隋代永济渠的开凿与南北运河的开通，打破了原有经济区之间的相互封闭，使华北、黄河中下游和长江中下游经济区相互沟通起来，并以洛阳为中心、在运河一线逐渐形成了沟通南北、人文兴盛的经济文化带。由此，德州经济、社会、文化进入了一个快速发展的时期。
隋朝以前德州水系概貌与水上交通
公元前21世纪至16世纪，“茫茫禹迹，画（化）为九州”，德州地属兖州之域的有鬲氏之国。那时，在德州境内除《书经·禹贡》中记载的黄河流域至河北平原大陆（在今河北任县东北）后“又播为九河”的马颊、钩盘、鬲津、徒骇、胡苏五河外，还有两条较大的河流，一条叫济河，古名曰济水；一条叫漯河，古名曰漯水。济水发源于开封、商丘一带，大体沿今黄河南岸流经定陶、菏泽，向北折向东北，过德州在利津入海；漯水为黄河分支，出高唐至千乘（今山东博兴县西北）入海。西部有清河，亦称北清河，自东平县分汶河之水北出与漳水合而入海。这几条河在有史记载的几千年间，流向都较稳定，水源充足，使得我们的祖先在很早以前就得以在此安居生活。
远古时期，人类总是选择沿河流域作为活动区域，一方面是因为河流附近多为冲击土壤，比较肥沃，且水中有鱼虾可以食用；另一方面则是考虑到水中行舟的便利。从目前德州境内发现的夏、商、周时期的文化遗址来看，大部分分布在河流流经之处，距离黄河不远的有鬲氏和居于黄河东岸的有穷氏之国，就是最好的证明。远古人类曾利用哪些水道运行舟船已无法考证，但是春秋之时在黄河及其支流中行船却已见记载。周灵王十八年（前554年），诸侯国曾在祝柯（现在的禹城、齐河、长清一带）的古城村（今济南西郊）“维舟至会盟”。夏津因“赵、齐、晋会盟之要津”（1989年《德州地区县市名考与乡情》）而得名。
远古时期德州区域图
西汉时期德州区域图
据史籍记载，春秋战国之际，德州境内以及全国可以行舟的水道几乎全被利用起来，当时人们便想在全国范围内构建一个水路交通网。成书于战国时期的《尚书·禹贡》对此作了说明，即将统一后的全国划为九州，国都设在距黄河不远的冀州南部，其他八州的贡赋都可通过水路运抵都城。冀州（今山西、河北、河南北部）直接通过黄河至都城；兖州（今山东、河北相邻处）由济水、漯水入黄河到都城；青州（今泰山以东至海）由汶水入济水再入黄河至都城……从当时勾画的水运网不难看出，人们对水路运输是何等的重视！同时也说明当时人们迫切盼望将全国的自然水系连为一体，使水路四通八达。在这个水运交通网中，德州为兖州之地，当时境内凡东西方向的运输，都十分顺畅，切实可行。至于南北水路交通，便是十分的迂远或无法通行，原因是境内的自然水道当时都是东西走向，没有南北水道，东西交通很容易利用自然水道实现，但南北交通便很难或无法通过水路实现。这种横向封闭的自然水系，严重制约着德州与全国各地的交通往来以及经济文化的交流和发展。如何将南北水道连接起来？人们便开始想方设法开凿南北走向的人工河——运河。
大约在氏族社会的末期，我们的祖先便已懂得用人力开挖沟渠，治理水患。《论语》说禹“尽力乎沟洫”，《国语》言禹“疏川导滞，钟水丰物”，都是说大禹曾经开挖沟渠、疏导川流积水，减少洪水泛滥的灾害。禹王当时治水的工程非常宏伟，他带领人们首先从冀州开始，然后是济水和黄河之间的兖州，大海之滨的青州，泰山和淮水之间的徐州，淮河和东海之间的扬州，荆山到衡山之南的荆州，荆山与黄河之间的豫州，华山与黑水之间的梁州，最后是从黑水到河西地带的雍州。禹王当时开挖沟渠使用的是极其简陋的木石工具，只是将阻挡洪水的高地掘通，使水流通过而已，从某种意义上讲，这也算得上是全国最早的人工沟渠了。到了西周，《诗经》中常有关于人工引水灌溉的诗句。由于生产工具的局限，那时人们开挖的沟渠虽然十分窄浅，水量较小，无法用于水路运输，但为后来人们开沟凿渠积累了些必要的经验。
