元代
开凿会通河
古会通河
元至元初年（1264年），元世祖忽必烈迁都燕京（今北京），使全国政治中心移至北方。元至元十三年（1276年），丞相伯颜攻占南宋临安，以江南水运发达，主张广开漕运，上书朝廷正式向忽必烈提出了开凿南北沟通的大运河，受到忽必烈的重视。元至元十九年（1282年）十二月至次年八月，开凿75公里的济州河，开通了济州至安民山航道。
济州河开通后，还要凿通自安民山西南起，经寿张西北过东昌（今山东聊城）再西北经临清的运河，与南运河相连接，才能使南北大运河直通京城。早在元世祖至元十二年（1275年）丞相伯颜委派郭守敬勘察新运道时，郭守敬即对淮河以北至御河间的地形地貌及河流水道做过全面细致地考察，并绘制成图奏上，为后来开凿会通河在技术上奠定了基础，也为元朝廷决策开凿山东段运河起了重大促进作用。元至元二十四年（1287年），太史院令史边源和寿张县尹韩仲晖先后建言自安民山穿渠至临清通御河。次年，丞相桑哥复再次正式提出此议，征得了世祖的同意。于是漕运副使马之贞与太史院令史边源奉命进一步做实地勘察，并预算工程费用，绘图上报。朝廷下诏征发东平邻近郡县夫役3万人，拨钱150万缗、米4万石、盐5万斤作经费，命中书断事官忙速儿、礼部尚书张孔孙、兵部尚书李处巽督役，于元至元二十六年（1289年）正月动工，当年六月功成，共开河道125公里，并由元世祖亲自赐名“会通河”。
会通河的凿通，标志着京杭运河的全线贯通。使前代呈多枝型分布的运河至此转变为单线型运河，从而把南北方各大经济区域更加直接紧密地联系起来，成为中国运河变迁史上自隋唐以后的又一次重大转变，避免了其由江苏至河南开封、郑州等地再经山东临清的曲线绕远，而取江苏至济宁、临清而达河北的直线之捷，奠定了此后南北京杭大运河的基本走向及其规模，以最短的距离纵贯当时最富庶的东部沿海区域，最终实现了国家政治中心和经济中心的大融合。
元人称济州至安民山一段为济州河，称安民山以北至临清为会通河。后来，两河常合称为会通河。至明代，济州河之名已少有人称。
修建四水济运工程
“四水济运”，是指引“汶、泗、洸、府”四水汇集至济宁补充运河水源。元初，毕辅国在宁阳堽城汶河左岸、兖州泗河右岸黑风口各做一引水闸，通过洸河和府河汇流至济宁天井闸南北分流济运。郭守敬查勘河道时也了解到利用“四水济运”可以解决运河通航用水问题，济州河一开通，就引四水到天井闸分流，当年即通航。开会通河当年，马之贞又再次扩大和完善了四水济运工程。至明万历二十一年（1594年），戴村坝引汶工程完备后，四水济运才基本上结束使命。
“济宁”称谓之始
元至元八年（1271年），济州升为济宁府，这是“济宁”最早的称谓。
设立最早的治运机构
元至正八年（1348年），在济宁设立行都水监，正三品机构，其下设河防提举司。此时的行都水监也是漕运管理机构。
明代
济宁城墙的改建
明洪武三年（1370年），济宁左卫使狄崇修复济宁城，“易土为砖”。
济宁撤府为州
明洪武十八年（1385年），任城县改建为济宁州，撤济宁府建兖州府，济宁州隶之。时人由此始，将引泗水入运的引渠称作府河，因此河渠是由府城兖州而来。
宋礼任总督河道并建总督河院署
明永乐九年（1411年）二月，遣工部尚书宋礼总理开通被淤之会通河，刑部侍郎金纯、都督周长等随同开河，驻济宁州。明万历二十四年（1596年）《兖州府志·建置志》载：“河道部院军门在州西门以里，总理河道所驻也。永乐九年工部尚书宋礼建，弘治间尚书陈某，隆庆间都御史翁大立修。”
