一、渔业许可证制度
1987年，《山东省实施〈中华人民共和国渔业法〉办法》规定，凡在山东省登记注册，从事捕捞生产的渔船，均需持有省渔业行政主管部门统一印制的《山东省海洋捕捞许可证》或《山东省淡水捕捞许可证》。海洋捕捞许可证由渔船主向其所属的渔政监督管理机构提出申请，经审查逐级上报，按下列权限批准发放：海洋大型拖网、围网作业的捕捞许可证，由省渔业行政主管部门转报国务院渔业行政主管部门批准发放；海洋44.1千瓦（60马力）以上的各种机动捕捞渔船，由省渔业行政主管部门批准发放，按前项规定由国务院渔业行政主管部门批准的除外；海洋44.1千瓦以下（不含44.1千瓦）的各类机动捕捞渔船，由市（地）渔业行政主管部批准发放；海洋非机动捕捞渔船，由县（市、区）渔业行政主管部门批准发放；内陆水域各类捕捞渔船捕捞许可证的核发办法，由市（地）渔业行政主管部门制定，报省渔业行政主管部门备案。各级渔业行政主管部门发放的海洋捕捞许可证，不得超过国家下达的船只、千瓦（马力）控制指标。非机动捕捞渔船的控制指标，由省渔业行政主管部门下达。捕捞许可证每年进行一次年审。1990年修订的《山东省实施〈中华人民共和国渔业法〉办法》取消市级渔业行政主管部门海洋渔业捕捞许可证的审批发放权限，收归省级渔业行政主管部门。
1989年8月7日，交通部和农业部就港航监督、船舶检验等水上交通安全管理问题协商达成一致意见：凡在国内（包括内陆水域和海洋）航行、作业的渔业船舶，其船舶登记、检验、船员考试等安全监督管理工作由渔港监督、渔船检验部门负责；长期从事营业性运输的渔业船舶，应经其经营单位上级主管部门批准并向渔港监督部门申请办理船舶注销手续，交回有关证书后，改由交通部门负责其船舶登记、检验、船员考试等水上交通安全管理工作；渔业船舶临时从事营业性运输时，除另有规定外，持渔港监督、渔船检验部门签发的船舶登记、检验、船员职务等证书向交通部门申请办理运输许可证；远洋渔业船舶，其船舶国籍证书、船员职务证书由渔港监督机构签发。全省渔港监督和渔船检验部门按要求完成职能转换，按新的分工开展渔船管理工作。
1993年，省水产局印发《山东省海洋捕捞许可证规范》，加强海洋捕捞许可证的管理。
1994年，旧证到期，换发新证。换证以省渔业行政主管部门为主，成立省换证领导小组，历时10个月，全省共换发海洋捕捞许可证28991本，主机功率合计813795马力，收缴渔业资源费1360余万元，全部输入微机立档，在全国率先实现海洋捕捞渔船许可证计算机管理。
1999年，山东省规定，凡属于水产系统为渔业生产服务的收购运销船、鲜销船、冷藏加工船、油船、供应船等均为渔业辅助船。第一次将辅助船纳入微机管理。木帆船捕捞许可证由省渔业行政主管部门统一印制，县（市、区）渔业行政主管部门批准发放。
2000年，农业部下发《关于开展首次全国海洋渔业船舶普查的通知》，普查对象为《中华人民共和国渔港水域交通安全管理条例》规定的从事海洋渔业生产的船舶和为海洋渔业生产服务的船舶。山东省共普查渔船49948艘，主机功率合计1864900千瓦。其中捕捞渔船41121艘，主机功率合计1638343千瓦。属省管渔船40910艘，主机功率合计1540061千瓦（扣除600马力以上渔船143艘，92515千瓦；玻璃钢渔船68艘，计5767千瓦）；养殖渔船7593艘；其他渔船1234艘。捕捞渔船中，“三证”（渔船检验证、渔船登记证、渔业捕捞许可证）齐全渔船34651艘，主机功率合计1414495千瓦；“三证”不齐渔船5464艘，主机功率合计193032千瓦；“三无”渔船1006艘，主机功率合计30816千瓦；主机功率不符渔船8653艘；三证齐全但未贴附功率凭证渔船3998艘，主机功率合计216747千瓦。对查出的有问题船只按有关规定进行了处理。
