1987年9月，国家土地管理局发布《全国土地登记规则(试行)》，1989年11月发布《土地登记规则》。初始土地登记的程序为申报、地籍调查、权属审核、注册登记、颁发土地证。
一、城镇初始土地登记
1988年9月，国务院发布《城镇土地使用税暂行条例》，于当年11月1日起施行。10月，为适应土地使用制度改革和开征城镇国有土地使用税的需要，在城镇(村庄)地籍调查的基础上，山东省开展大规模城镇国有土地申报登记工作。省政府下发《关于开展城镇土地申报工作的通知》，并印发《山东省城镇国有土地使用权申报登记宣传提纲》和《山东省城镇国有土地申报登记确权发证方案》。同时，成立省城镇土地申报登记领导小组，下设办公室，省土地管理局局长徐及善兼任办公室主任。市(地)、县(市、区)均成立相应的领导小组和办事机构，并对参加申报登记人员进行培训。至1988年底，申报阶段基本结束，在此基础上，进行土地登记。通过城镇土地申报登记，确定全省城镇土地面积为902.60万亩，其中，国有土地828.45万亩，集体土地74.15万亩；商业服务业用地30.25万亩，工业用地177.12万亩，仓储用地12.80万亩，交通用地68.63万亩，市政公用设施和绿化用地11.47万亩，公用建筑用地53.31万亩，住宅用地55.10万亩，特殊用地52.54万亩，水域用地59.68万亩，农林牧副渔场用地276.24万亩，其他用地105.46万亩。
二、农村初始土地登记
农村初始土地登记利用土地详查资料进行。至1990年底，全省累计有61个县的土地利用现状详查成果通过省级验收。同时，进行农村宅基地权属调查和面积丈量，对222万宗宅基地颁发土地使用证。全省村庄地籍调查完成权属调查和宗地测量4166354宗，占村庄宗地总数的19.8%。对2710074宗地颁发土地证，其中，城镇土地421915宗，农村宅基地2288159宗，分别占申报和宗地总数的32%和11%。
1991年11月27日，省土地管理局转发国家土地管理局《关于利用土地详查成果进行土地登记有关问题的通知》，要求利用土地详查成果对集体土地所有权及国营农、林、牧、渔场等单位国有土地使用权登记发证。12月4日，省土地管理局下发《关于建立初始土地登记发证工作年报制度的通知》。
至2005年底，全省农村初始土地登记累计发证2128.4万本，其中，国有土地使用证170.9万本，集体土地所有证12.1万本，集体土地使用证1945.4万本。