《九河图》摘自清康熙戊寅田雯著《长河志籍考》
春秋之际，齐桓霸世，德州一带“川渎多亡”，九河淤塞同为一河。周定王五年（前602年）黄河在今河南滑县西南道口镇大决东徙，自濮阳一带经清丰、内黄……由平原县恩城镇焦家寺西北流向今德城区黄河涯镇的九龙庙村，又东北向流经果子李村，又西北向行至今德州市经济开发区曹村西（自果子李至曹村西为钩盘河故道）至九流庄向东北过河北省入海。由于黄河的东徙，将德州境内的地面普遍淤高，原有水系完全被淤塞打乱。此时，由于冶铁技术的发明，铁制工具开始使用，大规模地挖掘泥土成为可能，于是德州境内开始兴修大型的水利工程，开挖面宽水深的河道，用于泄洪、灌溉和通航运输。《禹贡》中就有“浮于济漯，达于河”的记载，也就是说，船从古济水到商河、临邑、陵县的漯水，再到黄河。由此不难看出，在禹贡年代，德州区域已是河河相通的航运水网了。
秦汉时期，由于黄河多次迁徙、改道，使德州区域的水道发生了变化。汉元封二年（前109年）黄河自河北馆陶大决，遂分屯氏河北流，经清丰、高唐，入夏津，过恩县、武城、德州出境北行。汉成帝建始年间（前32～28），屯氏河九龙庙（今德城区黄河涯镇九龙庙村）以西河道被湮，遂分屯氏别河渎，自今平原县王杲铺镇甜水铺入至德城区黄河涯镇九龙庙村，循周、汉大河故道（即黄河故道）至果子李又东北行至吴桥、宁津、庆云、无棣至大沽口入海。于是人们在今陵县土桥西南张家庄附近又开挖了张甲河和笃马河，以便将粮食漕运至京师。
《长河志籍考》画中的早期德州城
曹魏后期，朝政腐败，继西晋短暂的安定之后，便发生了社会动荡，不久五胡乱华，整个中国北部进入列国纷争的十六国时期。十六国的统治者大都来自北方、西北边境地区的少数民族，他们习惯于鞍马驰骋，而不谙水上行舟及水道行军转漕之事，故对水路交通很少留意。从十六国到北朝末年的二百多年间，德州及整个黄河流域的运河开挖几乎陷于停滞状态，只是利用天然水道维持着水运。直到隋代开（通）永济渠，德州水路运输才发生了一系列新的变化。
永济渠开凿与疏浚
中国古代有两项伟大工程：万里长城、京杭大运河。万里长城横亘东西，起着屏障和防御的作用；京杭大运河则跨越南北，起着沟通与交流的作用。京杭大运河的修建，体现了我国古代劳动人民的聪明才智和创造力。千百年来，它与古老的长城一起饮誉世界。作为隋朝大运河四段中最长的一段，永济渠的开凿尽管给当时河北诸郡百姓带来了沉重的劳役负担，但却沟通了华北经济文化的联系，促进了运河沿岸经济文化的发展，而德州具有深厚历史积淀的运河文明也由此拉开了序幕。
为了加强南北交通，巩固隋王朝对全国的统治，特别是为了南粮北运和征高丽，隋炀帝下令在大业初年开凿了大运河。隋朝大运河从大业元年（605年）至大业六年（610年），历时六年时间修建而成。以洛阳为中心，南到余杭（今杭州）北达涿郡（今北京），洛阳以南为通济渠、邗沟和江南河，洛阳以北为永济渠，全长约2200公里。其中，永济渠开凿于大业四年（608年），南起黄河，北通涿郡，全长1000公里。
