水路运输具有运输成本相对较低、运量大的特点，适合于大宗货物运输，其价格长期处于较低水平。由于市场竞争较充分，较早形成市场价格机制。水路运输价格包括船舶运输价格和港口收费两部分。船舶运输价格除军事、抢险救灾等直接涉及财政支出的实行政府定价外，其他水路运输价格2001年5月1日起全面放开。企业根据经营成本和市场供求情况自行确定客货运输价格。港口收费分别实行政府定价、政府指导价和市场调节价3种价格管理形式，其中货物港务费和船舶使用费(引航费、拖轮费、停泊费)实行政府定价；货物装卸作业、船舶代理、库场使用、堆存保管、港口作业包干费等实行市场调节价。
1998年6月，省物价局下发《关于公布莱州至旅顺航线公主5号客货滚装船运输价格的通知》,规定莱州至旅顺航线公主5号客货滚装船运输价格，豪华客舱每间462元；三等A客票价每票131元；三等B客票价每票111元；散席票价每票56元，经营者可在上下25%的幅度内自主定价。运输空车每计费吨15.70元，运输重车每计费吨18.10元；货物港务费空车每计费吨0.40元，重车每计费吨0.46元；港口建设费空车每计费吨0.50元，重车每计费吨0.58元，莱州港务局向滚装船经营者可收取船舶代理费10%。
同月，省物价局下发《关于调整黄河河系舟桥渡运价格的通知》，分别对济南市西外环、洛口、东郊、东城等黄河浮桥渡运价格进行调整，通过总体控制、略有差别的价格管理形式，推动了浮桥行业的健康发展。8月，省物价局作出《关于大钦岛号客轮票价的批复》，规定烟台市长岛县大钦岛号客轮票价，其经营者可以在25%的幅度内自主确定价格。另外加收每票1元的旅客港务费。同月，省物价局下发通知，规定在全省水路客运站，凡使用微机出售客运车票的，自1998年10月1日起，在出售客运车票时每票加收1元的软票费。
1998年山东黄河浮桥渡运价格表
表3-25
┌───┬──────────────────┬────┬────┐
│类别 │项目 │计量单位│价格(元)│
├───┼──────────────────┼────┼────┤
│货物 │1吨(含)以下 │车次 │8.00 │
│ ├──────────────────┼────┼────┤
│ │1吨以上～5吨以下(含5吨) │车次 │13.00 │
│ ├──────────────────┼────┼────┤
│ │5吨以上～10吨以下(含10吨) │车次 │20.00 │
│ ├──────────────────┼────┼────┤
│ │10吨以上～20吨以下(含20吨) │车次 │30.00 │
│ ├──────────────────┼────┼────┤
│ │20吨以上 │吨位 │5.00 │
├───┼──────────────────┼────┼────┤
│客运 │轿车、吉普车、面包车(6座以下) │车次 │8.00 │
│ ├──────────────────┼────┼────┤
│ │面包车、中型客车(7～20座以下) │车次 │13.00 │
│ ├──────────────────┼────┼────┤
│ │21～40座以上 │车次 │15.00 │
│ ├──────────────────┼────┼────┤
│ │41座以下 │车次 │20.00 │
├───┼──────────────────┼────┼────┤
│拖拉机│12马力以下 │车次 │10.00 │
│ ├──────────────────┼────┼────┤
│ │12马力(不含)以上 │车次 │15.00 │
├───┼──────────────────┼────┼────┤
│摩托车│机动三轮车 │车次 │5.00 │
│ ├──────────────────┼────┼────┤
│ │摩托车轻骑车 │车次 │2.00 │
├───┼──────────────────┼────┼────┤
│其他 │自行车等 │车次 │1.00 │
│ ├──────────────────┼────┼────┤
│ │行人 │人次 │1.00 │
│ ├──────────────────┼────┼────┤
│ │牲畜 │头次 │1.00 │
└───┴──────────────────┴────┴────┘
1999年7月，省交通厅、省物价局联合下发通知，省船舶港务费收费标准进行调整，由每净吨0.50元调整为每净吨0.25元。8月，国家计委、财政部、交通部下发通知，规定对出口外贸煤炭免征港口建设费，对通过青岛、日照等港口外贸煤炭运输免征港口建设费，内贸港口建设费由每吨5元降为3元，装船费由每吨18.7元降至13元，装卸船费每吨提高2元。
2000年，水路运输价格未作调整，继续执行原政策。
2001年3月，省物价局转发国家计委、交通部《关于全面放开水运价格有关问题的批复》，决定5月1日起，放开水路客、货运输价格，实行市场调节价，并报省物价局和省交通厅备案。4月，省物价局根据山东航运集团申请，作出《关于省黄河航运局黄河旅游气垫船票价格的批复》，规定黄河旅游气垫船票价格每人次40元，可在20%的幅度内浮动。9月，根据济南市物价局申请，省物价局作出《关于济南东郊浮桥渡运价格的批复》，同意济南东郊浮桥渡运价格比黄河河系渡运价格略低。11月，国家计委、交通部联合下发《关于调整外贸港口收费规定和标准的通知》，规定集装箱装卸包干费提高15%，拖轮费提高5%，码头、浮筒生产性停泊费提高15%。12月，省交通厅、省物价局等7部门联合印发《山东浮桥管理办法》，加强浮桥价格管理，维持营运秩序，保障运输安全。
2001年济南东郊黄河浮桥渡运价格一览表
表3-26
┌──┬──────────────────┬────┬───────┐
