1990-2005年，全省治黄测量主要由山东黄河勘测设计研究院承担。
一、水准测量
1990-2000年，山东黄河勘测设计研究院施测二等水准路线150千米，涵、闸沉陷测量458.29千米，合计608.29千米。其中，1990年，涵、闸沉陷测量50处，施测水准路线195.19千米；1991年，涵、闸沉陷测量55处，施测水准路线82.5千米；1994年，涵、闸沉陷测量70处，施测水准路线61.7千米；1994年，河口四段至丁字路及大汶流海堡至十八户施测水准路线118.5千米；1996年，泺口至睦里庄闸线路补测水准路线31.7千米，涵、闸沉降观测71处，施测水准路线118.7千米。
1996年，完成东平湖环湖联测三等水准测量189千米。
1990-2005年，完成四等水准测量4205.405千米。其中，1990年南废金堤、北废金堤和陈山口闸后出湖河道测量203.745千米，1992年60.92千米，1994年1.8千米，1995年155.7千米，1996年298.54千米，1997年122.61千米，1998年230.54千米，1999年152.95千米，2000年357.02千米，2001年1594.74千米，2002年401.5千米，2003年300.86千米，2004年220.08千米，2005年104.4千米。
1990-2000年，完成五等水准及堤线纵横断面测量4500千米，其中，1998-2000年完成山东段黄河堤防工程纵横断面测量。2001-2005年，完成黄河纵横断面测量3859.13千米和山东段黄河防洪工程纵横断面测量3812.01千米。
二、地形测量
1992年，山东黄河勘测设计研究院完成1∶2.5万比例尺黄河河口地形图424平方千米。
1991-2005年，完成1∶1万比例尺地形图597.65平方千米。其中，1991年测绘东平湖出湖区河道及河滩地形图19.5平方千米，1993年测绘河口清2至清7河段河道地形图47.4平方千米，1996年测绘河口十八户至西河口河道地形图15平方千米，1997年测绘西河口至清2断面河道地形图13.04平方千米、罗家屋子取水沉沙池地形图3.2平方千米，1998年测绘济南市引黄供水鹊山调蓄水库地形图2.2平方千米、平阴铁杨控导工程地形图5.94平方千米、河口前左断面至CS6断面地形图10.93平方千米、东平县及平阴县5处控导工程地形图20.94平方千米、黄河下游挖河固堤工程纪冯险工至清3断面河道地形图430平方千米，1999年测绘菏泽安庄控导工程地形图28平方千米，2005年测绘利津县沿黄涝洼地试点工程地形图1.5平方千米。
1990-2005年，完成1∶500、1∶1000、1∶2000比例尺地形图89.55平方千米，其中，1994-1996年完成菏泽、东营、滨州部分控导工程1∶2000比例尺地形测量，1999-2005年完成黄河险工、控导加高改建(或上、下延)工程和放淤固堤工程1∶500、1∶1000、1∶2000比例尺地形测量。
三、地图编绘
《山东黄河险工地形图》图册1989年6月至1991年9月，由山东黄河勘测设计研究院完成，比例尺1∶3000。每险工为一幅，A3幅面折叠式，按修防处、段分册装订。图册编绘以该院1980年后测绘的1∶2000比例尺险工地形图为底图，缩编为1∶3000比例尺地形图。高程系统采用1956年黄海高程系，平面坐标系统为任意直角坐标系。编绘时，因1980年测绘的泺口、盖家沟险工等工程变化较大，1990年进行重测。
《山东黄河河道图》图册1997年，由山东黄河勘测设计研究院完成，比例尺1∶30万。沿黄河制图范围，上起河南省兰考县东坝头险工，下至山东省垦利县黄河河口，长约630千米，宽约33千米。高程系统采用1956年黄海高程系。图为折叠式四色彩图。该图以首轮《山东省志·黄河志》插图1∶30万比例尺《山东黄河河道图》为基本资料，补充水利部黄河水利委员会设计院1993年航摄、1994年调绘、1995年出版的1∶5万比例尺《黄河下游河道图》，以沿黄两岸5千米范围内的新资料和胜利石油管理局河口治理办公室提供的1∶10万比例尺河口地区卫星照片(1996年9月摄)为补充，并对西河口以下变化情况进行修补。以山东省地图出版社1996年10月版《山东省地图》《济南市地图》为参考资料。