20世纪90年代初，伴随政府职能转变、市场体系健全和乡镇企业产权制度改革，乡镇企业经营机制从最初的乡、村集体直接管理生产经营，转换到深化承包经营责任制、股份合作制、股份制，逐步理顺乡镇企业与乡村行政组织的关系，企业逐步成为真正的市场主体。
1995年10月，省委、省政府《关于进一步加快乡镇企业发展的决定》提出：“以优化和完善企业的经营机制为目的，以产权制度为突破口，改制、改组、改造相结合，走多种形式并举、全方位推进的路子，鼓励企业自主创新，选择适合自己特点的改革方式。以推行股份合作制作为深化改革的重点，加快推进步伐，对规模大、管理好、效益好的企业，可按《公司法》规定直接建立现代企业制度。鼓励、支持有实力的企业，实现跨地区、跨行业、跨所有制的兼并联合，走集团化发展的路子。”1997年1月1日，《乡镇企业法》实施，省人大、省政府联合召开实施《乡镇企业法》座谈会，先后举办学习《乡镇企业法》等培训班40多期。
1997年是乡镇企业转换经营机制的重要一年。当年国务院召开全国乡镇企业工作会议，印发中共中央、国务院《关于转发农业部〈关于我国乡镇企业情况和今后改革与发展意见的报告〉的通知》。省委先后召开省委常委扩大会议和全省乡镇企业工作会议，全面贯彻落实全国乡镇企业工作会议和《通知》精神，结合实际研究确定一个时期内全省乡镇企业发展思路。省乡镇企业局印发《关于1997年深化乡镇企业改革工作安排意见》，对推进乡镇企业改革，加快转换企业经营运行机制提出明确要求，围绕优化企业内部经营机制和激励机制，使所有者、经营者、劳动者能够充分发挥积极性，主动为企业发展多作贡献等方面提出具体实施意见。同年12月，省乡镇企业局召开山东省乡镇企业深化改革工作座谈会，总结推广潍坊、德州、泰安市“点上突破、整体推进”的经验和昌乐县“经营层控大股”、临沂市罗庄区“出售拍卖”、万杰集团“股份制改造”、菱花集团“资本运营”、海德集团“资产转让”、樱桃园集团“民营股份制改造”等经验，提出乡镇企业在大规模改革改制推进的基础上，工作重心转到提高、规范、转换经营运行机制上来。省乡镇企业局成立全省乡镇企业深化改革工作领导小组，加强对全省乡镇企业深化改革、转换经营运行机制工作的指导。
截至1997年底，乡镇集体企业股份合作制所占份额大幅减少，企业按照市场主体运行机制所占份额逐渐上升。全省改制乡村企业5.62万家，改制面60%左右。其中，按《公司法》组建股份制企业2329家，股份合作制企业2.17万家，同比减少3.48万家，实行租赁经营1.63万家，出售3097家，破产852家，上市、上柜企业38家。
1998年4月，省委、省政府召开全省乡镇企业专题会议，集中研究加快山东乡镇企业改革和发展问题。会议确定进一步调整所有制结构，加快改革步伐，塑造多元化产权结构，完善创新经营机制，把产权制度改革和转换经营机制与转变政府职能结合起来，因地制宜，多种形式并举，确保改革积极稳妥推进。9月，省委、省政府印发《关于推动乡镇企业二次创业的意见》，提出山东乡镇企业二次创业的指导思想、目标任务和政策措施。各市（地）制定相应配套措施，进一步强化乡镇企业市场主体地位，加快乡镇企业运行机制转换。10月，全省中小企业改革工作会议召开，提出用3年左右时间，通过深化产权改革和经营方式改革，使大多数中小企业实现“政资分开、政企分开”，真正成为“自主经营、自负盈亏、自我约束、自我发展”的法人实体和市场竞争主体，逐步形成适应市场经济要求的企业机制，扭亏增盈，提高效益。坚持把改革的重点放在转换机制、建立制度上。进一步强化所有者约束机制，提高职工股东意识，充分发挥股东大会作用，切实强化产权约束。不断完善企业内部决策、执行、监督机制，建立经营者激励约束机制，总结推广经营者持大股，使经营管理者从经济利益上与企业盈亏紧密相连的做法。进一步深化企业劳动用工和分配制度改革，形成按劳分配与按生产要素分配相结合的分配机制和职工能进能出的就业机制。加快建立包括科研开发、技术改造、人才培训、职工教育在内的技术创新体系，加大技术开发投入，生产出适应市场需要的产品。
1999年，省财政首次安排2000万元专项扶持资金，强化对全省乡镇企业二次创业的扶持，推动企业转换经营运行机制。全省选择100家企业推行现代企业制度试点，对中小型企业进行分类指导，解决改革不平衡问题。
2000年，省中小企业办下发《关于印发〈全省乡镇企业二次创业人才工程的实施意见〉的通知》，提出用3年时间，培训5万名重点企业中层以上经营管理人员，推动全省1798家重点企业集团和效益较好的中小型企业在管理水平上提高一个档次，促进企业运行机制更加适合市场竞争要求；培训3000名县级以上乡镇企业主管部门管理干部，50万名技术骨干，促进乡镇企业人才队伍素质提高，推动乡镇企业运行机制的转换。
2000年后，在改革转型中发展起来的乡镇企业，开始按照市场化要求经营，逐步走上“自主经营、自负盈亏、自我约束、自我发展”轨道。
