1994年山东省税务局分设为山东省国税局和山东省地税局后，全省国税系统在机
构设置、人员编制和干部管理等方面实行垂直管理。1995年，山东省国税系统在全国
率先推行以青岛市为代表的城区税收征管改革和以诸城市为代表的农村税收征管改革。
诸城市国税局实行由行政区划改按经济区划设置征收机构，由原29个征收单位撤并为
13个征收分局。1996年前后，全省国税农村征管机构收缩合并，将分局、所精简合并
为683个农村分局和23个税务所，并在县（市、区）以上国税机关设稽查局，实现征、
管、查专业化分工。1997年，按照"属地管理、集中征收、重点稽查"的要求和"规范、
统一、 精简、高效"的原则，对城区征收机构进行改革，初步实现由分散征收到集中
征收的转变。 2000年下半年至2001年6月，进行第二次征管机构改革。以实现多元化
远程电子申报为基础，提高征收集中度和征收信息集中度，以市级局或县级局为单位，
成立计划分析征收中心， 实现税款征收业务数据的集中处理；将基层拥有"征、管、
查"全面职能的征管机构逐步转变为专职管理机构， 实行分类管理；全面取消各征收
单位的内设稽查，实现检查职能归口统一管理，逐步建立市级一级稽查体制。2005年，
对机构进行调整和规范，将全省39个副局（处）级机构调整为正科（处）级，调减37
个分局。
在加强机构建设的同时， 不断充实税务干部队伍。1994年9月，全省国税系统共
有30158人。 2005年，全系统共有行政事业编制26711名，正式在职人员25115人，中
专以上文化程度的占92.99％。 自1994年起，全系统在干部选拔、任用、管理、监督
等方面实施一系列改革，坚持"凡进必考"原则，严把进人关；在全国税务系统率先推
行竞争上岗。自1996年起，将在基层分局试点推行的竞争上岗逐步扩大到省、市、县
级局机关和全系统，职务层次逐步上升到市局一把手，个别单位还推行全员竞争上岗，
增加干部选拔任用透明度；广泛推行干部轮岗交流、易地任职、考察预告、任前公示、
试用期等制度；进行后备干部的选拔、培养；健全和完善管理机制，推行规范化管理，
初步实现由人管人到制度管人的转变。
全省国税系统落实党风廉政建设责任追究制，进行"两权"（税收执法权和行政管
理权） 监督，严把选人用人、权力运行、领导决策和事后惩处等关口；围绕"阳光、
平安、 效能"的国税建设原则，探索建立教育、制度、监督并重的惩治和预防腐败体
系，落实廉政责任制。
1994年后，各级国税部门开展初任培训、任职培训、专门业务培训和更新知识培
训（简称"四类"培训）及高层次学历教育，逐步形成包括县（市、区）国税局长、副
局长，省、市级局机关科长和基层分局长培训的系列化培训体系。同时，实施能级管
理、人才高地工程建设等，全面提升干部学历层次及业务技能；开展春训、专题教育
等，对税务干部进行思想教育；开展"争先创优"活动，全系统涌现出一大批先进集体
和英模人物。1999-2001年，全省行风评比中国税系统位居第一，2002-2004年，国税
系统被省政府纠风办列为行风免评单位。