梁山段运河东移——会通河的改道
黄河是运河的死穴，两者的矛盾一直贯穿于运河形成与发展过程之中。明洪武二十四年（1391年），黄河决于河南原武黑羊山，经曹县、郓城两河口，漫安山湖，会通河全部淤塞，以致运道废弃不用，运河漕运停止。
明成祖迁都北京后，漕运又成当务之急，京杭大运河的南北畅通成为明王朝的头等大事。永乐初，朝廷采纳济宁同知潘叔正的建议，征调济南、兖州、青州等地丁夫16万余人，全线疏浚会通河。明永乐九年（1411年），又征调30万丁夫，自今梁山境内的袁家口至寿张沙湾一段，废弃元代所凿河道，向东移10余公里另挑新河，改走靳口、王仲口、长仲口、安山镇、戴庙、下十里堡，穿安山湖而行，全长90余里。改线开挖新河的同时，又建南旺分水枢纽工程——筑戴村坝，建船闸、斗门，设水柜。到明永乐十三年（1415年）工程全部竣工，京杭运河改走新线。
微山段运河东移——漕运新渠与泇运河的开凿
明隆庆以前，济宁至徐州段运河，走南阳、谷亭、湖陵城、沛县、沽头、留城，循南阳湖、昭阳湖、微山湖西岸，过境山、茶城南下至徐州入黄河。运道所经之地正是湖西黄泛区，每遇黄河决口，沛县以北都是一片汪洋，冲毁运堤，漕运阻塞。
明嘉靖六年（1527年），黄河决沛县，淤运道。工部尚书胡世宁等建议，运河之塞是因为黄河，使运道不经黄河则易防淤积。将湖西运道移线湖东，于昭阳湖东岸滕、沛、鱼、邹县界选择土坚无石之地另开一河，南接留城，北接沙河口，取其土厚筑西岸，为湖的东堤，防黄水漫入、山水漫出，隔昭阳湖在外，为黄流散漫地。翌年，明世宗采纳胡世宁建议，命工部侍郎盛应期征调丁夫9.8万人，开挖自南阳经三河口，过夏村至留城共140里的新河，历时四月，督工严急。后盛应期因流言免职，遂停开渠。此后以言改河为禁区。而整个嘉靖时期，黄河6次决口，冲坏运河。
明代前期会通河图
明嘉靖四十四年（1565年），黄河又大决于沛县赵家口，淤塞运河百余里，漕运受到极大破坏。工部尚书朱衡与右佥都御史潘季驯一起总理河道，次年采用邹县知县章时鸾建议，续凿盛应期所开新河，以避黄河之害，比旧运道更为径捷。朱衡兼采潘季驯意见，浚留城至白洋河接新河。唯夏村北8.5公里未与水接，力加开浚，创利建、珠梅、夏镇、西柳庄四闸，砌马家桥埽口石堤，遏河出于飞云桥之河水入秦沟，复留城至赤龙潭旧河27.5公里，以接泉水。当时有人认为南阳新河不足恃，待工竣，运道通，此议始息。朱衡说：“黄水自西来，而旧河在昭阳湖西，横截旧河以入湖，水去沙停，所以数年必一淤。新河在昭阳湖之东，相距远，故黄水淤塞旧河而不及新河者有之，未有至新河而不淤旧河者。”朝廷采纳他的意见，前后用一年时间，开凿成新河，运道又得以畅通。改线的运河称“漕运新渠”，亦称“南阳新河”“夏镇新河”。
漕运新渠的开凿，缓解了夏镇以北运河淤塞问题，留城以南旧运道仍会遭黄河的侵扰，加之徐、吕二洪之险，对运道畅通依然是严重威胁。明隆庆三年（1569年）黄河再次决口沛县，茶城淤塞，总河翁大立提出开泇口以通运河，但没能实现。后泇河（又称韩庄新河）的开凿，是通过十数年努力才得以完成的。
明万历二十一年（1593年）黄河决汶上，灌徐沛，溃决漕堤100公里。总河舒应龙为寻求排泄之法，于微山湖东查得韩家庄，其地在性义岭南，不经葛墟岭而可引湖水由彭河注入泇河，于是奏请开支渠22.5公里。历五月而工成，此为开泇运河之始。
总河刘东星于明万历二十九年（1601年）主持完成韩庄运河未竟之工，挑深加广，并建巨梁石闸和得胜、万年、万家庄各草闸。
