一、变更土地登记
1993年4月22日，省土地管理局转发国家土地管理局《关于变更土地登记的若干规定》，《规定》对变更土地登记的范围、分类、程序、申请、变更地籍调查、登记审核、注册登记以及换发证书等作出明确要求。
1997年3月20日，省土地管理局转发国家土地管理局《关于土地使用权抵押登记有关问题的通知》，要求各市(地)土地管理局在土地抵押登记时，严格按照国家《城市房地产管理法》《担保法》和《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》的规定执行；另外对土地使用权抵押登记作了具体规定。
2000年，山东省组织开展土地调查、变更登记工作，对367160个土地用户和484154宗国有土地、13463521宗集体土地进行查验，并完成改制企业土地使用权的确权登记和军队移交企业土地的登记发证工作。
2002年，山东省组织开展土地调查、变更登记和城镇居民房改房登记发证工作，共发放土地登记证书220万本。
至2005年底，全省变更土地登记累计发证765.0万本，其中，国有土地使用证276.6万本(其中划拨土地证41.3万本、出让土地证28.6万本、租赁土地证1.9万本、抵押土地证3.7万本、转让土地发证201.1万本)，集体土地所有证4.3万本，集体土地使用证484.1万本(其中宅基地发证407.2万本)。
二、专项用地土地登记
从1989年开始，根据国家有关规定，山东省开展了水利、交通、房改房等专项用地土地登记工作。
1992年4月29日，省土地管理局、省水利厅联合转发国家土地管理局、水利部《关于水利工程用地确权有关问题的通知》，要求凡是县级以上水利部门管理和使用的土地，已经办理征用划拨手续的，由水利工程用地单位申请登记，确认其国有土地使用权，直接发给国有土地使用证。
1993年2月，省土地管理局、省引黄济青工程管理局联合印发《关于引黄济青工程用地确权发证若干问题的意见》，对引黄济青水利工程用地的登记发证作出明确规定。
1994年10月5日，省土地管理局、山东黄河河务局联合印发《山东黄河工程用地确权登记发证工作若干问题的规定》，对全省黄河工程用地确权登记发证工作提出要求。随后，沿黄各地认真进行确权登记发证工作。
1997年3月7日，省土地管理局、省交通厅联合印发《济青高速公路用地确权登记工作的实施意见》，明确了确权登记工作的范围、原则、宗地的划分、界址点的设置、所需的图件以及取土场、服务区、互通立交及其匝道用地的处理。当月底，全线总长度316公里，涉及5个市、18个县(市、区)的济青高速公路土地确权和登记发证工作全部完成。
1999年4月，省土地管理局下发《关于加强住房制度改革中职工所购公有住房土地登记工作的通知》，要求凡依据当地住房制度改革的要求进行房改，向职工出售公有住房和已购公有住房进入市场交易引起土地使用权转移的，均应按要求办理土地登记。房改住房用地的土地登记依照下列程序进行：申请-调查-审核-注册登记-颁发(更换)土地证书。
2002年2月，国土资源部下发《关于进一步加快城镇住房用地登记发证工作的通知》。3月，省国土资源厅下发《关于加快做好城镇居民住房土地登记发证工作的通知》，并在部分县(市、区)完成城镇居民住房土地登记发证工作的基础上，在省内全面开展此项工作。各市政府制定城镇居民住房土地登记发证工作实施意见，成立房改房登记发证领导小组，设立城镇居民住房用地登记发证工作办公室，并抽调专门人员、组织专业队伍开展工作。至2002年底，全省共发放房改房用地土地证书146万本。至2003年底，山东省基本完成城镇居民住房用地登记发证任务，共发放房改房用地土地证书213.5万本，为城镇居民和房地产二级市场健康发展提供了产权保障。