总督（总理）河道大臣常以工部尚书、侍郎和都察院都御史担任，系非常设之官。《山东运河备览·卷二·职官表》载列：自明永乐九年（1411年）工部尚书宋礼总理开河至明崇祯十五年（1643年）工部侍郎黄希宪提调徐临津通四镇漕饷，先后共有109任，94人。他们的驻所（官衙）初被称为“总督河道都御史署”，后改称“总督河道部院署”，又称河道部院军门、总理河道军门、总督河院署等，简称“河院”。“部”系指工部，“院”是指都察院。“察院”在济宁州和各县均有建置，而“河院”只在济宁州建有一处。
济宁城墙
总督河院署坐落在原济宁州衙东侧（现济宁一中西校区教师宿舍楼址），占地5公顷，建筑面积达1.6万平方米。此地原为元代都水太监驻节济宁处，即元济州衙门旧址。明朝于此设左卫指挥使署。左卫调临清后，改置军门署。后经清代多次重修，最后形成规模。
兴建南旺分水枢纽工程
明洪武二十四年（1391年），黄河在河南原武县决口，水漫东平湖，造成运河大部淤塞，济宁至临清段船不能通行。明永乐九年（1411年）济宁州同知潘叔正上书朝廷建议疏浚旧会通河。明成祖采纳了他的建议，命工部尚书宋礼征调16.5万余民工，全面疏浚了济宁至临清近200公里的会通河。同时，接受白英“借水行舟、引汶济运、挖诸泉、修水柜”的建议，兴建了被后世称之为“可与都江堰相媲美治水工程”的南旺分水枢纽工程。这一工程包括建戴村坝、开凿小汶河、建南旺分水口、设置水柜、建闸与陡门等项。
戴村坝，位于东平县刘家所至南城子村之间的大汶河内，右岸老汇河口至左岸的小汶河口，长约2883米，一直沿用至今。开凿的小汶河，分流口在今汶上县的四汶集。引汶至南旺济运，并建筑东西大堤及泄水斗门等。南旺分水口，是在小汶河与运河交汇处的丁字口对岸，筑砌了石护坡，建造了鱼脊状的石拨分汶水济运南北。并分别设置十里闸和柳林闸，控制南旺分水。设置水柜，先是在重浚会通河时，利用安山洼建成了第一个水柜，后又建设南旺湖、蜀山湖、马踏湖三湖围堤，辟济宁城西一片洼地为马场湖，使之形成济宁以北马场、南旺、蜀山、马踏、安山五个水柜。此外，还挖山泉300余处，补充水源。
开挖济宁月河
明永乐九年（1411年），济宁同知潘叔正上书朝廷疏挖鲁桥到临清旧会通河的同时，开挖了月河。因河形若新月，故名“月河”；又因超越天井闸、任城闸而过，且跨越旧城和古运河故又称“越河”。同时，还在越河之上建有上新、下新两闸。越河一直沿用至今，西起济安台北老运河入口，沿老运河南岸、东至坝口入老运河，全长2870米，越河口宽12米，河底宽5～7米，深4米，河岸高程一般是36.5～38.0米，河底高程33.0米。
河、漕衙署分设
明成化七年（1471年），总理河、漕分设。总河为正二品，驻济宁，衙署为“总理河道部院署”，长官简称总河。总漕驻清江浦（今江苏淮安）。
济宁越河
开挖漕运新渠
明嘉靖七年（1528年）至明隆庆元年（1567年），从工部尚书胡世宁等建议于昭阳湖东岸另开新河，工部侍郎盛应期用其建议役丁夫9.8万人开渠，到因流言停开并以建议改河为禁区，再到工部尚书朱衡与右佥都御史潘季驯一起总理河道，续凿盛应期所开新河，整整40年的时间，才有了这条新河的诞生。漕运新渠的两头，北为南阳，南为夏镇，故亦称“南阳新河”和“夏镇新河”。
开凿韩庄新河
韩庄新河又称泇运河，它的开凿，是通过十数年努力才得以完成的。先是明万历二十一年（1593年）总河舒应龙于微山湖东开支渠22.5公里的工程，此为泇运河开凿之始。明万历二十九年（1601年），总河刘东星主持完成韩庄运河挑深加广、建巨梁石闸和得胜、万年、万家庄各草闸的未竟工程。至明万历三十二年（1604年），实施了改挑直河的支渠、修砌王市石坝、平治大泛口之湍流、浚彭口的浅沙、建韩庄八闸及湖口闸等工程，韩庄运河的开挖才告结束。
