1992年后，山东省工业经济发展迅速，以私营经济为主、遍布各个行业的中小工业企业和个体工业户大量涌现，依靠全面报表制度已经不适应新的经济发展形势。为给国民经济核算提供较为准确的基础资料，满足党政领导分析形势和决策的需要，按照省委、省政府的要求，1996年起，全省开展规模以下工业抽样调查工作。
1996年，山东省第一次开展村及村以下工业抽样调查。调查对象和范围为全省村及村以下工业，包括村办工业，城镇、农村合作经营工业企业，城镇、农村个体工业。调查内容为村办工业、城乡合作经营和个体工业的工业总产值、从业人数、上缴税金、自有资金、资产等指标。调查表式包括《村办工业企业主要指标表》和《村以下工业主要指标过录表》。调查时期为1996年度。调查方法采用二阶段等概率整群抽选样本，加权平均估计总体的方法。调查全省共抽取28个县(市、区)为一级样本单位，有村办工业的二级样本单位335个，村办工业732个，有村以下工业的二级样本单位174个，村以下工业单位1197个。调查资料由县(市、区)统计局收集、审核、上报，省企调队验收、汇总。
1997年，根据工业统计方法制度改革要求，调查范围调整为全省村及村以下(500万元以下)工业和乡及乡以上(500万元以下)非国有工业。调查指标由仅填报本年实际一列数据改为同时填报本年实际和上年同期两列数据。调查时期由调查年度数据改为调查1-10月份数据。调查资料汇总后，根据前3年主要指标数据1-10月占全年的平均比重，推算年度数据。调查共抽取31个县(市、区)为一级样本单位，调查行政村485个，村办工业606个，村以下工业单位1118个；乡及乡以上(500万元以下)非国有工业企业603个。抽样调查推算结果作为1997年全省村及村以下工业统计年报数据上报。
1998年，报表制度调整为半年报，一年共进行两次调查，调查时间分别为1-4月和1-10月。1-10月调查时，对部分样本和样本村进行了调整，将一阶段样本单位31个县(市、区)均匀分布在有企调队的12个市(地)，并由各市(地)企调队直接组织实施。
1999年，根据国家统计局要求和山东省统计制度方法改革需要，制度名称改为限额以下工业抽样调查，对全省限额以下工业企业和农村个体(联户)工业进行省、市、县三级抽样调查，采取“统一领导、统一组织、统一设计、统一实施”的组织模式。限额以下工业企业(单位)调查对象和范围为全省年产品销售收入在500万元以下的非国有工业企业及全部非工业法人单位附属的工业产业活动单位。调查内容为以企业的基本经济活动指标和属性指标为基础，调查反映生产经营活动的工业总产值、产品销售收入、从业人数、应交税金、利润总额、应付工资、折旧等指标的当期数和去年同期数；调查表式为《工业企业主要经济指标调查表》。调查时期为1999年1-5月、1999年1-11月统计数据。农村个体(联户)工业调查范围为辖区内未纳入企业(单位)名录库的全部农村个体工业经营户，包括个人经营、合伙经营(即联户经营、合作经营)户。调查内容为农村个体工业的主要经营状况、经营规模及发展情况，主要指标有营业收入(或销售收入)、上缴税金、年底从业人数等指标；调查表式为《农村个体工业主要指标调查表》；调查时期为1999年1-5月、1999年1-11月统计数据。
2000年，根据国家统计局要求，制度名称改为规模以下工业抽样调查，调查范围调整为年产品销售收入500万元以下的非国有工业企业和全部个体经营工业单位。调查内容包括500万元以下的非国有工业企业的基本情况，包括企业详细名称、地址、企业法人代码、登记注册类型、人员及生产经营状况等，个体经营工业单位的基本情况、人员及生产经营状况等。调查分为年报和定期两种。定期报表包括1-3月、1-5月和1-9月调查，其中1-3月和1-9月调查为部分样本单位调查。年报的报告期为1-11月。调查表分为基层表和综合表两种。
2001年，山东省规模以下工业抽样调查实行“三级抽样、统一组织、分级负责、下管一级”的工作模式，将省级样本集中在34个县(市、区)调查，县级样本由各市、县(市、区)自己负责调查。同年，全省实行规模以下工业多目标定点监测调查，共调查120个企业，24个样本村的500多户个体工业，及时掌握规模以下工业经济发展趋势，对全省全年规模以下工业抽样调查结果进行多目标测算提供必要和准确的基本数据。
2003年，山东省改革规模以下工业抽样调查方案，实行两套样本并行，即省级样本和县级样本同时在全省开展调查。重新抽取省级样本，抽样方法调整为有企业名录库的部分采用目录抽样，没有企业名录库的部分采用整群抽样；对个体经营工业单位主要采用整群抽样。省级样本不再局限于34个县(市、区)，分布在全省所有县(市、区)。省级样本全面贯彻执行国家调查方案，调查结果可以满足国家和省总量推算需要。县级样本继续坚持“统一组织、分级负责、下管一级”的原则，用于市及市以下规模以下工业抽样调查，并推算市级和县级总量数据。
2005年，省级样本进行了轮换，确定为1300家样本企业，600个样本村(居委会)。年报任务对新样本点进行了调查。