1998年，省政府按照全国海洋功能区划编制工作的总体部署，组织开展全省海洋功能区划编制工作。省海洋与水产厅编制的《山东省大比例尺海洋功能区划实施方案》，经国家海洋局审查同意、省政府批准后，1998年12月7日印发沿海各市（地）政府、行署，各县（市、区）政府组织实施。同时，省政府成立海洋功能区划编制工作领导小组，省政府副秘书长侯英民任组长，省海洋与水产厅巡视员高永福和副厅长王诗成任副组长，成员有省发展计划委员会、省海洋技术开发中心、省财政厅、省交通厅、省国土资源厅、省旅游局、省盐务局、胜利油田管理局和沿海7市（地）海洋与水产局有关负责人。随后成立区划编制工作技术指导组和编制组，区划技术指导组由省海洋与水产厅、国家海洋局北海分局、国家海洋信息中心、国家海洋局第一海洋研究所、中国海洋大学、省政府调查研究室、省海洋经济研究所、省海洋水产研究所等单位的专家组成，共10人；区划编制组由省海洋与水产厅、青岛海洋地质研究所和沿海7市（地）海洋与水产局相关人员组成，共27人。
1999年初，沿海7市（地）政府按照省政府的要求，先后成立由分管市长（专员）任组长，市（地）海洋与水产局牵头、有关部门负责人参加的领导小组及相应的区划技术指导组和编制组；沿海县（市、区）政府同时成立相应组织，形成省、市、县同步进行、自上而下、上下结合的海洋功能区划编制网络。除编制全省海洋功能区划外，确定编制滨州、东营、潍坊、烟台、威海、青岛、日照7市（地）的海洋功能区划和无棣、沾化、东营市区、利津、垦利、广饶、寿光、潍坊市区、昌邑、莱州、招远、龙口、长岛、蓬莱、烟台市区、威海市区、荣成、文登、乳山、海阳、莱阳、即墨、青岛市区、胶州、胶南等25个县（市、区）的海洋功能区划任务。
1999年10月至2001年9月，先后进行渤海岸段和黄海岸段的区划编制工作。主要包括：编写区划报告和登记表；收集最新版沿海1∶50000（部分县、市1∶25000）国家基本比例尺地形图，由青岛海洋地质研究所进行数字化处理，形成区划底图及相应的数据文件；按照《海洋功能区划图件绘制技术规程》的要求，在区划底图上标绘出划定的各类海洋功能区，全省以1∶50000为基本图，沿海各市（地）以此为基础，绘制出1∶50000～1∶150000的区划图。海洋功能区划范围：功能区划确定的海域范围为平均大潮高潮线向海一侧至领海外部界线；在渤海和国家未公布沿海领海基点的部分黄海海域，为海岸线向海推至10海里连线以内海域；10海里以外有管辖岛屿的，自岛屿岸线向海推至3海里；依托陆域为距海岸线向陆一侧至1000米～5000米的区域，为沿海乡镇、办事处的全部陆域。
《山东省海洋功能区划》按照《全国海洋功能区划》和《海洋功能区划技术导则》（GB 17108-1997）的分类体系和类型划分标准，依据全省沿海自然环境特点、自然资源优势和社会经济发展需要，将海洋功能区划分为开发利用区、整治利用区、海洋保护区、特殊功能区和保留区5大类，并细分为若干子类、亚类、种类，计1223个海洋功能区。2001年12月，形成的区划成果资料通过专家评审。2002年4月12日，省海洋与渔业厅转发国家海洋局3月26日下发的《关于加快海洋功能区划编制、审批和实施工作的通知》，省、市、县区划编制人员根据国家海洋局《省级海洋功能区划成果要求》和《市、县级海洋功能区划成果要求》规定，重新将全省沿海海域功能区调整划分为11个一级类、37个二级类、718个功能区。11个一级类分别是港口航运区（173个）、渔业资源利用区（233个）、矿产资源利用区（37个）、旅游区（56个）、海水资源利用区（30个）、海洋能利用区（10个）、海洋工程区（32个）、海洋保护区（23个）、特殊功能区（39个）、保留区（31个）和其他功能区（54个）。环山东半岛划分6个重点海域：黄河口及莱州湾毗邻海域、庙岛群岛及邻近海域、烟台市区附近海域、威海湾及刘公岛附近海域、胶州湾及邻近海域和日照市毗邻海域。
