地处卫运河与南运河中的德州，在连接南北交通大动脉中与其他段运河一样，有着举足轻重的地位。故元初以来，朝廷不断下令加强对此段运河的疏浚治理，以保持运河畅通。
元代大运河德州段的治理
元朝统一后，由于连年战乱，货物匮乏，“元都于燕，去江南极远，而百司庶府之繁，卫士编民之众，无不仰给于江南”（《元史·食货志》），急需打通连接南北的交通大动脉。
德州段运河渡口
德州段运河码头
元朝初年，自天津直沽向西会卢沟、巨马、蔻水诸河，由静海境南折，过今河北省青县会滹沱、漳水，再过沧州、陵州（德州）至临清，统称南运河，亦即卫河之下游段。由于长期的战乱，这段运河的许多河段都严重淤塞。从山东堂邑县东南到德州，岸堤毁坏多达30余处，河道淤塞达15里，且河道蜿蜒曲折，仅夏津至德州段就有32处险工，“甲马营，一盘绳，弯弯曲曲到武城”和“九望德州”即由此而来。在沧州河段，由于多年淤淀，河道高出地面形成地上河，春旱时，水源缺乏，逢大水又易造成堤防决溢。加上运河两岸的权势之家掘堤作井，引水灌田或私取堤土，严重威胁着运河的通航安全。为此，元朝廷命各沿河州县堵塞灌溉渠道以复水势。为护河堤堰，又诏令滨河州县佐贰官皆兼河防事，凡有堤防损坏处，及时修筑，严禁私自掘堤放水，还令于堤上广植树木以固运堤。至元七年（1270年），运河溃于武清境，官府即调夫修筑溃堤，历时80天始竣工。
中统三年（1262年），忽必烈任命31岁的水利专家郭守敬“提举诸路河渠”。至元十三年（1276年），郭守敬奉命沿隋朝大运河一路寻访，勘查运河故道，行程数千里，在南起徐州、北抵德州的广大地区做了缜密的考察。经对实地勘查和广泛听取意见，设计了自陵州（德州）至大名，济州（济宁）至山阳湖、微山湖，东平至罡城，东平至清河过黄河接御河，自卫州（今河南辉县）入御河至东平等运河河道开凿、疏浚方案，得到了忽必烈和朝中大臣的一致肯定。
从至元二十年（1283年）到至元三十年（1293年），在郭守敬、马元贞等主持下，历十年时间，先后开凿了从大都到通州的通惠河，从通州至大沽的通州运粮河，疏通了从大沽经沧州、陵州（今德州）至临清的御河，开挖了从临清至东平的会通河、从东平至济州（今济宁）的济州河。自济州河而南与南方原有的大运河相接。至此，北起北京积水潭，南至杭州拱宸桥，贯通海河、黄河、淮河、长江、钱塘江五大水系，总长1816公里的京杭运河全线贯通。
大运河的贯通，对于久经战乱的德州及北方经济的振兴，起了决定性的作用。
明清运河德州段的治理
明代运河依据流经地区的水源及工程特点，分为白、卫、闸、河、湖及浙漕六段。德州段运河，因处卫河下游而称作卫漕。因受地形条件和河道冲淤变化的影响，亦是运河工程的关键地段。
河道治理主要是河道疏浚与堤防维修，二者同属于挑浚之工，往往同时并举。在明代有定期维修和常规维护之分，而定期维修又分岁修或大修，岁修亦称小挑或小浚；大修又称大挑或大浚，二至三或四至五不等，视各段具体情况综合而异。德州段运河，水源多沙，工程量大，大修周期相对较短。小挑和大挑，以施工河段而定，小挑指疏浚闸旁月河，如四女寺闸；大挑则为运道挑浚。大挑与小挑往往隔一年一次，大挑之年，筑坝断流，船由月河绕行；小挑之年，水不断流，船只由正河上下。大挑和小挑制度的建立，可使船只在河道维修期间照常航行，有利于回空漕船、商船及民船往返。
河道的常规维护主要是浅铺治理和堤防修守。浅铺治理又分为捞浅和起驳两类。捞浅是局部的不断流的疏浚工程。一是在漕运期间水量较小时，挑挖有碍船只通行的淤浅；二是在湖泊地段常年通航情况下进行的常规性捞浅，以便船只航运。据《山东通志》载：明代从德州至临清运段，共设有浅铺27处，捞浅夫326人，其中夏津、恩县、武城的捞浅夫都在30人以上。起驳是为在运河一线的水浅之处配置驳船，水位低浅时供漕船至此改由驳船转运之用。据记载，从德州至临清运道，配有驳船300只，而漕船过浅更多的情况则是由沿途浅铺浅夫导航，招呼运船，使不胶于滩沙。