李青山劫漕案
明崇祯十四年（1641年）前后，山东一带出现连续三年的特大旱灾，百姓衣食无所，饥民暴动蜂起。梁山周围的东平、东阿、张秋、肥城、泰安等州县都发生农民暴动，兖州府20个州县一时群起响应。李青山乘机啸聚数万人，据梁山为窠。为解决军粮等物资供应，除攻城略地外，李青山对朝廷物资供应命脉的运粮河动了手——劫漕。
济宁境内运河的突出特点，就是船闸众多，过往船只都要长时间排队候闸，这正好给劫漕提供了非常便利的条件。他们分据安山至韩庄八闸上，每艘漕船的粮米十取三，不全劫。这种劫漕法，“醉翁之意不在酒”，意为仿宋江之法受招安，甚至由劫漕到焚漕相逼。而最终结果，朝廷政治诱降加军事进剿，李青山及24个大头目磔于京师。一时之间，全国禁售焚毁《水浒》一书，拟更梁山名为“灭寇荡匪”。
清代
设河标营及城守营
清顺治元年（1644年），清廷在济宁设河道总督标兵，分左、中、右三营。清顺治五年，又增设济宁城守营。清乾隆元年（1736年），还设立河标营仓。
济宁升直隶州
清雍正二年（1724年），济宁州升格为济宁直隶州，辖嘉祥、巨野、郓城三县。清乾隆四十一年（1776年），改辖嘉祥、鱼台、汶上三县。
河道总督分设
清雍正七年（1729年）起，改设河道总督为三：南河驻清江浦，北河驻天津，东河驻济宁。
设河标营及城守营
清道光二十年（1840年），设立运河营，隶山东运河兵备道，兵员320名。
黄河改道截运河为两段致漕运中断
清嘉庆以后，运河河道淤积日甚（有的达10米），洪水排泄不畅，河患又愈演愈烈。清咸丰五年（1855年），黄河决口于河南省兰仪县铜瓦厢，济宁遭水灾。黄河原经徐州至淮安夺淮入海，从此北徙，夺大清河至渤海湾入海，即今黄河水道。黄河改道北行，京杭运河在济宁境内被截为两段。
清朝廷除以海运代替部分运河功能外，也曾努力维持运河通航。但是，由于西方资本主义国家入侵，人民起义遍及全国，腐朽的清朝廷已无力整治运河，随着海轮运输代替了运河运输，清政府遂于光绪二十七年（1901年）下令废河运。自此，运河只能在黄河南北分段进行民间运输，失去了京杭运河南北运输大动脉的作用和繁荣景象，运河漕运也自然画上了句号。
清政府派重臣来济宁镇压捻军
清咸丰六年（1856年），山东巡抚崇恩率清军1000余人到济宁镇压捻军。夏，城郊旱蝗成灾。腊月，济宁州地方起义首领王三、托盘嘴举起义旗，配合捻军作战，不久被镇压。翌年春大饥，“人相食”。
清咸丰八年（1858年），陈玉标率领的起义队伍在济宁活动。清咸丰九年（1859年），为防捻军，循明代天启年间旧迹复建环城外郭，周长32里。清咸丰十年七月二十八日（1860年9月13日），捻军、黑旗军胡四于安居歼清兵500余人及民团百余人。九月二十三日（11月5日），钦差大臣僧格林沁统军万人驻扎济宁，并以此为营，四处进剿捻军及地方起义军。清同治四年（1865年），捻军攻克清军长沟大营，围攻济宁城。四月十七日（5月11日），捻军撤围南下。四月二十四日（5月18日），僧格林沁在曹州西北的高楼寨于黎明前被捻军刺死于马下，其尸经济宁运往京师。在济宁入殓期间，地方官员前往铁塔寺举行悼念活动。
清同治五年二月十九日（1866年4月4日），曾国藩替代僧格林沁为钦差大臣，至济宁行营率军镇压捻军。夏，大水，民房倒塌过半。同年四月十三日（5月26日）曾国藩与直隶总督刘长佑、山东巡抚阎敬铭在济宁会商分段扼守运河阻捻计划。
清同治六年五月二十九日（1867年6月30日），李鸿章至济宁行营，接替曾国藩为钦差大臣，督率清军镇压捻军，筹划了倒守运河防线，将东捻军阻隔于运河之东的方案，使义军孤立无援。清同治七年七月二十五日（1868年9月11日），正式组建济宁利捷水师营。清同治九年（1870年），利用铁塔寺东路建筑改建为三进院落的“僧王祠”。是年，清廷拨银6万两，疏浚济宁运河。