第一节 经营机制转换
20世纪90年代初，伴随政府职能转变、市场体系健全和乡镇企业产权制度改革，乡镇企业经营机制从最初的乡、村集体直接管理生产经营，转换到深化承包经营责任制、股份合作制、股份制，逐步理顺乡镇企业与乡村行政组织的关系，企业逐步成为真正的市场主体。
1995年10月，省委、省政府《关于进一步加快乡镇企业发展的决定》提出：“以优化和完善企业的经营机制为目的，以产权制度为突破口，改制、改组、改造相结合，走多种形式并举、全方位推进的路子，鼓励企业自主创新，选择适合自己特点的改革方式。以推行股份合作制作为深化改革的重点，加快推进步伐，对规模大、管理好、效益好的企业，可按《公司法》规定直接建立现代企业制度。鼓励、支持有实力的企业，实现跨地区、跨行业、跨所有制的兼并联合，走集团化发展的路子。”1997年1月1日，《乡镇企业法》实施，省人大、省政府联合召开实施《乡镇企业法》座谈会，先后举办学习《乡镇企业法》等培训班40多期。
1997年是乡镇企业转换经营机制的重要一年。当年国务院召开全国乡镇企业工作会议，印发中共中央、国务院《关于转发农业部〈关于我国乡镇企业情况和今后改革与发展意见的报告〉的通知》。省委先后召开省委常委扩大会议和全省乡镇企业工作会议，全面贯彻落实全国乡镇企业工作会议和《通知》精神，结合实际研究确定一个时期内全省乡镇企业发展思路。省乡镇企业局印发《关于1997年深化乡镇企业改革工作安排意见》，对推进乡镇企业改革，加快转换企业经营运行机制提出明确要求，围绕优化企业内部经营机制和激励机制，使所有者、经营者、劳动者能够充分发挥积极性，主动为企业发展多作贡献等方面提出具体实施意见。同年12月，省乡镇企业局召开山东省乡镇企业深化改革工作座谈会，总结推广潍坊、德州、泰安市“点上突破、整体推进”的经验和昌乐县“经营层控大股”、临沂市罗庄区“出售拍卖”、万杰集团“股份制改造”、菱花集团“资本运营”、海德集团“资产转让”、樱桃园集团“民营股份制改造”等经验，提出乡镇企业在大规模改革改制推进的基础上，工作重心转到提高、规范、转换经营运行机制上来。省乡镇企业局成立全省乡镇企业深化改革工作领导小组，加强对全省乡镇企业深化改革、转换经营运行机制工作的指导。
截至1997年底，乡镇集体企业股份合作制所占份额大幅减少，企业按照市场主体运行机制所占份额逐渐上升。全省改制乡村企业5.62万家，改制面60%左右。其中，按《公司法》组建股份制企业2329家，股份合作制企业2.17万家，同比减少3.48万家，实行租赁经营1.63万家，出售3097家，破产852家，上市、上柜企业38家。
1998年4月，省委、省政府召开全省乡镇企业专题会议，集中研究加快山东乡镇企业改革和发展问题。会议确定进一步调整所有制结构，加快改革步伐，塑造多元化产权结构，完善创新经营机制，把产权制度改革和转换经营机制与转变政府职能结合起来，因地制宜，多种形式并举，确保改革积极稳妥推进。9月，省委、省政府印发《关于推动乡镇企业二次创业的意见》，提出山东乡镇企业二次创业的指导思想、目标任务和政策措施。各市（地）制定相应配套措施，进一步强化乡镇企业市场主体地位，加快乡镇企业运行机制转换。10月，全省中小企业改革工作会议召开，提出用3年左右时间，通过深化产权改革和经营方式改革，使大多数中小企业实现“政资分开、政企分开”，真正成为“自主经营、自负盈亏、自我约束、自我发展”的法人实体和市场竞争主体，逐步形成适应市场经济要求的企业机制，扭亏增盈，提高效益。坚持把改革的重点放在转换机制、建立制度上。进一步强化所有者约束机制，提高职工股东意识，充分发挥股东大会作用，切实强化产权约束。不断完善企业内部决策、执行、监督机制，建立经营者激励约束机制，总结推广经营者持大股，使经营管理者从经济利益上与企业盈亏紧密相连的做法。进一步深化企业劳动用工和分配制度改革，形成按劳分配与按生产要素分配相结合的分配机制和职工能进能出的就业机制。加快建立包括科研开发、技术改造、人才培训、职工教育在内的技术创新体系，加大技术开发投入，生产出适应市场需要的产品。
1999年，省财政首次安排2000万元专项扶持资金，强化对全省乡镇企业二次创业的扶持，推动企业转换经营运行机制。全省选择100家企业推行现代企业制度试点，对中小型企业进行分类指导，解决改革不平衡问题。
2000年，省中小企业办下发《关于印发〈全省乡镇企业二次创业人才工程的实施意见〉的通知》，提出用3年时间，培训5万名重点企业中层以上经营管理人员，推动全省1798家重点企业集团和效益较好的中小型企业在管理水平上提高一个档次，促进企业运行机制更加适合市场竞争要求；培训3000名县级以上乡镇企业主管部门管理干部，50万名技术骨干，促进乡镇企业人才队伍素质提高，推动乡镇企业运行机制的转换。
2000年后，在改革转型中发展起来的乡镇企业，开始按照市场化要求经营，逐步走上“自主经营、自负盈亏、自我约束、自我发展”轨道。