市场调节价药品，其价格由企业依据生产、流通成本和市场供求状况自主确定，政府主要以备案登记等形式进行管理。
为加强药品市场价格管理，规范药品价格行为，保护药品生产者、经营者和消费者合法权益，1998年12月，省物价局下发《关于山东省药品价格登记公告有关事项的通知》，对药品价格登记的负责机关、药品登记公告的范围、主要内容、公告的依据、公告的程序、公告的载体等方面作出规定。明确：山东省辖区内所有从事生产、经营药品的企业和医疗等单位,均应实行药品价格登记公告制度；登记公布的药品包括化学药品、生化药品、生物制品、中成药和避孕药具等；药品价格登记公告的范围包括省以上价格主管部门定价的药品，以及按照《山东省药品价格管理实施办法》由企业自行定价的药品等；省内、外企业自行定价的药品,需要按省物价主管部门认证平衡后的价格进行登记公告。
2000年12月，省物价局转发国家计委《关于印发政府药品定价办法的通知》，规定自2001年1月1日起，在山东境内销售的政府定价以外的药品不再进行登记公告。
2001年4月，省物价局下发《关于印发省管药品目录的通知》，规定，实行市场调节价的药品，应生产和批发企业申请需要省物价局出具价格证明的，由省价格认证机构负责出具药品价格认证文件。11月，根据国家计委办公厅《关于坚决取消药品价格登记规范药品价格备案和价格认证等有关问题的通知》精神，省物价局下发《关于取消药品价格登记和规范药品价格管理等有关问题的通知》，规定：省内药品生产企业生产的药品和省外药品生产企业进入省内销售的药品,不再实行价格登记制度,也不实行价格备案制度,取消政府定价药品公告收费。省内销售的属政府定价的药品,在省内销售中若需要价格证明材料的,由省物价局免费出据药价政策咨询证明。实行市场调节价的药品,药品生产经营企业因销售需要可自愿到省物价局价格认证机构进行价格认证,是否进行药价披露及披露方式,由企业自主确定。凡未列入《山东省基本医疗保险药品目录》的三类、四类、五类新药,其价格标准由企业自主确定。
2002年12月，省物价局下发《关于药品价格备案公示的通知》，对市场调节价药品的备案范围、须提供的有关资料、价格备案程序、备案办理时限、备案公示等问题作出规定。
2003年12月，根据国家发展改革委《关于进一步加强和改进药品价格管理的意见》、国家发展改革委办公厅《关于进一步规范药品政府价格行为的通知》，省物价局下发《关于进一步规范药品政府定价行为的通知》。规定，自2004年1月1日起，对属于市场调节价的药品，停止价格备案公示，其价格由企业自主确定。各批发、零售企业、医疗单位及相关单位在招标及进货销售时，不再要求企业出具省物价局的书面价格备案证明。此前各企业持有的《山东省市场调节价药品价格备案表》(加盖“山东省市场调节价药品价格备案专用章”)，及在《中华人民共和国物价公报·山东版》公示的市场调节价药品价格予以废止。
2005年3月，省物价局下发《关于进一步加强药品价格监管的意见》。《意见》要求，在全省销售的属于市场调节价的药品，进行价格登记，通过登记程序对市场调节价药品进行监测。各经营企业(含医疗机构)在购进市场调节价药品时，由供货方出具价格登记证明，并以登记的价格作为制定市场调节价药品价格的参照依据。参与招标采购中标的属市场调节价的药品，其临时零售价格的确定，执行政府定价药品核定中标临时零售价格的相关规定。为保持市场调节价药品的价格稳定，对没有实行招标采购的市场调节价药品经登记监测，年内销售价格提价次数超过两次、或一次提价幅度超过50％的品种，不予重新登记。必要时，可通过依法限定差价率或提价申报方式规范企业的价格行为。