1987年，国家土地管理局提出划定基本农田保护区，将绝大部分耕地划入保护区进行保护。1988年，国家土地管理局在湖北省荆州地区进行划定基本农田保护区试点。1989年5月，省土地管理局派人参加国家土地管理局和农业部在荆州地区召开的全国基本农田保护工作现场会。7月，省土地管理局在淄博市临淄区召开山东省划定基本农田保护区试点工作座谈会，提出“搞好试点，以点带面，逐步开展”的原则。随后在淄博市临淄区、胶南县、龙口市、肥城县、青州市进行划定基本农田保护区试点，并在各市(地)普遍进行乡级划定基本农田保护区工作试点。
1992年2月，国务院在批转国家土地管理局、农业部《关于在全国开展基本农田保护工作的请示》的通知中指出，划定基本农田保护区是保护耕地的有效办法。6月，省土地管理局、省农业厅、省财政厅联合印发《关于在全省开展基本农田保护工作的意见》，提出：划定基本农田保护区要与土地利用总体规划结合进行，各地应根据当地实际划定保护区，建立基本农田保护及地力补偿制度。随后，在全省范围内开展了基本农田保护区划定工作。
1993年，青岛市制定《青岛市基本农田保护条例》，并报经省人大常委会批准实施。其他市(地)不断总结试点经验，陆续制定划定基本农田保护区规章。
1994年4月，《山东省基本农田保护条例》公布，规定基本农田分为三类：一类为高产稳产农田、蔬菜地和名、特、优、新农产品基地，二类为粮、棉、油集中连片的中产农田，三类为其他已划入基本农田保护区范围内的耕地。基本农田保护区应当逐块定位、划界、设置保护标志。1994年8月，国务院颁布《基本农田保护条例》。1995年1月，省土地管理局、省农业厅、省财政厅联合下发《关于贯彻国务院〈基本农田保护条例〉和〈山东省基本农田保护条例〉的通知》，要求各级政府必须尽快完成基本农田保护区划定工作。至1996年7月，全省基本完成基本农田保护区划区工作，划入保护区的永久性基本农田5333334公顷(8000万亩)。烟台市为做到粮食自给平衡，划出基本粮田保护区302000公顷(453万亩)，确保粮食总产300万吨。济南市制定《济南市基本菜田管理办法》，对菜田实行严格管理和保护。1996年10月，全国基本农田保护检查组对山东省基本农田保护区划区工作进行检查，给予高度评价。
1996年山东省省级永久性基本农田保护区面积统计表
表3-11
单位：公顷
┌────┬────┬────┬────┐
│行政辖区│总面积 │一级一类│一级二类│
├────┼────┼────┼────┤
│山东省 │5333334 │4000000 │1333334 │
├────┼────┼────┼────┤
│济南市 │269170 │201877 │67293 │
├────┼────┼────┼────┤
│青岛市 │386500 │289875 │96625 │
├────┼────┼────┼────┤
│淄博市 │159580 │119685 │39895 │
├────┼────┼────┼────┤
│枣庄市 │151080 │113310 │37770 │
├────┼────┼────┼────┤
│东营市 │139250 │104438 │34812 │
├────┼────┼────┼────┤
│烟台市 │358920 │269190 │89730 │
├────┼────┼────┼────┤
│潍坊市 │561164 │420873 │140291 │
└────┴────┴────┴────┘
续表
┌────┬───┬────┬────┐
│行政辖区│总面积│一级一类│一级二类│
├────┼───┼────┼────┤
│济宁市 │433250│324937 │108313 │
├────┼───┼────┼────┤
│泰安市 │258330│193748 │64582 │
├────┼───┼────┼────┤
│威海市 │137000│102750 │34250 │
├────┼───┼────┼────┤
│日照市 │140010│105007 │35003 │
├────┼───┼────┼────┤
│莱芜市 │46910 │35183 │11727 │
├────┼───┼────┼────┤
│临沂市 │529840│397380 │132460 │
├────┼───┼────┼────┤
│德州市 │449590│337193 │112397 │
├────┼───┼────┼────┤
│聊城地区│437910│328432 │109478 │
├────┼───┼────┼────┤
│滨州地区│314170│235627 │78543 │
├────┼───┼────┼────┤
│菏泽地区│560660│420495 │140165 │
└────┴───┴────┴────┘
1997年7月，《山东省土地利用总体规划》修编工作启动，规划中专题论述基本农田保护区规划，并根据国务院下达的耕地保有量和基本农田保护面积进行指标分解。1999年9月7日，国务院《关于山东省土地利用总体规划的批复》中下达给山东省的基本农田保护面积为669万公顷，占全省耕地面积的87%。
