1993-2005年，山东省开展多项小区域农业地质条件调查和全省地方病地质调查，为农业结构调整和地方病防治提供了地质依据。
一、农业地质环境调查
山东省开展的与地质环境有关的农业地质调查，主要有小清河中下游地区、菏泽地区黄河故道、成武、曹县、平阴县南部山区、平阴县尤寨山地区、章丘市南部缺水山区、章丘市西部产业带地区、东平县北部山区、济南市长清区五峰山-张夏一带缺水山区等地区的调查和全省地质-地球化学环境与有关农作物及地方病相关性研究、医学地质调查等。
1994年3月，省地质科学研究所提交《山东省地质-地球化学环境与有关农作物及地方病相关性研究报告》，报告研究了全省土壤类型和土壤、岩石地球化学元素的分布特征，分析了区内地质-地球化学环境与有关农作物的分布及品质相关性，探讨了名特优农产品的地域性分布机理。研究认为烟草喜稳定性的半干旱环境，优质烟草母岩条件是海相、浅海相沉积岩石为主，掺杂一些花岗质的混合型岩石，并划分烟草种植地质背景优势区、中势区和一般区。研究了氟、碘等元素分布与地方病的相关性，认为地下水中氟、碘元素含量高是引起地方病的主要原因。
1998年5月，省物化探勘查院对小清河中下游地区不同类型土壤中元素组合与含量分布特征作调查，对表层与深层土壤的多种组合关系和含量的差异作了对比研究，对土壤质量进行了分区。统计分析土壤中汞、砷、铬、镉等8种重金属元素含量值，以污染指数法对全区表层土壤污染程度作出初步评价，划出不同级别的污染区。沿小清河岸济南-鸭旺口-张家林地段达到严重污染-明显污染程度，其中济南-鸭旺口段为严重污染区，鸭旺口-张家林段为明显污染区。张家林以东部分为起始污染区。受污染元素的自身淀积作用和农业灌溉量影响，小清河横向污染程度分为两区：河岸内土壤及近侧部分为起始污染区，外围为基本清洁区。1999年8月，提交《山东省小清河中下游地区农业环境土壤地球化学调查报告》。
2003年12月，省第一地质矿产勘查院调查认为东平县北部山区土壤环境质量较好，基本对植物和环境不造成危害和污染，局部地区土壤质量基本保持自然背景水平。依据调查资料，对调查区进行了农业综合区划。2004年12月，提交《山东省东平县北部山区水文地质与生态农业地质调查报告》。
2004年3月，省化工地质勘察院查明章丘市南部缺水山区地质、水文地质条件及地形地貌特征，区内土壤养分多属Ⅲ、Ⅳ级，土壤环境质量为Ⅱ级，可满足无公害农林产地环境要求。对种植面积较大的花椒、香椿、山楂、苹果以及玉米、大豆等农作物的品质进行评价，基本达到无公害产品要求。12月，提交《山东省章丘市南部缺水山区农业地质环境及可持续发展调查评价报告》。
2004年5月，省第一地质矿产勘查院初步查明平阴县尤寨山地区基础地质、水文地质及生态环境地质条件，圈定孝直富水地段的范围。调查首次提出本区可用泥、页岩资源替代砖瓦粘土烧砖，对尤寨山水库防渗治理提出可行性意见，对生态地质环境进行了分区评价，提出了生态地质环境保护的建议。12月，提交《山东省平阴县尤寨山地区生态环境地质调查评价报告》。
2005年1月，省地矿工程勘察院调查认为章丘市西部产业带土壤环境质量较好，锌、铜、铅、镉等元素在部分地段达二级。地下水环境质量综合评价认为岩溶地下水为较好型，孔隙水为较差型。矿山地质环境质量分为无灾害区、轻度灾害区、严重灾害区，严重灾害区主要分布在煤矿采矿权设置区。龙山-枣园一带、西南部（鸡山村片区）、东部（白泉村及明水城区）为生态地质环境质量较好区，工作区北部煤矿采矿区（灰岩顶板埋深500米以深）为生态地质环境质量较差区，工作区南部煤矿采矿区（灰岩顶板埋深500米以浅）为生态地质环境质量差区。2006年4月，提交《山东省章丘市西部产业带生态地质环境调查与评价报告》。
2005年2月，省化工地质勘察院查明济南市长清区五峰山-张夏一带缺水山区地下水主要类型和分布，评价了土壤肥力，分析了土壤营养元素、有害元素含量和分布，研究了土壤垂向剖面上土壤养分元素的分布规律，简要进行了土壤和植物间有害元素的相关性分析，通过对优势果树杏树宜种性评价，认为万亩杏园所处的地质背景为花岗岩分布区，是玉杏的产量、口味优于其他不同地质背景区的主要原因。
