佛教寺院庵堂
汶上宝相寺
宝相寺，位于汶上县城西北隅，原名昭空寺，始建于唐朝。宋真宗封禅泰山时驻跸汶上，见此寺呈瑞和宝相，遂御赐昭空寺为宝相寺。历经千年香火不衰，是帝王将相、名流墨客礼佛观光的风水宝地，也是齐鲁大地上的佛寺名刹。寺院毁于日寇侵华时期。
寺内有宝塔一座，因寺得名，称为宝相寺塔。此塔建于宋徽宗政和二年（1112年），为八角十三层楼阁式建筑，通高45米，塔刹呈葫芦状，覆以黄琉璃瓦，阳光下遥望金光耀目，益显辉煌，俗称黄金塔。刹内有螺旋式台阶通至塔顶。塔顶呈莲花状，饰三股钢叉一把。十三层宝塔在佛塔中级别最高。底层东、南、西三面各砌一券门佛龛，北面设洞门通往塔内。外檐每面中间有四罗斗拱，上刻薄片方升，檐下磨砖半圆椽，方檐齐边，八角各外伸铲肚形挑角，角下外伸四拱。二层檐下每面八罗斗拱，雕刻古朴。三层四面各砌一圆洞式门。四层塔檐八面雕莲花座。五层装饰类同底层，并砌有与三层相似的四个塔门。1977年12月，该塔被公布为省重点文物保护单位。
1994年3月15日，在葺修宝相寺塔时，于塔宫中发现了石匣、金棺、银椁、佛牙、佛舍利、水晶牟尼串珠、七宝水晶净瓶、菩萨等141件佛教圣物，轰动了全国，震惊了世界。海内外各大媒体竞相报道，使宝相寺在世界上享有“第二法门寺”的美誉。一时游客剧增，海内外信徒也纷至沓来。
汶上宝相寺
出土石匣铭文有记：
郓州中都县廓内赵世昌，先于熙宁六年二月二十三日，躬诣京师，于嘉王宫亲事官孙政处，求得佛牙一肢，舍利数百颗。今以自备及有施主将到者，以金为棺，以银为椁，以石为匣，非不勤意也，是以葬于当县宝相寺太子灵踪之塔，时大宋元丰四年二月二十八日刻记于此。
纠首赵世昌，妻王氏，前妻李氏男进士中，妻程氏女大娘出适，进士张伟，次女三娘，孙男希伟。
同修塔僧永实，主持院主僧永坚，副功德主僧云太，都管勾赐紫僧知柔。
铭文全面记述了汶上佛牙来历及送葬的全过程，同时才知此塔原来名叫太子灵踪塔。塔宫正南壁、西壁上有文字记载：“任城左荣义、荣世，中都束德孺，同送葬佛牙舍利，时政和二年三月十五日。”显示了迎葬归葬佛牙的时间。政和二年为公元1112年，佛牙出土时间是1994年的阳历3月15日，在佛教上有一种说法是“阴进阳出”，佛牙归藏和出土正巧是新旧两种历法的同一天，中间相隔是882年。
据佛经记载：佛祖圆寂后留牙四颗，天上、海里、中国、斯里兰卡各一颗，天上、海里无从寻找。
据《大藏经》载：唐朝上都章敬寺沙门悟空（俗姓车，字奉朝）在随唐使张韬光出使天竺时在印度那兰陀寺出家，回国时带回佛牙，后几经周转，宋代供奉于开封嘉王宫内。1074年，由赵匡胤第五代玄孙赵世昌请到汶上宝相寺供奉。1112年宝塔建成后，由荣义、荣世、束德孺迎藏至塔宫。
现以宝相寺为中心建成了一处占地1240亩的中都佛苑旅游区，成为集休闲、观光、朝拜于一体的佛教文化体验地。
济宁崇觉寺
崇觉寺。又名释迦禅寺，始建于南北朝齐孝昭帝皇建元年（560年）。当时寺内并没有塔，只有大雄宝殿。宋崇宁四年（1105年），郡人徐永安之妻常氏为还夫愿，出资在崇觉寺内，以铁浇铸七级释迦塔，由此俗称为铁塔寺。经历代扩建和重修，至明代形成基本格局，分左、中、右三路，有大雄宝殿、天王殿、地藏殿、藏经阁、关帝殿等建筑80多楹。上世纪60年代，寺内多数古建筑相继倒塌，现仅存铁塔、大雄宝殿、声远楼等建筑27楹。1988年，崇觉寺大雄宝殿、铁塔被国务院公布为全国重点文物保护单位。铁塔，在大雄宝殿前，仿木形式的雕磨铸制，体现了宋代铸造技术的高超水平。
声远楼为钟楼，位于崇觉寺铁塔东侧，因楼内悬挂一口铁质洪钟，其音不仅响彻全城，并能声传十里之外，故而得名。声远楼始建于北宋中叶。明万历年间，济宁道台龚勉书写“声远楼”三字匾额，醒目壮观。楼通高17米，顶覆灰瓦，挑脊上饰有按序排列的鸱吻、飞禽、走兽等。全楼雕梁画栋、飞檐陡峭，属砖木结构亭阁式建筑。楼内设木制楼梯可拾级而上。楼上悬巨型铁钟，系宋代铸制，钟声浑厚而声远。
