会通河的开通，实现了北京至杭州水路的全线贯通。但是由于水量不足以及黄河泛滥侵运，到元朝末年，会通河已多处淤塞不通。漕粮仍然多从海上运输。自元末起至民国时期，官府开始投入大量人力、物力和财力，运用当时先进的科学方法，对运河进行治理，涌现出一批治运能人，总结出一系列治河经验，成为运河治理的一笔宝贵财富。
元代
京杭运河聊城段，南北落差很大，如无闸节制，运河中很难保留行舟所需要的水位。为调节和保持水位，以利行船，当时的水利专家们，巧妙而科学地设立了许多节制闸。自北而南，当时在临清县境内，设立了头闸、中闸、隘闸；在聊城县境内设立了李海务闸、周家店闸；在阳谷县境内设立了七级上下闸、阿城上下闸、荆门上下闸。特别是相邻地段上下闸的设计，具有极高的科学价值。利用提、放闸板的多少来控制运河水保持在以利行船的位置。可以说元代京杭运河上节制闸的设置，为后来众多水道航运设施的建设提供了重要的科学依据。
明代
正统年间东昌等分水闸的设立 明正统元年（1436年）九月，为保漕船正常通行，漕臣们再次提出应当让工部委派一名官员巡视运河张秋段，以便及时疏浚河道。英宗皇帝采纳这一建议，于正统十三年（1448年），命工部右侍郎王永和前往治理。至十二月，王永和费工数月，没有堵住沙湾决口。正统十四年（1449年）正月，黄河支流又在聊城决口，运道进一步被淤塞。王永和奋力治水，至三月，他疏浚了黑洋山西湾，引其水由太黄寺东流，以济运河东昌之水。同时，在运河东昌段修建分水闸，以避水溢。在沙湾西岸设分水闸两孔，以泄上流之水，可避免大水积聚漫溢之患。
景泰年间沙湾越河的开挖 景泰元年（1450年）四月、二年（1451年）五月，御史陈全上书议修运河，被批准，但未取得明显效果。后命山东左参政王骢、按察司佥事王琬、山东巡抚都御史洪英、河南巡抚都御史王暹，协力合治河患。景泰三年（1452年）正月，代宗皇帝又命工部尚书石璞前往沙湾治理河患。石璞到后，先疏浚黑洋山至徐州的河道，使其能通漕船。后在沙湾凿一长1.5公里的新河，以避决口，新河之上下河口均与运河相通，使新河、原运河都可行船。到此时，沙湾决口才算堵住，运道方通。此河被称为越河或月河，后来在运河闸旁，常挖越河以疏通漕船。
景泰年间徐有贞的治河保运“三策” 景泰五年（1454年）十一月，都察院左佥都御史徐有贞，经过近一年的实地考察，提出了治理沙湾的“三策”，采取置造水门大堰、开河分水、疏浚运河三种办法进行综合治理。
第一策是“置水闸门”。徐有贞指出，治理沙湾决口，用强行堵塞的办法是不会成功的，只有用疏导的办法才行。他在王景治河方法的基础上，加以损益，于其间治水于门，而实其底，令“高常水五尺”为准。水小则可拘之以济运，水大则疏之使趋于海。水门造好之后，使运河有通流之利而避免了淹塞之害。
第二策是开挖分水河。根据徐有贞“凡水势大者宜分，小者宜合”的建议，开挖了由河南卫水东岸的浚县起，东经开州、濮阳、范县、寿张直抵沙湾的广济渠，以分黄河水，减弱冲击沙湾的水势。在后来的分黄保运、减少水患方面，起到了很大作用。
第三策是挑浚运河。徐有贞根据实际情况，审时度势，由沙湾北至临清、南抵济宁，命各段河道浅夫分段疏浚。又在东昌南北建闸8座，以节制运河之水。
徐有贞提出的“三策”，至景泰六年（1455年）七月，全部实施并竣工，保证了漕船南北畅通无阻。沙湾水患困扰漕运10年之久，至此才得以基本解决。
