20世纪80年代中期，国有骨干道路货运企业的任务仍是以维护重点港站运输秩序和保证紧急物资运输为主，实现保急需、保港站、保畅通，并以此组织货物运输。1984年12月，为解决货物压港压站的矛盾，维护运输秩序，实现货畅其流，省交通厅公布了全省道路运输重点管理的港站厂(场)矿名单。
1989年6月，经省政府批准，省交通厅下发《关于调整全省运输重点管理港站厂(场)矿的通知》。调整后全省运输重点管理的港站厂(场)矿为：济南火车站、黄台火车站、青岛港、青岛小港、青岛火车站、胶县火车站、莱西火车站、娄山火车站、沙岭庄火车站、张店火车站(东货场)、八斗火车站、山东铝厂(水泥厂)、淄博矿务局(8个矿)、崇山煤矿、枣庄火车站、枣庄峄城石膏矿、烟台港(含地方港)、烟台火车站、桃村火车站、莱阳火车站、珠玑火车站、烟台市燃料公司货场、龙口煤矿、潍坊火车站(含东、西站及西支线)、益都火车站、高密火车站、朱刘店煤矿、济宁火车站、兖州火车站、兴隆庄煤矿、鲍店煤矿、南屯煤矿、七五煤矿、代庄煤矿、泰安火车站、湖屯火车站、查庄煤矿、白庄煤矿、泉沟煤矿、汶南煤矿、曹庄煤矿、鄂庄煤矿、茅庄煤矿、威海港、威海平板玻璃厂、埕口盐场、德州火车站(含专用线)、平原火车站、禹城火车站、八里庄货场、石臼港、岚山港、菏泽火车站、巨野火车站等。按照其不同特点，省交通厅委托市(地)交通局(委)负责组建派驻重点港站厂(场)矿公路运输管理组，行使统一管理职权，并开始引入市场机制，优化组织调度模式，使重点港站厂(场)矿的运输秩序得到明显改善，运输效率大幅度提高，并取得良好的经济效益。
1991年，全省道路货运基本运价调整至每吨千米0.27元。1993年，随着燃料价格等运输成本的提高，省交通厅、省物价局决定道路货运在原有基本运价基础上加收每吨千米0.05元燃料差价。此后，政府主管部门不再对汽车货运运价进行调整，道路货物运价完全由市场决定。
20世纪90年代初，由于道路货物运输业户迅速增加，运力紧张状况得到改变。国有道路运输货运企业普遍实行承包租赁制，出现个体、联营运输户，形成运输主体“多、散、小、弱”状况，运输市场秩序一度出现混乱局面。针对运输市场出现的问题，为保证道路货物运输市场健康发展，交通部作出《关于治理整顿道路、水路运输市场的决定》。根据交通部的部署，1990年2月，省政府批转省交通厅《关于治理整顿道路、水路交通运输秩序的意见》，各级交通主管部门在地方政府领导下，全面开展对运输市场的治理整顿工作。但由于国民经济处于由计划经济向市场经济过渡时期，治理整顿持续时间不长，道路货物运输市场混乱局面未得到有效控制。1996年，全省道路货运市场初步呈现出稳定、有序、充满活力的良好局面。此外，在保证普通货物运输的同时，货运企业还担负着全省战备防汛、抢险救灾等重点运输任务。1998年后，省交通厅采用贷款补贴的方式在全省组建战备车队50个，装备车辆3000余辆，每年用于防汛值班的车辆1600余辆，在长江抗洪救灾以及全省抗旱防汛中发挥了积极作用。
2001年，道路货运企业主动调整经营观念，改善服务方式，积极开展包厂运输、驻点服务、构建运营网络，开拓市场，提高市场占有率，经营规模不断壮大。同年，受省交通厅公路运输管理局委托，省道路运输协会组织专家组对近100多家货运企业资质进行评审、评价，先后有17家货运企业通过一级、二级资质初评审，另有89家货运企业通过三级资质评审。
2003年10月，交通部批复同意，青岛交运集团公司等3家企业具有一级道路货运经营资质，济南汽车运输总公司等14家企业具有二级道路货运经营资质。
2003年山东省道路运输企业货运经营资质级别情况一览表
表2-3
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│单位 │资质│单位 │资质│
│ │级别│ │级别│
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│济南汽车运输总公司 │二级│滨州交运集团有限责任公司│二级│
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│济南国际集装箱分流中心 │二级│济宁汽车运输总公司 │二级│
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│青岛交运集团公司 │一级│临沂交通运输有限责任公司│二级│
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│齐鲁石油化工公司汽车运输公司│二级│胜利石油管理局运输总公司│一级│
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│山东鲁中交运集团有限公司 │二级│德州汽车运输有限责任公司│二级│
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续表
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│单位 │资质│单位 │资质│
│ │级别│ │级别│
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│烟台交运集团有限责任公司│一级│聊城交通汽运集团有限责任公司│二级│
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│龙口市胜通运输有限公司 │二级│山东莱钢汽车运输有限公司 │二级│
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│潍坊联运有限责任公司 │二级│菏泽交通集团总公司 │二级│
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│泰安汽车运输总公司 │二级│ │ │
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