大雄宝殿是崇觉寺的主体建筑，始建于北齐皇建元年。曾于明万历年间进行大修，清代进行过多次小修，1983年、1997年、2002年、2009年由济宁文物部门多次进行维修。2009年重修大雄宝殿月台时，发现一尊精美的隋唐时期石刻佛教造像，并在大殿后面发现藏经阁台基。大雄宝殿石柱上一副楹联，很巧妙地道出该寺的地理环境、寺中建筑和佛教精神：“号释迦倏称崇觉，问那是不二法门，猛抬头恰见得半空塔影；倚渔山又面漕河，将此看大千世界，细回想只听了五夜钟声。”
普照寺
位于济宁城西北隅的普照寺街（今称光明街）北首、今残存古城墙之南。据《山东通志》《济宁州志》记载，该寺为北魏时期所建。唐敬宗宝历二年（826年）重修时，建造六楞石经幢，上刻《陀罗尼经》，弥足珍贵。金代重修时，大书法家党怀英隶书碑刻两通，嵌于天王殿门两侧，又建赵沨照铭石塔，立于天王殿右侧，刚劲挺拔，高20余米（现移建于人民公园内）。明洪武年间重修时，又于寺院后部筑藏经阁。明英宗正统十年（1445年）御赐藏经全卷，恭存阁内，立碑为记。明万历初，阁毁于火灾，旋即修复。清康熙十年（1671年）驻济河道总督刘东星又主持重修，立碑为记。清光绪年间，德馨和尚募化银两，进行了局部维修。
该寺是清代以前汉传佛教在鲁南的“十方接众丛林”，在山东境内汉传佛教中有着十分重要的地位。规模甚大，殿堂屋宇200余间，全部用青砖灰筒瓦构筑，严紧整洁，周围环境清净。当年，寺前有虎溪流过，汇入西海子，海子西即是西城墙。溪上跨单孔石拱桥，素面望柱栏板，桥北有一门二柱石坊，形制古朴沉穆。石楣板镌刻楷书“佛光普照”，立于大明万历十年。石坊以北即是山门。
山门及两侧腋门、院墙等皆是木栅式，涂朱漆。前院甚宽敞，遍植松柏，金代石塔立于院西，紧靠西海子。北部“天王殿”内，正中塑弥勒佛金身坐像。两厢彩塑四大天王立像，高大威猛。其中“持国天王”白色为主，怀抱琵琶，护持东方；“增长天王”黑色为主，手持宝剑，护持南方；“广目天王”红色为主，托绢索，护持西方；“多闻天王”黄（绿）为主，手托宝幢，护持北方。
天王殿后，院内建大佛殿，面阔五间，深进三间，硬山式。内祀“三世佛”金身坐像（燃灯佛为“过去”、释迦牟尼佛为“现在”、弥勒佛为“未来”）。殿外两侧有东、西腋门通向三进院。殿前院之周围建回廊，明柱承托，每间由四扇风槅门可封闭，为僧人“坐禅”处。
大佛殿后，三进院中心建八角罗汉殿，此殿又围成中央的小院落，内筑重檐八角高亭，十分典丽。亭中祀“地藏菩萨”金身立像。八角殿东西两面为过道，其余六面内彩塑十八罗汉坐像。神态各异，极富人情感，为明代泥塑佳作。此院东配殿后为“方丈院”，有客堂、经堂各5间，院中筑假山、亭、廊，栽植松柏翠竹花草，环境幽静。西配殿后为僧人斋宿，两进院落，房舍30余间。
通过此院北墙正中的高大门楼，四进院中，面阔五间，深进三间，高大巍峨的藏经阁为硬山式，五条脊，鸱吻走兽，主脊砖雕二龙戏珠，中立宝瓶。阁前竖立大碑两座，赑屃背负，即《大明洪武十二年重修碑记》和《大明正统十年御赐藏经碑记》。阁内供祀明代铜铸鎏金千手观音立像，弥足珍贵。
1919年，该寺设“山东省第三模范监狱”，僧人被逐出。1928年，北伐军“打偶”时，部分明代泥塑被毁。1937年秋，寺院遭日本飞机轰炸，藏经阁内铜铸千手观音熔化为铜液。1938年1月，日本侵略军据寺为兵营，又遭破坏。1947年国民党军拆除寺院大部建筑，用来修补城防工事。1951年在基址上修建了市公安局看守所。
慈灯寺
位于济宁草桥以南、济阳大街东首，坐南面北，西邻“三省会馆”。原规制不大，始建年代不详。寺院内有二柱一门式小型石坊一架，额曰“慈灯寺”，明嘉靖四年立。
清圣祖康熙帝南巡过济宁时，寺僧济普手持竹筒，内植万年青一株，赴运河岸边跪迎圣驾，曰：“此为一统万年青（清）。”帝闻欣喜，命山东巡抚赵世显监工，重修寺院，规模大增。康熙四十七年（1708年）落成。帝赐御笔“慈灯寺”三字匾额，镌刻于山门之内木牌楼额板上。此牌楼顶部为歇山式，覆黄色琉璃瓦，斗拱承托，四柱三门五楼，外涂朱漆，耀眼夺目。又赐金经二部，为镇寺之宝。
前院栽植桧柏数十株，树龄皆在150年以上，遮风蔽日，苍翠挺拔。木牌楼之南，建弥勒殿三间，深进两间，单檐歇山式，左右侧各有套房两间。
中院建大佛殿五间，深进三间，亦是单檐歇山式。院周围建回廊，明柱承托。西院墙正中廊内开一月洞门，通往僧人斋宿院。内有房舍数间，木香花一架，石榴及翠竹数株，环境清幽。