弘治年间减水坝的设置及越河的开挖 弘治二年（1489年）五月，黄河自开封、金龙口决口，其中一支经山东曹州，冲入张秋段运河。朝廷命所司调派众多人力前往堵塞决口，效果不大。九月，命户部侍郎白昂前往治河。白昂于北流所经7县“筑为堤岸，以卫张秋”。又调集25万役夫，筑阳武长堤，以防张秋。弘治五年（1492年）七月，黄河又在金龙口决口，洪水东泄至张秋、戴家庙，冲垮运河西堤，掣漕河与汶水合而北行。张秋以南以北运河甚是危急，自堂邑至济宁段堤岸多崩塌。朝廷急派工部侍郎陈政前往督治。陈政刚按既定方案治理，不幸卒于任上。六年（1493年）二月，升浙江右布政使刘大夏为右副都御史前往治理水患。刘大夏也是一位难得的治理水患能臣。到任后，他根据自己实地考察的结果，制定了一项治河方案，上奏朝廷。大夏说：“是下流未可治，当治上流。”于是先在决口西南开越河，使漕船可行。然后从上流黄陵冈以南疏通贾鲁等旧河道，以杀水势。又浚孙家口，并新开河35公里，导河水南行入海。“然后沿张秋两岸，东西筑台，植木为表，多施大索”（《张秋志》）；“联巨舰穴而窒之，实以土。至决口，去窒沉舰，压以大埽，且合且决，随决随筑，连昼夜不息。决即塞，缭以石堤，隐若长虹，功乃成”（《明史·河渠志》）。从此张秋改名曰安平镇。此项工程，共用民工4万余，薪刍84.5万束，竹木3.7万根，麻铁30.2万公斤。
张秋决口堵塞成功之后，刘大夏又上书说：“安平镇决口已塞，河下流入东昌、临清至天津入海，运道已通，然必筑黄陵冈河口，导河上流南下徐、淮，庶可为运道久安之计。”于弘治八年（1495年）正月，开始筑塞黄陵冈等处决口，不久工毕。从此，黄河溃决冲毁安平镇之患就很少发生了。
清代
清朝建立初期，安平一带（今阳谷县张秋镇）曾发生过几次水患。顺治七年（1650年）八月，“河决荆隆口……张秋以下，堤皆溃，自大清河东入海”（《清史稿·杨方兴传》）。顺治九年（1652年），河决封丘大王庙，“水由长垣趋东昌，坏平安（安平）堤，北入海，大为漕渠梗”。但这两次水患很快就被治理。
咸丰五年（1855年），黄河在河南兰考铜瓦厢决口，改道北流至张秋，穿运河，夺大清河入海。运河被冲毁，又“值军务未平（指镇压太平天国起义），改由海运。于是运河废弛十余年”（《山东通志》卷126，《运河考》）。太平天国起义军被镇压后，清朝廷亦曾打算恢复运河漕运，因故未能施工。同治四年（1865年），清朝廷打算疏通运河河道，恢复运河漕运。八年（1869年），挑张秋南北运河淤垫。九年（1870年）筑运河南北堤。十一年（1872年），虽曾命山东巡抚丁宝桢疏通运河，终因黄河淤积严重，行船甚难，当时运往北京的漕粮，每年不过10万石，仅占所应运漕粮的1/40，是海运漕粮的1/10。
光绪七年（1881年），开挖陶城铺至阿城一段新运河河道，以避张秋南沙湾之淤。
民国时期
“中华民国”建立后，屡有挑浚运河使其通航的打算，并曾多次派人测量，但都未能付诸实施。直到1934年，全运河疏浚工程才由各省分别在部分河段实施。这年，运河聊城段也开始治理，并在聊城（今东昌府区）设立了工程局。沿河的阳谷、聊城、博平、堂邑、东阿、清平、临清各县分担挑浚任务。动用民工20余万，历时3个月，疏浚河道135公里。河底宽12米，边坡1∶2，平均深挖4米。堤高、堤宽均2米，堤距36米，完成土方1400万立方米。又在临清至黄河的运河段上修筑了新式船闸两座。经过挑浚，运河可以通行吃水1.5米的船只。1936年，为使运河通船，曾改造运河聊城段的周店船闸。西半部建有通水涵洞，东半部由南、北双闸构成。该闸采用了比较先进的绞车技术，改善了启闸、闭闸能力。周店船闸现保存较好，为全国重点文物保护单位。