1997-2010年山东省基本农田保护面积指标控制表
表3-12
单位：公顷
┌────┬───────┬──────────────┐
│行政辖区│1996年耕地面积│1997-2010年基本农田保护面积 │
├────┼───────┼──────────────┤
│山东省 │7689287 │6690000 │
├────┼───────┼──────────────┤
│济南市 │374270 │321900 │
├────┼───────┼──────────────┤
│青岛市 │550106 │480600 │
├────┼───────┼──────────────┤
│淄博市 │235037 │204500 │
├────┼───────┼──────────────┤
│枣庄市 │242701 │213500 │
├────┼───────┼──────────────┤
│东营市 │227808 │200400 │
├────┼───────┼──────────────┤
│烟台市 │465042 │409200 │
├────┼───────┼──────────────┤
│潍坊市 │784874 │690600 │
└────┴───────┴──────────────┘
续表
┌────┬───────┬──────────────┐
│行政辖区│1996年耕地面积│1997-2010年基本农田保护面积 │
├────┼───────┼──────────────┤
│济宁市 │615195 │529100 │
├────┼───────┼──────────────┤
│泰安市 │357723 │313500 │
├────┼───────┼──────────────┤
│威海市 │192728 │169600 │
├────┼───────┼──────────────┤
│日照市 │229853 │202200 │
├────┼───────┼──────────────┤
│莱芜市 │68000 │61900 │
├────┼───────┼──────────────┤
│临沂市 │857220 │745800 │
├────┼───────┼──────────────┤
│德州市 │626418 │538800 │
├────┼───────┼──────────────┤
│聊城市 │571597 │497300 │
├────┼───────┼──────────────┤
│滨州地区│446765 │385300 │
├────┼───────┼──────────────┤
│菏泽地区│843950 │725800 │
└────┴───────┴──────────────┘
1997-2010年国务院、山东省政府批复山东省耕地保护指标一览表
表3-13
单位：公顷
┌────┬─────┬────────┐
│行政辖区│耕地保有量│基本农田保护面积│
├────┼─────┼────────┤
│山东省 │7729909.80│6661579.15 │
├────┼─────┼────────┤
│济南市 │374937.00 │321900.00 │
├────┼─────┼────────┤
│青岛市 │551915.10 │480600.00 │
├────┼─────┼────────┤
│淄博市 │235707.00 │206864.00 │
├────┼─────┼────────┤
│枣庄市 │243541.20 │213500.00 │
├────┼─────┼────────┤
│东营市 │233364.86 │184524.10 │
├────┼─────┼────────┤
│烟台市 │465709.00 │409247.00 │
├────┼─────┼────────┤
│潍坊市 │785541.00 │690600.00 │
├────┼─────┼────────┤
│济宁市 │618760.81 │526353.41 │
├────┼─────┼────────┤
│泰安市 │358389.24 │313500.00 │
├────┼─────┼────────┤
│威海市 │192969.12 │169943.86 │
├────┼─────┼────────┤
│日照市 │230519.53 │202316.20 │
└────┴─────┴────────┘
续表
┌────┬─────┬────────┐
│行政辖区│耕地保有量│基本农田保护面积│
├────┼─────┼────────┤
│莱芜市 │86666.67 │62740.37 │
├────┼─────┼────────┤
│临沂市 │858053.06 │745733.65 │
├────┼─────┼────────┤
│德州市 │626452.00 │539375.00 │
├────┼─────┼────────┤
│聊城市 │573103.74 │497553.09 │
├────┼─────┼────────┤