后院建大士殿（观音殿）三间，深进两间，硬山式。东西两侧各建硬山式配殿三间。
因寺院置于地势低洼处，所有殿堂廊室都筑在0.7米高的砖石台基上，而且自弥勒殿向南贯穿寺院中轴线，直达大士殿，筑砖石包砌的神路，高约0.8米，宽约3米，这是该寺最明显的特色。
1928年，北伐军冯玉祥部在济宁“打偶”，该寺所有塑像全毁。此后，地方当局在寺内设“平民学校”。1940年，日伪政权在寺内设土布市场，殿堂屋宇仍保存完整。中华人民共和国成立后，先后设置市盒梗厂、市食品厂，后经厂方屡次拆迁改建，寺址已成居民区。
玉露禅林
位于济宁古城东门外以北约一里余，今红星中路北侧、市工商联合会附近，东临小府河，俗称“玉露庵”。清康熙七年（1669年），由汉传佛教之禅宗临济派法师息愚、丽元二人募化所建。寺院规模甚大，殿堂楼舍150多间，坐北面南，而山门开在前院西墙上，临街而立，门楼内高悬蓝底金色大匾，上书“玉露禅林”楷书四字。寺院建筑全用青砖灰筒瓦，古朴庄严。
清代咸丰、同治年间，清军在鲁西南围攻捻军，僧格林沁、曾国藩、李鸿章都曾途经济宁并驻扎此寺。因此，地方当局先后立大碑三通为记，山门外北侧立《曾文正公在此下马》《李文忠公在此下马》碑两通，寺内弥勒殿左侧立《科尔沁亲王、参赞大臣僧格林沁下马处》一通。
前院建落地式钟楼，重檐四角捻尖顶。二门南向，为大型月洞式，石额匾曰“慈云法雨”。北为弥勒殿三间，深进两间，单檐歇山式，斗拱承托。殿两侧各有腋门，通向大雄宝殿院内。大殿面阔五间，深进三间，亦是单檐歇山式，巍峨严整。内塑三世佛金身背光坐像，表情慈祥，形体熠熠生辉，上方悬挂同治七年（1868年）御赐《龙象神通》大匾。殿前东西两侧各有配殿五间，前出廊。东为客堂，西为中药房，由僧人采集并炮制中药材，为贫民施诊。经过大殿两侧的腋门，即是后院。院北正中为大士阁（藏经阁）五间，深进三间，硬山式，前有卷棚（抱厦）。一楼内供祀观世音菩萨金身坐像，二楼收藏经卷及法器。阁前东西两侧亦有前出廊的配殿各五间，东为方丈室，西为法堂。按寺僧分工，“方丈”俗称“大当家的”，掌握寺院一切权力，包括下属寺院。“知客”俗称“二当家的”，除对外接待，还要负责安排寺内一切事务，其余僧人按分工各执其事，因而寺院日常运作很有条理。
方丈室后有门通往僧人斋宿院，其中南北两进院落，房舍数十间。南院为禅室、斋堂，北院有厨房、豆腐坊、油坊、粮仓。
另外，大士阁后为柴草院，内有车马房、磨坊。北有后门，门外墓地数亩，立墓塔约10座。墓地亦作菜园。
该寺院拥有历来官民两方施给的田地约260亩，部分自种。寺内有清乾隆四十年（1775年）济宁知州蓝应桂立《永免差役文》石碑一通。因此，寺院为清代以来鲁南地区汉传佛教主要的“十方接众丛林”。按照规定，云游的“行脚僧”来此“挂褡”（挂单），首先要交验“度牒”（证明书），并经过面测，方可接纳，供给食宿。“行脚僧”除了必须参加寺院的早晚课诵，还要根据本人的长处，为寺院做功德（服务），或谈说经义法理，或采药炮制，或上街市募化，或参加农事劳动，抑或参加厨事。济宁旧传“玉露庵和尚一百多”，实际本寺僧人只有30余名，大部分都是“挂褡”的。
每年农历腊月，玉露庵每天早晨都要向本城贫民舍粥（小米稀饭），凭事前发放的竹签领取。其经济支出，部分来自本寺农业收获，大部分则是由僧人常年向社会各界募化而来。
1947年7月的解放战争中，寺院被国民党整编72师纵火焚毁，僧人仓促逃到妙香禅林。
普济庵
位于济宁东关马驿桥以北、小府河西岸，坐西面东，基址在今黄淮宾馆内。该寺院始建于元代，为汉传佛教在鲁西南的“十方接众丛林”，颇具规模，至清代咸丰时已为废墟。光绪年间，德馨和尚募化重建，但规制大减，仅两进院落。
山门为重檐歇山式两层楼阁，三开间。上层檐下正中高悬“望河楼”匾额一方。下层为弥勒佛殿，内塑金身佛像，笑容可掬。楼两侧建左右腋门可入寺内。
前院周围环廊，正面建大佛殿五间，深进三间，硬山式。内祀三世佛金身坐像，神态慈祥和善。后院建大士殿三间，硬山式。内祀观世音菩萨金身立像，另有僧房数间。