二、农业地质背景调查
山东省主要开展了济南-济阳地区土壤地球化学调查，1∶5万临淄幅、青州幅区域地质、农业生态地质调查，潍坊市、东营市及东明、高密、庆云、武城、嘉祥、平阴等农业地质背景调查。
1993年9月，省物化探勘查院提交《济南-济阳地区土壤地球化学调查成果报告（1∶20万）》。调查获得表层和深层土壤氮、磷、钾等38种元素全量、表层土壤12种元素有效态含量的分析数据，研究了区内土壤地球化学基准值、背景值，查明土壤环境质量状况和主要污染元素的污染区及污染程度。根据土壤环境质量和综合肥力，进行土壤地球化学分区，编制了农业区划图。
1994年6月，省地质科学研究所、潍坊市农业区划办公室共同完成《潍坊市农业地质背景调查研究报告》，了解了土壤成土条件、成土过程和土壤属性，阐明了各类型土壤的特征。根据区内地形地貌、水文、气象、土壤、水文地质条件、农业生产现状以及行政区划等条件，对农业地质背景进行分级，编制了农业地质分区评价图和农业地质背景值分区评价图。
1999年9月，国土资源部水文地质工程地质研究所提交《1∶5万临淄幅、青州幅区域地质、农业生态地质调查报告》，调查查明区内农业环境地质条件，研究了土壤、地下水中地球化学元素的分布特征。根据元素测试数据，对土壤的营养状况和污染状况进行全面分析，对土壤质量进行评价。分析了区内土壤盐渍化、土地沙化、水土污染等农业环境地质问题的危害性，并提出防治措施：提高对废水的处理能力和达标率，实行分质供水，实现污水资源化，充分利用污水的水肥资源灌溉农田；农业生产合理使用农药、化肥，推广高效低毒低残留农药，减少对土地和水资源的污染。
2001年1月，省鲁北地质工程勘察院查明东营市土壤成土条件、成土过程、土壤属性和各类型土壤的特征；选择13项指标作为评价要素，对土壤综合肥力进行了评价。评价认为综合肥力较好的土壤分布于四干渠两岸、广饶县中部及沿黄部分地区；综合肥力状况差的土壤主要分布在工作区东部和利津县西北部，主要缺乏磷、硒、钼、锌元素。工作区内主要农业环境地质问题是水土污染、地方病、咸水入侵及地面沉降等，调查提出防治对策，编制了农业地质分区评价图和农业地质背景值分区评价图。12月，提交《山东省东营市农业地质背景值调查与评价报告》。
2001年2月，省第四地质矿产勘查院调查并分析了东营市沿海地区土壤元素的地球化学背景及其分布规律，编制了生态农业地质图；研究了不同生态农业地质类型之间的差异及对农作物的影响，为土壤改良、选择适宜种植的作物品种提供了依据；调查了区内林果生态农业地质环境，划分了冬枣推广种植区；在对区内生态农业地质环境的优势和不利因素进行全面分析的基础上，编制了生态农业地质工程区划图，将区内划分为六个生态农业地质工程区，并论述了每个区的生态农业可持续发展模式和应采取的生态农业地质工程改良措施。12月，提交《东营市沿海地区生态农业地质背景调查研究报告》。
2002年2月，省地质科学实验研究院大致查明东明县与农业密切相关的地形地貌、气象水文、地层构造以及水文地质条件，对盐碱土的分布、成因及防治进行评述，阐明了表层、深层土壤主要元素及有机质、pH值的分布特征及丰缺状况，对元素间相关性进行分析，对地表水、地下水进行了评价，提出影响东明西瓜产量和质量的因素主要是土壤类型、水质和营养元素的供给水平，明确提出两块可以大面积推广西瓜种植的区域。2003年2月，提交《山东省东明县农业地质背景调查报告》。
2002年3月，省第八地质矿产勘查院查明高密市土壤中主要元素的背景值，结果是氮、钼元素含量与全省均值相当，磷、钾、钙、镁、硫、锌、铁、硼、氯9种元素低于全省均值，而锰、铜、铬、铅、汞、硒等元素高于全省均值。评价了污染元素含量及其区域，对地下水进行了取样分析和评价，85%水样点评价为极差，15%为较差。地下水不能直接饮用。仁和、康庄、大弁家等北胶新河地段氟、氯离子及矿化度超出国家农业灌溉水质标准，对农田有危害作用。2003年2月，提交《山东省高密市农业地质背景调查报告》。