僧王祠
中华人民共和国成立后
历史极像运河水，有过丰枯回旋，曾经兴衰毁誉，但依然滔滔奔涌，义无反顾地流向未来。新中国成立60多年来，济宁市政府带领人民重整大运河，进行了一系列大规模的开发性的保护，谱写出一曲曲辉煌的乐章。
建韩庄节制闸、船闸
微山县韩庄镇，是我国南北水陆交通的要塞之一。韩庄镇是微山湖的最南端，因此便有扼微山湖泄洪水道的韩庄节制闸、京杭运河的老船闸和2000年新建成的韩庄二级船闸。境内由京杭运河三级航道、京沪铁路、京福高速公路及104国道，形成了立体复合式交通体系。
韩庄节制闸，在韩庄镇十里长街的最南端，于1958年至1960年兴建，又于1977年到1980年扩建而成，共31孔。节制闸全长435.6米，总宽13.65米，高30.9米，最大泄洪量为4600立方米/秒，最大蓄水库容量为7.78亿立方米。
韩庄二级船闸，在韩庄镇东南1公里处，东距枣庄市万年闸16.4公里，南接江苏省。韩庄二级船闸是国家重点水运工程，即京杭运河续建工程山东段的重点建筑项目，总投资1.9亿元。船闸全长230米，宽23米，门槛水深5米，始建于1996年4月，2000年9月竣工，核定为国家二级船闸，年通过能力2640万吨。船闸具有先进的通航能力和管理设计模式，采用集中控制系统进行操作。登记、收费、报解、调度全部由计算机完成，目前单闸运行时间仅35分钟，船舶平均待闸时间不超过两个小时。韩庄二级船闸的投入运行，为形成运距短、中转快、环节少、成本低的南北水上黄金通道做出了重大贡献。
开凿梁济运河
1958年，交通部报经国务院批准，整治京杭运河，恢复运河航运。1959年，开始挖凿黄河以南至南四湖段运河。该段运河上起梁山县路那里村东，向南流经梁山、汶上、嘉祥、任城区，在李集村西南入南阳湖与湖内运河相接，全长88公里。因处于梁山与济宁之间，故名梁济运河。于1959年10月30日破土动工，到1967年，为通航需要按六级航道标准整治干流，并建郭楼节制闸和船闸，至此梁济运河工程完成。后于1989年到1991年又完成了按十年一遇防洪、三年一遇除涝为标准四期治理工程。梁济运河在本流域防洪、排涝、引水灌溉和航运等方面都发挥了很大作用。
修建湖腰二级坝工程
南四湖二级坝枢纽工程位于微山县境内的南四湖最窄处，横跨南四湖，将四湖分为上（北）、下（南）两级湖。东起常口老运河西堤，西至东丁官村南顺堤河东堤，全长7360米。该工程始建于1958年，至1975年第四节制闸建成，历时17年。计建成溢洪坝（堰）、挡水土坝各1道，节制闸4座，船闸1座（后又于2004年建东线船闸一座）。东西一字式排开，坐落在南四湖上。此后于1985年、1988年、2004年分别对二闸、一闸、三闸进行了改建加固。
二级坝枢纽的规划设计是在实践中逐步完善的。1956年淮委勘测设计院编制的《沂沭泗流域规划报告》（初稿）中提出，南四湖蓄泄并重，下游遵循以排为主的治理原则，滨湖地区则设法改种水稻，进行机械排灌，并首次提出南四湖湖腰修建闸坝控制工程，形成上、下级湖分别蓄水方案。1957年南四湖流域大水后，水电部技术委员会会同鲁苏两省编制的《沂沭泗流域规划初步修正成果及1962年以前工程意见》（草案）中，对南四湖一级湖和二级湖蓄水方案做了进一步比较论证，认为修建二级湖蓄水工程，是解决滨湖稻改水源的重要措施，并确定在1962年前实现该工程。山东省水利勘测设计院于1959年1月完成初步设计。同年9月，完成《修正初步设计》，确定设计洪水标准为200年一遇。