该寺院建筑全用青砖灰筒瓦，清净典雅。1943年，住持僧人印古法师又募化修缮。同时，把城东泗河东岸苏家庄“行奘寺”内的明代彩塑十八罗汉坐像迁来寺内，奉祀于大佛寺两厢并开光，弥足珍贵，实为一大功德。
1952年，寺院被济宁市粮食公司征用。此后屡经改建，旧踪不存。
大悲庵
属大乘佛教禅宗临济派，始建于明朝洪武十八年（1385年），原址坐落在济宁大闸口古运河南岸（今济宁市市中区教育局处），上世纪60年代遭到严重的损坏。1992年旧城改造，济宁市政府为落实宗教政策，寺院迁往原吕公堂西院一隅。2003年经政府批准搬迁、扩建，新址选在京杭大运河畔、济安桥南路，占地面积6000平方米。依照明代营造法式，2008年完工的一期工程有山门、钟楼、鼓楼、观音殿、地藏殿、大雄宝殿等10多座建筑，建筑面积近3200平方米。2008年10月7日举行了新址落成及佛像开光仪式。
道教庙观洞宫
城隍庙
城隍庙是祭祀、供奉城市保护神之所。据记载，济宁城隍庙系明洪武二年（1369年）济宁府同知刘大昕主持修建。坐落在城内东北隅城隍庙街路北（今红星中路济宁市第一人民医院儿童医院附近）。
1928年，北伐第二集团军第四师师长梁冠英部来济宁后，在冯玉祥提倡的“打偶运动”中，先将城隍庙里的塑像扒掉，两年过后又把该庙宇也全部扒掉。
日伪统治时期，曾任北洋政府国务总理的靳云鹏的三姐张靳氏（俗称老嬷子）为主出资，于1941年至1942年在原有庙基上进行重修。按照原规模，建大门三楹，门内东西塑守门神像。进大门修筑一条直通大殿的神道，高出地面约1米，宽3米。大殿塑城隍神像，并于两旁各放置一尊木制城隍神像。左右两侧塑有判官像，各持《赏善》《罚恶》簿籍。
大殿两旁建有东西廊坊各五间，塑十殿阎王君像，下面塑狱卒恶鬼，对所谓在阳间作恶的人动用多种酷刑，如上刀山、下油锅、过奈河、挖眼舌、犁子耕心、锯解分身、倒磨挨等酷刑。阴森可怖，令人毛骨悚然。
每年清明节、七月十五、十月一举办三次城隍出巡，即城隍庙会。抬着木制的城隍神像，巡遍城内外的五关四隅。城乡各地的善男信女，打着“朝山进香”的旗子，都来赶会，观者填街塞巷。城隍坐的八人抬的金顶大辇，太师圈椅虎皮座褥，身穿黄锻龙袍，头戴冕旒王冠，金瓜钺斧朝天镫全套仪仗队，前呼后拥，宫灯提炉，云牌銮驾，旗锣伞散，遮天蔽日，笙歌管弦响彻云霄，热闹非凡。
常清观
俗称“三官庙”，位置原为城北郊外郭（圩子）外侧，坐北面南，即今常青路北济宁学院继续教育学院地址。它是山东南部的大型道观，亦是北京白云观的下庙，属于金元之际王喆（王重阳）、丘处机创立的道教全真派。此庙为明代兵科李用质始建，前有灵官殿、三官殿，后有邱祖殿（祀丘处机坐像）、道院、斋堂等。山门前立雕刻精致的石坊，石楣板鎸楷书“常清观”三字。
清代康熙十七年（1678年），城守营守备李时泰、吴凌等重修。康熙三十八年（1699年），又北建玉皇阁，西建二仙祠（祀汉钟离、吕洞宾坐像）。乾隆七年（1742年）增建三清殿、雷祖殿。规模不断扩大，庙产有历年官民两方施给的良田约300亩，部分自种。随即形成道教的“十方接众丛林”，来此“挂褡”的云游道士此离彼来，络绎不绝。庙内又设中医药房，道士为贫民针灸施药疗病。1924年，北京白云观教长陈毓坤来此传戒，当年在鲁南影响甚大，于此设中国道教协会鲁南分会。庙前及院内有100多株桧柏，树龄都在200年以上，郁郁葱葱，蔚为壮观。
道士每逢大典诵经，除使用打击乐器钹镲、云锣、木鱼、手鼓等，还必须使用笙、管、笛、箫等吹奏乐器，综合伴奏，和声谐韵，节奏明朗，演奏水平在鲁南地区是最高的。史载，自唐宋以来，道教音乐是我国传统音乐的优秀部分，其中保存了许多可贵的内容，至今为音乐界所重视，并吸取其精华。
1947年7月的解放战争中，庙宇部分建筑遭国民党驻军整编70师破坏，驻观外省道士先后离去。1958年，在此设置济宁城关人民公社，殿宇被逐步拆改，现已无踪可寻。
三皇庙