清代运河航道的改善和维护工作，主要集中在德州、武城、恩城、夏津全线航道的及时疏浚上，基本是两年一大挑，一年一小挑。
20世纪60年代的四女寺水利枢纽（安治栋 摄影）
近现代运河德州段的治理
清朝末年，随着漕运停止、海运发展和铁路的修筑，京杭大运河在沟通南北政治、经济、文化中的作用已不如从前那么重要，统治者对它的整治与管理日渐废弛，河道迅速衰败。进入民国时期，由于以上原因，加上政局的混乱与动荡，德州段运河更趋残破。当时德州（德县）以南至临清的运河，河面宽100米左右，水深一般在2米左右，河道弯曲，水势迂缓，可航载重仅2～3万公斤的木船；德州至天津间河道，亦可航行吃水较浅的汽船。
清末漕运停止后，由于德州段运河年久失修，河床日渐淤高。原来为减缓水流而弯曲过多的河道，又不利于洪水的宣泄，因此，每至多雨季节，常发生险情。1917年秋，德州段运河决口，德州城被水包围，“城垣仅露七砖”。1934年春，山东省建设厅实施治理鲁运河北段工程后，德州段“河流无阻，水患减少”，并且能够一度通航。1937年7月，日本帝国主义发动全面侵华战争，德州沦陷。战前，国民党政府正在建设的一部分运河工程被迫停止。日本侵略者在此后长达八年的殖民统治期间，不仅未对德州段运河进行整治，而且多有毁坏，使抗日战争前治理工程所取得的成果，付诸东流。
20世纪70年代的运河德州段及德州港码头（何立升 摄影）
20世纪60年代运河德州段四女寺蓄洪大闸
抗日战争胜利后，德州段运河得到了较好的治理。1946年，冀南解放区政府设立治河委员会，组织群众整治南运河，在馆陶、夏津、武城、故城、清河、恩县间河道裁弯14处，抢修险工25处，修建了申街分洪闸，使洪水能够顺畅下泄，920多个村庄、184万亩良田免遭水患。1947年夏，南运河水位暴涨，堤岸多日浸泡，水由石隙外流。8月28日，唐官屯运堤冲决，口门宽约3丈，滚滚浊水东去，“秋收在望之农田共被淹没数十顷”。沿线居民急献麻袋，拆下自家房屋的梁椽奋力抢险两昼夜，将决口堵住，才未酿成更大的惨剧。德州区域人民还通过这条运河，运送了大批粮食和其他物资，有力地支援了解放天津、临清等地的战斗和解放初期经济的恢复。
四女寺水利枢纽建成情景（1959年）
四女寺水利枢纽建成之初远眺（1961年）
运河德州段（1967年）
运河德州段清淤治理（2008年）
运河德州段泊地
新中国成立后，国家除对运河进行多次堤防岁修外，1951年春，因今德州市运河开发区运河街道办事处杨家圈村处的河段弯道达300度之多，每年行洪刷堤严重，直接威胁着市区安全。为此，在杨家圈村西重新开挖了一段长800米的新河槽，对河槽弯段局部进行了取直，因此，杨家圈村也由河西而调至河东。至此，运河德州段河道一直保持现状。
运河德州段木桥（安治栋 摄于1967年）
1958～1961年，国家再次对卫运河进行扩大规模治理，兴建了四女寺水利枢纽，临清以下河段裁弯取直46处，缩短河道里程12.2公里，并退堤切滩，扩大子槽，使主河槽底宽增加至90米～110米。本次扩大治理工程，出民工12.28万人，完成工日770万个，完成土方2640万立方米，石方8.7万立方米，总投资2755万元。1972年冬季和1973年春季卫运河扩大治理工程开工，两次施工德州共出工22万人次，水下方开挖工程于1973年6月20日完成。德州与聊城共完成土方5592万立方米，完成工日3700万个，国家投资6360万元。另外，在几次治理过程中修建了德州段沿河的桥梁1座、涵洞40余座、大小渡口12个、码头5座。20世纪50年代，天津经德州至济宁一线，仍可凭借帆船进行小量运输。20世纪60年代，可航行300吨驳船和100马力机轮，德州段运河年货运量仍可达125.5万吨，年客运量达2万人次。年货运量和周转量皆列沿河各港口之首。但是，由于沿河工农业用水迅速增长，尤其是上游建成岳城水库后，航运水源逐渐枯竭，至20世纪70年代末因河道常年干涸而停航，卫运河德州段变成了季节性河流。