2001年12月20日，省海洋与渔业厅主持召开山东省大比例尺海洋功能区划专家评审会，来自国家海洋信息中心、省海洋经济研究所、国家海域使用管理技术总站、国家海洋局第一海洋研究所、青岛海洋大学、国家海洋局北海分局及省直有关部门的11位专家组成评审委员会，对山东省海洋功能区划成果充分肯定，给予高度评价，建议按程序报批；对沿海市、县海洋功能区划一并进行评审，由于省、市、县海洋功能区划同步进行，各功能区基本一致，均获得通过。2002年4—8月，按照国家海洋局关于海洋功能区划报批工作的新要求，省编制小组对山东省海洋功能区划报告、图件、图例、图式标准进行调整，编写区划报批文本、登记表、编制说明、区划报告、区划图（1∶300000）、区划图集（1∶150000），建立海洋功能区划管理信息系统。
2002年9月20日，省海洋与渔业厅向省政府呈报关于申请审核《山东省海洋功能区划》的请示，将区划成果报送省政府审核。12月12日，省政府以《山东省人民政府关于审批山东省海洋功能区划的请示》报请国务院审批。2003年，根据国务院各有关部门对山东省海洋功能区划提出的修改意见，省区划编制组对区划成果进行相应的修订。
2004年2月24日，国务院印发《国务院关于山东省海洋功能区划的批复》，原则同意山东省海洋功能区划，山东省成为全国第一个被国务院批准省级海洋功能区划的省份。4月15日，省政府下发《关于公布（山东省海洋功能区划）的通知》，正式公布全省海洋功能区划。至此，山东省海洋功能区划工作进入全面实施阶段。
第一节 海洋功能区划
1998年，省政府按照全国海洋功能区划编制工作的总体部署，组织开展全省海洋功能区划编制工作。省海洋与水产厅编制的《山东省大比例尺海洋功能区划实施方案》，经国家海洋局审查同意、省政府批准后，1998年12月7日印发沿海各市（地）政府、行署，各县（市、区）政府组织实施。同时，省政府成立海洋功能区划编制工作领导小组，省政府副秘书长侯英民任组长，省海洋与水产厅巡视员高永福和副厅长王诗成任副组长，成员有省发展计划委员会、省海洋技术开发中心、省财政厅、省交通厅、省国土资源厅、省旅游局、省盐务局、胜利油田管理局和沿海7市（地）海洋与水产局有关负责人。随后成立区划编制工作技术指导组和编制组，区划技术指导组由省海洋与水产厅、国家海洋局北海分局、国家海洋信息中心、国家海洋局第一海洋研究所、中国海洋大学、省政府调查研究室、省海洋经济研究所、省海洋水产研究所等单位的专家组成，共10人；区划编制组由省海洋与水产厅、青岛海洋地质研究所和沿海7市（地）海洋与水产局相关人员组成，共27人。
1999年初，沿海7市（地）政府按照省政府的要求，先后成立由分管市长（专员）任组长，市（地）海洋与水产局牵头、有关部门负责人参加的领导小组及相应的区划技术指导组和编制组；沿海县（市、区）政府同时成立相应组织，形成省、市、县同步进行、自上而下、上下结合的海洋功能区划编制网络。除编制全省海洋功能区划外，确定编制滨州、东营、潍坊、烟台、威海、青岛、日照7市（地）的海洋功能区划和无棣、沾化、东营市区、利津、垦利、广饶、寿光、潍坊市区、昌邑、莱州、招远、龙口、长岛、蓬莱、烟台市区、威海市区、荣成、文登、乳山、海阳、莱阳、即墨、青岛市区、胶州、胶南等25个县（市、区）的海洋功能区划任务。