2002年3月，省鲁北地质工程勘察院查明庆云县微地貌高地、坡地、洼地分布规律及第四纪地质特征。调查认为区内土壤盐渍化、土地沙化、水土污染及淡水资源匮乏等地质环境问题是影响农业可持续发展的主要因素，提出科学利用水资源、改良土壤、合理施肥、调整农业种植结构、保护特色果树（枣树）的建议。2003年3月，提交《山东省庆云县农业地质背景调查报告》。
2002年5月，省鲁北地质工程勘察院查明武城县浅层土壤重金属污染特征为起始污染面积424平方千米，明显污染面积327平方千米，主要污染元素为汞、铅、铬、镉等；调查评价了区内土壤盐渍化、土地沙化、水土污染及淡水资源匮乏等农业地质环境问题，对其成因进行探讨；划分武西棉粮瓜菜区、武中棉粮林区、武东油果区三个农业种植区。
2005年1月，省鲁南地质工程勘察院通过对嘉祥县农业地质条件调查，对土壤类型、土体结构进行较详细的划分，对区内特色农产品大蒜的产量和品质与土壤中的微量元素及地形地貌、水质等的相关性进行了评价，认为锰、硼元素与大蒜品质呈正相关性，而与磷、铁、铜元素相关性较差。12月，提交《山东省嘉祥县农业地质背景调查报告》。
2005年12月，省地质调查院调查获得平阴县全区54种元素全量、12种元素有效态含量和土壤有机污染物（DDT、六六六）资料，确立了调查区地球化学基准值、背景值；掌握了土壤有机污染物（DDT、六六六）的残留、分布特征及其土壤环境质量现状，调查区土壤中六六六没有检出，DDT仍有检出。调查基本查明浅层地下水地球化学特征、浅层地下水环境质量现状及污染状况，认为不宜直接饮用浅层地下水（Ⅳ类）主要分布在孝直东、栾湾北及刁山坡-县城-孔村，面积95.97平方千米；查明土壤环境质量状况及主要污染元素的污染程度和污染区；进行了土壤地球化学分区，并编制农业区划图和地质图。2006年12月，提交《山东省平阴县生态地球化学调查报告》。
第二节 农业地质条件调查
1993-2005年，山东省开展多项小区域农业地质条件调查和全省地方病地质调查，为农业结构调整和地方病防治提供了地质依据。
一、农业地质环境调查
山东省开展的与地质环境有关的农业地质调查，主要有小清河中下游地区、菏泽地区黄河故道、成武、曹县、平阴县南部山区、平阴县尤寨山地区、章丘市南部缺水山区、章丘市西部产业带地区、东平县北部山区、济南市长清区五峰山-张夏一带缺水山区等地区的调查和全省地质-地球化学环境与有关农作物及地方病相关性研究、医学地质调查等。
1994年3月，省地质科学研究所提交《山东省地质-地球化学环境与有关农作物及地方病相关性研究报告》，报告研究了全省土壤类型和土壤、岩石地球化学元素的分布特征，分析了区内地质-地球化学环境与有关农作物的分布及品质相关性，探讨了名特优农产品的地域性分布机理。研究认为烟草喜稳定性的半干旱环境，优质烟草母岩条件是海相、浅海相沉积岩石为主，掺杂一些花岗质的混合型岩石，并划分烟草种植地质背景优势区、中势区和一般区。研究了氟、碘等元素分布与地方病的相关性，认为地下水中氟、碘元素含量高是引起地方病的主要原因。
1998年5月，省物化探勘查院对小清河中下游地区不同类型土壤中元素组合与含量分布特征作调查，对表层与深层土壤的多种组合关系和含量的差异作了对比研究，对土壤质量进行了分区。统计分析土壤中汞、砷、铬、镉等8种重金属元素含量值，以污染指数法对全区表层土壤污染程度作出初步评价，划出不同级别的污染区。沿小清河岸济南-鸭旺口-张家林地段达到严重污染-明显污染程度，其中济南-鸭旺口段为严重污染区，鸭旺口-张家林段为明显污染区。张家林以东部分为起始污染区。受污染元素的自身淀积作用和农业灌溉量影响，小清河横向污染程度分为两区：河岸内土壤及近侧部分为起始污染区，外围为基本清洁区。1999年8月，提交《山东省小清河中下游地区农业环境土壤地球化学调查报告》。
