1996年，财政部、地矿部联合印发《矿产资源补偿费使用管理暂行办法》；2001年，财政部、国土资源部联合印发修订的《矿产资源补偿费使用管理办法》；2003年3月，国土资源部制定《矿产资源补偿费勘查项目管理暂行办法》，对矿产资源补偿费勘查项目管理发挥了巨大作用。
一、项目立项及验收管理
1996年12月，省财政厅、省地矿厅联合下发《关于下达一九九六年地质勘查和矿产资源保持项目资金计划的通知》，下达首批矿产资源补偿费勘查项目。
1997年11月，省地矿厅下发《关于对矿费项目勘查成果进行验收的通知》，对矿产资源补偿费勘查项目成果验收组织、原则、方法等作了明确规定，规定地质勘查和矿产资源保持（即矿产开发技术改造）项目实行省、市两级管理，以保证地勘工作和成果质量。
2001年，省国土资源厅下发《关于认真做好矿产资源补偿费勘查项目成果清理的通知》《关于山东省矿产资源补偿费地质勘查成果登记的通知》，对1996—1999年省财政厅、省地矿厅下达的四批矿产资源补偿费地勘项目进行全面清理。共安排公益性基础地质工作和矿产资源勘查四批370个项目，资金17605万元，其中，省直项目72项，资金3905万元；市属项目298项，资金13700万元。按项目计划与设计要求，370个项目应在2000年底前完成。截至2001年7月底，已完成并进行项目成果登记的299项（省直69项、市属230项），正在实施的41项，未实施的30项。在已完成的299个项目中，按项目性质分，基础性、公益性勘查项目67项，普查项目226项，详查、勘探项目6项；按矿种分，金属矿产97项，非金属矿产52项，能源矿产41项，地下水资源矿产30项，地质调查、研究项目79项。
2002—2003年，省国土资源厅下发《关于切实做好矿产资源补偿费地质勘查项目管理工作的通知》《关于切实加强矿产资源补偿费地质勘查项目成果管理的通知》。从2002年起，省补偿费地勘项目实行招标、委托两种方式确定承担单位，以确保勘查工作和成果质量。
至2005年，全省矿产资源补偿费项目共安排10批855项，其七，省直204项，市属651项。财政资金44355万元，其中，省直12925万元，市属31430万元；自筹资金26167.3万元。
表5-7 1996—2005年山东省矿产资源补偿费地质勘査项目及资金情况统计表
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┃计划│项目数（个） │总预算 │ 财政资金（万元） │ 单位自筹资金（万元） ┃
┃年份├──┬──┬──┤（万元）├───┬───┬───┼────┬───┬───┨
┃ │小计│省直│市属│ │小计 │省直 │市属 │小计 │省直 │市属 ┃
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┃1996│43 │13 │30 │3500.5 │2345 │495 │1850 │1155.5 │158 │997.5 ┃
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┃1997│72 │10 │62 │7180 │4180 │860 │3320 │3000 │0 │3000 ┃
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┃1998│133 │24 │109 │9410 │6190 │1420 │4770 │3220 │110 │3110 ┃
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┃1999│122 │25 │97 │7235 │4890 │1130 │3760 │2345 │ 75 │2270 ┃
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┃2000│100 │17 │83 │6380 │5000 │1350 │3650 │1380 │110 │1270 ┃
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┃2001│89 │20 │69 │7620 │5040 │1550 │3490 │2580 │400 │2180 ┃
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┃2002│65 │21 │44 │7835 │3425 │1070 │2355 │4410 │1435 │2975 ┃
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┃2003│74 │26 │48 │8038.8 │3925 │1525 │2400 │4113.8 │1623.3│2490.5┃
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┃2004│83 │24 │59 │8323 │4360 │1450 │2910 │3963 │969 │2994 ┃
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┃2005│74 │24 │50 │5000 │5000 │2075 │2925 │ 0 │0 │ 0 ┃
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┃合计│855 │204 │651 │70522.3 │44355 │12925 │31430 │26167.3 │4880.3│21287 ┃
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二、项目成果
1996—2005年，山东省依靠矿产资源补偿费投资完成全省基础性、公益性、战略性地质工作。金属矿产方面，评价矿产地51处，发现矿化点35个，圈定具有找矿远景的金矿物化探异常区107处。非金属矿产方面，评价矿产地51处，发现大型石英砂岩矿2处，石膏、石棉矿床各1处，首次对贝壳矿进行评价，新增蓝石棉矿种，填补省内空白。能源矿产方面，评价煤矿产地4处，发现具有找矿远景的煤矿产地1处；圈出煤层气远景区5处;地热异常154处，初步查明地热异常32处，5处地热资源已开发利用。地下水资源方面，评价地下水资源28处，新发现水源地8处，其中大型水源地2处。已开发利用4处，用于城市供水2处，村民饮水、农田灌溉2处。