建设项目收费主要涉及工程交易服务费、工程造价咨询、建设项目前期工作咨询、工程勘察设计、房地产交易服务等收费。
1999年，根据国家计委《建设项目前期工作咨询收费暂行规定》，工程咨询收费实行政府指导价，具体收费标准由工程咨询机构与委托方根据规定的指导性收费标准协商确定。山东省对建设项目投资额在3000万元以下的和除编制、评估项目建议书或者可行性研究报告以外的其他建设项目前期工作咨询服务制定了收费标准。具体为：估算投资额在1000万元以下的，编制项目建议书收费标准为2万元～4万元，编制可行性研究报告收费标准为3万元～8万元，评估项目建议书收费标准为1.5万元～3万元，评估可行性研究报告收费标准为2万元～4万元；估算投资额在1000万元～3000万元的，编制项目建议书收费标准为4万元～6万元，编制可行性研究报告收费标准为8万元～12万元，评估项目建议书收费标准为3万元～4万元，评估可行性研究报告收费标准为4万元～5万元。
2000年，省物价局、省建设厅制定建筑工程、城市市政基础设施工程的施工图设计审查费收费标准，规定以工程勘察设计收费为基准计费，按不高于工程勘察设计收费标准的9%～12%执行。2003年，根据试行情况将该收费标准降至8%。
2001年，省物价局、省建设厅、省监察局联合下发《关于建设工程交易中心服务收费标准的通知》，规定市场交易中心服务范围和内容为：1.收集、存储、发布各类工程招标、投标、中标信息，提供勘察、设计、施工、监理、中介服务等各类企业相关信息，提供政策法规、材料设备价格信息。2.提供评标专家库，政策法规咨询、经济技术咨询服务。3.提供招标、投标、开标、评标、定标、洽谈、合同签署等交易活动的固定场所和相关设施设备服务。4.为有关职能部门提供固定的办公场地，为交易方提供从办理报建到施工许可手续的“一条龙”服务。收费标准为：设计、建设监理招标、投标(含直接发包)交易服务，按不超过勘察设计、建设监理中标价的1%收取；直接发包的按勘察设计、建设监理合同价的0.9%收取，由中标单位(或承包单位)缴纳；单项工程交易服务费最低为1000元；各类工程建设及材料采购招标、投标(含直接发包)交易服务费，以招标项目中标价为基数按下列标准计收，由工程建设项目招标单位和中标单位各缴纳50%。
2002年，国家计委、建设部下发《关于规范住房交易手续费有关问题的通知》，规定住房转让手续费按住房建筑面积收取，住房租赁手续费按套收取，并确定收费标准的最高限额；住房以外的其他房地产交易手续费收费标准由各省、自治区、直辖市政府物价部门会同建设(房地产)部门制定。省物价局在转发该文件的同时，制定了住房以外的其他房地产交易手续费收费标准，并规定房屋抵押不得收取抵押手续费。
2002年，全省工程勘察设计收费按照国家计委、建设部印发的《工程勘察设计收费管理规定》执行。建设项目总投资估算额500万元及以上的工程勘察和工程设计收费实行政府指导价；500万元以下的实行市场调节价。
2003年，省物价局转发国家计委《招标代理服务收费管理暂行办法》，规定具体收费额由招标代理机构和招标委托人在收费标准和浮动幅度内协商确定，上下浮动幅度不超过20%。
2004年，省物价局、省建设厅联合下发《关于新增建设工程造价咨询服务收费标准的通知》，对向社会承接建设项目的建设工程量清单及清单计价的编制、审核，施工阶段全过程工程造价的控制，以及其他按非预算定额计价方式进行的工程造价咨询服务收费标准作出规定。其中，建筑工程的工程预算、结算、招标标底、投标报价的编制服务收费标准为100(含100)万元以下部分按5.4‰收取，100万元～1000万元部分按5.0‰收取，1000万元～2000万元部分按4.7‰收取，2000万元～5000万元部分按4.3‰收取，5000万元以上部分按3.6‰收取；安装工程的工程预算、结算、招标标底、投标报价的编制服务收费标准为100(含100)万元以下部分按6.4‰收取，100万元～1000万元部分按6.0‰收取，1000万元～2000万元部分按5.7‰收取，2000万元～5000万元部分按5.3‰收取，5000万元以上部分按4.6‰收取。上述收费标准中的建筑工程是指土建工程及配套的装饰工程、安装工程、市政工程等；安装工程是指专项安装、二次装饰、房屋修缮工程、园林绿化工程等。对按预算定额计价方式进行造价咨询服务的收费标准,按照省物价局、省建委1999年联合印发的《山东省建设工程造价咨询服务收费管理办法(试行)》执行。其中编制投资估算及概算服务的收费按估算、概算总值的1‰计收。