关于永济渠的开凿，许多史籍均有记载。田雯《长河志籍考》卷二载：“永济渠者，《隋书》：大业四年，诏河北诸郡男女百余万开永济渠，渠引沁水南达于河，北通涿郡。七年（炀）帝自江都行幸涿州，渡黄河入永济渠。又开元二十八年（740年）刺史卢晖徙永济渠、筑魏桥，通江淮之货，经德州境。又沧州有永济渠堤。《金史》：将陵县（德州）有永济渠，即今州西卫河是。”《德县志·河渠》载：永济渠“在本县城西”，“面宽二十丈，底宽八丈，深二丈三尺”，“本县境内所经者，为汉之屯氏河（武帝元封二年塞，瓠子决河在今开州西南，筑宣防宫导河，北行入故道，未几复决于馆陶县西南沙邱堰，分为屯氏河。东北出清平县南、过高唐县西、合鸣犊河，北行经恩县东至焦家寺入境，又东北与周大河会于九龙口，又别周大河西北行经恩县四女寺北流至柘园镇北出境），隋之永济渠（隋欲伐高丽，大业四年疏浚之，用以运输，名永济渠；七年炀帝行幸涿州，历永济渠，又名御河）。”
永济渠的开凿除利用了沁水、清水以外，还利用了自然水量。自今河南汲县至河北馆陶之间，基本上是利用了曹操遏淇水入黄河故道的白沟。自馆陶经临清、德州至沧州部分利用汉代的屯氏河和西汉大河故渎。屯氏河即屯河，《元和郡县图志》卷十六载：“屯氏河，俗名屯河。”《夏津县志》又记载：“屯氏河在县北。”因此，夏津、德州都是永济渠所流经的城镇。途经德州的永济渠则成为隋朝军械、物资、粮食的主要供应线。
隋代开凿的永济渠，南起洛阳，引沁水东流入清河（卫河），经沽水（白河）和桑干河（永定河）到涿郡，主要是在汉代黄河下游故道白沟、屯氏河的基础上开凿而成的，其水源则主要依靠黄河下游重要支流沁水、清水供给。沧州以下，又部分利用了清漳水，至独流口与清漳水别而另辟新道，并折向西北，经信安镇与永清县溪水（今永定河）相接。永济渠流经今河南省新乡、汲县、滑县、内黄，河北省魏县、大名、馆陶、临西、清河，山东省夏津、武城、德州，河北省吴桥、东光、南皮、沧县、青县，天津市武清、北辰、红桥、蓟县等。元至元年间（1264～1294）运河取直，不再经过洛阳，虽然元朝以后清河以南的河北段逐渐堰塞停运，但清河以北河段却得到加强，并成为元明清三代不可替代的重要漕运通道。
隋代运河图
为了开凿永济渠，与沿河两岸百姓一样，德州人民付出了艰辛的努力、沉重的代价，甚至可贵的生命。中国古代负担劳役的人口一般都是“丁男”，即18～60岁的男子，而开凿永济渠时，“丁男不供，始以妇人从役”，可见其劳役之重。由于督工严厉，1000公里的河道要在一年之内完成，很多人活活累死在工地上。虽然隋朝国祚短促，并未享受到大运河所带来的真正好处，但唐宋及以后的各个朝代却因此大获其利。永济渠的开凿与南北运河的开通，打破了原有经济区之间相互封闭的状态，使中原、江淮及黄河以北地区紧密地连接起来，形成了一个以东都洛阳为中心，南跨江淮直达杭州，西通关中直抵长安，北经临清、德州、沧州直通今北京附近，全长1000公里的庞大运河系统，对唐以后历朝历代的南北经济文化交流和国家统一都起到了重要的促进作用。正如《元河郡县图志》中所言：“隋氏作之虽劳，后代实受其利。”
作为隋朝大运河四段中最长的一段，永济渠沟通了华北经济文化的联系，促进了沿岸经济文化的发展，在永济渠一线逐渐形成了经济发展、人文兴盛的经济文化带，而德州具有深厚历史积淀的运河文明也由此拉开了序幕，德州经济、社会、文化从此进入了一个快速发展的时期。
