1989—2005年，全省采取日常监督与年度检查相结合的方式，加强对探矿权人和地勘单位勘查行为的监督检查，以维护正常勘查秩序，促进勘查行业健康发展。
一、年度检查
（一）年度检查制度
1988年5月，省地矿局下发《关于对已登记勘查项目实施进行检查的通知》。第一次由省地矿局、省矿管委、省计委、省司法厅、省建行以及有关市（地）矿管局，对全省勘查项目实施情况进行集中检查。此后，每年按照省地矿局（厅）统一部署，由各市（地）地矿局实施检查。省地矿局（厅）对勘查实施情况进行抽查。
1998年8月，《山东省实施〈中华人民共和国矿产资源法〉办法》实施，以地方性法规的形式在全省确立探矿权年检制度。
2003年5月20日，国土资源部下发《关于建立探矿权年度检查制度的通知》，要求各省（区、市）在本行政区域建立探矿权年检制度，并规定需要提交的年检资料以及矿产资源勘查项目年度报告的统一格式。山东省根据国土资源部规定开展年度检查工作。
（二）年度检查情况
1998—2005年，省国土资源厅每年有针对性地规定检查内容。检查的重点内容是探矿权人法定义务履行情况和地勘单位是否依法从事地质勘查活动，检查分为自查、全面检查、督导检查验收三个阶段。对勘查项目现场检查时，严格按照听（听探矿权人和勘查单位汇报）、看（查阅原始资料、核验台账、查验施工现场）、议（检查组合议形成集体意见向探矿权人反馈）的程序，对检查发现的违法勘查行为进行调查取证，由国土资源部门依法查处。国土资源部门对违法勘查行为不及时处理的，由上级国土资源部门追究有关人员的责任。每年年检率都保持在97%以上。2003年10月，为提闻检查的效果，举办各市、有关县国土资源局、勘查单位、重点矿山企业有关人员参加的全省探矿权年度检查培训班。
表5-8 1998-2005年山东省勘查项目年度检查情况一览表
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┃年度│下达 │实检 │合格 │不合格（含│检査发现的违法勘査行为 ┃
┃ │项目 │项目 │项目 │未检） 项 │ ┃
┃ │ │ │ │目 │ ┃
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┃1998│660 │660 │632 │28 │越界勘査的1个，领取勘査许可证后满6 个月 ┃
┃ │ │ │ │ │不施工或施工后无故停止勘查工作 满6个月的┃
┃ │ │ │ │ │18个、14个，未完成法定最 低勘查投入的13 ┃
┃ │ │ │ │ │个 ┃
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┃1999│752 │752 │741 │11 │领取勘查许可证后满6个月不施工或施工 后无┃
┃ │ │ │ │ │故停止勘查工作满6个月的18个、4 个，未完 ┃
┃ │ │ │ │ │成法定最低勘查投入的7个 ┃
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┃2000│941 │941 │929 │12 │领取勘查许可证后满6个月不施工或施工 后无┃
┃ │ │ │ │ │故停止勘查工作满6个月的18个、3 个，未完 ┃
┃ │ │ │ │ │成法定最低勘查投入的9个 ┃
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┃2001│956 │956 │948 │8 │领取勘查许可证后满6个月不施工或施工 后无┃
┃ │ │ │ │ │故停止勘查工作满6个月的18个、1 个，未完 ┃
┃ │ │ │ │ │成法定最低勘查投入的7个 ┃
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┃2002│1067 │1067 │1046 │21 │领取勘查许可证后满6个月不施工或施工 后无┃
┃ │ │ │ │ │故停止勘查工作满6个月的18个、8 个，未完 ┃
┃ │ │ │ │ │成法定最低勘查投入的13个 ┃
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┃2003│1021 │1019 │994 │27 │未接受检查的2个，越界勘查的3个，持 勘查 ┃
┃ │ │ │ │ │许可证采矿的3个，领取勘查许可证 后满6个 ┃
┃ │ │ │ │ │月不施工或施工后无故停止勘查 工作满6个月┃
┃ │ │ │ │ │的18个、7个，未完成法 定最低勘查投入的3 ┃
┃ │ │ │ │ │个 ┃
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┃2004│1514 │1479 │1466 │48 │未接受检查的35个，领取勘查许可证后 满6个┃
┃ │ │ │ │ │月不施工或施工后无故停止勘查工 作满6个月┃
┃ │ │ │ │ │的2个，未依法完成最低勘查 投入的11个 ┃
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┃2005│1833 │1804 │1713 │91 │未接受检查的29个，持过期失效许可证 勘查 ┃
┃ │ │ │ │ │的3个，越界勘查的1个，持勘查许 可证采矿 ┃
┃ │ │ │ │ │的1个，领取勘查许可证后满6 个月不施工或 ┃
┃ │ │ │ │ │施工后无故停止勘查工作 满6个月的18个，未┃
┃ │ │ │ │ │依法完成最低勘查 投入的66个，擅自改变勘 ┃
┃ │ │ │ │ │查对象的2个 ┃
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二、日常监督管理
1988年起，矿产资源勘查日常监督管理制度包括勘查开工报告制度、勘查项目进展情况定期报告制度、违法行为举报制度、动态巡回检查制度、督察员制度等。
1996年省地矿厅成立后，地勘质量管理正式列入地勘行业管理。1997年6月，省地矿厅把地质勘查质量管理列为年度检查和资格统检的主要内容
1999年11月，山东省被国土资源部确定为配备GPS卫星定位系统试点省后，购置15台GPS仪，发放11个市（地）和4个业务处室，在解决矿界及矿业权纠纷中发挥重要作用。
2001年2月，省国土资源厅发出《关于2000年度山东省探矿权管理工作情况的通报》，建立缴纳探矿权年度使用费初审制度，规定探矿权人按年缴纳探矿权使用费，每一勘查年度届满后20日内持勘查许可证，将勘查年度报告、项目支出会计核算表报项目所在地的市国土资源部门接受检查。
2003年1月，国土资源部印发《市（地）县（市）级国土资源主管部门矿产资源监督管理暂行办法》，规定日常监督管理的主要内容和重点是查处以下违法勘查行为：未取得勘查许可证擅自进行勘查的，超越批准的勘查区块范围进行勘查的；擅自进行滚动勘探开发、边探边采或者试采的；擅自印制或者伪造、冒用勘查许可证的；不依法备案、报告有关情况、拒绝接受监督检查或者弄虚作假的；未完成法定最低勘查投入的；变更勘查单位未向登记机关备案的；已领取勘查许可证的勘查项目，满6个月未开始施工，或者施工后无故停止勘查工作满6个月的；不依法办理勘查许可证变更登记或者注销登记手续的；未经批准，擅自转让探矿权的；以承包等方式擅自转让探矿权的等。
2003年4月，国土资源部印发《矿产勘查及油气开采督察员工作制度》。省国土资源厅提出2003年油气督察工作计划，全面启动山东油气勘查开发督察工作。7月，在东营市举办全省第一期油气督察员培训班，有关市国土资源局分管副局长、地勘科长，省级油气督察员等40余人参加培训。从2004年起，国土资源部门作为油气田及输油气管道安全保护工作联席会议成员单位，每年参与全省整治油气田及输油气管道生产秩序专项行动，负责依法查处无证、侵权等违法勘查开采油气资源行为。至2005年，山东省尚未发现违法勘查、开采油气资源的行为。