二级坝枢纽工程主要有拦湖大坝、溢洪道、节制闸、船闸等工程。
拦湖大坝为均质土坝，全长4829.69米；设计坝顶高程39.0米，实际达到38.2～39.0米，平均坝高6.5米；设计坝顶宽10米，后为方便交通，坝顶中部铺设沥青路面或混凝土路面，路面宽7～10米。
溢洪道亦称滚水坝或溢流坝，设计坝顶高程35.0米，顶宽10米，长300米，上长370米。现为沥青路面，顶部高程35.2米，设计上游水位36.87米，下游水位36.2米，泄量为2100立方米/秒。
第一节制闸为开敞式、39孔，每孔净宽6米，总净宽234米。全闸共长173.5米，闸门为平面钢闸门。闸底高程31.0米（其中有3孔为31.5米）。闸上设有公路桥，桥面宽6米，公路桥面高程38.2米。一闸西端建有水电站一座，两台机组，设计发电量150千瓦，因水位差小，建成后一直没启用。1998年进行过加固改造。
拦湖大坝、第一节制闸、溢洪道、水电站工程由济宁专区南四湖治理工程指挥部组织施工。1958年6月30日开工，至1960年5月竣工，荣获全国大型水利施工先进单位称号。国家投资1304万元。
微山湖二级坝
第二节制闸位于第一节制闸西700米，共55孔，每孔净宽5米，总净宽275米，全闸长54.3米，闸底高程31.0米。闸门为中转轴自动翻转平面闸门。闸上设有公路桥，净宽6米，桥面高程38.2米。工程于1967年3月10日开工，8月2日竣工，国家投资165.5万元。第二节制闸因闸门翻转不灵，于1985年5月至1986年1月进行改造，闸门改为宽5.25米、高3.5米的水泥面板平面直升闸门。改建了闸墩，拓宽公路桥至7米宽，增建了机架桥、桥头堡，国家投资355万元。2004年12月至2006年5月，对二闸再次进行加固改建，内容有新建闸室，更换启闭设备、输电线路及闸墙，机架桥墩浇筑等工程，工程总投资2600万元。
第三节制闸位于二闸西350米处，共84孔，每孔净宽6米，总净宽504米，全闸长61.5米。闸底高程30.5米，闸门为钢筋混凝土框架、钢丝网水泥薄壳凸面挡水闸板，闸上公路桥宽7米，高程为38.23米。1970年11月开工，1972年上半年竣工，国家投资515.67万元。1999年6月至2001年3月进行过加固，主要内容有闸墩加固、新建启闭机房、重新浇筑路面、更换闸门及启用机等工程。
第四节制闸位于拦湖大坝西端。共134孔，每孔净宽6米，总净宽804米，全闸长53米。闸门为钢筋混凝土框架、钢丝网薄壳凸面挡水闸板，闸底板高程29.5米。公路桥面高程38.2米，宽度8.86米。工程从1972年4月开工，到1975年3月完成，投资1228.41万元。由于湖腰扩大工程至今未按计划完成，本闸建成30余年来，除公路桥通车外，未发挥工程作用。
二级坝船闸原称曲房船闸，亦称微山船闸，位于第三节制闸与第四节制闸之间、湖西堤东侧的湖西航道中，东距第三节制闸830米，由山东省大运河施工指挥部设计。全长278.5米，其中上闸首24.5米，下闸首24米，闸室长230米，净宽20米，高12米，最小水深5米。上闸首底高程28.0米，下闸首底高程26.5米。闸门为“人”字形钢闸门。船闸等级二级，设计年通航能力2000万吨，闸室给排水时间8～9分钟，阀门的开启时间为224分钟，可通过由2×2000吨驳船（各长92米）和一艘拖轮（长40米）组成的船队。船闸上闸首之上为公路桥，桥面宽6米。1959年11月16日开工，1961年5月25日竣工，国家投资515万元。船闸建成运行后，于1978年、1995年，进行过两次大修。
