【优化高校布局结构】 山东华宇职业技术学院升格为山东华宇工学院，青岛恒星职业技术学院升格为青岛恒星学院，曲阜师范大学杏坛学院转设为齐鲁理工学院，在山东现代职业学院基础上筹建山东现代学院。新设立山东艺术设计职业学院。山东丝绸纺织职业学院更名为山东轻工职业学院，山东大王职业学院更名为东营科技职业学院。设立齐鲁工业大学菏泽校区、山东财经大学莱芜校区。推进高等教育共建工作，完成山东省与文化部共建山东艺术学院、与中国民用航空局共建滨州学院的申报工作。
【教育教学改革】 分步实施学分制改革试点，试点高校21所。成立本科教育教学指导委员会，充分发挥专家、教授的指导、督导作用。创新人才培养机制，成立普通本科高校课程共享联盟，鼓励本科高校之间成立多种形式的教学联盟，推动合作育人。组织公办本科高校对口帮扶，提升民办本科学校办学能力和水平。
【优化学科专业结构】 出台《关于改革拨款定额鼓励本科高校特色发展的意见》，选择10所高校进行试点，以浮动定额拨款为切入点，鼓励高校突出特色，错位发展。加强对高校专业设置的宏观管理，编制省属本科高校限制性专业目录和预警专业目录。实施专业发展支持计划，印发《关于实施普通本科高校应用型人才培养专业发展支持计划试点工作的通知》，以每个专业300万元的标准对24所普通本科高校的24个专业进行支持；印发《关于民办本科高校优势特色专业支持计划的实施意见》，对9所民办本科高校的19个专业按照每专业200万元的标准进行支持。评定山东英才学院、山东协和学院为民办本科人才培养特色名校建设单位，省财政支持2000万元。
【完善教学质量保障体系】 制定山东省普通高等学校本科教学工作审核评估实施方案。配合教育部完成对2所新建本科院校的合格评估。组织专家对9所民办普通本科高校进行教学工作专项评估。部署高校编制发布年度本科教学质量报告，编写《2013年山东省本科教学质量报告》。规范高校办学行为，推动实施教学管理责任制和责任追究制度。实施高校与新闻单位、法律实务部门从业人员的双聘计划，教师队伍实践教学能力不断提高。
【大学生创新创业能力】 实施卓越系列教育培养计划，探索与有关部门、科研院所、行业企业联合培养人才模式。开展大学生创新创业训练计划，获得国家级大学生创新创业训练计划立项项目2023项。推进大学生创新引领计划，鼓励高校毕业生自主创业，为全省高校毕业生核发自主创业证802个。组织举办第二届师范类毕业生从业技能大赛，提升师范类毕业生的实践能力和就业竞争力。组织开展“首届山东省大学生科技创新大赛”，136件作品获奖。
【科研创新能力】 推进高校协同创新计划，对全省高校14个省财政专项资助的协同创新中心进行绩效考评。启动山东省高校应用基础研究提升计划，26所高校的57名青年教师共获得1000万元资金支持。继续实施高校科研创新平台建设工程，对155个重点实验室和50个人文社科基地进行中期评估。继续推进科技人才及创新团队建设，省属高校5名2010年度教育部“新世纪优秀人才入选者”全部通过结题验收。遴选并推荐11个国家级虚拟仿真实验教学中心和5个国家级实验教学示范中心。
【提高研究生教育质量】 新增60个硕士专业学位授权点，总数210个，增幅为31.4%，其中增列的出版硕士填补了山东省空白，39种专业学位类型中山东省已具有38种。继续深入实施研究生教育创新计划，评选省优秀博士论文50篇，优秀硕士论文100篇；研究生优秀科技创新成果奖100项；立项项目新增210项，结题验收216项。组织开展硕士学位论文抽检，印发《山东省硕士学位论文抽检办法》，随机抽检硕士学位论文1181篇。
【师范类毕业生就业指导和服务工作】 进一步拓宽就业渠道，举办6场师范类毕业生供需见面会，提供就业岗位近10万个。充分发挥优秀毕业生的典型示范作用，共评选出1808名省级优秀师范类毕业生，向1592名特困家庭师范类毕业生发放求职补贴。修订《山东省免费师范毕业生跨省就业及履约管理暂行办法》，289名免费师范毕业生全部落实就业岗位或办理跨省就业或违约手续。做好师范类毕业生参加基层项目工作，“三支一扶”计划共审核通过2257人，西部计划124人，106名高校毕业生被新疆招录到南疆乡镇工作。
【学生教育和学籍学历管理】 评选表彰优秀学生1783人，优秀学生干部903人，先进班集体446个。开通山东省学生信息网，提高学生管理信息化水平。组织学生学籍学历注册，共注册新生79.8万人，在校生注册191.59万人，2013年毕业生注册69.48万人。明确高校学历证书的校长具名、辅修证书发放以及补发学历证明书等事项，明确转学、转专业的条件、程序，进一步规范高校办学行为。