南阳镇新河神庙碑
明万历三十一年（1603年），黄河再决沛县入昭阳湖，穿夏镇冲运道。工部右侍郎李化龙及梅守相、汪光岸等上奏，议开泇运河。他们主张可径从王市取直达纪家集南，当河深处可避凿郗山及周柳诸湖百里之险，并阐述开泇之利有四：运不借河，无疏浚冲排的繁难河工；以130公里之泇河避165公里之黄河，无二洪之险、镇口之淤；借河为运，则河为主，河足以困人，不借河，则人得以便宜治理；河涨过洪常受阻，入泇则可安流无恙。三十二年（1604年）开泇河，改挑直河的支渠，修砌王市石坝，平治大泛口之湍流、浚彭口的浅沙。此工完成，建韩庄八闸及湖口闸。至此，泇运河基本形成，漕运改走新运道。
改运河傍城而过——梁济运河的开挖
1958年，交通部报经国务院批准，整治京杭运河，恢复运河航运。1959年，开始挖凿黄河以南至南四湖段运河，该段运河上起梁山县路那里村东，向南流经梁山、汶上、嘉祥、任城区，在李集村西南入南阳湖与湖内运河相接，全长88公里。因处于梁山与济宁之间，故名梁济运河。
梁济运河工程，于1959年10月30日破土动工，6.6万名民工开挖下游龙公河口至西五里营9.45公里的河道，于1960年1月25日结工。1960年2月16日开工，12.4万民工参加施工，继续开挖西五里营以上至黄河南岸78.34公里的运河河槽并筑堤，6月2日竣工。1962年冬和1963年春，为解决东平湖湖区底水南排入南四湖，疏浚从流长河口至长沟镇、长36公里的梁济运河河道。1964年冬，疏浚梁山至流长河口段梁济运河航道7公里。1967年，为通航需要按六级航道标准整治干流，并建郭楼节制闸和船闸。
经过20余年的运行，梁济运河淤积严重，防洪除涝标准大为降低，1988年经水利部批准，确定在筑堤泄洪工程的基础上，按十年一遇防洪、三年一遇除涝流量的5%标准，开挖河槽和筑堤，国家投资1.12亿元，又开始了计划在三年内完成的梁济运河治理工程。第一期工程在1989年11月15日开工，最高上阵民工为13.8万人，至1990年1月10日各县区工程全面竣工，历时51天。第二期工程的施工任务是从湖口至郓城新河长42.1公里的一侧搬旧堤、筑新堤、加宽内堤距、滩地清障，建筑物迁建、加固、迁占赔偿等，全部采用机械化施工完成。1990年11月25日正式开工，到1991年2月10日全部完工。鉴于1990年南四湖蓄水较多，1991年春不利用梁济运河引黄补南，二、三期工程连续施工可节省费用，如三期工程在1991年主汛前基本完成，可提前一年发挥工程效益，因此决定二、三期工程连续施工。三期工程施工任务是干流从湖口至郓城新河口长42.1公里的挖河、筑堤、七条支流入口段削坡及过堤生产、马道修筑等。本期工程从1991年3月1日开工，至8月10日全部完成。梁济运河治理工程从1989年11月15日全面动工到1991年8月10日全部工程完成，历时22个月，提前一年实现了工程既定目标。工程总投资2.42亿元。
梁济运河治理工程完成后，东平湖一旦滞黄，未能退入黄河的底水，可由司垓闸经梁济运河下泄。南排东平湖底水15亿立方米的时间，由347天缩短为116天。同时，在梁济运河不排泄黄河洪水期间，可以提高本流域防洪、排涝、引水灌溉的能力，在航运方面也有很大作用。梁济运河开凿后，新运河不再穿济宁古城区，而是傍城南城西而过，济宁至梁山间的古运河航道全部废弃。
梁济运河