二级坝东线船闸亦称微山二线船闸。在二级坝第一节制闸东侧450米处。船闸建筑物等级为二级。闸室长230米，宽23米，门槛水深5米，上下闸首采用双扇人字门。船闸上游引航道长5公里，下游引航道长1.5公里，引航道底宽90米。船闸年设计通航能力2600万吨，可通过由2×2000吨、2×1000吨顶推船队和500吨级拖带船队编组的船队。东线船闸于2004年3月开工，2007年年底竣工，工程总投资1.97亿元。二级坝东线船闸建成通航后，极大地改善了南四湖二级坝通航条件，缩短上、下级湖通航里程3公里以上，与西线船闸相互配合，有效地改变了二级坝过闸船舶的拥挤、堵闸、阻航等现象的发生。
湖腰二级坝工程修建以来，在拦蓄水资源、农田灌溉、水产养殖、工业用水、航运、灭蝗、交通等方面均发挥了重要作用：一是1962年上级湖蓄水后，滨湖地区的鱼台、金乡、嘉祥、任城、邹城、滕州、微山等县市大力兴建机电排灌站工程，改种水稻，先后建起排灌站1013处，灌溉面积达420万亩，粮食产量大幅度增长，昔日的滨湖洼地如今已发展成为一麦一稻的商品粮种植基地。二是给沿湖工矿企业提供了水源，促进了工业的发展和繁荣。三是提高了通航水位，促进了航运及旅游事业的发展。四是由于坝顶为公路，从而连接了湖东、湖西的陆路交通，促进了该地区经济发展和文化交流。五是由于二级坝蓄水，滨湖地区改种水稻，改变了历史上这个蝗虫孳生地的情况，基本上消灭了蝗灾。六是作为南水北调的输水路线，二级坝工程可有效地调蓄水资源。
修建运河三级航道
1958年到1962年，国家先后对京杭运河江苏段进行了两次整治，使其全部达到了二至三级航道标准。同时，浙江段京杭运河也已实现了三至四级航道标准，并完成了京杭运河与钱塘江的沟通工程。为使苏、鲁、浙京杭运河在同一等级上南北融为一体，最大限度地发挥京杭运河的综合效益，济宁市人民政府于1991年正式向省政府和国家计委、交通部申报济宁至徐州段京杭运河续建工程项目。1993年国家计委对京杭运河济宁至徐州段续建工程正式批准立项。1995年交通部和山东省人民政府正式批准了京杭运河济宁至台儿庄段续建工程总体设计方案，列为国家“九五”期间内河重点建设工程。1997年7月8日，国务院第60次常务会议通过了济宁至台儿庄段京杭运河续建工程建设方案，要求用四年时间，即到2000年12月底前全线竣工。该工程总预算14.96亿元，其中济宁辖区投资资金为12亿元，国家对该项目的投资为3.82亿元，国家发展银行低息贷款1.19亿元，其余费用由山东省自筹解决。这些资金主要用于非经营性的基础设施建设，即用于船闸、桥梁、通讯、航标、航道工程的建设上。
京杭运河续建工程主要包括七个建设项目。一是航道开挖工程。京杭运河续建工程（济宁至台儿庄段）全长164公里，其中济宁段130公里，枣庄段34公里。把航道等级由六级提高到三级航道标准，底宽由16米拓宽到50米，上坡达到80至100米，水深达到3米。千吨级货轮往返穿梭于济宁至江南航线，年航道通过能力达2500万吨。二是微山韩庄二线船闸工程。船闸按二级通航标准进行建设，船闸全长230米，宽23米，门槛水深5米。三是微山韩庄104公路工程。主桥全长149米，宽18.8米，桥梁净跨70米，净空高度7米，按二级通航标准建设。四是港口工程。济宁市辖区共新建扩建5个港口。有济宁港（2000万吨）、泗河口港（500万吨）、太平港（200万吨）、留庄港（50万吨）、付村港（2000万吨）、付村港高庄作业区（200万吨）。港口全部建成后，新增吞吐能力1350万吨。五是通讯工程。随着三级航道的全线贯通，相继建设港口（船闸）间通讯、船岸通讯及济宁—徐州—扬州长途通讯联络工程。六是航标工程。航道开挖后，新建示位标38处，下级湖侧面标13处，航道浮标50至100处。七是进港航道工程。根据总体建设要求，泗河口港、留庄港、太平港将开挖三条进港航道。