唐代在隋朝运河的基础上继续加以疏浚、补缀、整理、扩充，仍以漕运、军事为主要目的，线路也基本与隋代相同。特别是“安史之乱”以后，河北强藩盘踞，途经德州的永济渠就成了唐朝廷与河北诸镇联系的唯一纽带，因而，这一条大动脉愈来愈得到唐统治者的重视。
唐代沁水断流，永济渠只引清、淇二水。清水发源于河南修武县之黑山，淇水源出河南林县淇山。《元和郡县图志》记载：永济渠“南自汲郡（今河南浚县西南）引清、淇二水东北入白沟，经永清，入临清，穿此（长河）县入沧州”。为了加大夏季洪水的下泄流量，减轻永济渠对德州、沧州等地的压力，唐久视元年（700年）在永济渠德州以东开挖马颊河（号新河），增辟了河水入海口；永济渠以西，则利用淀泊滞洪，并在重要的河段加筑堤防，以遏制水患。为了扩大水运交通网，唐统治者还在永济渠两侧开挖支渠，或通向平原中部的产粮区，或连接东部的产盐区，以便把粮食、食盐等物资通过永济渠运往洛阳和长安。当时德州已是永济渠旁的一个重要城镇，交通便利，商业较为繁荣。
御河的疏浚与大运河的畅通
北宋时期的御河河道与唐代大体相同，即由今河南淇县东卫贤镇起，东北经内黄、洹水、馆陶、永济，过今德州而北至清池西三十里入今河北青县北合潮河（约今海河）入海，并由此溯易水、滹沱诸河道，可通航至河北沿河州郡，这是北宋时期“蓟燕漕运之计”的一条重要运路。
北宋时，漕运是由小到大逐渐发展起来的。在漕运诸路的物资中，“河北卫州东北有御河达乾宁军，其运物亦廷臣主之”（《宋史·食货志》）。宋庆历八年（1048年），即诏三司以当年江淮所运米200万石转运河北州军，以供河北前线诸军之用。熙宁五年（1072年），还赐河北常平司内藏库钱5000万缗，于近边或沿黄河、漳河和御河之可通漕，州军市籴粟米以为军储。特别是至和二年（1055年）还专置河北都大提举便籴粮草及催遣黄、御河纲运公事一职，专以负责和籴澶、魏诸地的粟米，通过黄、御河等漕运给边，以为军用。
至宋金对峙之时，御河完全处于金朝政权控制之下，自南而北为重要运道。御河又在德州北的东光境会漳河，亦可通运。金政权为此沿御河建仓存粮，如历亭、临清、将陵（德州）、东光、南皮诸沿运之地皆建有大型粮仓。为扩大运河通运能力，金政权还开通州潞水漕渠，于大兴西北引玉泉山诸泉水东南入高梁河，又引河水自东至潞水，保证了御河有充足的水源。因此，这一时期御河的通航及其引水工程的实施，为后来元代开凿通惠河打下了基础。
金朝，经过金太祖、太宗接连不断地对外扩张，其统治领域迅速扩大。并于天会七年（1129年）在德州建将陵仓，以利漕储运。海陵王迁都燕京（又称中都）、世宗定都中都以后，金朝的政治中心南移，其京城皇室、百官及其驻军所需，转向主要依靠山东、河北、河南以及山西等中原地区以后，开辟由京城通往这些地区的漕路，也就成为历史的必然。故开凿卢沟金口运河以通京师漕运。在此之前，金朝廷已利用原有运河进行物资的转运，大定四年（1164年），山东地区大丰收，金朝廷即令利用运河运粮“以实京师”，当时由于战乱，只有德州段运河通运，清河等运河段湮塞严重，最后不得不实行陆运。为此，世宗下诏责命有司云：“有河不加浚，使百姓陆运劳甚，罪在汝等。朕不欲即加罪，宜悉力使漕渠道也。”（《金史·河渠志》）后经治理北清河和开凿通州运河等工程，便逐步构建起金朝一代的漕运网。
