统计管理登记制度是基本单位统计管理的行政审批制度。通过统计管理登记，可以及时了解山东统计基本单位的总量、经济成分构成、规模结构、地区分布以及发展变动等基本情况，为加强经济运行监测等活动提供最基础的信息。
1994年8月30日，根据《山东省统计管理条例》规定，省统计局、省工商局、省编办、省质监局联合发布《山东省统计管理登记实施办法》，设立统计基本单位登记管理制度。《办法》共十一条，对统计管理登记设立的依据、登记范围、主管机关、登记程序以及不办理登记的处罚作出原则规定。10月，省统计局召开全省统计法制工作会议，部署统计管理登记工作，要求各地结合统计年报工作，认真开展统计基本单位的登记工作。至年报结束，全省共登记法人单位8万个。
1995年，在完成1994年年报的基础上，再次进行大规模的集中登记，至年底，全省登记在册法人单位16万个。12月8日，根据登记工作的存在问题和实施中的实际情况，省统计局下发《山东省统计管理登记实施办法细则》。《细则》对统计管理登记的范围和对象进行了具体类型划分，补充了统计单位登记的管辖、登记代码的分配与管理、注册登记的内容与程序、变更、注销登记的条件、统计管理登记证的换发与统计管理登记的监督管理，并建立统计管理登记的注册、变更、注销登记台账制度和综合报表制度。
1996年，全国开展了首次基本单位普查，省统计局在此基础上重点进行了统计登记单位的查遗补漏工作。至1997年底，全省累计登记的法人单位19万个，办理变更登记1万多户，注销登记6800多户。
1998年10月12日，省九届人大常委会第四次会议对《山东省统计管理条例》作出修正。1999年10月，根据修正的《山东省统计管理条例》，结合统计管理登记换证工作，省统计局对《山东省统计管理登记实施办法》在两个方面进行修订：对统计基本单位进行界定，建立了统计管理登记的年检制度。根据现行统计调查制度，参照国际上统计调查对象的规定，基本调查单位界定为除农村承包经营户以外的所有单位，将作为统计对象的产业活动单位与个体工商户纳入登记管理范围。
1999年11月30日，省统计局下发文件并召开专门会议，部署法人单位统计管理登记证到期换发及开展产业活动单位统计管理登记工作。
2000年，为保证统计管理登记工作规范有序开展，省统计局制发全省统计管理登记方案和登记标准，对登记工作进行全面部署。与省质量技术监督局联合下发《关于加强组织机构代码与统计管理登记工作配合的通知》，确保登记工作质量。
至2001年底，全省共换发法人单位登记证15万个，换发产业活动单位登记证7万个，为第二次基本单位普查工作打下良好基础。
2002年，省统计局正式部署个体工商户的登记工作，并在龙口市开展个体工商户登记试点工作。当年，龙口市共登记个体工商户2000家。
2003年，省政府削减行政审批项目，统计管理登记工作由审批项目改为备案项目。
2005年8月18日，省统计局下发《关于修改〈山东省统计登记管理办法〉的通知》，对原登记办法的部分内容进行了修改。