2002年，农业部颁布《渔业捕捞许可管理规定》，明确国家对捕捞业实行船网工具控制指标管理，实行捕捞许可证制度和捕捞限额制度；渔业捕捞许可证、船网工具控制指标等证书的审批和签发实行签发人制度；海洋捕捞渔船分为大、中、小三种类型；海洋捕捞作业场所分为A、B、C、D四类渔区；渔业捕捞许可证分为海洋渔业捕捞许可证、公海渔业捕捞许可证、内陆渔业捕捞许可证、专项（特许）渔业捕捞许可证、临时渔业捕捞许可证、外国渔船捕捞许可证、捕捞辅助船许可证7种，海洋渔业捕捞许可证和内陆渔业捕捞许可证的使用期限为5年，其他种类渔业捕捞许可证的使用期限根据实际需要确定，但最高不超过3年；作业类型分为刺网、围网、拖网、张网、钓具、耙刺、陷阱、笼壶和杂渔具（含地拉网、敷网、抄网、掩罩及其他杂渔具）共9种。并对捕捞许可证的发放条件和年审作出明确规定。山东省按照农业部要求，进一步规范了渔业许可证管理工作。
二、“双控”制度
为压减捕捞强度，实现捕捞强度与渔业资源状况相适应的目标，国家自1987年开始对全国海洋捕捞渔船船数和功率数实行总量控制（简称“双控”）制度。经过全省各级渔业行政主管部门和执法机构的共同努力，建立健全了渔船“双控”工作责任和落实机制，建立船网工具指标审批，渔船检验、登记、捕捞许可证发放等环节的管理制度，完善了渔船准造、更新改造、购置等环节的管理措施。“双控”制度的实施在调整产业结构、控制捕捞强度、全面提升渔船管理水平、促进渔业和渔区经济社会可持续发展方面发挥重要作用。
“七五”时期，国家下达给山东省的近海捕捞机动渔船控制指标为：至1990年底，船数减至16203艘，马力数减至59.1万马力；与1986年普查数相比，船数核减5177艘，马力数核减13.3万马力。外海和远洋渔船不在控制指标内。
“八五”时期，国家下达给山东省的渔船功率控制指标总数为108万马力，其中近海指标为103万马力，外海指标为5万马力；与1990年相比，功率数增加10.92万马力。并将外海渔船纳入控制指标管理。指标总数中由黄渤海区渔政局掌握的为17万马力。渔船船数未作规定。
“九五”时期，国家下达给山东省的海洋捕捞渔船控制指标为：船数44809艘，功率数990479千瓦。远洋渔船原则上不受控制指标限制。
2003—2010年，国家下达给山东省的海洋捕捞业船网工具每年控制指标为：船数30593艘，功率数1318921千瓦。船数和功率数分别比2002年底的35363艘、1472874千瓦减少4770艘、153953千瓦。专业远洋渔船不受控制指标限制。
三、渔船建造审批制度
1987年，省水产局规定：未经主管部门批准，一律不得新增近海捕捞渔船；更新建造渔船，必须报经省主管部门批准，经船检部门检验后方可给予签发证件；凡已报废渔船，不得继续从事捕捞生产；确定进行外海捕捞生产的渔船，不得在近海作业；买卖渔船，必须同时办理捕捞许可证过户手续。
1992年，省水产局重申，新造渔船必须持有渔政部门开具的造船证明，凡未按规定建造的渔船，船检部门不予检验，渔政部门不予补办许可证手续。对不执行规定擅自承接造船的单位，省水产局不予发放《海洋捕捞渔船建造生产许可证》。
1995年，为加强渔船管理，省水产局和省工商局联合下发《关于加强渔船建造管理的通知》，规定机动渔船更新，必须经渔船检验部门检验，确认已无使用价值，取得报废证明后，填写《山东省更新（新造）渔船申请表》，逐级上报至省水产局审批，发给《山东省更新（新造）渔船通知单》，由申请单位持单办理建造及检验手续，未取得《山东省更新（新造）渔船通知单》的，任何厂家不得私自建造渔船，渔船检验部门不得检验。省水产局、省工商局派出工作组对全省17家渔船建造厂进行检查，查出12家渔船修造厂违规建造的渔船84艘。
1999年，农业部下发《关于加强海洋渔船管理的紧急通知》，对渔船的审批原则、渔船的审批权限、渔船审批发证程序等作出明确规定。山东省下发《关于严格控制近海捕捞渔船的紧急通知》，规定从1999年起，各地一律不准新增近海捕捞渔船。
2001年，省海洋与渔业厅下发《关于进一步加强海洋渔业船舶管理的通知》，要求申请渔船报废，船舶所有人必须到渔船检验机构申请渔船报废鉴定，由渔船检验机构出具全省统一格式的《检验鉴定书》。渔船申请更新的，必须填写《山东省更新（新建）渔船申请表》，并持渔船检验机构出具的《检验鉴定书》或渔港监督机构出具的《渔业船舶所有权国籍注销登记书》和原渔业捕捞许可证到渔政机构办理更新手续。经审核符合规定的，由省海洋与渔业厅渔政处开具《山东省批准更新（新造）渔船通知单》，申请人持单办理有关建造手续。