又称药王庙、先医庙，为济宁市四大支柱经济行业之一的中药材行业的公产，即该行业成员聚会议事场所，始建年代不详。据庙内北宋仁宗嘉祐元年（1056年）重修记事碑载，远近各地药商为重修庙宇均有捐助，金额10文至100文不等。此庙位于运河西岸之七铺街南首，今之柳巷口大桥以西、龙行路南、义乌小商品大厦南面。庙宇规模宏大，形制古朴，全部是青砖灰瓦所建。山门内，前有天王殿，中有药王殿，后有三皇殿（内塑彩绘伏羲、神农、黄帝），再北有王母殿，均为高大巍峨的硬山式建筑。另有配厅布列左右，共15间。院内存有历代修庙宇碑17通，弥足珍贵。道教正一派（天师派）道士孔某为住持。上世纪40年代后期，渐趋冷落。“文革”期间，大部被拆除而改建成民居，仅存残破的三皇殿及王母殿，也于1998年旧城改造中被拆除。
青华洞
位于今济宁学院附中的北半部和济宁实验小学的南半部。据《济宁州志》记载，此地原是明代举人王敦临的别墅，清代改建为庙宇，后又多次修缮。坐北朝南，山门一间，石拱门上方镌刻贴金“青华洞”。
青华洞前院正中筑大型方亭，高约8米，面阔与深进各9米，重檐四角攒顶尖，形制凝重古朴。亭四周绕宽约1米的石砌水渠，南北各设石板平桥。此亭名曰“小瀛洲”，四面环水，表示亭在洲上，寓意“蓬莱仙境”。
前院北部有正殿（吕祖殿）三楹，内祀“纯阳真人”（吕洞宾）的泥塑彩绘坐像。据神话传说，吕纯阳是古代八仙之一，曾去蓬莱仙山采药，专治人间疑难病症，能“济世活人”。因而，正殿前的西配殿设中药房，由住持道士施诊售药，这应该说是“纯阳遗风”了。殿前有两株参天柏树，下植凌霄花，藤蔓盘绕树身，升腾直达树顶，犹如两条巨龙，秋日繁花似锦，形成庙宇内一大景观。
后院宽阔，前部垒土砌石为洞，洞上筑大型石龛，内部亦供“吕祖”，名曰“纯阳洞府”。旧时传说此洞深不可测。后院之北，建“斗姥阁”（玉皇阁）。院中遍植苍松翠竹，森郁幽静，清爽宜人。此庙终年游人络绎不绝，香火不断。
1955年，庙中设立青华洞小学。此后屡次改建，至今旧迹全无。
来鹤观
原名蓬莱仙阁，位于南关来鹤巷南，坐南朝北，始建无考。此观因自西方飞来一鹤，翼大如轮，落于文昌台上，长鸣数声，望空而去得名。总面积4000平方米，内设前院、后院、东道院、西道院，供文昌、华佗像。殿前置一桥，桥下一小庙，素有庙里有桥、桥里有庙之说。1928年，观内神像被北伐军拆除。
三元宫
亦名三皇庙，位于南关皇经阁街路北，原国光皮鞋厂附近。为当年鲁西南地区主要道观之一，建于明正德年间，规模宏大，青砖灰瓦，古朴庄严。山门三间，歇山式屋顶，明间石券门洞，门楣石匾阴刻“三元宫”三字。庙内中轴线上，前部建“三皇殿”和“三元殿”。按道教经典，称天、地、水为“三元”，故殿内奉祀“天官（尧）、地官（舜）、水官（禹）”，又称“三官殿”。两殿左右各建道士斋宿院。庙之后半部分，中有灵官殿及斗姥阁（玉皇阁），左有老律殿（七真殿），右有吕祖殿。
庙门外，两侧跨街建阁，阁之墩台砖石包砌，中为砖券门洞，以通行人车马。阁为单檐硬山式，东阁祀关羽，西阁祀文昌帝君。因两阁皆藏《玉皇经》，统称皇经阁。
庙前之南北向街道，名为“皇天大道”，街中部有坐南朝北的戏楼，高大巍峨，雕梁画栋。楼前两侧各有赑屃背负的大碑一通，为明正德年间的建庙记事碑。街南首，越河北岸建砖雕牌楼式“棂星门”三间，每间各有石券门洞，门为木栅式，俗称“三券门”。明间石楣匾阴刻“乾元资始”四字。
清代咸丰年间，捻军进攻济宁城时，此庙遭战火焚毁，仅存山门、西阁、东阁墩台、三皇殿、三元殿、棂星门、石碑数通。
自抗日战争时期至1953年，残存建筑陆续被拆除无存。
伊斯兰教清真寺
顺河清真东大寺
在济宁城东南，清真寺有东、西两座大寺，分别以所在方位命名。东大寺坐落在市中区的老运河西岸，因而称顺河东大寺。
该寺始建于明代前期，成化年间初具规模。清康熙时大行扩建，乾隆年间钦赐重修。占地面积6200平方米，是一座中国宫殿式伊斯兰教古建筑群。1936年6月下旬，我国著名古建筑专家梁思成应山东省教育厅长何思源之邀来山东考察古建筑时，对济宁铁塔寺和顺河清真东大寺进行了全面考察。经著名建筑学家刘致平等考证认定，该寺与西安化觉寺、南京净觉寺和兰州桥门街大寺相媲美，“其气魄位列全国清真寺木构之冠”，“是中国伊斯兰建筑的代表作之一”。
顺河清真东大寺
该寺坐西朝东，由东西轴线排列，依次为序寺、大殿、望月楼三大部分。