第五节 运河聊城段治理的科技成就
会通河的开通，实现了北京至杭州水路的全线贯通。但是由于水量不足以及黄河泛滥侵运，到元朝末年，会通河已多处淤塞不通。漕粮仍然多从海上运输。自元末起至民国时期，官府开始投入大量人力、物力和财力，运用当时先进的科学方法，对运河进行治理，涌现出一批治运能人，总结出一系列治河经验，成为运河治理的一笔宝贵财富。
元代
京杭运河聊城段，南北落差很大，如无闸节制，运河中很难保留行舟所需要的水位。为调节和保持水位，以利行船，当时的水利专家们，巧妙而科学地设立了许多节制闸。自北而南，当时在临清县境内，设立了头闸、中闸、隘闸；在聊城县境内设立了李海务闸、周家店闸；在阳谷县境内设立了七级上下闸、阿城上下闸、荆门上下闸。特别是相邻地段上下闸的设计，具有极高的科学价值。利用提、放闸板的多少来控制运河水保持在以利行船的位置。可以说元代京杭运河上节制闸的设置，为后来众多水道航运设施的建设提供了重要的科学依据。
明代
正统年间东昌等分水闸的设立 明正统元年（1436年）九月，为保漕船正常通行，漕臣们再次提出应当让工部委派一名官员巡视运河张秋段，以便及时疏浚河道。英宗皇帝采纳这一建议，于正统十三年（1448年），命工部右侍郎王永和前往治理。至十二月，王永和费工数月，没有堵住沙湾决口。正统十四年（1449年）正月，黄河支流又在聊城决口，运道进一步被淤塞。王永和奋力治水，至三月，他疏浚了黑洋山西湾，引其水由太黄寺东流，以济运河东昌之水。同时，在运河东昌段修建分水闸，以避水溢。在沙湾西岸设分水闸两孔，以泄上流之水，可避免大水积聚漫溢之患。
景泰年间沙湾越河的开挖 景泰元年（1450年）四月、二年（1451年）五月，御史陈全上书议修运河，被批准，但未取得明显效果。后命山东左参政王骢、按察司佥事王琬、山东巡抚都御史洪英、河南巡抚都御史王暹，协力合治河患。景泰三年（1452年）正月，代宗皇帝又命工部尚书石璞前往沙湾治理河患。石璞到后，先疏浚黑洋山至徐州的河道，使其能通漕船。后在沙湾凿一长1.5公里的新河，以避决口，新河之上下河口均与运河相通，使新河、原运河都可行船。到此时，沙湾决口才算堵住，运道方通。此河被称为越河或月河，后来在运河闸旁，常挖越河以疏通漕船。
景泰年间徐有贞的治河保运“三策” 景泰五年（1454年）十一月，都察院左佥都御史徐有贞，经过近一年的实地考察，提出了治理沙湾的“三策”，采取置造水门大堰、开河分水、疏浚运河三种办法进行综合治理。
第一策是“置水闸门”。徐有贞指出，治理沙湾决口，用强行堵塞的办法是不会成功的，只有用疏导的办法才行。他在王景治河方法的基础上，加以损益，于其间治水于门，而实其底，令“高常水五尺”为准。水小则可拘之以济运，水大则疏之使趋于海。水门造好之后，使运河有通流之利而避免了淹塞之害。
第二策是开挖分水河。根据徐有贞“凡水势大者宜分，小者宜合”的建议，开挖了由河南卫水东岸的浚县起，东经开州、濮阳、范县、寿张直抵沙湾的广济渠，以分黄河水，减弱冲击沙湾的水势。在后来的分黄保运、减少水患方面，起到了很大作用。
第三策是挑浚运河。徐有贞根据实际情况，审时度势，由沙湾北至临清、南抵济宁，命各段河道浅夫分段疏浚。又在东昌南北建闸8座，以节制运河之水。
徐有贞提出的“三策”，至景泰六年（1455年）七月，全部实施并竣工，保证了漕船南北畅通无阻。沙湾水患困扰漕运10年之久，至此才得以基本解决。