2003年12月，省第一地质矿产勘查院调查认为东平县北部山区土壤环境质量较好，基本对植物和环境不造成危害和污染，局部地区土壤质量基本保持自然背景水平。依据调查资料，对调查区进行了农业综合区划。2004年12月，提交《山东省东平县北部山区水文地质与生态农业地质调查报告》。
2004年3月，省化工地质勘察院查明章丘市南部缺水山区地质、水文地质条件及地形地貌特征，区内土壤养分多属Ⅲ、Ⅳ级，土壤环境质量为Ⅱ级，可满足无公害农林产地环境要求。对种植面积较大的花椒、香椿、山楂、苹果以及玉米、大豆等农作物的品质进行评价，基本达到无公害产品要求。12月，提交《山东省章丘市南部缺水山区农业地质环境及可持续发展调查评价报告》。
2004年5月，省第一地质矿产勘查院初步查明平阴县尤寨山地区基础地质、水文地质及生态环境地质条件，圈定孝直富水地段的范围。调查首次提出本区可用泥、页岩资源替代砖瓦粘土烧砖，对尤寨山水库防渗治理提出可行性意见，对生态地质环境进行了分区评价，提出了生态地质环境保护的建议。12月，提交《山东省平阴县尤寨山地区生态环境地质调查评价报告》。
2005年1月，省地矿工程勘察院调查认为章丘市西部产业带土壤环境质量较好，锌、铜、铅、镉等元素在部分地段达二级。地下水环境质量综合评价认为岩溶地下水为较好型，孔隙水为较差型。矿山地质环境质量分为无灾害区、轻度灾害区、严重灾害区，严重灾害区主要分布在煤矿采矿权设置区。龙山-枣园一带、西南部（鸡山村片区）、东部（白泉村及明水城区）为生态地质环境质量较好区，工作区北部煤矿采矿区（灰岩顶板埋深500米以深）为生态地质环境质量较差区，工作区南部煤矿采矿区（灰岩顶板埋深500米以浅）为生态地质环境质量差区。2006年4月，提交《山东省章丘市西部产业带生态地质环境调查与评价报告》。
2005年2月，省化工地质勘察院查明济南市长清区五峰山-张夏一带缺水山区地下水主要类型和分布，评价了土壤肥力，分析了土壤营养元素、有害元素含量和分布，研究了土壤垂向剖面上土壤养分元素的分布规律，简要进行了土壤和植物间有害元素的相关性分析，通过对优势果树杏树宜种性评价，认为万亩杏园所处的地质背景为花岗岩分布区，是玉杏的产量、口味优于其他不同地质背景区的主要原因。
二、农业地质背景调查
山东省主要开展了济南-济阳地区土壤地球化学调查，1∶5万临淄幅、青州幅区域地质、农业生态地质调查，潍坊市、东营市及东明、高密、庆云、武城、嘉祥、平阴等农业地质背景调查。
1993年9月，省物化探勘查院提交《济南-济阳地区土壤地球化学调查成果报告（1∶20万）》。调查获得表层和深层土壤氮、磷、钾等38种元素全量、表层土壤12种元素有效态含量的分析数据，研究了区内土壤地球化学基准值、背景值，查明土壤环境质量状况和主要污染元素的污染区及污染程度。根据土壤环境质量和综合肥力，进行土壤地球化学分区，编制了农业区划图。
1994年6月，省地质科学研究所、潍坊市农业区划办公室共同完成《潍坊市农业地质背景调查研究报告》，了解了土壤成土条件、成土过程和土壤属性，阐明了各类型土壤的特征。根据区内地形地貌、水文、气象、土壤、水文地质条件、农业生产现状以及行政区划等条件，对农业地质背景进行分级，编制了农业地质分区评价图和农业地质背景值分区评价图。
1999年9月，国土资源部水文地质工程地质研究所提交《1∶5万临淄幅、青州幅区域地质、农业生态地质调查报告》，调查查明区内农业环境地质条件，研究了土壤、地下水中地球化学元素的分布特征。根据元素测试数据，对土壤的营养状况和污染状况进行全面分析，对土壤质量进行评价。分析了区内土壤盐渍化、土地沙化、水土污染等农业环境地质问题的危害性，并提出防治措施：提高对废水的处理能力和达标率，实行分质供水，实现污水资源化，充分利用污水的水肥资源灌溉农田；农业生产合理使用农药、化肥，推广高效低毒低残留农药，减少对土地和水资源的污染。