该寺大门朝向古运河。第一道门是木栅栏式，栏后立日月石坊。石坊系康熙三十九年（1700年）季春建造，三门四柱，坊上雕刻羊、狮、麒麟、山水、花卉、云朵。石坊内额上刻“敦化”二字，笔法浑厚，刀法有力。坊的正中顶端为石刻宝瓶，两旁各飞起一团祥云，云上分别托起一轮红日和一弯新月。石坊通体洁白，石坊的两旁排列着黄龙绿底的八字琉璃墙，别具风采。第二道门为大门，据建筑学家考证，为明代遗构。门楼下的左、中、右三合红漆大门厚重宜人。门楣上为清康熙年间回族武进士唐宏道亲题“道义之门”匾额，后流失。现门楣为曲阜当代书法家鲁屋手题“天堂咫尺”横匾，门前两根精雕细刻的滚龙石柱更衬托出大门的幽静肃穆。
走进寺内，重建一新的邦克亭迎面而立，相配新建的两座碑亭及石碑精巧别致。邦克亭总高10米，六角形起脊，顶端镶嵌的不锈钢圆葫芦银顶熠熠生辉。亭东侧顶层横匾为“帮克亭”三个汉隶大字，下配两旁楹联为“清心参照化，真理妙生成”。亭底层上悬“造化之源”匾额，其下两根六角形石柱上阴刻“能守五功自然举止仁恕，常存三畏何须色相森严”楹联，为省政协副主席金宝珍补书。
礼拜大殿为寺内主体建筑。大殿单檐歇山式，青砖砌墙，面阔28米，进深40米，高30余米。大殿由前卷棚、正殿组成一体，前后互以勾连搭相接。大殿门楣上方悬着“认主独一”横匾，由省著名书法家朱学达补书。该匾金字蓝底，庄重典雅，笔力稳健，特别气派，将穆斯林的核心信仰表现得非常突出。大殿的东面无墙，由二十扇特别珍贵的红漆木隔扇门代之，形成了寺内又一景观。后殿那巍峨精美的外形，为三层楼阁，上覆六角伞盖式楼顶，总高25米，为该寺制高点。后殿顶端嵌风摩铜宝顶，在山东众多清真寺中别有特色，劲风相摩，金光闪烁，富丽堂皇。后窑殿建筑结构之独特，表现在用六根木柱上下直通，其中的四根是垂柱（吊柱），系中国穆斯林的革新创造。后殿顶层西檐下高悬“敕赐清真寺”竖匾，为长方形御制敕谕牌，金字红底，二龙戏珠的金镶边，十足皇家气派。后殿后面三面围廊，中间两根石柱阴刻着楹联：“渡岸前临，即观水以观澜，心窍洞开窥正始；通衢后绕，非可南而可北，脚跟持定觅真诠。”楹联巧妙地借用该寺前临古运河，后绕店铺林立的通衢，以景喻理，以儒诠经。
望月楼位于大殿之后，两层楼阁，重檐歇山式，砖木结构，飞檐斗拱，脊饰龙凤花卉。门窗精雕细刻，整座楼以玲珑别致久负盛名。后门为牌楼式建筑，后门牌楼上悬“古礼拜寺”横匾，匾下一对红漆大门，衬托出该寺古朴雄伟的气势。大殿外南侧建有碑林，为近几年市伊斯兰教协会和该寺管委会收集“文革”中散落的清真寺石碑所建。
济宁清真顺河东大寺是全国著名的清真寺之一。清代伊斯兰教学者、山东学派创始人常志美曾受聘于该寺讲学，因而该寺在国际国内都有较大影响。2006年5月，该寺被公布为全国第六批重点文物保护单位。
清真西大寺
始建于明代中叶。清顺治十三年（1656年）西大寺扩建，大殿前殿落成。清康熙二十年（1681年），添盖大殿中殿及门宇墙垣。清乾隆年间（1736～1795年），添建大殿后殿。清道光二年（1822年），始成最后规模。西大寺建设最为完备，有大门、邦克楼、左右讲堂、学生宿舍、阿訇住宅、水房、望月楼等。西大寺坐落于南关三筒碑街（西大寺街）中段，与顺河东大寺东西隔街相望，占地面积7300多平方米，周围有6米高的垣墙。寺门前有一排木栅栏，3间木门。
大门位于木栅栏内，面阔13间，大门3间，拱形券门，三合木门，门楼巍峨壮观，气魄“甚为突出，为国内其他建筑所无，它显示出寺院之宏伟，同时，如果没有这样伟大气魄的大门，便不能与大殿相配。”大门内、外楣各有石匾，减地浅浮雕。外楣为“清真寺”三个大字，浑厚有力充分显示出颜体书法风格。内楣为阿拉伯文，文曰：“清真寺的民众乃真主最喜爱的。”
邦克楼将寺分为内、外两院。外院呈四合院形式，院内有讲堂、住房、水房、储藏室等配套建筑。
邦克楼两层，6角攒尖顶，曲栏环绕，6面24扇窗门图案各异，样式别致。合金宝顶，闪烁发光，石柱阴刻阿文贴金对联，分外庄严典雅。大殿前阅台宽敞，草坪犹如绿色地毯。殿前石柱阿文贴金对联金光闪闪，殿内宫灯、方灯，古色古香，精巧玲珑。
