1991-2005年，工业“三废”(废气、废水、固体废弃物)排放和农业生产过程中
，使用农药、化肥、农膜给农业用水、土壤和农产品都造成不同程度污染，农业环境
保护受到各方面关注和重视，生态农业建设进一步加快。
一、生态农业示范县建设
1993年9月，农业部等7部委在全国开展第一批生态农业试点县建设，山东省五莲
县、临朐县、淄博市临淄区被选为试点，2000年国家进行验收。1996-1999年，省农
业厅等7厅局共同组织山东省生态农业试点县建设工作，沂源等15个县(市、区)参加
省首批生态农业试点县建设，2000年省里组织考核验收。
2000年3月，农业部等7部委在北京召开全国生态农业试点县建设会议，山东省作
典型发言。同年，国家启动第二批生态农业示范县建设，惠民县、菏泽市牡丹区、青
岛市城阳区被列为第二批示范县，2004年8月，国家生态农业建设领导小组组织专家
进行验收。12月，农业部表彰在生态农业和农村能源工作中作出突出贡献的先进集体
和先进个人，山东省农业环境保护总站、菏泽市牡丹区被评为生态农业建设先进集体
，张曰林等3人被评为生态农业建设先进个人。
2001年3月，省生态农业建设联席会议召开，成立省生态农业建设技术指导专家
组。6月，经省政府同意，省农业厅等8厅局对参加第一批生态农业试点县建设的7个
先进县、18个先进乡镇、18个先进村、40个先进单位、120名先进个人进行表彰。
2001年8月，启动建设第二批20个省级示范县，省农业厅制定省级生态农业示范
县指标体系，组织专家对各县制定的建设规划进行评审。至2004年，全省建设生态农
业试点示范县41个，其中，国家级6个、省级35个，覆盖面积3066.7千公顷。2005年
5月，全省生态农业建设暨农业面源污染治理工作会议在临沂市召开，总结生态农业
建设的成绩和经验，明确工作目标和措施。
二、生态农业调查
2003年9月，省人大常委会与省农业厅组织“齐鲁环保世纪行”生态农业建设采
访宣传活动，邀请大众日报社、山东电视台等7家新闻单位组成记者团，对济南、淄
博、潍坊、临沂的生态农业建设作全面采访和连续报道，对全社会树立保护生态环境
就是保护生产力的新观念起到很好作用。
2004年3月，省农业厅组织对济南等6个市、12个县进行重点调查，形成《关于生
态农业建设的调查报告》，由省政府生态省建设领导小组转发全省，指导各地开展生
态农业建设工作。同年，省农业厅参与省政府组织的《山东生态省建设规划纲要》的
编写工作，提出30余条意见和建议，在调查研究的基础上，起草《山东省生态农业建
设规划(讨论稿)》，提出全省生态农业建设的发展目标、任务和措施。邀请山东大学
、山东农业大学、省社科院、省环保局等单位专家对《规划(讨论稿)》进行论证，并
印发各级农业部门征求意见。
三、无公害农产品生产示范基地县项目建设
2001年，农业部启动“无公害食品行动计划”。5月，全国首届无公害农产品生
产现场会决定在全国开展100个无公害农产品(种植业)生产示范基地县创建活动。山
东省有7个县参加首批全国无公害农产品生产示范基地县创建活动，其中，蔬菜基地
县有寿光、聊城市东昌府区、苍山和莱阳4个县(市、区)，水果基地县有栖霞、沂源
和龙口3个县(市)。2002年底，农业部组织专家对示范基地县的创建活动进行检查验
收。
2003年9月，农业部组织在全国创建第二批无公害农产品(种植业)生产示范基地
县和出口示范基地县活动，山东省有11个县(市、区)参加，其中，蔬菜生产基地县有
滕州、广饶、惠民、济南市历城区和泰安市岱岳区5个县(市、区)，果品生产基地县
有蒙阴、蓬莱2个县(市)；蔬菜出口基地县有莱阳、安丘和苍山3个县(市)，果品出口
基地县有龙口市。2005年5月，农业部对第二批示范基地县进行验收，全省有农业部
批准的全国创建无公害农产品生产(出口)示范基地县18个，数量位居全国前列。
2001年11月，省农业厅下发《关于抓好全国无公害农产品生产示范基地县创建活
动的通知》，2003年8月，下发《关于进一步加强无公害农产品生产示范基地县管理
工作的通知》，要求各示范基地县加强组织领导，加大政策扶持和资金投入。寿光市
累计投入1.6亿元，建立严格的质量监督体系，围绕基地产前、产中、产后关键环节
强化监督，加强经营服务体系建设；苍山县建成流通运销组织4000余家，从业人员1
0万余人。
至2004年，全省建立标准化基地1500个，2000千公顷；认定无公害农产品产地2
40个，认证无公害、绿色、有机农产品1109个，面积800千公顷。
四、农业面源污染治理
2002年，省农业厅印发《关于加强农业面源污染治理工作的意见》。2004年3月
，省农业厅印发《南水北调东线工程山东段农业面源污染治理规划》。2004年9月，
全国淮河流域水污染防治现场会召开后，省农业厅按照省政府部署，编制《南水北调
