2000年，农业部渔业局印发《关于水生动物防疫检疫工作实施意见（试行）》。山东省据此开始建立机构，培训队伍，开展水生动物防疫检疫工作。
2001年6月，省海洋与渔业厅下发《关于公布山东省水生动物防疫检疫机构的通知》，指定全省139个水生动物防疫检疫机构，其中71%的市渔业（水产）技术推广站和90%的县渔业（水产）技术推广站分别承担本域的水生动物防疫检疫职能。在公示的防疫检疫机构中，威海、潍坊两市的水生动物防疫检疫机构取得当地编制部门批准，并建立相应的实验室。青岛、枣庄、济宁3市的水生动物防疫检疫实验室已经立项建设。其中青岛市渔业技术推广站经市编委批准，加挂青岛市水产养殖病害防治中心的牌子；威海市环翠区、荣成市、文登市、临朐县、安丘市5个县（市、区）的水生动物防疫检疫机构取得当地编制部门的批准。另外，威海市水生动物防疫检疫监督管理站和荣成市水生动物防疫检疫监督管理站兼有监督职能。2001年10月，农业部渔业局、全国水产技术推广总站在济南举办全国第七期（山东省第一期）水生动物防疫检疫员培训班，全省160人参加培训并取得检疫员证和水生动物防疫检疫职能中级职业资格证书。2003年9月，农业部渔业局、全国水产技术推广总站举办全国第二十八期（山东省第二期）水生动物防疫检疫员培训班，全省88人参加培训并取得证书。至此，全省水生动物防疫检疫员共有248人，另有4人参加全国水生动物防疫监督员培训，取得防疫监督员资格。
2003年4月，省渔业技术推广站从省海洋与渔业厅渔业处接手水生动物防疫检疫业务。11月，起草《山东省水产动物防疫检疫工作实施意见（试行）》和《山东省水生动物防疫检疫名录》草稿。同月，农业部渔业局下发《关于加强鲤疱疹病毒病应急监测工作的通知》，全省紧急组织鲤疱疹病毒监测网，重点加强进口养殖鲤鱼与锦鲤的监测。2004年4月底，临沂市郯城县等地发生鲤春病毒（SVC）疑似鱼病。5月28日，农业部渔业局下发《关于组织鲤鱼抽样送检的紧急通知》，要求天津、河南和山东郯城地区重点对从江苏无锡、徐州等地引进的鲤鱼、建鲤鱼苗的养殖抽样进行鲤春病毒检测。省渔业技术推广站派出专门人员会同临沂市渔业办公室、郯城县农业局渔业技术推广站，对郯城县苗种生产场进行现场核查，安排取样送检，布置监控。临沂市渔业办公室成立领导及技术工作小组，制定实施《关于郯城县疑似鲤春病毒病应急处理方案》。6月2日，选择郯城县水产良种场、郯城县淡水养殖场、归昌渔场、赵庄渔场和十赶渔场5个养殖场（户）各抽取1批样品（每批样品为200尾鲤鱼种）送深圳动植物检疫局检测。检验结果在7月初返回，出现2例阳性。为此，立即对发病区域进行封闭隔离，对病鱼进行无害化处理，进行深埋或焚烧，对未发病鱼种进行重点监控。对池塘用生石灰或漂白粉带水彻底清塘，不使池塘水排到周围河流或水库中。先后处理池塘260亩，无害化处理病死鱼1.2万余千克。该病造成直接经济损失20多万元，处理费用15万元，间接损失70余万元。
2004年，水生动物防疫检疫纳入当年编制的《山东省水生动物疫病防控能力提升计划》，提出编制并实施各级水生动物疫病防控应急预案，对水产苗种实行强制性检疫；对水产养殖生产实现全过程监控，加强环境监测、饲料用渔药质量检验和水生生物产地检疫；对水产品质量实行检验检疫，实施市场准入制度；加强无公害养殖生产基地建设，条件成熟时建设无规定动物疫病区。
2005年，根据农业部《关于印发水生动物疫病应急预案的通知》要求，省海洋与渔业厅渔业处牵头，省渔业技术推广站参加，编制《山东省水生动物疫病应急预案》。10月开始，组织落实农业部渔业局在包括山东省在内的13个省市安排SVC疫情监控项目，安排专项抽样和定点监控。根据全省鲤科鱼类养殖布局和SVC发生特点，省渔业技术推广站在7个市设立10处SVC固定监控点，监控的养殖品种以鲤鱼为主，适当兼顾草鱼、鲫鱼等其他鲤科鱼类。抽样和监控结果良好，未发生SVC疫情。