大殿呈窄而深的平面。前卷棚殿3大间，矗立于殿前。前殿5间11檩，因系用方木叠成的帐篷形，故又称帐篷殿。中殿7间11檩，故又称7间殿，高于帐篷殿。接下来是刘家穿廊殿，一见刘家穿廊殿使人为之一振，仰面而视有近25米高，顿时有空阔伟大之感。后殿5间，殿后面3面回廊，在清代伊斯兰教大殿上是较常用的做法，为其他佛、道教寺观建筑之少见。全殿以勾连搭形式连为一体，成为国内仅次于北京清宫太和殿（太和殿，又称奉天殿，俗称“金銮殿”，总高24.90米）的最大的起脊式大殿，共计面积3500平方米。全殿又富于变化，有轻重主次之分，富有生气，可谓匠心独具。殿内装饰亦极豪华，128根木柱如林，擎着整座大殿，柱及梁、枋、斗拱上全部彩绘，绘以“旋子”彩画和“缠枝莲”彩画，配以众多金匾，使殿内一片金碧辉煌，富丽高级，纯然大家气派。大殿本身就高，内部又完全“砌上露明造”，更显得宏伟高大。
历史悠久的西大寺，曾是中国伊斯兰教“经堂教育山东学派”的发祥地，一度成为国内伊斯兰教最高学府和学术中心之一。学派创始人常志美声誉国内远扬中亚，该寺更因常志美而名闻全国。
该寺建筑规模之大，规格之高，装饰之精，为我国少有。我国著名建筑学者刘致平在他的名著《中国伊斯兰教建筑》中说：“大殿建筑的伟大壮丽，确是全国少有的，可与济宁东大寺、南京净觉寺、西安化觉寺和兰州桥门街大寺媲美。”
西大寺于1968年被全部拆除。
柳行东寺
始建于明万历年间，历经清乾隆、道光、光绪年间三次扩建，形成最后的规模。2007年被列为山东省重点文物保护单位。
寺内景致古朴、典雅，一道月门将寺院分成两进。树木花卉葱茏，生机盎然，充溢着祥和、宁静的气氛。那棵120岁的皂荚树生长仍然旺盛，巨大的树冠像伞遮蔽了小半个院子。跨过月门，迎面便是大殿，额题“认主独一”四个金字。
大殿坐西朝东。踏过低平的月台步入大殿，顿感里面的高大、宽敞。大殿分为卷棚殿、正殿、后殿几个部分。据《济宁回族续辑》载：“敕建的大殿开间最多不能超过七间，而参加礼拜的穆斯林却与日俱增，加之节日‘会礼’的需要，要增加容量只好向纵深发展，由卷棚逐次向正殿、后殿延伸。”正是由于这个原因，这所大殿分为四进，每进一殿，必上一级台阶，高出的这一级台阶便成了“进”的最明显标志。这样的制式，为清真寺特有，使后殿始终居高临下。为的是让全体聚礼者听见、看到领拜阿訇的声音和动作，以便与领拜人保持一致。整座大殿不设隔扇，立柱采取“减柱造法”。
讲到“进”不能不提到“勾连搭”屋顶，这是中国清真寺大殿建筑的独特形式，不仅造型美观而且增大了大殿内部的活动空间，扩大了视野，同时为今后进深增建留有充分的余地。据专家称“勾连搭”结构是几百年来中国穆斯林工匠大师的杰作，在中国古建筑史上占有重要的地位。
卷棚殿南墙上嵌有一块石碑，据碑文记载，这座殿为道光二十一年（1842年）由众乡老捐建。至今仍能隐约识别出“南天德”“温家楼”“白合顺”等字样，他们都是济宁历史上闻名遐迩的回族商家老字号，有的现在还在经营。这块碑可以说是近代济宁回族商业繁荣的缩影。
寺内还立有三通碑，分别为乾隆、光绪、民国年间所立。其中1940年所立的“教泽孔长”碑身为四面雕刻，不仅技法罕见，更可贵的是这是回汉人民患难与共的见证。1938年1月，日军占领济宁，刘涵光阿訇冒着生命危险在寺内成立难民所，收容保护了大批回汉同胞。后来，回汉群众为表彰刘阿訇的民族大义而立下此功德碑。
来鹤观北街清真北寺
始建于清乾隆十四年（1750年）以前，位于济宁市南关来鹤观北街18号。1939年3月最后一次重建。整座寺占地3800平方米，建筑面积200多平方米。
大门坐西朝东，路东有一砖构照壁，与寺大门隔街相望，十分壮观。大门两侧为八字墙，以青砖砌菱形图案，门楣悬清乾隆十五年（1751年）木匾一方，文曰“开天古教”。
庭院两进。前院甬道两旁各有一行柏树，生机盎然。南北长墙以白灰照面，以蓝色涂料（伊斯兰教传统色调）书写阿文古兰经摘句，伊斯兰教色彩浓厚。
主体建筑是大殿为中国大式大木结构，卷棚殿三大间，正殿悬山式三大间，殿顶通高6米，正殿南北山墙各有侧门。木制门窗、隔扇，卷棚殿顶以“勾连搭”相接。殿宇显示伊斯兰教寺院清净典雅，古朴肃穆。
配套建筑有北讲堂（西）单檐圆脊式3大间，北讲堂（东）单檐圆脊式3大间。学屋（私塾）两大间。阿訇卧室1大间。
庭院绿化非常好，环境静谧。大殿东南侧为百花坛和竹林。