│类别│项目 │计量单位│价格(元) │
│ │ │ ├───┬───┤
│ │ │ │空车 │重车 │
├──┼──────────────────┼────┼───┼───┤
│货物│1吨(含)以下 │车次 │5.00 │5.00 │
│ ├──────────────────┼────┼───┼───┤
│ │1吨以上～5吨以下(含5吨) │车次 │10.00 │10.00 │
│ ├──────────────────┼────┼───┼───┤
│ │5吨以上～10吨以下(含10吨) │车次 │15.00 │20.00 │
│ ├──────────────────┼────┼───┼───┤
│ │10吨以上～20吨以下(含20吨) │车次 │25.00 │30.00 │
│ ├──────────────────┼────┼───┼───┤
│ │20吨以上 │吨位 │3.00 │5.00 │
├──┼──────────────────┼────┼───┼───┤
│客运│轿车、吉普车、面包车(6座以下) │车次 │5.00 │5.00 │
│ ├──────────────────┼────┼───┼───┤
│ │面包车、中型客车(7～20座以下) │车次 │10.00 │10.00 │
│ ├──────────────────┼────┼───┼───┤
│ │21～40座以下 │车次 │10.00 │15.00 │
│ ├──────────────────┼────┼───┼───┤
│ │41座以上 │车次 │15.00 │20.00 │
└──┴──────────────────┴────┴───┴───┘
续表
┌───┬────────┬────┬───────┐
│类别 │项目 │计量单位│价格(元) │
│ │ │ ├───┬───┤
│ │ │ │空车 │重车 │
├───┼────────┼────┼───┼───┤
│拖拉机│12马力以下 │车次 │5.00 │10.00 │
│ ├────────┼────┼───┼───┤
│ │12马力(不含)以上│车次 │10.00 │15.00 │
├───┼────────┼────┼───┼───┤
│摩托车│机动三轮车 │车次 │5.00 │5.00 │
│ ├────────┼────┼───┼───┤
│ │摩托车轻骑车 │车次 │ │2.00 │
├───┼────────┼────┼───┼───┤
│其他 │自行车等 │车次 │1.00 │1.00 │
│ ├────────┼────┼───┼───┤
│ │行人 │人次 │0.50 │0.50 │
│ ├────────┼────┼───┼───┤
│ │牲畜 │头次 │1.00 │1.00 │
└───┴────────┴────┴───┴───┘
2002-2003年，黄河浮桥价格维持未变。
2004年7月，根据滨州市物价局申请，省物价局下发《关于滨州黄河临时浮桥渡运价格的函》，同意滨州黄河临时浮桥渡运价格水平比黄河河系浮桥价格高12%左右，临时期满后价格自动取消。
2004年滨州黄河临时浮桥渡运价格表
表3-27
┌───┬──────────────────┬────┬────┐
│类别 │项目 │计量单位│价格(元)│
├───┼──────────────────┼────┼────┤
│货物 │1吨(含)以下 │车次 │9.00 │
│ ├──────────────────┼────┼────┤
│ │1吨以上～5吨以下(含5吨) │车次 │14.00 │
│ ├──────────────────┼────┼────┤
│ │5吨以上～10吨以下(含10吨) │车次 │20.00 │
│ ├──────────────────┼────┼────┤
│ │10吨以上～20吨以下(含20吨) │车次 │30.00 │
│ ├──────────────────┼────┼────┤
│ │20吨以上 │吨位 │5.00 │
├───┼──────────────────┼────┼────┤
│客运 │轿车、吉普车、面包车(6座以下) │车次 │8.00 │
│ ├──────────────────┼────┼────┤
│ │面包车、中型客车(7～20座以下) │车次 │13.00 │
│ ├──────────────────┼────┼────┤
│ │21～40座以下 │车次 │15.00 │
│ ├──────────────────┼────┼────┤
│ │41座以上 │车次 │20.00 │
├───┼──────────────────┼────┼────┤
│拖拉机│12马力以下 │车次 │10.00 │
│ ├──────────────────┼────┼────┤
│ │12马力(不含)以上 │车次 │15.00 │
└───┴──────────────────┴────┴────┘
续表
┌───┬──────┬────┬────┐
│类别 │项目 │计量单位│价格(元)│
├───┼──────┼────┼────┤
│摩托车│机动三轮车 │车次 │5.00 │
│ ├──────┼────┼────┤
│ │摩托车轻骑车│车次 │2.00 │
├───┼──────┼────┼────┤
│其他 │自行车等 │车次 │1.00 │
│ ├──────┼────┼────┤
│ │行人 │人次 │1.00 │
│ ├──────┼────┼────┤
│ │牲畜 │头次 │1.00 │
└───┴──────┴────┴────┘