弘治年间减水坝的设置及越河的开挖 弘治二年（1489年）五月，黄河自开封、金龙口决口，其中一支经山东曹州，冲入张秋段运河。朝廷命所司调派众多人力前往堵塞决口，效果不大。九月，命户部侍郎白昂前往治河。白昂于北流所经7县“筑为堤岸，以卫张秋”。又调集25万役夫，筑阳武长堤，以防张秋。弘治五年（1492年）七月，黄河又在金龙口决口，洪水东泄至张秋、戴家庙，冲垮运河西堤，掣漕河与汶水合而北行。张秋以南以北运河甚是危急，自堂邑至济宁段堤岸多崩塌。朝廷急派工部侍郎陈政前往督治。陈政刚按既定方案治理，不幸卒于任上。六年（1493年）二月，升浙江右布政使刘大夏为右副都御史前往治理水患。刘大夏也是一位难得的治理水患能臣。到任后，他根据自己实地考察的结果，制定了一项治河方案，上奏朝廷。大夏说：“是下流未可治，当治上流。”于是先在决口西南开越河，使漕船可行。然后从上流黄陵冈以南疏通贾鲁等旧河道，以杀水势。又浚孙家口，并新开河35公里，导河水南行入海。“然后沿张秋两岸，东西筑台，植木为表，多施大索”（《张秋志》）；“联巨舰穴而窒之，实以土。至决口，去窒沉舰，压以大埽，且合且决，随决随筑，连昼夜不息。决即塞，缭以石堤，隐若长虹，功乃成”（《明史·河渠志》）。从此张秋改名曰安平镇。此项工程，共用民工4万余，薪刍84.5万束，竹木3.7万根，麻铁30.2万公斤。
张秋决口堵塞成功之后，刘大夏又上书说：“安平镇决口已塞，河下流入东昌、临清至天津入海，运道已通，然必筑黄陵冈河口，导河上流南下徐、淮，庶可为运道久安之计。”于弘治八年（1495年）正月，开始筑塞黄陵冈等处决口，不久工毕。从此，黄河溃决冲毁安平镇之患就很少发生了。
清代
清朝建立初期，安平一带（今阳谷县张秋镇）曾发生过几次水患。顺治七年（1650年）八月，“河决荆隆口……张秋以下，堤皆溃，自大清河东入海”（《清史稿·杨方兴传》）。顺治九年（1652年），河决封丘大王庙，“水由长垣趋东昌，坏平安（安平）堤，北入海，大为漕渠梗”。但这两次水患很快就被治理。
咸丰五年（1855年），黄河在河南兰考铜瓦厢决口，改道北流至张秋，穿运河，夺大清河入海。运河被冲毁，又“值军务未平（指镇压太平天国起义），改由海运。于是运河废弛十余年”（《山东通志》卷126，《运河考》）。太平天国起义军被镇压后，清朝廷亦曾打算恢复运河漕运，因故未能施工。同治四年（1865年），清朝廷打算疏通运河河道，恢复运河漕运。八年（1869年），挑张秋南北运河淤垫。九年（1870年）筑运河南北堤。十一年（1872年），虽曾命山东巡抚丁宝桢疏通运河，终因黄河淤积严重，行船甚难，当时运往北京的漕粮，每年不过10万石，仅占所应运漕粮的1/40，是海运漕粮的1/10。
光绪七年（1881年），开挖陶城铺至阿城一段新运河河道，以避张秋南沙湾之淤。
民国时期
“中华民国”建立后，屡有挑浚运河使其通航的打算，并曾多次派人测量，但都未能付诸实施。直到1934年，全运河疏浚工程才由各省分别在部分河段实施。这年，运河聊城段也开始治理，并在聊城（今东昌府区）设立了工程局。沿河的阳谷、聊城、博平、堂邑、东阿、清平、临清各县分担挑浚任务。动用民工20余万，历时3个月，疏浚河道135公里。河底宽12米，边坡1∶2，平均深挖4米。堤高、堤宽均2米，堤距36米，完成土方1400万立方米。又在临清至黄河的运河段上修筑了新式船闸两座。经过挑浚，运河可以通行吃水1.5米的船只。1936年，为使运河通船，曾改造运河聊城段的周店船闸。西半部建有通水涵洞，东半部由南、北双闸构成。该闸采用了比较先进的绞车技术，改善了启闸、闭闸能力。周店船闸现保存较好，为全国重点文物保护单位。