室内装饰布置颇为讲究，多为红木家具，窗明几净，古玩字画古色古香。有盆景鱼缸、奇花异草；有花盆花桶，阿文经字中堂对联、圆光、岔角遍布。大殿及讲堂配有裙子灯、羊角灯等古典灯具，富丽堂皇。讲堂珍藏古兰经经典著作手抄本多本。据传珍藏有常志美大师家世专著，惜毁于“文革”。
方家大院女寺
1944年建成。位于市中区方家大院路西。截至清末，济宁城区有7座男寺，而无女寺，甚为不便。1913年，白善徵等三位乡老有鉴于斯，遂倡议办女校，并由济南搬请赵姓女教长来济宁开办女学——时称阃雅学校。“阐教义，广教化”，“历八年之苦，方始吾教妇女俱入正轨。每届钦月（即伊斯兰教的斋月），各家争延教长领拜，过于劳累，遂发起建女寺。”即由李增兴皮行“助款购方家大院地基一段，庀料鸠工”，于1944年始建成。房屋共10余间（包括大殿），民宅形制。该寺于1960年被毁。2001年遗址附近出土《创修方家大院女寺记》碑刻一通，以上引文即出自该碑。
外国教堂
美国长老会基督教牌坊街教堂
该教堂属基督教长老会。长老会是新教中较大的一派，长老会内不少为学者及神学家。1874年，长老会美籍牧师李佳白3人来济宁传教，因无人信奉，无功而返。光绪十三年（1887年），长老会再派李佳白来济宁传教。他在牌坊街建一简易礼拜场所传教。
该会光绪十七年（1891年）即已扩散到农村。1895年，济宁支会成立。1905年，美籍牧师华乐德来济宁。1915年，美国凯德女士捐美金万元，购地建堂，逾二年竣工，可容1600人。所属50个支堂均来代表观贺，后任牧师司福来掌管主要事务。1941年太平洋战争爆发，司福来被日军扣押于潍县集中营，教会活动停止。后由华籍牧师许学翰继任。1951年教会停止活动。
美国浸信会基督教黄家街教堂
教堂位于黄家街路南，建筑面积2040平方米，其中礼拜堂占地面积380平方米。
该教堂原名福音堂，为基督教堂，属南美浸信会。当年，平度“基督教华北议会”派传教士李寿亭来济宁传教，遂在黄家街路南买民房一处，传教办学。后来，王洪海牧师和美国传教士道哲、葛纳理夫妇、李约翰夫妇先后到济宁。1911年，济宁正式成立“基督教浸信会”，以黄家街为传教中心。先后有美籍传教士葛纳理、韩慕兰、明俊德，华籍牧士李寿廷、戴玉田在此传教。1921年创办培英私立中学。1924年创办培英幼稚园。教堂附设真元女学校两处及谈道会。1925年，新建礼拜堂一座（即现存教堂），坐东向西，砖石木结构。堂长25米，宽14.6米，高8.6米，上有钟楼，下有地下室。堂内洁白整齐，有座位可容500余人。最上层是一座六角形圆形钟顶，内有合金钟一口。每逢教会活动时，以击钟为号，城内外的信徒闻声齐来教堂礼拜。
1942年，美籍传教士葛纳理被日寇抓捕，教堂活动一度停止。新中国成立后，教堂多次重修。现为济宁市基督教委员会使用。
德国天主教戴庄教堂
1882年，德国天主教圣言会传教士安治泰、福若瑟来山东传教，建立了鲁南教区，于1885年在阳谷县坡里庄建堂，亦称南境总堂。安治泰、福若瑟于1887年在济宁城北戴庄购买了一块园林即荩园，暂作立足之地。戴庄建教堂即始于此。荩园，为清时郎中李澍之东泉别墅，俗称戴庄花园。从1887年至1896年近10年间，教堂建设规模只限于荩园之内。
1897年巨野教案发生以后，安治泰、福若瑟利用清政府赔款，开始往园外扩建教堂。历经数载，建楼堂房舍900余间。各种建筑精心布局，使西式楼房与中国式园林珠联璧合，堪称一绝，冠盖鲁西南。总布局分东西两院，大圣堂位居中枢，希腊式建筑。西院有神哲学院、修道院。东院有圣神会总会、崇德小学、崇德师范、华语学校、医院、病房。其他附属设施有钟楼、图书楼、宿舍楼、修女楼、洗衣楼、风琴楼、更衣室、储藏室等，整个建筑群占地200余亩。高墙深院内，大院套小院，楼房耸立，纵横交错，曲巷幽深，千回百转。教堂以北辟10余亩土地为“圣林”，遍植松柏。教堂西北辟果园、菜园数亩，另有耕地400余亩。1897年至1929年为戴庄天主教堂发展的鼎盛时期。天主教男修会“圣言会”中国总会和女修会“圣神会”中国总会均设于此，戴庄俨然成了中国领土上的“国中之国”。当时，外国往来信件直接写“中国戴庄”即可收到。
