一、第一次基本单位普查
随着经济体制改革的逐步深入，山东省各类单位的经济类型、经营方式和组织方式发生很大变化，基本单位逐年增多且日趋复杂，基本单位底数不清，给各级政府在产业结构、经济效益、地区分布等方面的宏观调控和决策带来了许多困难。1996年，根据《国务院关于开展第一次全国基本单位普查的通知》要求，山东省开展了全省第一次基本单位普查。
这次基本单位普查的目的是查清全省基本单位的底数，掌握全省基本单位的行业分布、经济类型分布、规模结构和地区分布的情况，为国务院和各级政府制定产业政策、调控生产力布局和规划城市建设提供科学依据，对发展社会主义市场经济，加强国民经济宏观管理，深化经济体制改革，保持国民经济持续、快速、健康发展，具有十分重要的意义。
为加强领导和协调，1996年，省政府成立山东省第一次基本单位普查领导小组，主要成员单位有省统计局、省工商局、省民政厅等部门。领导小组办公室设在省统计局，具体组织实施全省基本单位普查工作。这次基本单位普查的范围是全社会除居民住户和个体户以外的各种类型的单位。普查内容主要有单位的经济类型、行业类别、从业人员、企业规模、营业状态等基本属性和主要标识。普查的标准时间为1996年11月1日，普查资料的调查年度为1996年度。
全省第一次基本单位普查工作过程分为三个阶段。1996年1-10月为普查准备阶段。准备阶段的主要工作是建立普查机构、核定普查方案的各项工作细则、组织试点、编制和下发程序、全面布置普查工作，开展宣传动员，分级组织业务培训，同时做好普查前的各项物资准备工作。1996年11月至1997年4月为普查的登记、汇总、上报阶段。主要工作是正式组织普查登记、抽查登记质量和完成各级数据处理及资料汇总上报。1997年5月至年底为普查资料的开发利用和工作总结阶段。主要工作是建立国家、省、市三级企事业单位名录库，开展普查资料分析研究，加强对数据库的开发、应用；编辑出版普查资料；分阶段发布普查数据；进行普查工作总结，表彰先进。
普查的主要数据。全省基本单位中，法人单位311964个，其中单产业法人单位231601个，多产业法人单位80363个；产业活动单位总数510916个。全省法人单位中，第一产业单位1940个，第二产业单位124931个，第三产业单位185093个。
二、第二次基本单位普查
2001年，山东省开展了第二次基本单位普查。主要是摸清全省各类单位的底数，反映第一次基本单位普查以来各类单位的发展变化情况，重点掌握全省基本单位的地区分布、行业分布、登记注册类型、规模结构以及生产要素的配置情况，进而建立和完善有关部门互为补充、相互衔接的基本单位名录库，为调整经济结构、优化产业政策、规划城乡建设等提供基础信息，同时为以后开展各类普查和抽样调查工作奠定基础。
山东省第二次基本单位普查由省政府组织协调，由省统计局、省委宣传部、省人事厅、省财政厅、省民政厅、省国家税务局、省地方税务局、省工商行政管理局、省质量技术监督局组成领导小组，负责领导和协调解决基本单位普查的重大问题。领导小组办公室设在省统计局，负责落实领导小组会议议定的事项，具体组织实施全省第二次基本单位普查工作。地方各级政府均建立由分管领导任组长的普查领导机构和办事机构，在上级普查机构和当地政府的统一领导下，负责本辖区内普查工作的组织实施。
普查的对象为山东省境内的法人单位及法人单位所附属的产业活动单位，包括各类企业法人、事业单位法人、机关法人、社会团体法人和其他法人，及其所附属的农业、工业、建筑业、交通运输业、批发零售贸易业、餐饮业、服务业等产业活动单位和个体工商户。普查的内容主要包括各类单位的基本标识、主要属性、基本状态和主要总量指标。普查的标准时点为2001年12月31日，调查年度为2001年，登记时间为2001年11月1日至2002年1月10日。
全省第二次基本单位普查工作过程分为三个阶段。2001年6-10月为普查准备阶段。主要工作是建立普查机构、制定普查方案及各项实施细则、开展试点、确定普查组织方式、搜集各有关部门行政登记资料、核对和编制普查单位名录、全面布置普查工作、开展宣传动员、编制和下发程序、分级组织业务培训，同时做好普查前的各项物资准备工作。2001年11月至2002年6月为普查的登记、汇总、上报阶段。主要工作是正式组织普查登记、开展事后质量抽查、复查审核普查表的填写质量、完成各级数据处理及资料汇总上报。2002年7月至年底为普查资料的开发利用和工作总结阶段。主要工作是建立省、市、县三级基本单位名录库系统，加强对数据库的管理、维护、更新、开发、应用，开展普查资料分析研究，编辑出版普查资料；分阶段发布普查数据；进行普查工作总结，表彰先进。
普查的主要数据。2001年底，全省各类法人单位34.85万个，其中，企业法人20.05万个，事业法人2.53万个，社会团体法人0.66万个，机关法人1.57万个，其他法人10.04万个。全省共有产业活动单位50.35万个，其中，生产经营性产业活动单位25.72万个，非生产经营性产业活动单位24.63万个。全省共普查登记个体工商户159.42万户。