1999年10月至2001年9月，先后进行渤海岸段和黄海岸段的区划编制工作。主要包括：编写区划报告和登记表；收集最新版沿海1∶50000（部分县、市1∶25000）国家基本比例尺地形图，由青岛海洋地质研究所进行数字化处理，形成区划底图及相应的数据文件；按照《海洋功能区划图件绘制技术规程》的要求，在区划底图上标绘出划定的各类海洋功能区，全省以1∶50000为基本图，沿海各市（地）以此为基础，绘制出1∶50000～1∶150000的区划图。海洋功能区划范围：功能区划确定的海域范围为平均大潮高潮线向海一侧至领海外部界线；在渤海和国家未公布沿海领海基点的部分黄海海域，为海岸线向海推至10海里连线以内海域；10海里以外有管辖岛屿的，自岛屿岸线向海推至3海里；依托陆域为距海岸线向陆一侧至1000米～5000米的区域，为沿海乡镇、办事处的全部陆域。
《山东省海洋功能区划》按照《全国海洋功能区划》和《海洋功能区划技术导则》（GB 17108-1997）的分类体系和类型划分标准，依据全省沿海自然环境特点、自然资源优势和社会经济发展需要，将海洋功能区划分为开发利用区、整治利用区、海洋保护区、特殊功能区和保留区5大类，并细分为若干子类、亚类、种类，计1223个海洋功能区。2001年12月，形成的区划成果资料通过专家评审。2002年4月12日，省海洋与渔业厅转发国家海洋局3月26日下发的《关于加快海洋功能区划编制、审批和实施工作的通知》，省、市、县区划编制人员根据国家海洋局《省级海洋功能区划成果要求》和《市、县级海洋功能区划成果要求》规定，重新将全省沿海海域功能区调整划分为11个一级类、37个二级类、718个功能区。11个一级类分别是港口航运区（173个）、渔业资源利用区（233个）、矿产资源利用区（37个）、旅游区（56个）、海水资源利用区（30个）、海洋能利用区（10个）、海洋工程区（32个）、海洋保护区（23个）、特殊功能区（39个）、保留区（31个）和其他功能区（54个）。环山东半岛划分6个重点海域：黄河口及莱州湾毗邻海域、庙岛群岛及邻近海域、烟台市区附近海域、威海湾及刘公岛附近海域、胶州湾及邻近海域和日照市毗邻海域。
2001年12月20日，省海洋与渔业厅主持召开山东省大比例尺海洋功能区划专家评审会，来自国家海洋信息中心、省海洋经济研究所、国家海域使用管理技术总站、国家海洋局第一海洋研究所、青岛海洋大学、国家海洋局北海分局及省直有关部门的11位专家组成评审委员会，对山东省海洋功能区划成果充分肯定，给予高度评价，建议按程序报批；对沿海市、县海洋功能区划一并进行评审，由于省、市、县海洋功能区划同步进行，各功能区基本一致，均获得通过。2002年4—8月，按照国家海洋局关于海洋功能区划报批工作的新要求，省编制小组对山东省海洋功能区划报告、图件、图例、图式标准进行调整，编写区划报批文本、登记表、编制说明、区划报告、区划图（1∶300000）、区划图集（1∶150000），建立海洋功能区划管理信息系统。
2002年9月20日，省海洋与渔业厅向省政府呈报关于申请审核《山东省海洋功能区划》的请示，将区划成果报送省政府审核。12月12日，省政府以《山东省人民政府关于审批山东省海洋功能区划的请示》报请国务院审批。2003年，根据国务院各有关部门对山东省海洋功能区划提出的修改意见，省区划编制组对区划成果进行相应的修订。
2004年2月24日，国务院印发《国务院关于山东省海洋功能区划的批复》，原则同意山东省海洋功能区划，山东省成为全国第一个被国务院批准省级海洋功能区划的省份。4月15日，省政府下发《关于公布（山东省海洋功能区划）的通知》，正式公布全省海洋功能区划。至此，山东省海洋功能区划工作进入全面实施阶段。