金朝境内的漕运之路主要有：由黄河运路可漕运滑州、大名、恩州、景州（德州此时历属景州）、沧州、会川诸地之物资。在各运河沿岸的濒河之城市，还建有储存粮物的仓库。当时重要的置仓之地有恩州属下的临清、历亭；景州属下的将陵（德州）、东光；清州属下的兴济、会川；献州以及深州属下的武强等8个县城，凡需转运入京的粮粟及上供诸物，先由各路转运使征收求购入仓，然后由纲运漕运至金京。
元代初年，南北诸运河，只有江南、淮南运河以及御河中的临清、德州、沧州等河段能顺利行舟。元初的漕运路线即由江南运河入淮后，溯淮入黄河至今河南封丘南30里之中的滦镇，转为旱路输运，到达淇门后再入御河，经临清、德州、沧州，运至天津沿白沙河至通州，最后陆运至大都北京。由此水陆相交，反复装卸，既费时又费力。因此，在原有运河的基础上，开凿新的便捷的运河水运之路，去弯取直，使之南北直航，便成为元代亟待解决的主要问题。忽必烈和他的大臣们自然把眼光投向了大运河。在忽必烈即汉位的第三年，尚未正式立国就任命31岁的汉族水利专家郭守敬“提举诸路河渠”。忽必烈命郭守敬沿隋唐大运河的路线一路寻访，“查勘宋金以来汶、泗相通河段”，以备重开运河。
元代运河图
至元二十六年（1289年），也就是济州河开通六年后，元朝廷又命马元贞主持开凿东平至临清的运河。从二月开工至六月完工，工成开闸放水后，“舟楫连樯而下”，元世祖忽必烈非常高兴，亲自命名为“会通河”。三年后，郭守敬又奉命开挖了北京至天津间的运河，至元二十九年（1292年）北起北京积水潭，南至杭州拱宸桥的南北运河全线贯通，总长1816公里，成为我国历史上又一伟大壮举。大运河的贯通对于元朝初年大一统江山的维护，对于久经战乱的德州及北方地区经济的振兴，其作用是难以估量的。元代运河起的作用虽然有限，但却给明、清运河盛世奠定了基础，对于德州来说所起的作用就更大了。德州地处南运河与卫运河之间，一旦不通，全线受阻，因此，历史上称德州为“要冲”和“咽喉”。
元都于燕京，政治军事重心偏于北方，因此，朝廷所需物资也主要由中原和南方等地运入京城。据《元史·食货志》载：“天下岁入粮数总计1211.4万余石，其中京畿、河北、山东等地区227.1万余石，其余各行省共984.3万余石。”而京城大都所需漕粮则呈逐年增长趋势。元初大都仅需漕粮10万余石，到至元二十七年（1290年）猛增至151.3万余石，泰定三年（1326年）高达335.1万余石，使东南贡赋和供给朝廷官吏以及商民的消费品数额每年以亿万计。这些物资主要由运河转运入京，所以当时德州运河上常常是“舳舻首尾相衔，密次若鳞甲”。
明清时期德州段运河的疏浚与漕运
明代，京杭大运河通称漕河。那时运河最大的问题是来自黄河的干扰。黄河对运河的主要危害是冲决运堤、淤塞运道，大凡每次黄水侵入运河，轻者要淤塞一半，重者全线覆平，长度从几十公里到几百公里，“水去沙停”，运河中断，但运河对黄河也有依赖，一是黄河水源充足，可“引黄保运”；二是可“借黄引运”。这样一来，运河相对于黄河就处于一种自相矛盾的境界，靠它不行，不靠它也不行。如何正确处理运、黄之间关系，经历了一个相当长的过程。
明清京杭运河图
自宋礼重新疏浚会通河以后，黄河相对稳定了一个时期，运道畅通。永乐十三年（1415年）后的60年间，漕运经德州到京城的官粮，每年都在500～600万石以上。随着北方农业生产逐步恢复，明成化以后始定制年400万石。正统十三年（1448年），黄河又在大名和新乡溃决，北流冲断。不过，那时国力强盛，不久由徐永真采用“疏、塞、浚”并举的办法将运道修复。景泰至弘治年间，黄河多次溃决，致使德州境内运河河道多次决溢，朝廷令各州县征召数万人筑堤堵塞浚河，特别是弘治七年（1494年），刘大夏在河南开封黄河北岸修筑数道几百里长的大堤，终于将黄河北犯路线封住。从此，使黄河以北运道转危为安。