│滨州地区│448810.00 │385300.00 │
├────┼─────┼────────┤
│菏泽地区│845470.47 │711528.47 │
└────┴─────┴────────┘
1999年5月19日，国土资源部、农业部下发《关于认真贯彻执行〈基本农田保护条例〉进一步做好基本农田保护工作的通知》，要求做好基本农田保护区的调整划定工作。6月，全省开展基本农田保护区调整划定工作。9月16日，省土地管理局下发通知，要求济南等9个沿黄河的市(地)对已划入基本农田保护区内的黄河滩区耕地，按照土地有关法律法规尽快进行调整，并且保证本地区的基本农田保护面积不减少。2000年5月，省国土资源厅、省农业厅联合转发国土资源部、农业部《基本农田保护区调整划定工作验收办法》，要求各县(市、区)自查，市级政府初验，省国土资源厅、省农业厅组织复验。
2001年12月15日，山东省基本农田保护区调整划定工作完成。实际划定基本农田保护区面积为6688114.79公顷，基本农田保护面积为6662350.35公顷，按照规划基期的耕地面积计算，实际划定的基本农田保护率为86.64%，其中，耕地6651362.35公顷，园地10988.00公顷。同时建立基本农田保护标志牌71747个。此时与国务院下达给山东省的基本农田保护面积669万公顷的指标尚有差距，原因是沿黄河地区黄河滩区的耕地调出基本农田保护区后，无补划能力，其他地区规划已批复且也无增加能力，山东省向国土资源部作专题报告说明情况。
2001年山东省基本农田保护区面积一览表
表3-14
单位：公顷
┌────┬─────┬───────────┐
│行政辖区│耕地面积 │划定基本农田保护区面积│
├────┼─────┼───────────┤
│山东省 │7672003.06│6688114.79 │
├────┼─────┼───────────┤
│济南市 │373528.00 │321900.00 │
├────┼─────┼───────────┤
│青岛市 │546204.24 │480621.00 │
├────┼─────┼───────────┤
│淄博市 │233271.28 │206812.20 │
├────┼─────┼───────────┤
│枣庄市 │245250.47 │213500.00 │
├────┼─────┼───────────┤
│东营市 │228888.94 │184524.10 │
├────┼─────┼───────────┤
│烟台市 │464520.12 │409247.00 │
├────┼─────┼───────────┤
│潍坊市 │784817.47 │690600.00 │
├────┼─────┼───────────┤
│济宁市 │614018.58 │526353.41 │
├────┼─────┼───────────┤
│泰安市 │357135.76 │313500.00 │
├────┼─────┼───────────┤
│威海市 │192707.87 │169943.86 │
├────┼─────┼───────────┤
│日照市 │231645.41 │202316.20 │
├────┼─────┼───────────┤
│莱芜市 │70373.25 │62740.37 │
├────┼─────┼───────────┤
│临沂市 │849963.10 │771497.76 │
├────┼─────┼───────────┤
│德州市 │627912.71 │539375.00 │
├────┼─────┼───────────┤
│聊城市 │571000.21 │497553.09 │
├────┼─────┼───────────┤
│滨州市 │446633.31 │386102.33 │
├────┼─────┼───────────┤
│菏泽市 │834132.34 │711528.47 │
└────┴─────┴───────────┘
说明：表中数据为年初统计数据
截至2003年底，全省划定基本农田保护面积(落实到地块面积)667.16万公顷，保护率87%。其中，耕地644.06万公顷，园地13.10万公顷，林地7.04万公顷，牧草地0.04万公顷，其他农用地2.92万公顷(其中畜禽饲养地及鱼塘1.07万公顷)。截至2004年12月，全省基本农田减少5.33万公顷，同期补划基本农田5.33万公顷。全省共划定基本农田保护地块364966块，并全部落实到图上，做到了图、表、实地一致。建立起省、市、县、乡、村、组六级基本农田保护责任制，层层签订基本农田保护目标责任书。全省共签订基本农田保护目标责任书1781.77万份。基本农田保护目标责任书签订到村、到组率为100%，签订到户率99.79%。全省1779个乡镇中有1758个乡镇做到了档案齐全，备案至县的乡镇1753个。刷新和新建基本农田保护标志牌54769块，做到了乡镇有公示牌，村村有标志牌。截至2005年底，全省基本农田保护区总面积为6671615.66公顷，其中耕地面积6634743.87公顷，保护率为87%。