，支持企业出口创汇9亿多元。
（三）执法检查
随着经济建设的发展，捕杀和破坏水生野生动植物及繁育环境的违法行为日益频繁，致使水生野生动物的生存繁衍、栖息场所受到严重威胁，生态环境遭到破坏，珍稀物种资源减少，有的濒临灭绝。1989—2005年，全省各级渔业行政主管部门及其渔政管理机构，贯彻执行《中华人民共和国野生动物保护法》《山东省实施〈中华人民共和国野生动物保护法〉办法》《中华人民共和国水生野生动物保护实施条例》等法律法规，加强对水生野生动物保护管理，联合公安、工商、林业等部门，开展经常性的执法检查，依法严肃查处非法收购、贩卖、运输水生野生动物的违法案件。全省共查处非法运输、经营国家重点保护水生野生动物案件30余起。2003年，贯彻落实《农业部、国家工商行政管理总局、海关总署、公安部〈关于严厉打击非法捕捉和经营利用野生动物行为的紧急通知〉》和农业部办公厅《关于贯彻执行〈关于严厉打击非法捕捉和经营利用野生动物行为的紧急通知〉的通知》精神，省海洋与渔业厅渔政处联合济南市渔政处开展为期一个多月的全市执法大检查，对60余处大中型酒店、水族馆、水产品市场、保健品批发市场等经营利用水生野生动物的单位和场所进行检查，查没一批中华鲟等国家重点保护水生野生动物；与济宁市渔业局渔政科、泗水县渔政站联合检查济宁市的餐饮业和鲟鱼养殖场，严厉查处非法经营水生野生动物行为。
（四）救护放生
在各级渔政行政主管部门及其渔政监督管理机构重视搞好水生野生动物救护放生工作，对渔民误捕、搁浅的重点保护水生野生动物，及时采取措施予以救治，在其恢复健康后，尽快安全放生。在社会各界的支持下，全省水生野生动物救护工作取得很大成绩。截至2005年，山东省共救助水生野生动物13种、近百只，其中有中华鲟、斑海豹、江豚、棱皮龟、绿海龟、玳瑁、黑露脊鲸、大鲵、龟、海豚、丽龟、海豹等。