明嘉靖九年（1530年），“德州河决，大水平地丈余，人多溺死”，锦衣卫指挥赵梧冈“奉遣治水”以护漕运。尔后河决不断，并于万历十八年（1590年）春，对德州段运河进行了彻底疏浚。万历四十年（1612年），德州知州马明瑞“筑堤护河”“万历四十年御河西徙，浮桥口立大小竹竿巷，每遇漕船带货发卖，遂成市廛”（乾隆《德州志》卷四《市镇》），又“移河西流折而北，又折而东，筑回龙坝”。崇祯初年，因久旱无雨，河水枯竭，加上各地盗贼出没，运道受阻。当时，时任监察御史的德州籍人卢德水奉命“驾轻舫，凌风雨，周视河流”督漕，对沿河水程进行了实地勘查。发现从天津杨村至今河北吴桥县桑园镇浅涩还不是多么严重，可是从桑园到临清的400多里水程中，老浅、新浅不可胜数，淤沙填塞，分岐成渚，漫流仅及盈尺，平沙几乎见底。况且桑园河之两旁熬坝逼水直至临清，土草堆积塞满河腹，椿木森列岁为河中之钉，“盖因今秋粮艘转运维艰”。为此，向朝廷奏请疏浚，引泉源已通漕运。皇帝允准疏浚后，运道基本畅通。
在明代的前期，漕粮征解实行“民收民解”。各州县征收漕粮，责成粮长或大户，即“里甲催征，粮户上纳，粮长收解，州县监收”。粮长或大户和里甲，均由官府佥派。各州县征民间殷实大户，执役于民间，运抵指定的水次仓交纳，这种征解亦称“支运”。山东、河南二省的漕粮运德州仓，然后由运军运抵京、通二仓。实行民间“支运”漕粮到指定水次仓交纳，因路途遥远，颇费时日，特别是江南各省纳漕民户，运漕往返，历时几近一年，不仅耗费颇巨，而且也耽误农时，已成漕粮户的一大负担。
宣德六年（1431年），改行“兑运”，即民运粮至德州，兑与卫所，由运军运载至京。如有“不愿兑者，亦听其自运”。到正统年间，兑运漕粮已占到十之六七，支运仅占十之三四，“兑运者多，而支运者少”（《明史·食货志》）。成化七年（1471年），朝廷令淮、徐、临、德四仓实行支运的漕粮全部改为就近水次码头交兑，实行运军代替民运，由州县兑粮到京、通交仓的“长运法”。从此纳粮户不再参与僚运，“官军长运遂为定制”（《明史·食货志》），“长运法”的实行，免除了德州及其他地区纳户的运途之劳。
清朝前期国力强盛，康、雍、乾三朝均对大运河进行了全面整治。康熙二十九年（1690年），德州“知州吴珍与绅士捐款雇夫挑浅”；五十七年（1718年），巡抚李树德“筑砖堤于小西门外”。雍正十一年（1733年），“运河水溢，下游地方偶被波及”，直督鲁抚会勘后，在今德城区天衢街道办事处闸子村东驸马营处开支河、筑闸，以浅运河之水；雍正十二年（1734年），在疏浚南支河，开凿北支河的同时，因“运河水东啮逼城太近，乃自皇殿南（今德州第三中学南，竹竿巷西）筑坝遏塞旧道不令东折，绕小西关（今德城区桥口街）挑引河二百六十五丈，引水从小西关东北流至小锅市南接合旧流”。乾隆二十六年（1761年），运河决自今黄河涯镇蔡家庄等处，城砖浸没20余层，各门皆屯土以卫。乾隆二十八年（1763年），“又在上码头（今胜利桥东）筑坝遏塞旧道，于今德州市运河开发区三里庄挑引河四百九十五丈至浮桥口（桥口街西）接合旧流”。嘉庆九年（1804年），山东巡抚铁保筹办临清至德州北运河，导源泉、蓄湖水以利水道；嘉庆十年（1805年），卫河上游经临清闸口，夏秋之际，水涨高于闸内，水闸立即关闭，此时所运漕粮船艘，被迫停止，不能前进。德州督粮道孙星衍得知今武城县四女寺旧有支河，入老黄河故道，经德州、乐陵至海丰入海，年久淤塞，请“开浚以浅卫河之水”。