2001年1月，省鲁北地质工程勘察院查明东营市土壤成土条件、成土过程、土壤属性和各类型土壤的特征；选择13项指标作为评价要素，对土壤综合肥力进行了评价。评价认为综合肥力较好的土壤分布于四干渠两岸、广饶县中部及沿黄部分地区；综合肥力状况差的土壤主要分布在工作区东部和利津县西北部，主要缺乏磷、硒、钼、锌元素。工作区内主要农业环境地质问题是水土污染、地方病、咸水入侵及地面沉降等，调查提出防治对策，编制了农业地质分区评价图和农业地质背景值分区评价图。12月，提交《山东省东营市农业地质背景值调查与评价报告》。
2001年2月，省第四地质矿产勘查院调查并分析了东营市沿海地区土壤元素的地球化学背景及其分布规律，编制了生态农业地质图；研究了不同生态农业地质类型之间的差异及对农作物的影响，为土壤改良、选择适宜种植的作物品种提供了依据；调查了区内林果生态农业地质环境，划分了冬枣推广种植区；在对区内生态农业地质环境的优势和不利因素进行全面分析的基础上，编制了生态农业地质工程区划图，将区内划分为六个生态农业地质工程区，并论述了每个区的生态农业可持续发展模式和应采取的生态农业地质工程改良措施。12月，提交《东营市沿海地区生态农业地质背景调查研究报告》。
2002年2月，省地质科学实验研究院大致查明东明县与农业密切相关的地形地貌、气象水文、地层构造以及水文地质条件，对盐碱土的分布、成因及防治进行评述，阐明了表层、深层土壤主要元素及有机质、pH值的分布特征及丰缺状况，对元素间相关性进行分析，对地表水、地下水进行了评价，提出影响东明西瓜产量和质量的因素主要是土壤类型、水质和营养元素的供给水平，明确提出两块可以大面积推广西瓜种植的区域。2003年2月，提交《山东省东明县农业地质背景调查报告》。
2002年3月，省第八地质矿产勘查院查明高密市土壤中主要元素的背景值，结果是氮、钼元素含量与全省均值相当，磷、钾、钙、镁、硫、锌、铁、硼、氯9种元素低于全省均值，而锰、铜、铬、铅、汞、硒等元素高于全省均值。评价了污染元素含量及其区域，对地下水进行了取样分析和评价，85%水样点评价为极差，15%为较差。地下水不能直接饮用。仁和、康庄、大弁家等北胶新河地段氟、氯离子及矿化度超出国家农业灌溉水质标准，对农田有危害作用。2003年2月，提交《山东省高密市农业地质背景调查报告》。
2002年3月，省鲁北地质工程勘察院查明庆云县微地貌高地、坡地、洼地分布规律及第四纪地质特征。调查认为区内土壤盐渍化、土地沙化、水土污染及淡水资源匮乏等地质环境问题是影响农业可持续发展的主要因素，提出科学利用水资源、改良土壤、合理施肥、调整农业种植结构、保护特色果树（枣树）的建议。2003年3月，提交《山东省庆云县农业地质背景调查报告》。
2002年5月，省鲁北地质工程勘察院查明武城县浅层土壤重金属污染特征为起始污染面积424平方千米，明显污染面积327平方千米，主要污染元素为汞、铅、铬、镉等；调查评价了区内土壤盐渍化、土地沙化、水土污染及淡水资源匮乏等农业地质环境问题，对其成因进行探讨；划分武西棉粮瓜菜区、武中棉粮林区、武东油果区三个农业种植区。
2005年1月，省鲁南地质工程勘察院通过对嘉祥县农业地质条件调查，对土壤类型、土体结构进行较详细的划分，对区内特色农产品大蒜的产量和品质与土壤中的微量元素及地形地貌、水质等的相关性进行了评价，认为锰、硼元素与大蒜品质呈正相关性，而与磷、铁、铜元素相关性较差。12月，提交《山东省嘉祥县农业地质背景调查报告》。
2005年12月，省地质调查院调查获得平阴县全区54种元素全量、12种元素有效态含量和土壤有机污染物（DDT、六六六）资料，确立了调查区地球化学基准值、背景值；掌握了土壤有机污染物（DDT、六六六）的残留、分布特征及其土壤环境质量现状，调查区土壤中六六六没有检出，DDT仍有检出。调查基本查明浅层地下水地球化学特征、浅层地下水环境质量现状及污染状况，认为不宜直接饮用浅层地下水（Ⅳ类）主要分布在孝直东、栾湾北及刁山坡-县城-孔村，面积95.97平方千米；查明土壤环境质量状况及主要污染元素的污染程度和污染区；进行了土壤地球化学分区，并编制农业区划图和地质图。2006年12月，提交《山东省平阴县生态地球化学调查报告》。