第一节 渔船管理
一、渔业许可证制度
1987年，《山东省实施〈中华人民共和国渔业法〉办法》规定，凡在山东省登记注册，从事捕捞生产的渔船，均需持有省渔业行政主管部门统一印制的《山东省海洋捕捞许可证》或《山东省淡水捕捞许可证》。海洋捕捞许可证由渔船主向其所属的渔政监督管理机构提出申请，经审查逐级上报，按下列权限批准发放：海洋大型拖网、围网作业的捕捞许可证，由省渔业行政主管部门转报国务院渔业行政主管部门批准发放；海洋44.1千瓦（60马力）以上的各种机动捕捞渔船，由省渔业行政主管部门批准发放，按前项规定由国务院渔业行政主管部门批准的除外；海洋44.1千瓦以下（不含44.1千瓦）的各类机动捕捞渔船，由市（地）渔业行政主管部批准发放；海洋非机动捕捞渔船，由县（市、区）渔业行政主管部门批准发放；内陆水域各类捕捞渔船捕捞许可证的核发办法，由市（地）渔业行政主管部门制定，报省渔业行政主管部门备案。各级渔业行政主管部门发放的海洋捕捞许可证，不得超过国家下达的船只、千瓦（马力）控制指标。非机动捕捞渔船的控制指标，由省渔业行政主管部门下达。捕捞许可证每年进行一次年审。1990年修订的《山东省实施〈中华人民共和国渔业法〉办法》取消市级渔业行政主管部门海洋渔业捕捞许可证的审批发放权限，收归省级渔业行政主管部门。
1989年8月7日，交通部和农业部就港航监督、船舶检验等水上交通安全管理问题协商达成一致意见：凡在国内（包括内陆水域和海洋）航行、作业的渔业船舶，其船舶登记、检验、船员考试等安全监督管理工作由渔港监督、渔船检验部门负责；长期从事营业性运输的渔业船舶，应经其经营单位上级主管部门批准并向渔港监督部门申请办理船舶注销手续，交回有关证书后，改由交通部门负责其船舶登记、检验、船员考试等水上交通安全管理工作；渔业船舶临时从事营业性运输时，除另有规定外，持渔港监督、渔船检验部门签发的船舶登记、检验、船员职务等证书向交通部门申请办理运输许可证；远洋渔业船舶，其船舶国籍证书、船员职务证书由渔港监督机构签发。全省渔港监督和渔船检验部门按要求完成职能转换，按新的分工开展渔船管理工作。
1993年，省水产局印发《山东省海洋捕捞许可证规范》，加强海洋捕捞许可证的管理。
1994年，旧证到期，换发新证。换证以省渔业行政主管部门为主，成立省换证领导小组，历时10个月，全省共换发海洋捕捞许可证28991本，主机功率合计813795马力，收缴渔业资源费1360余万元，全部输入微机立档，在全国率先实现海洋捕捞渔船许可证计算机管理。
1999年，山东省规定，凡属于水产系统为渔业生产服务的收购运销船、鲜销船、冷藏加工船、油船、供应船等均为渔业辅助船。第一次将辅助船纳入微机管理。木帆船捕捞许可证由省渔业行政主管部门统一印制，县（市、区）渔业行政主管部门批准发放。
2000年，农业部下发《关于开展首次全国海洋渔业船舶普查的通知》，普查对象为《中华人民共和国渔港水域交通安全管理条例》规定的从事海洋渔业生产的船舶和为海洋渔业生产服务的船舶。山东省共普查渔船49948艘，主机功率合计1864900千瓦。其中捕捞渔船41121艘，主机功率合计1638343千瓦。属省管渔船40910艘，主机功率合计1540061千瓦（扣除600马力以上渔船143艘，92515千瓦；玻璃钢渔船68艘，计5767千瓦）；养殖渔船7593艘；其他渔船1234艘。捕捞渔船中，“三证”（渔船检验证、渔船登记证、渔业捕捞许可证）齐全渔船34651艘，主机功率合计1414495千瓦；“三证”不齐渔船5464艘，主机功率合计193032千瓦；“三无”渔船1006艘，主机功率合计30816千瓦；主机功率不符渔船8653艘；三证齐全但未贴附功率凭证渔船3998艘，主机功率合计216747千瓦。对查出的有问题船只按有关规定进行了处理。
