1991-2000年，山东省各级测绘行政管理部门归口建委系统、水利系统管理，2000年8月开始归口国土资源系统管理。1996年、2000年两次全省机构改革，进一步理顺省、市、县三级测绘行政管理体系，各级测绘行政管理部门机构设置更加完善规范，职能分工更加科学明确，各类编制人员落实到位，全省测绘行政管理工作不断加强。
随着全省经济社会的发展，测绘行业服务领域和测绘教育事业随之拓展，测绘生产单位不断增加。测绘学会、测绘行业协会和遥感技术应用协会相继恢复和设立，对全省测绘科学技术进步以及推广应用发挥了重要作用。行业管理范畴的法规建设，资格、资质审查认证，测绘市场管理，成果管理以及职业技能鉴定等，逐渐得到理顺和加强。