第三节 水生动物防疫检疫
2000年，农业部渔业局印发《关于水生动物防疫检疫工作实施意见（试行）》。山东省据此开始建立机构，培训队伍，开展水生动物防疫检疫工作。
2001年6月，省海洋与渔业厅下发《关于公布山东省水生动物防疫检疫机构的通知》，指定全省139个水生动物防疫检疫机构，其中71%的市渔业（水产）技术推广站和90%的县渔业（水产）技术推广站分别承担本域的水生动物防疫检疫职能。在公示的防疫检疫机构中，威海、潍坊两市的水生动物防疫检疫机构取得当地编制部门批准，并建立相应的实验室。青岛、枣庄、济宁3市的水生动物防疫检疫实验室已经立项建设。其中青岛市渔业技术推广站经市编委批准，加挂青岛市水产养殖病害防治中心的牌子；威海市环翠区、荣成市、文登市、临朐县、安丘市5个县（市、区）的水生动物防疫检疫机构取得当地编制部门的批准。另外，威海市水生动物防疫检疫监督管理站和荣成市水生动物防疫检疫监督管理站兼有监督职能。2001年10月，农业部渔业局、全国水产技术推广总站在济南举办全国第七期（山东省第一期）水生动物防疫检疫员培训班，全省160人参加培训并取得检疫员证和水生动物防疫检疫职能中级职业资格证书。2003年9月，农业部渔业局、全国水产技术推广总站举办全国第二十八期（山东省第二期）水生动物防疫检疫员培训班，全省88人参加培训并取得证书。至此，全省水生动物防疫检疫员共有248人，另有4人参加全国水生动物防疫监督员培训，取得防疫监督员资格。
2003年4月，省渔业技术推广站从省海洋与渔业厅渔业处接手水生动物防疫检疫业务。11月，起草《山东省水产动物防疫检疫工作实施意见（试行）》和《山东省水生动物防疫检疫名录》草稿。同月，农业部渔业局下发《关于加强鲤疱疹病毒病应急监测工作的通知》，全省紧急组织鲤疱疹病毒监测网，重点加强进口养殖鲤鱼与锦鲤的监测。2004年4月底，临沂市郯城县等地发生鲤春病毒（SVC）疑似鱼病。5月28日，农业部渔业局下发《关于组织鲤鱼抽样送检的紧急通知》，要求天津、河南和山东郯城地区重点对从江苏无锡、徐州等地引进的鲤鱼、建鲤鱼苗的养殖抽样进行鲤春病毒检测。省渔业技术推广站派出专门人员会同临沂市渔业办公室、郯城县农业局渔业技术推广站，对郯城县苗种生产场进行现场核查，安排取样送检，布置监控。临沂市渔业办公室成立领导及技术工作小组，制定实施《关于郯城县疑似鲤春病毒病应急处理方案》。6月2日，选择郯城县水产良种场、郯城县淡水养殖场、归昌渔场、赵庄渔场和十赶渔场5个养殖场（户）各抽取1批样品（每批样品为200尾鲤鱼种）送深圳动植物检疫局检测。检验结果在7月初返回，出现2例阳性。为此，立即对发病区域进行封闭隔离，对病鱼进行无害化处理，进行深埋或焚烧，对未发病鱼种进行重点监控。对池塘用生石灰或漂白粉带水彻底清塘，不使池塘水排到周围河流或水库中。先后处理池塘260亩，无害化处理病死鱼1.2万余千克。该病造成直接经济损失20多万元，处理费用15万元，间接损失70余万元。
2004年，水生动物防疫检疫纳入当年编制的《山东省水生动物疫病防控能力提升计划》，提出编制并实施各级水生动物疫病防控应急预案，对水产苗种实行强制性检疫；对水产养殖生产实现全过程监控，加强环境监测、饲料用渔药质量检验和水生生物产地检疫；对水产品质量实行检验检疫，实施市场准入制度；加强无公害养殖生产基地建设，条件成熟时建设无规定动物疫病区。
2005年，根据农业部《关于印发水生动物疫病应急预案的通知》要求，省海洋与渔业厅渔业处牵头，省渔业技术推广站参加，编制《山东省水生动物疫病应急预案》。10月开始，组织落实农业部渔业局在包括山东省在内的13个省市安排SVC疫情监控项目，安排专项抽样和定点监控。根据全省鲤科鱼类养殖布局和SVC发生特点，省渔业技术推广站在7个市设立10处SVC固定监控点，监控的养殖品种以鲤鱼为主，适当兼顾草鱼、鲫鱼等其他鲤科鱼类。抽样和监控结果良好，未发生SVC疫情。