京杭运河济宁至韩庄段续建工程于1996年6月开工，历时4年的施工，于2000年11月22日全部竣工。船闸工程、航道工程和104公路大桥三大主体工程被省交通厅评为优良工程，经质检部门检验，全部工程质量合格率达到100%，优良品率达90%以上。经过三年试运行，在2003年11月5日，京杭运河（济宁至徐州）续建工程济宁至台儿庄段正式通过国家验收。
京杭运河续建工程济宁至台儿庄段完成后，使济宁航运实现了一次跨越式发展。航道等级由过去的六级提升为三级，通过能力由220多万吨提高到2600万吨，航道最大通过船舶由100吨提高到1000吨，并恢复了韩庄运河的通航。建设后的航道宽阔顺畅，安全设施齐全，船舶航行条件得到了很大改善，成为一条安全、畅通、便捷的水运大通道。由于济宁至台儿庄段运河按三级航道标准与苏北运河全线贯通，大运量运输条件的实现，很快在济宁段掀起船舶更新换代的高潮，带动了造船业和港口业的大发展，使千帆竞发、百舸争流成为现实，千年运河真正成为北煤南运的黄金水道。大运河有效地提高了鲁西交通状况和外部投资环境，扩大了运河辐射功能，提高了运河沿岸港口的吞吐能力，促进了鲁西南地区水运发展及其与苏北、苏南地区的物资交流，提高了沿河农业、水利排灌和引水能力，带动了运河沿线城镇建设与改造。促进了旅游业发展，成功实现了水资源的综合利用，其经济和社会效益十分显著。
南水北调东线工程
南水北调工程是缓解中国北方水资源严重短缺、优化配置水资源的重大战略性基础设施，关系到经济社会可持续发展和子孙后代的长远利益。经过50年的勘测、规划和研究，在分析比较50多种规划方案的基础上，分别在长江下游、中游、上游规划了三条调水区，形成了南水北调工程东线、中线、西线三条调水线路，构成中国水资源“四横三纵、南北调配、东西互济”的总体格局，形成中国的大水网。
济宁是南水北调东线工程的重点地区，一期工程涉及市中、任城、曲阜、微山、鱼台、金乡、嘉祥、汶上、梁山9县（市区）和北湖度假区。工程调水规模为：入下级湖200立方米/秒进行调蓄，调蓄水位33.0米，经二级坝泵站125立方米/秒入上级湖、梁济运河，再通过长沟泵站100立方米/秒和邓楼泵站100立方米/秒提水至东平湖新湖区内的柳长河，年输水天数为200天，输水时间为11月至次年5月，干线水质稳定达到国家地表水环境质量Ⅲ类水标准。工程项目有：南四湖至东平湖段输水结合航运工程，其中包括南四湖湖内疏浚工程，梁济运河和柳长河扩挖工程，长沟泵站、邓楼泵站、南四湖蓄水影响工程，引黄灌区影响工程；水资源控制工程，其中包括二级坝泵站建设工程，杨官屯河、大沙河、姚楼河3座河口节制闸工程；截污导流工程，其中包括济宁、曲阜、微山、鱼台、金乡、嘉祥、梁山7个截污导流工程。总投资40多亿。
南水北调工程的实施，对南四湖和东平湖之间水资源的联合调度以及对沂沭河洪水的利用、实现洪水资源化具有很大的现实意义，将较大程度地改善全市生态环境，提高水资源与水环境承载能力，实现区域经济的协调发展，促进人与自然的和谐共处，走上生产发展、生活富裕、生态良好的文明发展道路。两湖段工程利用原京杭运河水道调水并结合航运，将全面贯通南四湖至东平湖的航道，实现三级航道通航的目标。
南水北调东线一期南四湖至东平湖段输水和航运结合工程已于2009年6月开工建设。按照国务院南水北调建设委员会要求，南水北调东线一期工程将于2013年建成通水。