道光元年（1821年），运河水涨，瘟疫流行，加之“南支河刷埝，波及卫地”，德州知州邵元章组织民众筑堤、施药。在清朝廷的精心维护下，德州段运河稳定畅通了200多年。继咸丰元年（1851年）夏修运河堤后，咸丰五年（1855年），黄河在铜瓦厢决口改流东去，夺大清河入海，京杭大运河被拦腰斩断，虽经治理又勉强维持了几年，仍无法全线贯通，但德州段运河仍可通航。十年后，也就是同治四年（1865年），曾勉强恢复；同治九年（1870年）春，朝廷“拨司库银六万两修运河”。但到光绪十一年（1885年），运河决于今德州城北闸子口村，德州知州陈庆成“召民修筑运河堤”。光绪十二年（1886年）黄河在河南郑州决口，空船始得由黄河入运。尔后，虽将南、北运河分段修浚，但仍无法恢复通航，终于光绪二十七年（1901年）正式停运。
清代前期的漕运因袭明制，用屯丁长运，即“令瓜、淮兑运军船往各州、县水次领兑。民加过江脚耗，视远近为差”。同时又将“淮（安）、徐（州）、临（清）、德（州）四仓仍由民运交仓者”，一并“兑运军船”，称之“改兑”。具体做法是：“粮户输运州县；州县兑之旗丁；而旗丁领运于南，斛交于北。”每岁冬春，德州及各地漕船载运漕粮相继循运河北上，将漕米运抵通州，经户部官吏验收后，分送京、通仓储存。当时德州城西“帆樯栉比，远延达数十里”，运夫相属，肩背比接。其“自通州，至于江淮，通以运河，迢递数千里，闸官闸夫相望，高樯大舸相继，运船以数千计。船丁运夫以数万计，设卫所官数百以守之，各省置粮道坐粮厅以司之，南置漕运总督、北置仓场总督，两大臣以统之。其漕米则民纳于县，县上于粮道，乃船通于运河，而后连樯续进，循闸而上，累时费日，乃达通州，搬丁二万人背置仓中，然后次第运至京师”（《康有为政论集》）。其规模不亚于明朝，不愧为“一代之大政”也，至此，清代河运漕粮达到鼎盛时期。
从道光年间起，德州征解的漕粮逐渐递减，推其缘由，除水旱灾害外，漕吏的私吞为主要原因。清廷从充实京师仓储出发，于道光二十七年（1847年）下令再次试引漕粮海运，增加漕粮运额。当然，此海运只限于苏南地区，作为连接卫运河和南运河的德州，仍将每年所征漕粮通过运河按期送交京、通二仓。
德州运河狭窄，水位较低，所以对漕船航行有严格要求。春运为漕运盛期，规定重船一律自南而北，不准空船逆行扰乱船队。此外，对漕船的形制也有相应要求。雍正七年（1729年）规定，漕船载米不得过五百石，准另带土产一百石，永著为例。到嘉庆年间，由于漕船愈造愈大，动辄搁浅，不得不改用驳船运输。清初仅有津通之间的“红驳船”，及至乾隆末年，德州、恩县、武城、夏津、临清五州县配备驳船已达300只。漕粮运抵京、通，交仓后，即回空南下，漕运则告一段落。
同治四年（1865年），太平天国运动刚刚被镇压，皇帝就下令“始复试河运”，在德州及江北地区雇民船运漕粮。但由于运河已千疮百孔，河运漕粮不过十几万石，较运全漕仅为四十分之一，运河已趋衰败。
光绪二十七年（1901年），由于庚子赔款及巨大军费俸饷等开支，急需现银钱币，不得不于该年正式颁布停漕改折的命令。当时，卫河、南运河、北运河尚未停运，直到辛亥革命爆发后，伴随着清皇朝的覆亡而告终。
