一、行政复议
2001年，根据《中华人民共和国行政复议法》的要求，省海洋与渔业厅成立行政复议办公室，配备专职人员，并对执法人员的资格、培训、考试、发证、审验、管理等方面作出规范。制定《山东省海洋与渔业厅行政复议办法》《山东省海洋与渔业厅行政执法听证暂行办法》，复议、听证工作进一步规范。2003年11月，受理胜利油田孤东采油厂不服东营市渔政监督管理处行政处罚的行政复议案，并作出维持东营市渔政监督管理处行政处罚结果的决定。
二、行政审批
2003年《行政许可法》颁布前，全省共进行两次行政审批制度改革。2000年第一次行政审批制度改革，省政府批准海洋与渔业的行政审批事项28项。2002年第二次行政审批制度改革，通过取消、下放权限等措施减少11项。
《行政许可法》颁布后，省海洋与渔业厅对行政许可事项进行全面清理，确定省海洋与渔业行政许可8类33项。其中，海域使用许可2项：海域使用许可，铺设海底电缆管道许可；水产养殖类许可3项：水产养殖许可，水产苗种生产许可，进口水产苗种、亲体许可；海洋捕捞渔业许可12项：海洋渔业捕捞许可，渔业捕捞辅助船许可，制造、更新改造、购置海洋捕捞渔船许可，专项（特许）渔业捕捞许可，捕捞重点保护的苗种和亲体许可，捕捞海蜇许可，捕捞对虾亲虾许可，捕捞增殖对虾许可，捕捞魁蚶许可，捕捞鹰爪虾许可，捕捞毛蚶许可，捕捞金乌贼许可；内陆捕捞渔业许可1项：内陆捕捞渔业许可；野生动物保护许可6项：捕捉水生野生动物许可，驯养繁殖水生野生动物许可，经营利用水生野生动物许可，运输水生野生动物许可，进出口水生野生动物许可，外国人在中国从事水生野生动物科研等活动许可；渔业无线电台（站）的设置和使用许可1项：渔业无线电台（站）的设置、使用许可；渔港建设及使用和渔业船员管理许可6项：新建渔港工程施工许可，渔港内新建、改建、扩建施工作业许可，渔港片线、水域和后勤用地许可，渔港内装卸有毒及危险物品许可，渔业船舶国籍登记，渔业船员证书；渔业船舶及渔用产品检验2项：渔业船舶检验，渔业船舶船用产品检验。
第三节 行政复议与行政审批
一、行政复议
2001年，根据《中华人民共和国行政复议法》的要求，省海洋与渔业厅成立行政复议办公室，配备专职人员，并对执法人员的资格、培训、考试、发证、审验、管理等方面作出规范。制定《山东省海洋与渔业厅行政复议办法》《山东省海洋与渔业厅行政执法听证暂行办法》，复议、听证工作进一步规范。2003年11月，受理胜利油田孤东采油厂不服东营市渔政监督管理处行政处罚的行政复议案，并作出维持东营市渔政监督管理处行政处罚结果的决定。
二、行政审批
2003年《行政许可法》颁布前，全省共进行两次行政审批制度改革。2000年第一次行政审批制度改革，省政府批准海洋与渔业的行政审批事项28项。2002年第二次行政审批制度改革，通过取消、下放权限等措施减少11项。
《行政许可法》颁布后，省海洋与渔业厅对行政许可事项进行全面清理，确定省海洋与渔业行政许可8类33项。其中，海域使用许可2项：海域使用许可，铺设海底电缆管道许可；水产养殖类许可3项：水产养殖许可，水产苗种生产许可，进口水产苗种、亲体许可；海洋捕捞渔业许可12项：海洋渔业捕捞许可，渔业捕捞辅助船许可，制造、更新改造、购置海洋捕捞渔船许可，专项（特许）渔业捕捞许可，捕捞重点保护的苗种和亲体许可，捕捞海蜇许可，捕捞对虾亲虾许可，捕捞增殖对虾许可，捕捞魁蚶许可，捕捞鹰爪虾许可，捕捞毛蚶许可，捕捞金乌贼许可；内陆捕捞渔业许可1项：内陆捕捞渔业许可；野生动物保护许可6项：捕捉水生野生动物许可，驯养繁殖水生野生动物许可，经营利用水生野生动物许可，运输水生野生动物许可，进出口水生野生动物许可，外国人在中国从事水生野生动物科研等活动许可；渔业无线电台（站）的设置和使用许可1项：渔业无线电台（站）的设置、使用许可；渔港建设及使用和渔业船员管理许可6项：新建渔港工程施工许可，渔港内新建、改建、扩建施工作业许可，渔港片线、水域和后勤用地许可，渔港内装卸有毒及危险物品许可，渔业船舶国籍登记，渔业船员证书；渔业船舶及渔用产品检验2项：渔业船舶检验，渔业船舶船用产品检验。