流域农田“两减三保”行动计划》和《南水北调流域规模畜禽养殖场污染治理方案》
。12月，省农业厅将两个文件改为《“两湖一河”流域农田“两减三保”行动计划》
和《“两湖一河”规模畜禽养殖场污染治理方案》，增加了对小清河的治理内容。“
两湖一河”，即南四湖、东平湖、小清河；“两减三保”，即减少化肥、减少化学农
药使用量，保农产品产量、保农产品质量、保农业生态环境。2005年1月，省政府召
开“两湖一河碧水行动计划”动员大会。11月，省农业厅、省财政厅召开《“两湖一
河”流域农田“两减三保”行动计划》项目启动会，全面部署安排“两减三保”示范
项目建设工作，“两湖一河”流域的农业面源污染治理工作进入新阶段。
“两湖一河”流域涉及济南等12个市、69个县(市、区)。2005年，为确保“南水
北调”东线山东段水体质量，省财政投入200万元，在流域内的11个重点县组织实施
“两减三保”行动计划试验示范，小清河流域的高青县黑里寨镇、邹平县九户镇，微
山湖流域的枣庄市峄城区蛾山镇、金乡县鱼山镇、菏泽市牡丹区吴店镇，东平湖流域
的东平县老湖镇、肥城市孙伯镇、莱芜市莱城区羊里镇，淮河流域的莒县招贤镇、临
沭县南古镇和临沂市河东区郑旺镇具体承担示范项目建设。至2005年，共建立示范区
33处，推广面积33.3千公顷，采集化验土样3000个，培训农民2万人，高产田和瓜果
菜田化肥用量减少20％，小麦施氮量亩均减少5公斤，减少施肥效果初步显现。
2005年，根据省农业厅制定的《南水北调东线工程山东段农业面源污染治理规划
》，省财政第一次投入300万元，在“两湖一河”流域安排临沂市罗庄区盛能奶牛胚
胎工程有限公司等5个规模化畜禽养殖场，建设以治理畜禽粪便污水、改善农业生态
环境为目的的大型沼气工程试点。
五、农作物秸秆综合利用
2000年5月，国家环保总局、农业部、科技部、团中央联合表彰全国秸秆禁烧和
综合利用先进集体和先进个人，省农业厅农村能源办公室等被评为先进单位。2002年
4月，省农业厅向省政府提交《关于进一步加强农作物秸秆综合利用意见的报告》，
省委、省政府领导作重要批示，并下发各市执行。2003年5月，省农业厅转发农业部
《关于进一步加强农作物秸秆综合利用工作的通知》，同年6月，省环保局、省农业
厅等单位联合下发《关于加强秸秆禁烧和综合利用工作的通知》。至2005年，全省综
合利用秸秆221.3万吨，其他途径消耗600万吨，综合利用率达60％。
六、农业野生植物资源保护与外来入侵生物综合防治
2002年8月12日，农业部审议通过《农业野生植物保护办法》，将外来入侵生物
灭毒除害行动列入2003年为农民所办十一件实事之一。2003年1月3日，省农业厅成立
山东省野生植物保护领导小组。2004年3月，省农业厅下发《关于做好农业野生植物
保护和外来入侵生物防治工作的通知》，要求各地加强对本地区农业野生植物资源和
外来入侵生物的普查工作，特别对国家重点保护的珍稀濒危物种及野生原生境等进行
调查。省农业环境保护总站组织开展“十县”灭毒除害行动，其间，组织编写《山东
省农区生物多样性保护编目》《农作物野生亲缘种调查》，申请国家批准建立野生大
豆、珊瑚菜等野生植物原生境保护点。2005年11月，省农业厅转发农业部《关于进一
步加强我国生物资源安全保护工作的通知》，要求各级农业部门加强生物资源安全保
护工作。
七、节约型农业建设
按照省委、省政府对建设节约型社会的工作部署，2005年8月，省农业厅印发《
关于建设节约型农业的意见》，提出大力发展生态农业、循环型农业、绿色农业和标
准化农业，最大限度提高农业资源利用率；以节药、节肥、节种、节饲料为重点，大
力开展节本增效活动；坚持多种渠道、多种措施，加快农业残留物资源化利用；以农
村沼气为重点，加大农村可再生能源的开发力度；加快节约型农业新技术、新成果的
引进、开发、示范推广。省农业厅成立建设节约型农业领导小组。省农业厅与山东电
视台联合开展“建设节约型农业，我们在行动”为主题的报道和公益宣传活动，山东
农业知识杂志社在全省开展建设节约型农业征文活动。至2005年底，全省旱作农业面
积2000千公顷，农作物病虫害综合防治面积2000千公顷，推广测土配方施肥666.7千
公顷，年新增户用沼气池4万多个，大中型沼气工程20余处，年产沼气2300多万立方
米，节约能源折合标煤1.6万吨。
八、农业环保法制建设
1994年《山东省农业环境保护条例》颁布后，全省各地农业主管部门积极行动，
依据《条例》制定相应规定和办法，全省农业环境保护工作走向依法管理的轨道。同
年7月，省农业厅印发《山东省农业环境监察员管理办法》，要求在全省实施农业环
境监察员制度。随后，省农业厅依据《山东省农业环境保护条例》，先后制定《山东
省农业环境污染事故处理办法》《山东省生态农业试点县验收办法》《山东省无公害
农产品管理办法》等配套法规，农业生态环境保护的法制化建设进入新阶段。