2002年，农业部颁布《渔业捕捞许可管理规定》，明确国家对捕捞业实行船网工具控制指标管理，实行捕捞许可证制度和捕捞限额制度；渔业捕捞许可证、船网工具控制指标等证书的审批和签发实行签发人制度；海洋捕捞渔船分为大、中、小三种类型；海洋捕捞作业场所分为A、B、C、D四类渔区；渔业捕捞许可证分为海洋渔业捕捞许可证、公海渔业捕捞许可证、内陆渔业捕捞许可证、专项（特许）渔业捕捞许可证、临时渔业捕捞许可证、外国渔船捕捞许可证、捕捞辅助船许可证7种，海洋渔业捕捞许可证和内陆渔业捕捞许可证的使用期限为5年，其他种类渔业捕捞许可证的使用期限根据实际需要确定，但最高不超过3年；作业类型分为刺网、围网、拖网、张网、钓具、耙刺、陷阱、笼壶和杂渔具（含地拉网、敷网、抄网、掩罩及其他杂渔具）共9种。并对捕捞许可证的发放条件和年审作出明确规定。山东省按照农业部要求，进一步规范了渔业许可证管理工作。
二、“双控”制度
为压减捕捞强度，实现捕捞强度与渔业资源状况相适应的目标，国家自1987年开始对全国海洋捕捞渔船船数和功率数实行总量控制（简称“双控”）制度。经过全省各级渔业行政主管部门和执法机构的共同努力，建立健全了渔船“双控”工作责任和落实机制，建立船网工具指标审批，渔船检验、登记、捕捞许可证发放等环节的管理制度，完善了渔船准造、更新改造、购置等环节的管理措施。“双控”制度的实施在调整产业结构、控制捕捞强度、全面提升渔船管理水平、促进渔业和渔区经济社会可持续发展方面发挥重要作用。
“七五”时期，国家下达给山东省的近海捕捞机动渔船控制指标为：至1990年底，船数减至16203艘，马力数减至59.1万马力；与1986年普查数相比，船数核减5177艘，马力数核减13.3万马力。外海和远洋渔船不在控制指标内。
“八五”时期，国家下达给山东省的渔船功率控制指标总数为108万马力，其中近海指标为103万马力，外海指标为5万马力；与1990年相比，功率数增加10.92万马力。并将外海渔船纳入控制指标管理。指标总数中由黄渤海区渔政局掌握的为17万马力。渔船船数未作规定。
“九五”时期，国家下达给山东省的海洋捕捞渔船控制指标为：船数44809艘，功率数990479千瓦。远洋渔船原则上不受控制指标限制。
2003—2010年，国家下达给山东省的海洋捕捞业船网工具每年控制指标为：船数30593艘，功率数1318921千瓦。船数和功率数分别比2002年底的35363艘、1472874千瓦减少4770艘、153953千瓦。专业远洋渔船不受控制指标限制。
三、渔船建造审批制度
1987年，省水产局规定：未经主管部门批准，一律不得新增近海捕捞渔船；更新建造渔船，必须报经省主管部门批准，经船检部门检验后方可给予签发证件；凡已报废渔船，不得继续从事捕捞生产；确定进行外海捕捞生产的渔船，不得在近海作业；买卖渔船，必须同时办理捕捞许可证过户手续。
1992年，省水产局重申，新造渔船必须持有渔政部门开具的造船证明，凡未按规定建造的渔船，船检部门不予检验，渔政部门不予补办许可证手续。对不执行规定擅自承接造船的单位，省水产局不予发放《海洋捕捞渔船建造生产许可证》。
1995年，为加强渔船管理，省水产局和省工商局联合下发《关于加强渔船建造管理的通知》，规定机动渔船更新，必须经渔船检验部门检验，确认已无使用价值，取得报废证明后，填写《山东省更新（新造）渔船申请表》，逐级上报至省水产局审批，发给《山东省更新（新造）渔船通知单》，由申请单位持单办理建造及检验手续，未取得《山东省更新（新造）渔船通知单》的，任何厂家不得私自建造渔船，渔船检验部门不得检验。省水产局、省工商局派出工作组对全省17家渔船建造厂进行检查，查出12家渔船修造厂违规建造的渔船84艘。
1999年，农业部下发《关于加强海洋渔船管理的紧急通知》，对渔船的审批原则、渔船的审批权限、渔船审批发证程序等作出明确规定。山东省下发《关于严格控制近海捕捞渔船的紧急通知》，规定从1999年起，各地一律不准新增近海捕捞渔船。
2001年，省海洋与渔业厅下发《关于进一步加强海洋渔业船舶管理的通知》，要求申请渔船报废，船舶所有人必须到渔船检验机构申请渔船报废鉴定，由渔船检验机构出具全省统一格式的《检验鉴定书》。渔船申请更新的，必须填写《山东省更新（新建）渔船申请表》，并持渔船检验机构出具的《检验鉴定书》或渔港监督机构出具的《渔业船舶所有权国籍注销登记书》和原渔业捕捞许可证到渔政机构办理更新手续。经审核符合规定的，由省海洋与渔业厅渔政处开具《山东省批准更新（新造）渔船通知单》，申请人持单办理有关建造手续。