山东省卫生统计工作以执行卫生部制定的统计报表制度为主，辅之以专项调查和自行制定的调查。统计结果为各级领导和有关部门研究制定卫生事业发展战略、规划、计划和政策提供依据，为卫生事业健康发展服务。
1992年，根据卫生部制定的《全国卫生统计报表制度》，将《卫生基本情况报表》改为《卫生事业机构、床位、人员数》年报，同时取消《厂矿、企业、城镇街道不脱产卫生人员数》年报，并对卫生机构作出具体定义。统计对象主要是全省卫生部门、工业及其他部门卫生事业机构数、床位数、卫生人员数，卫生机构资金收入支出情况、卫生基本投资情况及卫生基本建设施工规模及竣工房屋等方面信息。
1993年，根据卫生部意见和全省实际情况，取消《其他技师、其他技士、西医士人员数》《分科西医师、中医师、中西医结合高级医师和县及县以上医院分科床位数》《分科中医师和县及县以上中医医院分科床位数》《县级医院和专科防治所(站)机构、床位、人员数》《家庭病床工作情况》《独立门诊部、所门诊工作情况》6张表。增加《卫生机构房屋建筑面积》《卫生机构一般设备台数》《卫生机构大型设备台数》《分地区乡镇卫生院床位使用及病人动态情况》《卫生机构医疗工作情况》5类报表(共14张表)。
同年，全国首次开展卫生服务调查，山东省的青岛市市北区、招远市、禹城市和梁山县被纳入全国卫生服务调查点，主要是采取抽样的方法选取调查对象，采用入户的方法对调查对象进行家庭健康询问调查，以了解卫生服务需求、卫生机构反应性以及对就医环境和水平的满意度。同时，按照卫生部要求，开展居民病死伤原因监测试点工作，山东省的章丘市、滕州市、招远市作为居民病伤死亡原因统计试点市。同年10月，省卫生厅为了解农村卫生“三项建设”(乡镇卫生院、县防疫站和县妇幼保健院改造建设)情况进展，编制了《山东省农村卫生“三项建设”情况统计表》。
1998年，全国开展第二次卫生服务调查，山东省参加调查的样本点、调查内容与第一次卫生服务调查相同。
1999年，山东省组织对全省卫生部门以外的卫生事业机构状况进行摸底调查，制定《山东省卫生部门以外卫生机构情况调查表》，调查的主要对象为工业及其他卫生事业机构、集体所有制、私人开办的卫生事业机构以及其他卫生事业机构的基本情况及经济运行状况。
2000年，根据卫生部要求，山东省选取齐鲁医院、省立医院等11家试点医院填报《医院出院病人情况调查表》，涉及住院病人基本信息、诊断、费用等指标，为下一步建立出院病人病案首页数据库奠定基础。
2002年，为适应卫生改革与发展的需要，卫生部对1996年制定的《全国卫生统计报表制度》进行全面修订和完善，并更名为《中国卫生统计调查制度》。新制度增加反映医药卫生体制改革的统计指标，如医疗机构分类管理、医师和护士准入、卫生监督执法等内容，采用《疾病分类与代码(ICD-10)》等统计分类标准。新制度分工实施情况如下：省卫生厅主要负责《卫生机构基本情况调查表》《卫生机构人力资源基本信息调查表》《部分卫生机构设备调查表》《医疗机构运营情况调查表》《医院出院病人调查表》《诊所、卫生所、医务室、社区卫生服务站调查表》《村卫生室调查表》《卫生机构基本建设投资完成情况调查表》等常规的卫生统计调查和分析。食品卫生、公共场所、生活饮用水、职业卫生、学校卫生、放射卫生、卫生行政诉讼等卫生监督统计由省卫生监督所承担。甲、乙、丙类传染病、性病疫情、结核病、码放、常规免疫、学校公共卫生突发事件、地方病、农村改水改厕等疾病控制统计由省疾病控制中心承担。婚前检查、计划生育手术、孕产妇保健、7岁以下儿童保健、妇女病查治等妇幼保健统计由省妇幼保健所承担。
2003年，省编办批准成立山东省卫生统计信息中心，负责全省卫生统计和信息化工作。同年9月18日至10月20日，卫生部在全国范围内开展第三次国家卫生服务调查。山东省参加调查的样本县、调查内容与第一次相同。
2004年5月，为全面了解山东省医疗卫生信息化建设进展情况，提供制订全省规划的可靠依据，省卫生厅制定《医疗卫生信息化现状调查表》，对县及县以上医疗卫生单位以及厂矿企业、解放军和武警部队所属医疗卫生单位的信息化建设情况进行全面调查。
2005年，为配合全省重点乡镇卫生院建设，省卫生厅制定《农村卫生基础设施建设情况调查表》，开发农村卫生资源网络直报系统，对县、乡、村卫生机构基本情况调查，为全省重点乡镇卫生院建设(“360工程”“1127工程”)的实施提供可靠的基础数据。